Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065562

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-223-5p:  MIMAT0004570          RBM27:  NM_018989     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-223-5p	RBM27
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004570	54439
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ARRS1//Psc1//ZC3H18//ZC3H20

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-223-5p	rs1240009384 chrX:66018913    A/T rs1397275461 chrX:66018904    G/T rs1464475149 chrX:66018916    T/C rs761701581 chrX:66018906    C/G rs772305537 chrX:66018909    G/A rs774279244 chrX:66018895    C/T rs890919635 chrX:66018896    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RBM27	chr5:145617907(+) A-I      intronic chr5:145617896(+) A-I      intronic chr5:145617892(+) A-I      intronic chr5:145617886(+) A-I      intronic chr5:145617825(+) A-I      intronic chr5:145617817(+) A-I      intronic chr5:145617434(+) A-I      intronic chr5:145615492(+) A-I      intronic chr5:145615488(+) A-I      intronic chr5:145615380(+) A-I      intronic chr5:145615305(+) A-I      intronic chr5:145615107(+) A-I      intronic chr5:145614957(+) A-I      intronic chr5:145614935(+) A-I      intronic chr5:145614923(+) A-I      intronic chr5:145614863(+) A-I      intronic chr5:145614847(+) A-I      intronic chr5:145591745(+) A-I      intronic chr5:145591719(+) A-I      intronic chr5:145591683(+) A-I      intronic chr5:145591125(+) A-I      intronic chr5:145591122(+) A-I      intronic chr5:145590792(+) A-I      intronic chr5:145590716(+) A-I      intronic chr5:145587711(+) A-I      intronic chr5:145586285(+) A-I      intronic chr5:145586264(+) A-I      intronic chr5:145586244(+) A-I      intronic chr5:145674963(+) A-I      intronic chr5:145616397(+) A-I      intronic chr5:145643888(+) A-I      intronic chr5:145653965(+) A-I      intronic chr5:145628999(+) A-I      intronic chr5:145659195(+) A-I      intronic chr5:145659194(+) A-I      intronic chr5:145652217(+) A-I      intronic chr5:145652205(+) A-I      intronic chr5:145652182(+) A-I      intronic chr5:145652165(+) A-I      intronic chr5:145643881(+) A-I      intronic chr5:145643847(+) A-I      intronic chr5:145643810(+) A-I      intronic chr5:145643555(+) A-I      intronic chr5:145643412(+) A-I      intronic chr5:145643406(+) A-I      intronic chr5:145639660(+) A-I      intronic chr5:145639089(+) A-I      intronic chr5:145639088(+) A-I      intronic chr5:145639087(+) A-I      intronic chr5:145638952(+) A-I      intronic chr5:145638869(+) A-I      intronic chr5:145629925(+) A-I      intronic chr5:145629910(+) A-I      intronic chr5:145629893(+) A-I      intronic chr5:145629883(+) A-I      intronic chr5:145629865(+) A-I      intronic chr5:145629130(+) A-I      intronic chr5:145629096(+) A-I      intronic chr5:145616384(+) A-I      intronic chr5:145616396(+) A-I      intronic chr5:145629063(+) A-I      intronic chr5:145674998(+) A-I      intronic chr5:145674973(+) A-I      intronic chr5:145674968(+) A-I      intronic chr5:145663025(+) A-I      intronic chr5:145629053(+) A-I      intronic chr5:145628684(+) A-I      intronic chr5:145628674(+) A-I      intronic chr5:145628272(+) A-I      intronic chr5:145628158(+) A-I      intronic chr5:145628042(+) A-I      intronic chr5:145626167(+) A-I      intronic chr5:145623802(+) A-I      intronic chr5:145623782(+) A-I      intronic chr5:145622749(+) A-I      intronic chr5:145622669(+) A-I      intronic chr5:145622619(+) A-I      intronic chr5:145622600(+) A-I      intronic chr5:145622574(+) A-I      intronic chr5:145622573(+) A-I      intronic chr5:145622382(+) A-I      intronic chr5:145622370(+) A-I      intronic chr5:145622212(+) A-I      intronic chr5:145622176(+) A-I      intronic chr5:145621766(+) A-I      intronic chr5:145621242(+) A-I      intronic chr5:145621076(+) A-I      intronic chr5:145620047(+) A-I      intronic chr5:145620015(+) A-I      intronic chr5:145619994(+) A-I      intronic chr5:145619990(+) A-I      intronic chr5:145619989(+) A-I      intronic chr5:145703622(+) A-I      intronic chr5:145628610(+) A-I      intronic chr5:145628625(+) A-I      intronic chr5:145628686(+) A-I      intronic chr5:145628711(+) A-I      intronic chr5:145639755(+) A-I      intronic chr5:145639759(+) A-I      intronic chr5:145639774(+) A-I      intronic chr5:145639777(+) A-I      intronic chr5:145663045(+) A-I      intronic chr5:145696896(+) A-I      intronic chr5:145676406(+) A-I      intronic chr5:145619959(+) A-I      intronic chr5:145663015(+) A-I      intronic chr5:145663003(+) A-I      intronic chr5:145662985(+) A-I      intronic chr5:145661837(+) A-I      intronic chr5:145660621(+) A-I      intronic chr5:145660582(+) A-I      intronic chr5:145660570(+) A-I      intronic chr5:145660521(+) A-I      intronic chr5:145659892(+) A-I      intronic chr5:145659841(+) A-I      intronic chr5:145659818(+) A-I      intronic chr5:145659702(+) A-I      intronic chr5:145659686(+) A-I      intronic chr5:145643585(+) A-I      intronic chr5:145674819(+) A-I      intronic chr5:145585461(+) A-I      intronic chr5:145638461(+) A-I      intronic chr5:145592342(+) A-I      intronic chr5:145643626(+) A-I      intronic chr5:145615363(+) A-I      intronic chr5:145628735(+) A-I      intronic chr5:145591184(+) A-I      intronic chr5:145661734(+) A-I      intronic chr5:145659228(+) A-I      intronic chr5:145623858(+) A-I      intronic chr5:145622595(+) A-I      intronic chr5:145659696(+) A-I      intronic chr5:145628163(+) A-I      intronic chr5:145619274(+) A-I      intronic chr5:145639715(+) A-I      intronic chr5:145659801(+) A-I      intronic chr5:145628168(+) A-I      intronic chr5:145615274(+) A-I      intronic chr5:145613701(+) A-I      intronic chr5:145621605(+) A-I      intronic chr5:145617924(+) A-I      intronic chr5:145590763(+) A-I      intronic chr5:145639024(+) A-I      intronic chr5:145586942(+) A-I      intronic chr5:145646308(+) A-I      intronic chr5:145629170(+) A-I      intronic chr5:145629087(+) A-I      intronic chr5:145661816(+) A-I      intronic chr5:145614959(+) A-I      intronic chr5:145608267(+) A-I      intronic chr5:145586273(+) A-I      intronic chr5:145661653(+) A-I      intronic chr5:145628129(+) A-I      intronic chr5:145628599(+) A-I      intronic chr5:145629048(+) A-I      intronic chr5:145628780(+) A-I      intronic chr5:145629050(+) A-I      intronic chr5:145622628(+) A-I      intronic chr5:145587383(+) A-I      intronic chr5:145659113(+) A-I      intronic chr5:145622226(+) A-I      intronic chr5:145674877(+) A-I      intronic chr5:145601154(+) A-I      intronic chr5:145652138(+) A-I      intronic chr5:145643610(+) A-I      intronic chr5:145658850(+) A-I      intronic chr5:145628195(+) A-I      intronic chr5:145638821(+) A-I      intronic chr5:145658758(+) A-I      intronic chr5:145659170(+) A-I      intronic chr5:145623824(+) A-I      intronic chr5:145629100(+) A-I      intronic chr5:145622682(+) A-I      intronic chr5:145656436(+) A-I      intronic chr5:145616643(+) A-I      intronic chr5:145629205(+) A-I      intronic chr5:145629142(+) A-I      intronic chr5:145615438(+) A-I      intronic chr5:145621243(+) A-I      intronic chr5:145659872(+) A-I      intronic chr5:145638391(+) A-I      intronic chr5:145615390(+) A-I      intronic chr5:145659782(+) A-I      intronic chr5:145586328(+) A-I      intronic chr5:145615392(+) A-I      intronic chr5:145639701(+) A-I      intronic chr5:145620029(+) A-I      intronic chr5:145586223(+) A-I      intronic chr5:145614335(+) A-I      intronic chr5:145643482(+) A-I      intronic chr5:145659321(+) A-I      intronic chr5:145606011(+) A-I      intronic chr5:145652109(+) A-I      intronic chr5:145628768(+) A-I      intronic chr5:145586158(+) A-I      intronic chr5:145659786(+) A-I      intronic chr5:145622296(+) A-I      intronic chr5:145585432(+) A-I      intronic chr5:145675834(+) A-I      intronic chr5:145617950(+) A-I      intronic chr5:145605652(+) A-I      intronic chr5:145590732(+) A-I      intronic chr5:145624454(+) A-I      intronic chr5:145659093(+) A-I      intronic chr5:145586309(+) A-I      intronic chr5:145617274(+) A-I      intronic chr5:145591211(+) A-I      intronic chr5:145658840(+) A-I      intronic chr5:145670549(+) A-I      intronic chr5:145662853(+) A-I      intronic chr5:145619145(+) A-I      intronic chr5:145626119(+) A-I      intronic chr5:145614956(+) A-I      intronic chr5:145654951(+) A-I      intronic chr5:145628645(+) A-I      intronic chr5:145629029(+) A-I      intronic chr5:145659804(+) A-I      intronic chr5:145646377(+) A-I      intronic chr5:145608243(+) A-I      intronic chr5:145613707(+) A-I      intronic chr5:145628194(+) A-I      intronic chr5:145628784(+) A-I      intronic chr5:145619921(+) A-I      intronic chr5:145622286(+) A-I      intronic chr5:145674886(+) A-I      intronic chr5:145620019(+) A-I      intronic chr5:145591174(+) A-I      intronic chr5:145591819(+) A-I      intronic chr5:145629779(+) A-I      intronic chr5:145646436(+) A-I      intronic chr5:145623865(+) A-I      intronic chr5:145606071(+) A-I      intronic chr5:145662997(+) A-I      intronic chr5:145630371(+) A-I      intronic chr5:145628985(+) A-I      intronic chr5:145628678(+) A-I      intronic chr5:145629135(+) A-I      intronic chr5:145604035(+) A-I      intronic chr5:145628644(+) A-I      intronic chr5:145597478(+) A-I      intronic chr5:145586916(+) A-I      intronic chr5:145654946(+) A-I      intronic chr5:145629039(+) A-I      intronic chr5:145652026(+) A-I      intronic chr5:145675593(+) A-I      intronic chr5:145617956(+) A-I      intronic chr5:145614432(+) A-I      intronic chr5:145617380(+) A-I      intronic chr5:145585512(+) A-I      intronic chr5:145658348(+) A-I      intronic chr5:145614943(+) A-I      intronic chr5:145617914(+) A-I      intronic chr5:145630440(+) A-I      intronic chr5:145586385(+) A-I      intronic chr5:145638963(+) A-I      intronic chr5:145658949(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RBM27	chr5:145626119(+) A-I intron -    21960545 chr5:145585452(+) C-T intron -    22484847 chr5:145586158(+) A-G intron -    22484847 chr5:145586223(+) A-G intron -    22484847 chr5:145586273(+) A-G intron -    22484847 chr5:145586309(+) A-G intron -    22484847 chr5:145586328(+) A-G intron -    22484847 chr5:145586812(+) A-G intron -    22484847 chr5:145590763(+) A-G intron -    22484847 chr5:145591819(+) A-G intron -    22484847 chr5:145591860(+) A-G intron -    22484847 chr5:145592024(+) A-G intron -    22484847 chr5:145592114(+) A-G intron -    22484847 chr5:145592342(+) A-G intron -    22484847 chr5:145599786(+) A-G intron -    22484847 chr5:145599930(+) C-T intron -    22484847 chr5:145601120(+) T-C intron -    22484847 chr5:145601154(+) A-G intron -    22484847 chr5:145605317(+) T-C intron -    22484847 chr5:145606071(+) A-G intron -    22484847 chr5:145606124(+) A-G intron -    22484847 chr5:145614335(+) A-G intron -    22484847 chr5:145614943(+) A-G intron -    22484847 chr5:145614956(+) A-G intron -    22484847 chr5:145614959(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615106(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615274(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615363(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615390(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615392(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615438(+) A-G intron -    22484847 chr5:145615489(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617274(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617320(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617847(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617857(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617910(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617914(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617950(+) A-G intron -    22484847 chr5:145617956(+) A-G intron -    22484847 chr5:145619921(+) A-G intron -    22484847 chr5:145620019(+) A-G intron -    22484847 chr5:145620029(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622226(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622286(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622296(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622435(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622595(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622651(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622682(+) A-G intron -    22484847 chr5:145622761(+) A-G intron -    22484847 chr5:145623858(+) A-G intron -    22484847 chr5:145623865(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628163(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628168(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628194(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628203(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628264(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628585(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628599(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628645(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628678(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628710(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628735(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628751(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628780(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628781(+) A-G intron -    22484847 chr5:145628784(+) A-G intron -    22484847 chr5:145629029(+) A-G intron -    22484847 chr5:145629062(+) A-G intron -    22484847 chr5:145629100(+) A-G intron -    22484847 chr5:145629135(+) A-G intron -    22484847 chr5:145629779(+) A-G intron -    22484847 chr5:145636170(+) G-A intron -    22484847 chr5:145638821(+) A-G intron -    22484847 chr5:145650963(+) C-A intron -    22484847 chr5:145652109(+) A-G intron -    22484847 chr5:145652206(+) A-G intron -    22484847 chr5:145654946(+) A-G intron -    22484847 chr5:145654951(+) A-G intron -    22484847 chr5:145658840(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659093(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659228(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659696(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659766(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659782(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659786(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659801(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659804(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659821(+) A-G intron -    22484847 chr5:145659872(+) A-G intron -    22484847 chr5:145660495(+) A-G intron -    22484847 chr5:145661653(+) A-G intron -    22484847 chr5:145661686(+) A-G intron -    22484847 chr5:145661752(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RBM27	chr5:145583276-145583277(+) m6A 5'UTR       24284625//24981863 chr5:145583295-145583296(+) m1A 5'UTR       26863196//26863410 chr5:145603013-145603014(+) m6A CDS       24981863 chr5:145603032-145603033(+) m6A CDS       24981863 chr5:145603053-145603054(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr5:145608574-145608575(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145609317-145609318(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535//22608085 chr5:145609449-145609450(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535 chr5:145613247-145613248(+) m6A CDS       - chr5:145613265-145613266(+) m6A CDS       - chr5:145616890-145616891(+) m6A CDS       - chr5:145616910-145616911(+) m6A CDS       - chr5:145638141-145638142(+) m6A CDS       24981863 chr5:145640331-145640332(+) m6A CDS       24981863 chr5:145640363-145640364(+) m6A CDS       24981863 chr5:145647257-145647258(+) m6A CDS       24981863 chr5:145647265-145647266(+) m6A CDS       24981863 chr5:145647327-145647328(+) m6A CDS       24981863//27773535 chr5:145648807-145648808(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145649007-145649008(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145649013-145649014(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145649020-145649021(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145649048-145649049(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:145649099-145649100(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr5:145649135-145649136(+) m6A CDS       24981863 chr5:145651084-145651085(+) m6A CDS       22575960 chr5:145664191-145664192(+) m6A CDS       24981863 chr5:145664212-145664213(+) m6A CDS       24981863 chr5:145664268-145664269(+) m6A CDS       24981863 chr5:145665721-145665722(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:145665741-145665742(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr5:145666933-145666934(+) Tm 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-223-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	RBM27	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-223-5p
Interactor2: RBM27

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.