Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065587

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-223-5p:  MIMAT0004570          SNX27:  NM_001330723     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-223-5p	SNX27
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004570	81609
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	MRT1//MY014

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-223-5p	rs1240009384 chrX:66018913    A/T rs1397275461 chrX:66018904    G/T rs1464475149 chrX:66018916    T/C rs761701581 chrX:66018906    C/G rs772305537 chrX:66018909    G/A rs774279244 chrX:66018895    C/T rs890919635 chrX:66018896    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SNX27	chr1:151639640(+) A-I      intronic chr1:151639658(+) A-I      intronic chr1:151639687(+) A-I      intronic chr1:151639674(+) A-I      intronic chr1:151639664(+) A-I      intronic chr1:151629841(+) A-I      intronic chr1:151629844(+) A-I      intronic chr1:151630270(+) A-I      intronic chr1:151630370(+) A-I      intronic chr1:151603361(+) A-I      intronic chr1:151603332(+) A-I      intronic chr1:151625149(+) A-I      intronic chr1:151664650(+) A-I      intronic chr1:151602391(+) A-I      intronic chr1:151664402(+) A-I      intronic chr1:151664655(+) A-I      intronic chr1:151605600(+) A-I      intronic chr1:151613073(+) A-I      intronic chr1:151595549(+) A-I      intronic chr1:151602289(+) A-I      intronic chr1:151602124(+) A-I      intronic chr1:151604413(+) A-I      intronic chr1:151589994(+) A-I      intronic chr1:151599127(+) A-I      intronic chr1:151613089(+) A-I      intronic chr1:151613103(+) A-I      intronic chr1:151599090(+) A-I      intronic chr1:151614573(+) A-I      intronic chr1:151595510(+) A-I      intronic chr1:151599012(+) A-I      intronic chr1:151595334(+) A-I      intronic chr1:151595578(+) A-I      intronic chr1:151591694(+) A-I      intronic chr1:151598469(+) A-I      intronic chr1:151591545(+) A-I      intronic chr1:151614607(+) A-I      intronic chr1:151595730(+) A-I      intronic chr1:151598116(+) A-I      intronic chr1:151598035(+) A-I      intronic chr1:151596156(+) A-I      intronic chr1:151595890(+) A-I      intronic chr1:151589747(+) A-I      intronic chr1:151589829(+) A-I      intronic chr1:151589835(+) A-I      intronic chr1:151589858(+) A-I      intronic chr1:151604207(+) A-I      intronic chr1:151595783(+) A-I      intronic chr1:151595756(+) A-I      intronic chr1:151614742(+) A-I      intronic chr1:151614743(+) A-I      intronic chr1:151664099(+) A-I      intronic chr1:151664016(+) A-I      intronic chr1:151663723(+) A-I      intronic chr1:151663638(+) A-I      intronic chr1:151614716(+) A-I      intronic chr1:151614773(+) A-I      intronic chr1:151616038(+) A-I      intronic chr1:151616043(+) A-I      intronic chr1:151663060(+) A-I      intronic chr1:151616200(+) A-I      intronic chr1:151614676(+) A-I      intronic chr1:151658115(+) A-I      intronic chr1:151614712(+) A-I      intronic chr1:151616506(+) A-I      intronic chr1:151658110(+) A-I      intronic chr1:151590034(+) A-I      intronic chr1:151658078(+) A-I      intronic chr1:151629827(+) A-I      intronic chr1:151589884(+) A-I      intronic chr1:151658038(+) A-I      intronic chr1:151657559(+) A-I      intronic chr1:151620753(+) A-I      intronic chr1:151655481(+) A-I      intronic chr1:151655476(+) A-I      intronic chr1:151621516(+) A-I      intronic chr1:151621542(+) A-I      intronic chr1:151655463(+) A-I      intronic chr1:151621647(+) A-I      intronic chr1:151590002(+) A-I      intronic chr1:151655461(+) A-I      intronic chr1:151655439(+) A-I      intronic chr1:151622467(+) A-I      intronic chr1:151622493(+) A-I      intronic chr1:151655352(+) A-I      intronic chr1:151655351(+) A-I      intronic chr1:151655349(+) A-I      intronic chr1:151655346(+) A-I      intronic chr1:151654915(+) A-I      intronic chr1:151625069(+) A-I      intronic chr1:151625072(+) A-I      intronic chr1:151625130(+) A-I      intronic chr1:151620624(+) A-I      intronic chr1:151589938(+) A-I      intronic chr1:151652894(+) A-I      intronic chr1:151625091(+) A-I      intronic chr1:151655340(+) A-I      intronic chr1:151621948(+) A-I      intronic chr1:151655302(+) A-I      intronic chr1:151591665(+) A-I      intronic chr1:151595877(+) A-I      intronic chr1:151595365(+) A-I      intronic chr1:151602129(+) A-I      intronic chr1:151616468(+) A-I      intronic chr1:151598484(+) A-I      intronic chr1:151663704(+) A-I      intronic chr1:151626550(+) A-I      intronic chr1:151621844(+) A-I      intronic chr1:151664565(+) A-I      intronic chr1:151595382(+) A-I      intronic chr1:151639743(+) A-I      intronic chr1:151615323(+) A-I      intronic chr1:151629803(+) A-I      intronic chr1:151629833(+) A-I      intronic chr1:151602160(+) A-I      intronic chr1:151615257(+) A-I      intronic chr1:151599016(+) A-I      intronic chr1:151614778(+) A-I      intronic chr1:151625024(+) A-I      intronic chr1:151655418(+) A-I      intronic chr1:151651462(+) A-I      intronic chr1:151598304(+) A-I      intronic chr1:151655040(+) A-I      intronic chr1:151617405(+) A-I      intronic chr1:151626074(+) A-I      intronic chr1:151621980(+) A-I      intronic chr1:151605867(+) A-I      intronic chr1:151602229(+) A-I      intronic chr1:151620642(+) A-I      intronic chr1:151629898(+) A-I      intronic chr1:151614765(+) A-I      intronic chr1:151664197(+) A-I      intronic chr1:151664420(+) A-I      intronic chr1:151602440(+) A-I      intronic chr1:151639537(+) A-I      intronic chr1:151619765(+) A-I      intronic chr1:151598057(+) A-I      intronic chr1:151599018(+) A-I      intronic chr1:151622205(+) A-I      intronic chr1:151598525(+) A-I      intronic chr1:151615954(+) A-I      intronic chr1:151589859(+) A-I      intronic chr1:151597835(+) A-I      intronic chr1:151663665(+) A-I      intronic chr1:151590021(+) A-I      intronic chr1:151590022(+) A-I      intronic chr1:151664649(+) A-I      intronic chr1:151598508(+) A-I      intronic chr1:151663648(+) A-I      intronic chr1:151599166(+) A-I      intronic chr1:151599031(+) A-I      intronic chr1:151613065(+) A-I      intronic chr1:151616482(+) A-I      intronic chr1:151629693(+) A-I      intronic chr1:151621938(+) A-I      intronic chr1:151616193(+) A-I      intronic chr1:151591543(+) A-I      intronic chr1:151610003(+) A-I      intronic chr1:151589881(+) A-I      intronic chr1:151658024(+) A-I      intronic chr1:151621877(+) A-I      intronic chr1:151664601(+) A-I      intronic chr1:151654867(+) A-I      intronic chr1:151590473(+) A-I      intronic chr1:151595925(+) A-I      intronic chr1:151664675(+) A-I      intronic chr1:151612872(+) A-I      intronic chr1:151602159(+) A-I      intronic chr1:151660662(+) A-I      intronic chr1:151620807(+) A-I      intronic chr1:151600104(+) A-I      intronic chr1:151669394(+) A-I      3'UTR chr1:151657896(+) A-I      intronic chr1:151622464(+) A-I      intronic chr1:151596046(+) A-I      intronic chr1:151655390(+) A-I      intronic chr1:151661538(+) A-I      intronic chr1:151595878(+) A-I      intronic chr1:151598379(+) A-I      intronic chr1:151597862(+) A-I      intronic chr1:151629751(+) A-I      intronic chr1:151597736(+) A-I      intronic chr1:151664421(+) A-I      intronic chr1:151591696(+) A-I      intronic chr1:151598081(+) A-I      intronic chr1:151595798(+) A-I      intronic chr1:151658051(+) A-I      intronic chr1:151595588(+) A-I      intronic chr1:151591960(+) A-I      intronic chr1:151598969(+) A-I      intronic chr1:151596061(+) A-I      intronic chr1:151664537(+) A-I      intronic chr1:151589880(+) A-I      intronic chr1:151598170(+) A-I      intronic chr1:151598196(+) A-I      intronic chr1:151654898(+) A-I      intronic chr1:151604231(+) A-I      intronic chr1:151664264(+) A-I      intronic chr1:151612907(+) A-I      intronic chr1:151647211(+) A-I      intronic chr1:151595717(+) A-I      intronic chr1:151598058(+) A-I      intronic chr1:151624940(+) A-I      intronic chr1:151614589(+) A-I      intronic chr1:151630268(+) A-I      intronic chr1:151596012(+) A-I      intronic chr1:151661401(+) A-I      intronic chr1:151595518(+) A-I      intronic chr1:151663652(+) A-I      intronic chr1:151660957(+) A-I      intronic chr1:151595801(+) A-I      intronic chr1:151598962(+) A-I      intronic chr1:151621901(+) A-I      intronic chr1:151639546(+) A-I      intronic chr1:151664561(+) A-I      intronic chr1:151599128(+) A-I      intronic chr1:151655334(+) A-I      intronic chr1:151598303(+) A-I      intronic chr1:151616410(+) A-I      intronic chr1:151602435(+) A-I      intronic chr1:151625014(+) A-I      intronic chr1:151625078(+) A-I      intronic chr1:151616195(+) A-I      intronic chr1:151616397(+) A-I      intronic chr1:151654979(+) A-I      intronic chr1:151590471(+) A-I      intronic chr1:151615936(+) A-I      intronic chr1:151596001(+) A-I      intronic chr1:151598485(+) A-I      intronic chr1:151599057(+) A-I      intronic chr1:151614590(+) A-I      intronic chr1:151625089(+) A-I      intronic chr1:151615968(+) A-I      intronic chr1:151660224(+) A-I      intronic chr1:151604226(+) A-I      intronic chr1:151595823(+) A-I      intronic chr1:151595523(+) A-I      intronic chr1:151629686(+) A-I      intronic chr1:151599026(+) A-I      intronic chr1:151664620(+) A-I      intronic chr1:151609079(+) A-I      intronic chr1:151654963(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SNX27	chr1:151605867(+) A-I intron -    21960545 chr1:151589859(+) A-G intron -    22484847 chr1:151589880(+) A-G intron -    22484847 chr1:151589881(+) A-G intron -    22484847 chr1:151590473(+) A-G intron -    22484847 chr1:151591543(+) A-G intron -    22484847 chr1:151591696(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595365(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595382(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595518(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595523(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595588(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595801(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595823(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595877(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595878(+) A-G intron -    22484847 chr1:151595925(+) A-G intron -    22484847 chr1:151596001(+) A-G intron -    22484847 chr1:151597862(+) A-G intron -    22484847 chr1:151598057(+) A-G intron -    22484847 chr1:151598058(+) A-G intron -    22484847 chr1:151599026(+) A-G intron -    22484847 chr1:151599031(+) A-G intron -    22484847 chr1:151599057(+) A-G intron -    22484847 chr1:151602129(+) A-G intron -    22484847 chr1:151602159(+) A-G intron -    22484847 chr1:151602160(+) A-G intron -    22484847 chr1:151602440(+) A-G intron -    22484847 chr1:151604226(+) A-G intron -    22484847 chr1:151604231(+) A-G intron -    22484847 chr1:151605867(+) A-G intron -    22484847 chr1:151612872(+) A-G intron -    22484847 chr1:151612907(+) A-G intron -    22484847 chr1:151613065(+) A-G intron -    22484847 chr1:151614589(+) A-G intron -    22484847 chr1:151614590(+) A-G intron -    22484847 chr1:151614765(+) A-G intron -    22484847 chr1:151614778(+) A-G intron -    22484847 chr1:151615257(+) A-G intron -    22484847 chr1:151615323(+) A-G intron -    22484847 chr1:151616193(+) A-G intron -    22484847 chr1:151616195(+) A-G intron -    22484847 chr1:151624940(+) A-G intron -    22484847 chr1:151625078(+) A-G intron -    22484847 chr1:151625089(+) A-G intron -    22484847 chr1:151625091(+) A-G intron -    22484847 chr1:151629686(+) A-G intron -    22484847 chr1:151630268(+) A-G intron -    22484847 chr1:151654867(+) A-G intron -    22484847 chr1:151654916(+) G-A intron -    22484847 chr1:151655302(+) A-G intron -    22484847 chr1:151655418(+) A-G intron -    22484847 chr1:151658051(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SNX27	chr1:151584972-151584973(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//22575960 chr1:151611365-151611366(+) m6A CDS       24209618 chr1:151611407-151611408(+) m6A 3'UTR//CDS       - chr1:151664978-151664979(+) Cm 3'UTR//CDS       - chr1:151666083-151666084(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr1:151666107-151666108(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr1:151666189-151666190(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr1:151666229-151666230(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr1:151666349-151666350(+) m6A 3'UTR//intron       - chr1:151666958-151666959(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:151667021-151667022(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:151667081-151667082(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:151667085-151667086(+) Cm 3'UTR       - chr1:151670533-151670534(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-223-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	SNX27	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-223-5p
Interactor2: SNX27

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.