Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065594

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-223-5p:  MIMAT0004570          JMY:  NM_152405     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-223-5p	JMY
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004570	133746
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	WHAMM2//WHDC1L3

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-223-5p	rs1240009384 chrX:66018913    A/T rs1397275461 chrX:66018904    G/T rs1464475149 chrX:66018916    T/C rs761701581 chrX:66018906    C/G rs772305537 chrX:66018909    G/A rs774279244 chrX:66018895    C/T rs890919635 chrX:66018896    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	JMY	chr5:78533315(+) A-I      NonSyn:Glu->Gly chr5:78535397(+) A-I      intronic chr5:78612564(+) A-I      intronic chr5:78609879(+) A-I      intronic chr5:78541523(+) A-I      intronic chr5:78539981(+) A-I      intronic chr5:78536400(+) A-I      intronic chr5:78536203(+) A-I      intronic chr5:78536099(+) A-I      intronic chr5:78536098(+) A-I      intronic chr5:78536089(+) A-I      intronic chr5:78536068(+) A-I      intronic chr5:78535975(+) A-I      intronic chr5:78535889(+) A-I      intronic chr5:78535558(+) A-I      intronic chr5:78609762(+) A-I      intronic chr5:78609144(+) A-I      intronic chr5:78574497(+) A-I      intronic chr5:78575015(+) A-I      intronic chr5:78575018(+) A-I      intronic chr5:78575052(+) A-I      intronic chr5:78575770(+) A-I      intronic chr5:78577751(+) A-I      intronic chr5:78609004(+) A-I      intronic chr5:78588168(+) A-I      intronic chr5:78588169(+) A-I      intronic chr5:78535535(+) A-I      intronic chr5:78535442(+) A-I      intronic chr5:78616021(+) A-I      intronic chr5:78616394(+) A-I      intronic chr5:78616343(+) A-I      intronic chr5:78616077(+) A-I      intronic chr5:78616004(+) A-I      intronic chr5:78615962(+) A-I      intronic chr5:78535381(+) A-I      intronic chr5:78615947(+) A-I      intronic chr5:78614081(+) A-I      intronic chr5:78588346(+) A-I      intronic chr5:78607044(+) A-I      intronic chr5:78535542(+) A-I      intronic chr5:78535554(+) A-I      intronic chr5:78535380(+) A-I      intronic chr5:78541528(+) A-I      intronic chr5:78542495(+) A-I      intronic chr5:78542503(+) A-I      intronic chr5:78542557(+) A-I      intronic chr5:78557286(+) A-I      intronic chr5:78559462(+) A-I      intronic chr5:78561009(+) A-I      intronic chr5:78563819(+) A-I      intronic chr5:78563830(+) A-I      intronic chr5:78564428(+) A-I      intronic chr5:78567676(+) A-I      intronic chr5:78567815(+) A-I      intronic chr5:78567855(+) A-I      intronic chr5:78569483(+) A-I      intronic chr5:78569543(+) A-I      intronic chr5:78569548(+) A-I      intronic chr5:78569575(+) A-I      intronic chr5:78570292(+) A-I      intronic chr5:78570429(+) A-I      intronic chr5:78574484(+) A-I      intronic chr5:78574493(+) A-I      intronic chr5:78535375(+) A-I      intronic chr5:78535588(+) A-I      intronic chr5:78535593(+) A-I      intronic chr5:78613864(+) A-I      intronic chr5:78612636(+) A-I      intronic chr5:78612608(+) A-I      intronic chr5:78575784(+) A-I      intronic chr5:78612582(+) A-I      intronic chr5:78575793(+) A-I      intronic chr5:78609052(+) A-I      intronic chr5:78616018(+) A-I      intronic chr5:78572003(+) A-I      intronic chr5:78585002(+) A-I      intronic chr5:78607837(+) A-I      intronic chr5:78553227(+) A-I      intronic chr5:78578001(+) A-I      intronic chr5:78615586(+) A-I      intronic chr5:78542451(+) A-I      intronic chr5:78535507(+) A-I      intronic chr5:78607908(+) A-I      intronic chr5:78575767(+) A-I      intronic chr5:78616274(+) A-I      intronic chr5:78578955(+) A-I      intronic chr5:78588353(+) A-I      intronic chr5:78615999(+) A-I      intronic chr5:78535487(+) A-I      intronic chr5:78607693(+) A-I      intronic chr5:78607665(+) A-I      intronic chr5:78535968(+) A-I      intronic chr5:78612552(+) A-I      intronic chr5:78609095(+) A-I      intronic chr5:78574902(+) A-I      intronic chr5:78612467(+) A-I      intronic chr5:78609157(+) A-I      intronic chr5:78609145(+) A-I      intronic chr5:78607806(+) A-I      intronic chr5:78552674(+) A-I      intronic chr5:78575779(+) A-I      intronic chr5:78609199(+) A-I      intronic chr5:78607740(+) A-I      intronic chr5:78612473(+) A-I      intronic chr5:78536105(+) A-I      intronic chr5:78574319(+) A-I      intronic chr5:78536049(+) A-I      intronic chr5:78542626(+) A-I      intronic chr5:78616113(+) A-I      intronic chr5:78613964(+) A-I      intronic chr5:78536039(+) A-I      intronic chr5:78578915(+) A-I      intronic chr5:78609222(+) A-I      intronic chr5:78569834(+) A-I      intronic chr5:78577909(+) A-I      intronic chr5:78553035(+) A-I      intronic chr5:78557290(+) A-I      intronic chr5:78607061(+) A-I      intronic chr5:78609049(+) A-I      intronic chr5:78575736(+) A-I      intronic chr5:78584938(+) A-I      intronic chr5:78585003(+) A-I      intronic chr5:78542525(+) A-I      intronic chr5:78535523(+) A-I      intronic chr5:78575814(+) A-I      intronic chr5:78616318(+) A-I      intronic chr5:78609001(+) A-I      intronic chr5:78574728(+) A-I      intronic chr5:78616083(+) A-I      intronic chr5:78612618(+) A-I      intronic chr5:78553168(+) A-I      intronic chr5:78599066(+) A-I      intronic chr5:78553298(+) A-I      intronic chr5:78570491(+) A-I      intronic chr5:78573418(+) A-I      intronic chr5:78582303(+) A-I      intronic chr5:78553689(+) A-I      intronic chr5:78609162(+) A-I      intronic chr5:78612609(+) A-I      intronic chr5:78616054(+) A-I      intronic chr5:78607769(+) A-I      intronic chr5:78616003(+) A-I      intronic chr5:78613911(+) A-I      intronic chr5:78575078(+) A-I      intronic chr5:78613905(+) A-I      intronic chr5:78575796(+) A-I      intronic chr5:78606743(+) A-I      intronic chr5:78579072(+) A-I      intronic chr5:78584848(+) A-I      intronic chr5:78544629(+) A-I      intronic chr5:78616299(+) A-I      intronic chr5:78612500(+) A-I      intronic chr5:78609009(+) A-I      intronic chr5:78613904(+) A-I      intronic chr5:78535513(+) A-I      intronic chr5:78563912(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	JMY	chr5:78609162(+) A-I intron -    22327324 chr5:78557243(+) A-I intron -    21960545 chr5:78569502(+) A-I intron -    21960545 chr5:78535452(+) A-G intron -    22484847 chr5:78535487(+) A-G intron -    22484847 chr5:78535513(+) A-G intron -    22484847 chr5:78535968(+) A-G intron -    22484847 chr5:78536039(+) A-G intron -    22484847 chr5:78536048(+) A-G intron -    22484847 chr5:78536049(+) A-G intron -    22484847 chr5:78536105(+) A-G intron -    22484847 chr5:78542451(+) A-G intron -    22484847 chr5:78542525(+) A-G intron -    22484847 chr5:78542554(+) A-G intron -    22484847 chr5:78542584(+) A-G intron -    22484847 chr5:78542626(+) A-G intron -    22484847 chr5:78549169(+) G-A intron -    22484847 chr5:78552674(+) A-G intron -    22484847 chr5:78552741(+) G-C intron -    22484847 chr5:78553689(+) A-G intron -    22484847 chr5:78557290(+) A-G intron -    22484847 chr5:78561726(+) C-T intron -    22484847 chr5:78569834(+) A-G intron -    22484847 chr5:78572613(+) A-G intron -    22484847 chr5:78574902(+) A-G intron -    22484847 chr5:78579072(+) A-G intron -    22484847 chr5:78579074(+) A-G intron -    22484847 chr5:78584938(+) A-G intron -    22484847 chr5:78607740(+) A-G intron -    22484847 chr5:78607837(+) A-G intron -    22484847 chr5:78609145(+) A-G intron -    22484847 chr5:78609157(+) A-G intron -    22484847 chr5:78609162(+) A-G intron -    22484847 chr5:78609214(+) T-C intron -    22484847 chr5:78609708(+) A-G intron -    22484847 chr5:78612473(+) A-G intron -    22484847 chr5:78616003(+) A-G intron -    22484847 chr5:78616274(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	JMY	chr5:78532117-78532118(+) m6A 5'UTR       - chr5:78532217-78532218(+) m6A 5'UTR       - chr5:78532245-78532246(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:78532323-78532324(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:78532507-78532508(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr5:78532550-78532551(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr5:78532581-78532582(+) Gm CDS       - chr5:78532846-78532847(+) m6A CDS       - chr5:78532913-78532914(+) m6A CDS       24284625 chr5:78532932-78532933(+) m6A CDS       24284625 chr5:78533165-78533166(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78533182-78533183(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78533218-78533219(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78533258-78533259(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78533274-78533275(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78533365-78533366(+) m6A CDS       24284625//24981863//22575960 chr5:78533409-78533410(+) m6A CDS       24284625//24981863//22575960 chr5:78573786-78573787(+) Cm CDS       - chr5:78573833-78573834(+) m6A CDS       24981863 chr5:78573865-78573866(+) m6A CDS       24981863 chr5:78573875-78573876(+) m6A CDS       24981863 chr5:78573893-78573894(+) m6A CDS       24981863 chr5:78585969-78585970(+) m6A CDS       24981863 chr5:78596130-78596131(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:78602214-78602215(+) m6A CDS//intron       24981863 chr5:78602263-78602264(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78608284-78608285(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78608291-78608292(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78608302-78608303(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78608309-78608310(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78608317-78608318(+) m6A CDS//intron       24981863//22608085 chr5:78610214-78610215(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78610259-78610260(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:78610267-78610268(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:78610351-78610352(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:78610396-78610397(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:78610506-78610507(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:78610520-78610521(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:78610646-78610647(+) m6A CDS//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:78611889-78611890(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78611896-78611897(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78612023-78612024(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78612116-78612117(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78612125-78612126(+) m6A CDS//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78617760-78617761(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr5:78617799-78617800(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78617811-78617812(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:78622083-78622084(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:78622110-78622111(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-223-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	JMY	Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-223-5p
Interactor2: JMY

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.