Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065568

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-223-5p:  MIMAT0004570          CCAR1:  NR_104262     

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Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-223-5p	CCAR1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004570	55749
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
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RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
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RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CCAR1	chr10:70481028-70481029(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr10:70482227-70482228(+) m6A 5'UTR//CDS//intron       - chr10:70482278-70482279(+) m6A CDS//intron       - chr10:70488329-70488330(+) Gm intron       - chr10:70496694-70496695(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863//27773535 chr10:70496727-70496728(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863//27773535 chr10:70496737-70496738(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863//27773535 chr10:70496754-70496755(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863//27773535 chr10:70500403-70500404(+) m6A 5'UTR//CDS//intron       24981863//27773535 chr10:70507017-70507018(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70507142-70507143(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70507160-70507161(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70507196-70507197(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70507214-70507215(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//26404942//27773535 chr10:70507283-70507284(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//26404942//27773535 chr10:70514987-70514988(+) Cm exon//intron       - chr10:70517112-70517113(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70517125-70517126(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr10:70520846-70520847(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70520864-70520865(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70520876-70520877(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70525715-70525716(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70525798-70525799(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       27773535 chr10:70525823-70525824(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       27773535 chr10:70530979-70530980(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       27773535//22608085 chr10:70531056-70531057(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863//27773535//22608085 chr10:70531127-70531128(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70531135-70531136(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70531141-70531142(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70532786-70532787(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535//22575960//22608085 chr10:70532793-70532794(+) m1A 3'UTR//CDS       26863196 chr10:70532835-70532836(+) m1A 3'UTR//CDS//exon       26863196 chr10:70532850-70532851(+) m1A 3'UTR//CDS//exon       26863196 chr10:70546314-70546315(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70547744-70547745(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535 chr10:70547765-70547766(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535 chr10:70547902-70547903(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535 chr10:70548053-70548054(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr10:70548081-70548082(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr10:70549480-70549481(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549524-70549525(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549544-70549545(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549565-70549566(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549583-70549584(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549604-70549605(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549618-70549619(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70549628-70549629(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr10:70550982-70550983(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-223-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	CCAR1	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-223-5p
Interactor2: CCAR1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	CDS
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.