Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065584

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-223-5p:  MIMAT0004570          CYBRD1:  NM_001256909     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-223-5p	CYBRD1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004570	79901
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CYB561A2//DCYTB//FRRS3

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-223-5p	rs1240009384 chrX:66018913    A/T rs1397275461 chrX:66018904    G/T rs1464475149 chrX:66018916    T/C rs761701581 chrX:66018906    C/G rs772305537 chrX:66018909    G/A rs774279244 chrX:66018895    C/T rs890919635 chrX:66018896    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CYBRD1	chr2:172389134(+) A-I      intronic chr2:172382698(+) A-I      intronic chr2:172394626(+) A-I      intronic chr2:172407523(+) A-I      ncRNA chr2:172394631(+) A-I      intronic chr2:172394634(+) A-I      intronic chr2:172394682(+) A-I      intronic chr2:172394685(+) A-I      intronic chr2:172396378(+) A-I      intronic chr2:172396384(+) A-I      intronic chr2:172396415(+) A-I      intronic chr2:172396426(+) A-I      intronic chr2:172389164(+) A-I      intronic chr2:172407644(+) A-I      ncRNA chr2:172392705(+) A-I      intronic chr2:172389798(+) A-I      intronic chr2:172382621(+) A-I      intronic chr2:172396438(+) A-I      intronic chr2:172396450(+) A-I      intronic chr2:172396475(+) A-I      intronic chr2:172396476(+) A-I      intronic chr2:172396488(+) A-I      intronic chr2:172398449(+) A-I      intronic chr2:172398516(+) A-I      intronic chr2:172398588(+) A-I      intronic chr2:172398626(+) A-I      intronic chr2:172398642(+) A-I      intronic chr2:172398902(+) A-I      intronic chr2:172399336(+) A-I      intronic chr2:172401371(+) A-I      intronic chr2:172401545(+) A-I      intronic chr2:172405601(+) A-I      intronic chr2:172405609(+) A-I      intronic chr2:172405617(+) A-I      intronic chr2:172407706(+) A-I      intronic chr2:172389716(+) A-I      intronic chr2:172389627(+) A-I      intronic chr2:172389613(+) A-I      intronic chr2:172389240(+) A-I      intronic chr2:172389200(+) A-I      intronic chr2:172389149(+) A-I      intronic chr2:172389120(+) A-I      intronic chr2:172388032(+) A-I      intronic chr2:172387649(+) A-I      intronic chr2:172384769(+) A-I      intronic chr2:172387647(+) A-I      intronic chr2:172395823(+) A-I      intronic chr2:172395883(+) A-I      intronic chr2:172390476(+) A-I      intronic chr2:172396319(+) A-I      intronic chr2:172396332(+) A-I      intronic chr2:172396373(+) A-I      intronic chr2:172381600(+) A-I      intronic chr2:172387636(+) A-I      intronic chr2:172385966(+) A-I      intronic chr2:172385871(+) A-I      intronic chr2:172385787(+) A-I      intronic chr2:172381574(+) A-I      intronic chr2:172381597(+) A-I      intronic chr2:172389756(+) A-I      intronic chr2:172382353(+) A-I      intronic chr2:172382359(+) A-I      intronic chr2:172382387(+) A-I      intronic chr2:172382567(+) A-I      intronic chr2:172382581(+) A-I      intronic chr2:172382615(+) A-I      intronic chr2:172382618(+) A-I      intronic chr2:172382718(+) A-I      intronic chr2:172382737(+) A-I      intronic chr2:172382742(+) A-I      intronic chr2:172384696(+) A-I      intronic chr2:172384761(+) A-I      intronic chr2:172384762(+) A-I      intronic chr2:172389783(+) A-I      intronic chr2:172391476(+) A-I      intronic chr2:172391483(+) A-I      intronic chr2:172391486(+) A-I      intronic chr2:172391500(+) A-I      intronic chr2:172391501(+) A-I      intronic chr2:172392996(+) A-I      intronic chr2:172389766(+) A-I      intronic chr2:172393013(+) A-I      intronic chr2:172393036(+) A-I      intronic chr2:172394679(+) A-I      intronic chr2:172394694(+) A-I      intronic chr2:172394730(+) A-I      intronic chr2:172395327(+) A-I      intronic chr2:172395412(+) A-I      intronic chr2:172395433(+) A-I      intronic chr2:172395434(+) A-I      intronic chr2:172395508(+) A-I      intronic chr2:172395517(+) A-I      intronic chr2:172395832(+) A-I      intronic chr2:172394515(+) A-I      intronic chr2:172389644(+) A-I      intronic chr2:172389718(+) A-I      intronic chr2:172381587(+) A-I      intronic chr2:172394698(+) A-I      intronic chr2:172392718(+) A-I      intronic chr2:172392360(+) A-I      intronic chr2:172390401(+) A-I      intronic chr2:172395738(+) A-I      intronic chr2:172395388(+) A-I      intronic chr2:172394640(+) A-I      intronic chr2:172398910(+) A-I      intronic chr2:172389603(+) A-I      intronic chr2:172395387(+) A-I      intronic chr2:172394577(+) A-I      intronic chr2:172390451(+) A-I      intronic chr2:172405381(+) A-I      intronic chr2:172389715(+) A-I      intronic chr2:172394675(+) A-I      intronic chr2:172394608(+) A-I      intronic chr2:172391414(+) A-I      intronic chr2:172405711(+) A-I      intronic chr2:172392977(+) A-I      intronic chr2:172401377(+) A-I      intronic chr2:172399311(+) A-I      intronic chr2:172394662(+) A-I      intronic chr2:172395847(+) A-I      intronic chr2:172394531(+) A-I      intronic chr2:172395792(+) A-I      intronic chr2:172391424(+) A-I      intronic chr2:172381577(+) A-I      intronic chr2:172390356(+) A-I      intronic chr2:172405625(+) A-I      intronic chr2:172387650(+) A-I      intronic chr2:172389721(+) A-I      intronic chr2:172381466(+) A-I      intronic chr2:172405613(+) A-I      intronic chr2:172401568(+) A-I      intronic chr2:172389797(+) A-I      intronic chr2:172387586(+) A-I      intronic chr2:172394658(+) A-I      intronic chr2:172398501(+) A-I      intronic chr2:172388058(+) A-I      intronic chr2:172405382(+) A-I      intronic chr2:172392266(+) A-I      intronic chr2:172394625(+) A-I      intronic chr2:172399244(+) A-I      intronic chr2:172389299(+) A-I      intronic chr2:172387576(+) A-I      intronic chr2:172389743(+) A-I      intronic chr2:172397373(+) A-I      intronic chr2:172395808(+) A-I      intronic chr2:172396365(+) A-I      intronic chr2:172395437(+) A-I      intronic chr2:172395474(+) A-I      intronic chr2:172405390(+) A-I      intronic chr2:172405791(+) A-I      intronic chr2:172381628(+) A-I      intronic chr2:172401542(+) A-I      intronic chr2:172395834(+) A-I      intronic chr2:172390399(+) A-I      intronic chr2:172397390(+) A-I      intronic chr2:172381657(+) A-I      intronic chr2:172395551(+) A-I      intronic chr2:172384778(+) A-I      intronic chr2:172395873(+) A-I      intronic chr2:172392942(+) A-I      intronic chr2:172388081(+) A-I      intronic chr2:172382612(+) A-I      intronic chr2:172392729(+) A-I      intronic chr2:172389730(+) A-I      intronic chr2:172395909(+) A-I      intronic chr2:172405365(+) A-I      intronic chr2:172389859(+) A-I      intronic chr2:172389621(+) A-I      intronic chr2:172389667(+) A-I      intronic chr2:172395887(+) A-I      intronic chr2:172395845(+) A-I      intronic chr2:172406790(+) A-I      intronic chr2:172405376(+) A-I      intronic chr2:172381683(+) A-I      intronic chr2:172399346(+) A-I      intronic chr2:172392427(+) A-I      intronic chr2:172390306(+) A-I      intronic chr2:172395505(+) A-I      intronic chr2:172392393(+) A-I      intronic chr2:172382386(+) A-I      intronic chr2:172394509(+) A-I      intronic chr2:172390389(+) A-I      intronic chr2:172395488(+) A-I      intronic chr2:172381722(+) A-I      intronic chr2:172398945(+) A-I      intronic chr2:172390418(+) A-I      intronic chr2:172381740(+) A-I      intronic chr2:172398520(+) A-I      intronic chr2:172394702(+) A-I      intronic chr2:172395408(+) A-I      intronic chr2:172395331(+) A-I      intronic chr2:172387981(+) A-I      intronic chr2:172394610(+) A-I      intronic chr2:172396430(+) A-I      intronic chr2:172390354(+) A-I      intronic chr2:172394609(+) A-I      intronic chr2:172389231(+) A-I      intronic chr2:172390490(+) A-I      intronic chr2:172395784(+) A-I      intronic chr2:172395919(+) A-I      intronic chr2:172395739(+) A-I      intronic chr2:172382630(+) A-I      intronic chr2:172394572(+) A-I      intronic chr2:172381473(+) A-I      intronic chr2:172396515(+) A-I      intronic chr2:172395473(+) A-I      intronic chr2:172389693(+) A-I      intronic chr2:172389081(+) A-I      intronic chr2:172389757(+) A-I      intronic chr2:172384869(+) A-I      intronic chr2:172384713(+) A-I      intronic chr2:172389295(+) A-I      intronic chr2:172389706(+) A-I      intronic chr2:172390397(+) A-I      intronic chr2:172392226(+) A-I      intronic chr2:172382513(+) A-I      intronic chr2:172382522(+) A-I      intronic chr2:172381613(+) A-I      intronic chr2:172389133(+) A-I      intronic chr2:172381541(+) A-I      intronic chr2:172392388(+) A-I      intronic chr2:172398978(+) A-I      intronic chr2:172389054(+) A-I      intronic chr2:172394585(+) A-I      intronic chr2:172381603(+) A-I      intronic chr2:172395835(+) A-I      intronic chr2:172389860(+) A-I      intronic chr2:172394564(+) A-I      intronic chr2:172390380(+) A-I      intronic chr2:172385894(+) A-I      intronic chr2:172381527(+) A-I      intronic chr2:172389652(+) A-I      intronic chr2:172389236(+) A-I      intronic chr2:172381547(+) A-I      intronic chr2:172388044(+) A-I      intronic chr2:172405420(+) A-I      intronic chr2:172394628(+) A-I      intronic chr2:172406837(+) A-I      intronic chr2:172388001(+) A-I      intronic chr2:172396339(+) A-I      intronic chr2:172390413(+) A-I      intronic chr2:172399335(+) A-I      intronic chr2:172382377(+) A-I      intronic chr2:172406645(+) A-I      intronic chr2:172382346(+) A-I      intronic chr2:172395491(+) A-I      intronic chr2:172392340(+) A-I      intronic chr2:172407596(+) A-I      ncRNA chr2:172407498(+) A-I      ncRNA

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CYBRD1	chr2:172382346(+) A-I intron -    22327324 chr2:172390354(+) A-I intron -    22327324 chr2:172395919(+) A-I intron -    22327324 chr2:172399244(+) A-I intron -    22327324 chr2:172394497(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381466(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381467(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381469(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381473(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381511(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381512(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381522(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381527(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381528(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381541(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381547(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381548(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381577(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381587(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381603(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381613(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381628(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381657(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381683(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381722(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381740(+) A-G intron -    22484847 chr2:172382346(+) A-G intron -    22484847 chr2:172382612(+) A-G intron -    22484847 chr2:172382630(+) A-G intron -    22484847 chr2:172382697(+) A-G intron -    22484847 chr2:172382727(+) A-G intron -    22484847 chr2:172384695(+) A-G intron -    22484847 chr2:172384713(+) A-G intron -    22484847 chr2:172384778(+) A-G intron -    22484847 chr2:172384869(+) A-G intron -    22484847 chr2:172385961(+) A-G intron -    22484847 chr2:172387576(+) A-G intron -    22484847 chr2:172387586(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389054(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389055(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389090(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389231(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389236(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389299(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389603(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389621(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389643(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389644(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389652(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389667(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389693(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389706(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389715(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389717(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389718(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389719(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389743(+) A-G intron -    22484847 chr2:172389757(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390306(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390356(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390399(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390401(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390405(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390418(+) A-G intron -    22484847 chr2:172390478(+) A-G intron -    22484847 chr2:172391414(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392266(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392360(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392388(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392393(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392718(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392749(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392838(+) A-G intron -    22484847 chr2:172392955(+) A-G intron -    22484847 chr2:172393159(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394515(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394525(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394531(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394532(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394553(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394567(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394572(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394577(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394585(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394608(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394609(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394625(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394628(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394640(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394662(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394666(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394698(+) A-G intron -    22484847 chr2:172394702(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395331(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395387(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395402(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395407(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395408(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395437(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395491(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395530(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395784(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395792(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395808(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395813(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395833(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395834(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395835(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395873(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395887(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395909(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395919(+) A-G intron -    22484847 chr2:172395957(+) A-G intron -    22484847 chr2:172396339(+) A-G intron -    22484847 chr2:172396365(+) A-G intron -    22484847 chr2:172397373(+) A-G intron -    22484847 chr2:172397390(+) A-G intron -    22484847 chr2:172398514(+) A-G intron -    22484847 chr2:172398520(+) A-G intron -    22484847 chr2:172398910(+) A-G intron -    22484847 chr2:172399244(+) A-G intron -    22484847 chr2:172405376(+) A-G intron -    22484847 chr2:172405382(+) A-G intron -    22484847 chr2:172405782(+) A-G intron -    22484847 chr2:172405803(+) A-G intron -    22484847 chr2:172381202(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CYBRD1	chr2:172378945-172378946(+) m6A 5'UTR//exon//intron       25456834//24981863 chr2:172411201-172411202(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//26404942 chr2:172411248-172411249(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//25456834//24981863//26404942 chr2:172411269-172411270(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//25456834//24981863//26404942//22608085 chr2:172411296-172411297(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:172411377-172411378(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863 chr2:172411499-172411500(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:172413102-172413103(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:172413137-172413138(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:172413149-172413150(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:172413383-172413384(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:172414065-172414066(+) m6A 3'UTR       24284625 chr2:172414131-172414132(+) m6A 3'UTR       24284625 chr2:172414143-172414144(+) m6A 3'UTR       24284625 chr2:172414219-172414220(+) m6A 3'UTR       24284625

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-223-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	CYBRD1	Chromatin K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-223-5p
Interactor2: CYBRD1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.