Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065629

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-let-7g-3p:  MIMAT0004584          SCAMP1:  NR_110885     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-let-7g-3p	SCAMP1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004584	9522
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	SCAMP//SCAMP37

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-let-7g-3p	rs1022640944 chr3:52268290    G/A rs1166657040 chr3:52268299    A/G rs1356748432 chr3:52268293    C/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SCAMP1	chr5:77765727(+) A-I      intronic chr5:77765729(+) A-I      intronic chr5:77765731(+) A-I      intronic chr5:77765751(+) A-I      intronic chr5:77737638(+) A-I      intronic chr5:77737629(+) A-I      intronic chr5:77694631(+) A-I      intronic chr5:77719835(+) A-I      intronic chr5:77737608(+) A-I      intronic chr5:77737532(+) A-I      intronic chr5:77737521(+) A-I      intronic chr5:77737499(+) A-I      intronic chr5:77737364(+) A-I      intronic chr5:77719864(+) A-I      intronic chr5:77698929(+) A-I      intronic chr5:77737794(+) A-I      intronic chr5:77737777(+) A-I      intronic chr5:77737776(+) A-I      intronic chr5:77737775(+) A-I      intronic chr5:77737769(+) A-I      intronic chr5:77737767(+) A-I      intronic chr5:77699535(+) A-I      intronic chr5:77699594(+) A-I      intronic chr5:77699603(+) A-I      intronic chr5:77699604(+) A-I      intronic chr5:77699606(+) A-I      intronic chr5:77739523(+) A-I      intronic chr5:77738280(+) A-I      intronic chr5:77738272(+) A-I      intronic chr5:77738194(+) A-I      intronic chr5:77738143(+) A-I      intronic chr5:77738139(+) A-I      intronic chr5:77737967(+) A-I      intronic chr5:77694622(+) A-I      intronic chr5:77694603(+) A-I      intronic chr5:77699642(+) A-I      intronic chr5:77719769(+) A-I      intronic chr5:77719772(+) A-I      intronic chr5:77737937(+) A-I      intronic chr5:77737879(+) A-I      intronic chr5:77737842(+) A-I      intronic chr5:77737838(+) A-I      intronic chr5:77662624(+) A-I      intronic chr5:77662601(+) A-I      intronic chr5:77661135(+) A-I      intronic chr5:77661027(+) A-I      intronic chr5:77661021(+) A-I      intronic chr5:77698915(+) A-I      intronic chr5:77739527(+) A-I      intronic chr5:77739542(+) A-I      intronic chr5:77738195(+) A-I      intronic chr5:77698860(+) A-I      intronic chr5:77700146(+) A-I      intronic chr5:77738175(+) A-I      intronic chr5:77737754(+) A-I      intronic chr5:77699415(+) A-I      intronic chr5:77758382(+) A-I      intronic chr5:77720376(+) A-I      intronic chr5:77739663(+) A-I      intronic chr5:77719962(+) A-I      intronic chr5:77700137(+) A-I      intronic chr5:77737793(+) A-I      intronic chr5:77738776(+) A-I      intronic chr5:77699534(+) A-I      intronic chr5:77737382(+) A-I      intronic chr5:77699413(+) A-I      intronic chr5:77699414(+) A-I      intronic chr5:77738198(+) A-I      intronic chr5:77737908(+) A-I      intronic chr5:77662541(+) A-I      intronic chr5:77744091(+) A-I      intronic chr5:77698824(+) A-I      intronic chr5:77693507(+) A-I      intronic chr5:77662107(+) A-I      intronic chr5:77738263(+) A-I      intronic chr5:77738118(+) A-I      intronic chr5:77698783(+) A-I      intronic chr5:77738845(+) A-I      intronic chr5:77698840(+) A-I      intronic chr5:77699668(+) A-I      intronic chr5:77738843(+) A-I      intronic chr5:77765878(+) A-I      intronic chr5:77739660(+) A-I      intronic chr5:77744685(+) A-I      intronic chr5:77700245(+) A-I      intronic chr5:77700154(+) A-I      intronic chr5:77693489(+) A-I      intronic chr5:77737792(+) A-I      intronic chr5:77698917(+) A-I      intronic chr5:77719983(+) A-I      intronic chr5:77720290(+) A-I      intronic chr5:77738922(+) A-I      intronic chr5:77698834(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SCAMP1	chr5:77775664(+) A-G intron -    21725310 chr5:77729193(+) A-G intron -    22484847 chr5:77658719(+) C-T intron -    22484847 chr5:77662103(+) G-A intron -    22484847 chr5:77662159(+) A-C intron -    22484847 chr5:77662541(+) A-G intron -    22484847 chr5:77693489(+) A-G intron -    22484847 chr5:77693507(+) A-G intron -    22484847 chr5:77698917(+) A-G intron -    22484847 chr5:77699413(+) A-G intron -    22484847 chr5:77699414(+) A-G intron -    22484847 chr5:77699415(+) A-G intron -    22484847 chr5:77699424(+) A-G intron -    22484847 chr5:77699668(+) A-G intron -    22484847 chr5:77719962(+) A-G intron -    22484847 chr5:77719974(+) A-G intron -    22484847 chr5:77719983(+) A-G intron -    22484847 chr5:77720290(+) A-G intron -    22484847 chr5:77720319(+) A-T intron -    22484847 chr5:77720325(+) T-G intron -    22484847 chr5:77720376(+) A-G intron -    22484847 chr5:77720378(+) A-G intron -    22484847 chr5:77737382(+) A-G intron -    22484847 chr5:77737452(+) A-G intron -    22484847 chr5:77737559(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738118(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738175(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738195(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738198(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738263(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738776(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738845(+) A-G intron -    22484847 chr5:77738916(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SCAMP1	chr5:77771334-77771335(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr5:77771407-77771408(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr5:77771416-77771417(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr5:77773396-77773397(+) m6A 3'UTR       26404942 chr5:77773414-77773415(+) m6A 3'UTR       26404942

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-let-7g-3p	Exosome Breast milk     22211110 Exosome Brain tissue     23382797 Exosome Plasma     23663360 Exosome Serum     24683445 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cerebrospinal fluid     24797360 Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Mesenchymal stem cells     -
	SCAMP1	Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-let-7g-3p
Interactor2: SCAMP1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.