Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065639

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-let-7g-3p:  MIMAT0004584          SCAF8:  NM_014892     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-let-7g-3p	SCAF8
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004584	22828
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	RBM16

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-let-7g-3p	rs1022640944 chr3:52268290    G/A rs1166657040 chr3:52268299    A/G rs1356748432 chr3:52268293    C/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SCAF8	chr6:155082464(+) A-I      intronic chr6:155146951(+) A-I      intronic chr6:155146950(+) A-I      intronic chr6:155146952(+) A-I      intronic chr6:155093916(+) A-I      intronic chr6:155093682(+) A-I      intronic chr6:155093614(+) A-I      intronic chr6:155093560(+) A-I      intronic chr6:155092118(+) A-I      intronic chr6:155092114(+) A-I      intronic chr6:155092099(+) A-I      intronic chr6:155092059(+) A-I      intronic chr6:155091409(+) A-I      intronic chr6:155090157(+) A-I      intronic chr6:155090127(+) A-I      intronic chr6:155090117(+) A-I      intronic chr6:155090011(+) A-I      intronic chr6:155090001(+) A-I      intronic chr6:155089959(+) A-I      intronic chr6:155088859(+) A-I      intronic chr6:155082505(+) A-I      intronic chr6:155082499(+) A-I      intronic chr6:155066551(+) A-I      intronic chr6:155065300(+) A-I      intronic chr6:155065277(+) A-I      intronic chr6:155065251(+) A-I      intronic chr6:155065241(+) A-I      intronic chr6:155061962(+) A-I      intronic chr6:155061865(+) A-I      intronic chr6:155061857(+) A-I      intronic chr6:155061853(+) A-I      intronic chr6:155060206(+) A-I      intronic chr6:155060199(+) A-I      intronic chr6:155060149(+) A-I      intronic chr6:155059343(+) A-I      intronic chr6:155059239(+) A-I      intronic chr6:155058978(+) A-I      intronic chr6:155058571(+) A-I      intronic chr6:155057103(+) A-I      intronic chr6:155057098(+) A-I      intronic chr6:155057081(+) A-I      intronic chr6:155056848(+) A-I      intronic chr6:155056831(+) A-I      intronic chr6:155056747(+) A-I      intronic chr6:155056734(+) A-I      intronic chr6:155056179(+) A-I      intronic chr6:155056178(+) A-I      intronic chr6:155056151(+) A-I      intronic chr6:155056138(+) A-I      intronic chr6:155056137(+) A-I      intronic chr6:155056121(+) A-I      intronic chr6:155056095(+) A-I      intronic chr6:155067099(+) A-I      intronic chr6:155067113(+) A-I      intronic chr6:155068384(+) A-I      intronic chr6:155068525(+) A-I      intronic chr6:155068537(+) A-I      intronic chr6:155073960(+) A-I      intronic chr6:155074368(+) A-I      intronic chr6:155074481(+) A-I      intronic chr6:155074486(+) A-I      intronic chr6:155074490(+) A-I      intronic chr6:155077906(+) A-I      intronic chr6:155077999(+) A-I      intronic chr6:155078270(+) A-I      intronic chr6:155078303(+) A-I      intronic chr6:155078364(+) A-I      intronic chr6:155082019(+) A-I      intronic chr6:155061777(+) A-I      intronic chr6:155082393(+) A-I      intronic chr6:155099819(+) A-I      intronic chr6:155076521(+) A-I      intronic chr6:155076517(+) A-I      intronic chr6:155146901(+) A-I      intronic chr6:155146910(+) A-I      intronic chr6:155056777(+) A-I      intronic chr6:155146553(+) A-I      intronic chr6:155121103(+) A-I      intronic chr6:155118659(+) A-I      intronic chr6:155118634(+) A-I      intronic chr6:155118585(+) A-I      intronic chr6:155118583(+) A-I      intronic chr6:155118090(+) A-I      intronic chr6:155118035(+) A-I      intronic chr6:155117986(+) A-I      intronic chr6:155117946(+) A-I      intronic chr6:155082449(+) A-I      intronic chr6:155117944(+) A-I      intronic chr6:155117941(+) A-I      intronic chr6:155117931(+) A-I      intronic chr6:155117905(+) A-I      intronic chr6:155117833(+) A-I      intronic chr6:155115197(+) A-I      intronic chr6:155115182(+) A-I      intronic chr6:155114861(+) A-I      intronic chr6:155114855(+) A-I      intronic chr6:155100379(+) A-I      intronic chr6:155100352(+) A-I      intronic chr6:155100332(+) A-I      intronic chr6:155082458(+) A-I      intronic chr6:155082497(+) A-I      intronic chr6:155100328(+) A-I      intronic chr6:155100284(+) A-I      intronic chr6:155100271(+) A-I      intronic chr6:155100247(+) A-I      intronic chr6:155100241(+) A-I      intronic chr6:155100229(+) A-I      intronic chr6:155100225(+) A-I      intronic chr6:155099778(+) A-I      intronic chr6:155099723(+) A-I      intronic chr6:155099713(+) A-I      intronic chr6:155067094(+) A-I      intronic chr6:155067089(+) A-I      intronic chr6:155067070(+) A-I      intronic chr6:155067068(+) A-I      intronic chr6:155066649(+) A-I      intronic chr6:155066587(+) A-I      intronic chr6:155095413(+) A-I      intronic chr6:155094033(+) A-I      intronic chr6:155094020(+) A-I      intronic chr6:155094019(+) A-I      intronic chr6:155093997(+) A-I      intronic chr6:155093994(+) A-I      intronic chr6:155081937(+) A-I      intronic chr6:155114937(+) A-I      intronic chr6:155093638(+) A-I      intronic chr6:155100308(+) A-I      intronic chr6:155081065(+) A-I      intronic chr6:155058698(+) A-I      intronic chr6:155093633(+) A-I      intronic chr6:155093622(+) A-I      intronic chr6:155094155(+) A-I      intronic chr6:155065408(+) A-I      intronic chr6:155082018(+) A-I      intronic chr6:155088753(+) A-I      intronic chr6:155093744(+) A-I      intronic chr6:155093755(+) A-I      intronic chr6:155099746(+) A-I      intronic chr6:155082434(+) A-I      intronic chr6:155072481(+) A-I      intronic chr6:155114802(+) A-I      intronic chr6:155091904(+) A-I      intronic chr6:155099823(+) A-I      intronic chr6:155058585(+) A-I      intronic chr6:155100261(+) A-I      intronic chr6:155073955(+) A-I      intronic chr6:155146879(+) A-I      intronic chr6:155100306(+) A-I      intronic chr6:155078244(+) A-I      intronic chr6:155056004(+) A-I      intronic chr6:155068564(+) A-I      intronic chr6:155056187(+) A-I      intronic chr6:155056081(+) A-I      intronic chr6:155093672(+) A-I      intronic chr6:155093748(+) A-I      intronic chr6:155059204(+) A-I      intronic chr6:155118002(+) A-I      intronic chr6:155114815(+) A-I      intronic chr6:155146676(+) A-I      intronic chr6:155092062(+) A-I      intronic chr6:155082500(+) A-I      intronic chr6:155094103(+) A-I      intronic chr6:155090106(+) A-I      intronic chr6:155092009(+) A-I      intronic chr6:155075003(+) A-I      intronic chr6:155082483(+) A-I      intronic chr6:155073887(+) A-I      intronic chr6:155082017(+) A-I      intronic chr6:155146944(+) A-I      intronic chr6:155093583(+) A-I      intronic chr6:155115208(+) A-I      intronic chr6:155074588(+) A-I      intronic chr6:155061856(+) A-I      intronic chr6:155066582(+) A-I      intronic chr6:155093912(+) A-I      intronic chr6:155146729(+) A-I      intronic chr6:155100198(+) A-I      intronic chr6:155100333(+) A-I      intronic chr6:155099880(+) A-I      intronic chr6:155081264(+) A-I      intronic chr6:155067106(+) A-I      intronic chr6:155065280(+) A-I      intronic chr6:155077987(+) A-I      intronic chr6:155081157(+) A-I      intronic chr6:155074551(+) A-I      intronic chr6:155060400(+) A-I      intronic chr6:155065174(+) A-I      intronic chr6:155091585(+) A-I      intronic chr6:155058900(+) A-I      intronic chr6:155105019(+) A-I      intronic chr6:155077961(+) A-I      intronic chr6:155105045(+) A-I      intronic chr6:155099882(+) A-I      intronic chr6:155146909(+) A-I      intronic chr6:155091905(+) A-I      intronic chr6:155091695(+) A-I      intronic chr6:155093914(+) A-I      intronic chr6:155114799(+) A-I      intronic chr6:155081019(+) A-I      intronic chr6:155090006(+) A-I      intronic chr6:155091386(+) A-I      intronic chr6:155146935(+) A-I      intronic chr6:155078272(+) A-I      intronic chr6:155072457(+) A-I      intronic chr6:155093702(+) A-I      intronic chr6:155065306(+) A-I      intronic chr6:155056748(+) A-I      intronic chr6:155099777(+) A-I      intronic chr6:155065329(+) A-I      intronic chr6:155092122(+) A-I      intronic chr6:155058672(+) A-I      intronic chr6:155075108(+) A-I      intronic chr6:155081176(+) A-I      intronic chr6:155065413(+) A-I      intronic chr6:155099698(+) A-I      intronic chr6:155076620(+) A-I      intronic chr6:155114693(+) A-I      intronic chr6:155091407(+) A-I      intronic chr6:155056055(+) A-I      intronic chr6:155145957(+) A-I      intronic chr6:155093677(+) A-I      intronic chr6:155082043(+) A-I      intronic chr6:155073904(+) A-I      intronic chr6:155093568(+) A-I      intronic chr6:155100445(+) A-I      intronic chr6:155060303(+) A-I      intronic chr6:155068519(+) A-I      intronic chr6:155077997(+) A-I      intronic chr6:155065347(+) A-I      intronic chr6:155065358(+) A-I      intronic chr6:155073875(+) A-I      intronic chr6:155079178(+) A-I      intronic chr6:155074507(+) A-I      intronic chr6:155061882(+) A-I      intronic chr6:155093599(+) A-I      intronic chr6:155146554(+) A-I      intronic chr6:155092008(+) A-I      intronic chr6:155058554(+) A-I      intronic chr6:155078343(+) A-I      intronic chr6:155065414(+) A-I      intronic chr6:155081077(+) A-I      intronic chr6:155091363(+) A-I      intronic chr6:155058555(+) A-I      intronic chr6:155099807(+) A-I      intronic chr6:155074589(+) A-I      intronic chr6:155088798(+) A-I      intronic chr6:155074341(+) A-I      intronic chr6:155078015(+) A-I      intronic chr6:155105008(+) A-I      intronic chr6:155099637(+) A-I      intronic chr6:155091959(+) A-I      intronic chr6:155073956(+) A-I      intronic chr6:155056003(+) A-I      intronic chr6:155100266(+) A-I      intronic chr6:155077899(+) A-I      intronic chr6:155060220(+) A-I      intronic chr6:155099764(+) A-I      intronic chr6:155091477(+) A-I      intronic chr6:155081261(+) A-I      intronic chr6:155146547(+) A-I      intronic chr6:155061972(+) A-I      intronic chr6:155114870(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SCAF8	chr6:155146547(+) A-I intron -    22327324 chr6:155058527(+) A-I intron -    21960545 chr6:155060149(+) A-I intron -    21960545 chr6:155060286(+) A-I intron -    21960545 chr6:155100296(+) A-I intron -    21960545 chr6:155100319(+) A-I intron -    21960545 chr6:155056055(+) A-G intron -    22484847 chr6:155056092(+) A-G intron -    22484847 chr6:155056187(+) A-G intron -    22484847 chr6:155056670(+) G-T intron -    22484847 chr6:155056717(+) A-G intron -    22484847 chr6:155056748(+) A-G intron -    22484847 chr6:155057594(+) T-C intron -    22484847 chr6:155058554(+) A-G intron -    22484847 chr6:155058585(+) A-G intron -    22484847 chr6:155058672(+) A-G intron -    22484847 chr6:155058900(+) A-G intron -    22484847 chr6:155059198(+) A-G intron -    22484847 chr6:155060200(+) A-G intron -    22484847 chr6:155060220(+) A-G intron -    22484847 chr6:155061774(+) G-T intron -    22484847 chr6:155061972(+) A-G intron -    22484847 chr6:155065280(+) A-G intron -    22484847 chr6:155065306(+) A-G intron -    22484847 chr6:155066637(+) A-G intron -    22484847 chr6:155066647(+) A-G intron -    22484847 chr6:155067073(+) G-A intron -    22484847 chr6:155067106(+) A-G intron -    22484847 chr6:155068519(+) A-G intron -    22484847 chr6:155068564(+) A-G intron -    22484847 chr6:155072380(+) G-T intron -    22484847 chr6:155072481(+) A-G intron -    22484847 chr6:155072502(+) A-G intron -    22484847 chr6:155073887(+) A-G intron -    22484847 chr6:155073904(+) A-G intron -    22484847 chr6:155073955(+) A-G intron -    22484847 chr6:155073956(+) A-G intron -    22484847 chr6:155073973(+) A-G intron -    22484847 chr6:155074380(+) A-G intron -    22484847 chr6:155074507(+) A-G intron -    22484847 chr6:155074588(+) A-G intron -    22484847 chr6:155074589(+) A-G intron -    22484847 chr6:155075072(+) A-G intron -    22484847 chr6:155075108(+) A-G intron -    22484847 chr6:155076527(+) A-G intron -    22484847 chr6:155077899(+) A-G intron -    22484847 chr6:155077961(+) A-G intron -    22484847 chr6:155077981(+) A-G intron -    22484847 chr6:155078244(+) A-G intron -    22484847 chr6:155078264(+) A-G intron -    22484847 chr6:155078272(+) A-G intron -    22484847 chr6:155078343(+) A-G intron -    22484847 chr6:155080893(+) A-G intron -    22484847 chr6:155081065(+) A-G intron -    22484847 chr6:155081157(+) A-G intron -    22484847 chr6:155081264(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082017(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082018(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082059(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082434(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082459(+) G-A intron -    22484847 chr6:155082483(+) A-G intron -    22484847 chr6:155082500(+) A-G intron -    22484847 chr6:155090006(+) A-G intron -    22484847 chr6:155091477(+) A-G intron -    22484847 chr6:155091583(+) A-G intron -    22484847 chr6:155092008(+) A-G intron -    22484847 chr6:155092020(+) A-G intron -    22484847 chr6:155092062(+) A-G intron -    22484847 chr6:155092122(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093599(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093622(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093633(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093677(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093702(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093744(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093748(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093755(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093912(+) A-G intron -    22484847 chr6:155093914(+) A-G intron -    22484847 chr6:155094103(+) A-G intron -    22484847 chr6:155094116(+) A-G intron -    22484847 chr6:155094137(+) A-G intron -    22484847 chr6:155094156(+) A-G intron -    22484847 chr6:155098144(+) G-A intron -    22484847 chr6:155099637(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099698(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099752(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099764(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099818(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099823(+) A-G intron -    22484847 chr6:155099826(+) G-A intron -    22484847 chr6:155100198(+) A-G intron -    22484847 chr6:155100261(+) A-G intron -    22484847 chr6:155100266(+) A-G intron -    22484847 chr6:155100267(+) A-G intron -    22484847 chr6:155100296(+) A-G intron -    22484847 chr6:155100333(+) A-G intron -    22484847 chr6:155105115(+) T-C intron -    22484847 chr6:155115299(+) A-G intron -    22484847 chr6:155118055(+) A-G intron -    22484847 chr6:155118735(+) A-G intron -    22484847 chr6:155146540(+) A-G intron -    22484847 chr6:155146547(+) A-G intron -    22484847 chr6:155146928(+) A-G intron -    22484847 chr6:155147813(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SCAF8	chr6:155054523-155054524(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr6:155054642-155054643(+) m6A 5'UTR//CDS//intron       24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:155054711-155054712(+) m6A 5'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//27773536//22575960 chr6:155129230-155129231(+) m6A CDS       24981863 chr6:155129292-155129293(+) m6A CDS       24981863 chr6:155129869-155129870(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr6:155129909-155129910(+) m6A CDS       24981863 chr6:155131199-155131200(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr6:155131332-155131333(+) m6A CDS       24981863 chr6:155136882-155136883(+) m6A CDS       24981863 chr6:155143417-155143418(+) m6A CDS//exon       - chr6:155143434-155143435(+) m6A CDS//exon       - chr6:155143456-155143457(+) m6A CDS//exon       - chr6:155143489-155143490(+) m6A CDS//exon       - chr6:155153115-155153116(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr6:155153163-155153164(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942//22608085 chr6:155153313-155153314(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153355-155153356(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153397-155153398(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153407-155153408(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153424-155153425(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153432-155153433(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153486-155153487(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153499-155153500(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155153616-155153617(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:155153655-155153656(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:155153676-155153677(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:155153687-155153688(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:155153779-155153780(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr6:155153799-155153800(+) m6A CDS       24209618//24981863//22608085 chr6:155153898-155153899(+) m6A CDS       24209618//22608085 chr6:155153960-155153961(+) m6A CDS       24209618//22608085 chr6:155154092-155154093(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:155154125-155154126(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:155154138-155154139(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:155154174-155154175(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:155154254-155154255(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154266-155154267(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154375-155154376(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154417-155154418(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154429-155154430(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154452-155154453(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154492-155154493(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154514-155154515(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154523-155154524(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr6:155154600-155154601(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:155154694-155154695(+) m6A 3'UTR       - chr6:155154712-155154713(+) m6A 3'UTR       - chr6:155154970-155154971(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-let-7g-3p	Exosome Breast milk     22211110 Exosome Brain tissue     23382797 Exosome Plasma     23663360 Exosome Serum     24683445 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cerebrospinal fluid     24797360 Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Mesenchymal stem cells     -
	SCAF8	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-let-7g-3p
Interactor2: SCAF8

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.