Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00696493

  Virus:  

Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.8589

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hiv1-miR-TAR-5p:  MIMAT0006016          HDAC1:  NM_004964     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hiv1-miR-TAR-5p	HDAC1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0006016	3065
Organism	Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	GON-10//HD1//KDAC1//RPD3//RPD3L1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	HDAC1	chr1:32788057(+) A-I      intronic chr1:32770219(+) A-I      intronic chr1:32768811(+) A-I      intronic chr1:32784492(+) A-I      intronic chr1:32784513(+) A-I      intronic chr1:32784652(+) A-I      intronic chr1:32785394(+) A-I      intronic chr1:32786223(+) A-I      intronic chr1:32786227(+) A-I      intronic chr1:32786272(+) A-I      intronic chr1:32786341(+) A-I      intronic chr1:32786372(+) A-I      intronic chr1:32786380(+) A-I      intronic chr1:32786386(+) A-I      intronic chr1:32786397(+) A-I      intronic chr1:32786450(+) A-I      intronic chr1:32786488(+) A-I      intronic chr1:32786649(+) A-I      intronic chr1:32786660(+) A-I      intronic chr1:32786711(+) A-I      intronic chr1:32786717(+) A-I      intronic chr1:32786721(+) A-I      intronic chr1:32786819(+) A-I      intronic chr1:32787941(+) A-I      intronic chr1:32787942(+) A-I      intronic chr1:32776358(+) A-I      intronic chr1:32787977(+) A-I      intronic chr1:32788019(+) A-I      intronic chr1:32788053(+) A-I      intronic chr1:32788084(+) A-I      intronic chr1:32788105(+) A-I      intronic chr1:32788132(+) A-I      intronic chr1:32788630(+) A-I      intronic chr1:32788716(+) A-I      intronic chr1:32788865(+) A-I      intronic chr1:32789027(+) A-I      intronic chr1:32789073(+) A-I      intronic chr1:32789078(+) A-I      intronic chr1:32789164(+) A-I      intronic chr1:32789208(+) A-I      intronic chr1:32789220(+) A-I      intronic chr1:32789221(+) A-I      intronic chr1:32791388(+) A-I      intronic chr1:32791472(+) A-I      intronic chr1:32791481(+) A-I      intronic chr1:32791549(+) A-I      intronic chr1:32791610(+) A-I      intronic chr1:32791940(+) A-I      intronic chr1:32791947(+) A-I      intronic chr1:32791951(+) A-I      intronic chr1:32791963(+) A-I      intronic chr1:32773773(+) A-I      intronic chr1:32772739(+) A-I      intronic chr1:32788791(+) A-I      intronic chr1:32771384(+) A-I      intronic chr1:32771286(+) A-I      intronic chr1:32770560(+) A-I      intronic chr1:32768544(+) A-I      intronic chr1:32767482(+) A-I      intronic chr1:32766134(+) A-I      intronic chr1:32765974(+) A-I      intronic chr1:32759250(+) A-I      intronic chr1:32759383(+) A-I      intronic chr1:32759452(+) A-I      intronic chr1:32759999(+) A-I      intronic chr1:32760297(+) A-I      intronic chr1:32762200(+) A-I      intronic chr1:32762209(+) A-I      intronic chr1:32762214(+) A-I      intronic chr1:32762232(+) A-I      intronic chr1:32762909(+) A-I      intronic chr1:32763521(+) A-I      intronic chr1:32763819(+) A-I      intronic chr1:32764398(+) A-I      intronic chr1:32764438(+) A-I      intronic chr1:32764439(+) A-I      intronic chr1:32764440(+) A-I      intronic chr1:32764928(+) A-I      intronic chr1:32776883(+) A-I      intronic chr1:32776954(+) A-I      intronic chr1:32777018(+) A-I      intronic chr1:32777993(+) A-I      intronic chr1:32778030(+) A-I      intronic chr1:32778134(+) A-I      intronic chr1:32778766(+) A-I      intronic chr1:32778795(+) A-I      intronic chr1:32778943(+) A-I      intronic chr1:32778970(+) A-I      intronic chr1:32779923(+) A-I      intronic chr1:32780046(+) A-I      intronic chr1:32780181(+) A-I      intronic chr1:32780239(+) A-I      intronic chr1:32780242(+) A-I      intronic chr1:32780265(+) A-I      intronic chr1:32780312(+) A-I      intronic chr1:32780377(+) A-I      intronic chr1:32780984(+) A-I      intronic chr1:32781017(+) A-I      intronic chr1:32781023(+) A-I      intronic chr1:32781071(+) A-I      intronic chr1:32781095(+) A-I      intronic chr1:32781144(+) A-I      intronic chr1:32781176(+) A-I      intronic chr1:32772613(+) A-I      intronic chr1:32786655(+) A-I      intronic chr1:32787897(+) A-I      intronic chr1:32776882(+) A-I      intronic chr1:32772158(+) A-I      intronic chr1:32772113(+) A-I      intronic chr1:32771420(+) A-I      intronic chr1:32776859(+) A-I      intronic chr1:32776805(+) A-I      intronic chr1:32776331(+) A-I      intronic chr1:32775413(+) A-I      intronic chr1:32775181(+) A-I      intronic chr1:32773841(+) A-I      intronic chr1:32773840(+) A-I      intronic chr1:32773826(+) A-I      intronic chr1:32781182(+) A-I      intronic chr1:32783579(+) A-I      intronic chr1:32772725(+) A-I      intronic chr1:32783583(+) A-I      intronic chr1:32783687(+) A-I      intronic chr1:32783690(+) A-I      intronic chr1:32783740(+) A-I      intronic chr1:32783772(+) A-I      intronic chr1:32783791(+) A-I      intronic chr1:32784049(+) A-I      intronic chr1:32784076(+) A-I      intronic chr1:32784092(+) A-I      intronic chr1:32778031(+) A-I      intronic chr1:32770590(+) A-I      intronic chr1:32759491(+) A-I      intronic chr1:32783660(+) A-I      intronic chr1:32791949(+) A-I      intronic chr1:32786291(+) A-I      intronic chr1:32770496(+) A-I      intronic chr1:32762107(+) A-I      intronic chr1:32785642(+) A-I      intronic chr1:32777632(+) A-I      intronic chr1:32791785(+) A-I      intronic chr1:32783661(+) A-I      intronic chr1:32772161(+) A-I      intronic chr1:32788740(+) A-I      intronic chr1:32784105(+) A-I      intronic chr1:32783617(+) A-I      intronic chr1:32789002(+) A-I      intronic chr1:32789676(+) A-I      intronic chr1:32768545(+) A-I      intronic chr1:32775168(+) A-I      intronic chr1:32759930(+) A-I      intronic chr1:32788775(+) A-I      intronic chr1:32788726(+) A-I      intronic chr1:32768675(+) A-I      intronic chr1:32774514(+) A-I      intronic chr1:32789015(+) A-I      intronic chr1:32779854(+) A-I      intronic chr1:32776059(+) A-I      intronic chr1:32788857(+) A-I      intronic chr1:32788782(+) A-I      intronic chr1:32774674(+) A-I      intronic chr1:32770427(+) A-I      intronic chr1:32784053(+) A-I      intronic chr1:32762941(+) A-I      intronic chr1:32778540(+) A-I      intronic chr1:32788823(+) A-I      intronic chr1:32783837(+) A-I      intronic chr1:32784017(+) A-I      intronic chr1:32791508(+) A-I      intronic chr1:32789725(+) A-I      intronic chr1:32789728(+) A-I      intronic chr1:32779977(+) A-I      intronic chr1:32784084(+) A-I      intronic chr1:32776330(+) A-I      intronic chr1:32783638(+) A-I      intronic chr1:32787929(+) A-I      intronic chr1:32783980(+) A-I      intronic chr1:32788887(+) A-I      intronic chr1:32759140(+) A-I      intronic chr1:32766830(+) A-I      intronic chr1:32785776(+) A-I      intronic chr1:32764452(+) A-I      intronic chr1:32774687(+) A-I      intronic chr1:32760233(+) A-I      intronic chr1:32791946(+) A-I      intronic chr1:32778142(+) A-I      intronic chr1:32770533(+) A-I      intronic chr1:32761397(+) A-I      intronic chr1:32772719(+) A-I      intronic chr1:32767237(+) A-I      intronic chr1:32768531(+) A-I      intronic chr1:32786342(+) A-I      intronic chr1:32789273(+) A-I      intronic chr1:32760757(+) A-I      intronic chr1:32760833(+) A-I      intronic chr1:32774681(+) A-I      intronic chr1:32789138(+) A-I      intronic chr1:32781357(+) A-I      intronic chr1:32758801(+) A-I      intronic chr1:32776080(+) A-I      intronic chr1:32783952(+) A-I      intronic chr1:32784549(+) A-I      intronic chr1:32763597(+) A-I      intronic chr1:32768643(+) A-I      intronic chr1:32774433(+) A-I      intronic chr1:32765403(+) A-I      intronic chr1:32760959(+) A-I      intronic chr1:32788649(+) A-I      intronic chr1:32774587(+) A-I      intronic chr1:32786616(+) A-I      intronic chr1:32791905(+) A-I      intronic chr1:32762169(+) A-I      intronic chr1:32787978(+) A-I      intronic chr1:32765402(+) A-I      intronic chr1:32785288(+) A-I      intronic chr1:32789685(+) A-I      intronic chr1:32759144(+) A-I      intronic chr1:32789182(+) A-I      intronic chr1:32788808(+) A-I      intronic chr1:32786422(+) A-I      intronic chr1:32770126(+) A-I      intronic chr1:32786232(+) A-I      intronic chr1:32789144(+) A-I      intronic chr1:32785128(+) A-I      intronic chr1:32786358(+) A-I      intronic chr1:32758800(+) A-I      intronic chr1:32791417(+) A-I      intronic chr1:32783903(+) A-I      intronic chr1:32779906(+) A-I      intronic chr1:32764051(+) A-I      intronic chr1:32768951(+) A-I      intronic chr1:32784600(+) A-I      intronic chr1:32770347(+) A-I      intronic chr1:32789251(+) A-I      intronic chr1:32783713(+) A-I      intronic chr1:32789124(+) A-I      intronic chr1:32786323(+) A-I      intronic chr1:32786324(+) A-I      intronic chr1:32788035(+) A-I      intronic chr1:32777031(+) A-I      intronic chr1:32783706(+) A-I      intronic chr1:32788787(+) A-I      intronic chr1:32760759(+) A-I      intronic chr1:32770499(+) A-I      intronic chr1:32783824(+) A-I      intronic chr1:32779052(+) A-I      intronic chr1:32783871(+) A-I      intronic chr1:32775438(+) A-I      intronic chr1:32788737(+) A-I      intronic chr1:32785416(+) A-I      intronic chr1:32791782(+) A-I      intronic chr1:32779038(+) A-I      intronic chr1:32787995(+) A-I      intronic chr1:32788834(+) A-I      intronic chr1:32791862(+) A-I      intronic chr1:32770319(+) A-I      intronic chr1:32783702(+) A-I      intronic chr1:32788741(+) A-I      intronic chr1:32786390(+) A-I      intronic chr1:32781156(+) A-I      intronic chr1:32763950(+) A-I      intronic chr1:32768998(+) A-I      intronic chr1:32789068(+) A-I      intronic chr1:32763030(+) A-I      intronic chr1:32775377(+) A-I      intronic chr1:32779967(+) A-I      intronic chr1:32783700(+) A-I      intronic chr1:32764027(+) A-I      intronic chr1:32768692(+) A-I      intronic chr1:32788881(+) A-I      intronic chr1:32789660(+) A-I      intronic chr1:32772089(+) A-I      intronic chr1:32788822(+) A-I      intronic chr1:32762241(+) A-I      intronic chr1:32789019(+) A-I      intronic chr1:32789715(+) A-I      intronic chr1:32763029(+) A-I      intronic chr1:32786325(+) A-I      intronic chr1:32763962(+) A-I      intronic chr1:32768517(+) A-I      intronic chr1:32791428(+) A-I      intronic chr1:32760967(+) A-I      intronic chr1:32762043(+) A-I      intronic chr1:32766124(+) A-I      intronic chr1:32783833(+) A-I      intronic chr1:32777000(+) A-I      intronic chr1:32789128(+) A-I      intronic chr1:32759755(+) A-I      intronic chr1:32786621(+) A-I      intronic chr1:32789098(+) A-I      intronic chr1:32775396(+) A-I      intronic chr1:32783961(+) A-I      intronic chr1:32783678(+) A-I      intronic chr1:32768591(+) A-I      intronic chr1:32785606(+) A-I      intronic chr1:32777010(+) A-I      intronic chr1:32788781(+) A-I      intronic chr1:32783894(+) A-I      intronic chr1:32759193(+) A-I      intronic chr1:32781313(+) A-I      intronic chr1:32778100(+) A-I      intronic chr1:32785403(+) A-I      intronic chr1:32788851(+) A-I      intronic chr1:32788841(+) A-I      intronic chr1:32788885(+) A-I      intronic chr1:32783880(+) A-I      intronic chr1:32779927(+) A-I      intronic chr1:32774579(+) A-I      intronic chr1:32762083(+) A-I      intronic chr1:32774623(+) A-I      intronic chr1:32777629(+) A-I      intronic chr1:32789184(+) A-I      intronic chr1:32779843(+) A-I      intronic chr1:32759933(+) A-I      intronic chr1:32762215(+) A-I      intronic chr1:32789657(+) A-I      intronic chr1:32788050(+) A-I      intronic chr1:32758822(+) A-I      intronic chr1:32786451(+) A-I      intronic chr1:32788007(+) A-I      intronic chr1:32774665(+) A-I      intronic chr1:32763142(+) A-I      intronic chr1:32791902(+) A-I      intronic chr1:32788998(+) A-I      intronic chr1:32766009(+) A-I      intronic chr1:32789099(+) A-I      intronic chr1:32763117(+) A-I      intronic chr1:32760905(+) A-I      intronic chr1:32775421(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	HDAC1	chr1:32759933(+) A-G intron -    22484847 chr1:32760757(+) A-G intron -    22484847 chr1:32760759(+) A-G intron -    22484847 chr1:32762043(+) A-G intron -    22484847 chr1:32766830(+) A-G intron -    22484847 chr1:32767237(+) A-G intron -    22484847 chr1:32768531(+) A-G intron -    22484847 chr1:32770427(+) A-G intron -    22484847 chr1:32770496(+) A-G intron -    22484847 chr1:32770499(+) A-G intron -    22484847 chr1:32772719(+) A-G intron -    22484847 chr1:32774623(+) A-G intron -    22484847 chr1:32774681(+) A-G intron -    22484847 chr1:32775396(+) A-G intron -    22484847 chr1:32776059(+) A-G intron -    22484847 chr1:32778142(+) A-G intron -    22484847 chr1:32779927(+) A-G intron -    22484847 chr1:32781156(+) A-G intron -    22484847 chr1:32781357(+) A-G intron -    22484847 chr1:32781361(+) G-T intron -    22484847 chr1:32783617(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783638(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783660(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783661(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783678(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783702(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783706(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783713(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783903(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783952(+) A-G intron -    22484847 chr1:32783980(+) A-G intron -    22484847 chr1:32784053(+) A-G intron -    22484847 chr1:32784084(+) A-G intron -    22484847 chr1:32784549(+) A-G intron -    22484847 chr1:32785117(+) C-T intron -    22484847 chr1:32785776(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788737(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788741(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788775(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788782(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788787(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788823(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788841(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788857(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788885(+) A-G intron -    22484847 chr1:32788998(+) A-G intron -    22484847 chr1:32789019(+) A-G intron -    22484847 chr1:32789068(+) A-G intron -    22484847 chr1:32789099(+) A-G intron -    22484847 chr1:32789124(+) A-G intron -    22484847 chr1:32789138(+) A-G intron -    22484847 chr1:32791364(+) T-C intron -    22484847 chr1:32791508(+) A-G intron -    22484847 chr1:32791862(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	HDAC1	chr1:32757737-32757738(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr1:32758006-32758007(+) m6A intron       24981863 chr1:32792939-32792940(+) Am exon//intron       - chr1:32792947-32792948(+) m6A exon//intron       - chr1:32792976-32792977(+) m6A exon//intron       - chr1:32795437-32795438(+) m1A exon//intron       26863196 chr1:32796496-32796497(+) Gm CDS//exon       - chr1:32797108-32797109(+) m6A CDS//exon       27773535 chr1:32797155-32797156(+) m6A CDS//exon       27773535 chr1:32797293-32797294(+) m6A CDS//exon       27773535 chr1:32797412-32797413(+) m6A exon//intron       27773535 chr1:32797418-32797419(+) m6A exon//intron       27773535 chr1:32797606-32797607(+) m6A exon//intron       - chr1:32797768-32797769(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863//28052920//27773535//27371828//27773536 chr1:32797803-32797804(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863//28052920//27773535//27371828//27773536 chr1:32797825-32797826(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863//28052920//27773535//27371828//27773536 chr1:32798321-32798322(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863//28052920//27773535//27371828//27773536 chr1:32798649-32798650(+) m6A 3'UTR//exon       25456834//24981863//28052920//27773535//27371828//27773536 chr1:32799102-32799103(+) m6A 3'UTR//exon       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	HDAC1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hiv1-miR-TAR-5p
Interactor2: HDAC1

Evidence Support:

Strong-Evidence	Luciferase reporter assay
Weak-Evidence	Microarray
Support Database	ViRBase

References:

PMID	21133815	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	293T cells	Interactor2 expression	None
Description	This recruitment of HDAC-1 to the HIV-1 LTR by the TAR element suggested that the TAR element is capable of transcriptional silencing via the RITS mechanism.The article provides insights into TAR miRNA-mediated downregulation of viral and host gene expression by recruitment of chromatin remodeling components(HDAC1).