Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | hiv1-miR-TAR-5p | ERCC1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0006016 | 2067 |
Organism | Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | COFS4//RAD10//UV20 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | ERCC1 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID |
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DARNED | ERCC1 |
Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | ERCC1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
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RNALocate | ERCC1 |
Interactor1: hiv1-miR-TAR-5p | Interactor2: ERCC1 |
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Strong-Evidence | Luciferase reporter assay//RT-PCR//Western blot | |
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Weak-Evidence | Microarray | |
Prediction-Evidence | miRanda//Targetscan | |
Support Database | ViRBase//VmiReg |
[1]PMID | 21133815 | Target region | None |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Cloning of these target sites into luciferase reporter constructs and analysis of reporter gene expression in the presence of TAR miRNA revealed a suppression of luciferase expression thus confirming that TAR miRNA directed downregulation of the ERCC1 gene. |
[2]PMID | 22936931 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells//HLM-1 cells//U1 cells//U937 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Table 1 includes the RNAi pathway related gene products that are targeted by HIV-1 microRNAs. List of published HIV-1 microRNAs and their target HIV-1 and cellular gene products.The target interactions of HIV-1 microRNAs with its mRNA seem to function as viral genome regulators. |
[3]PMID | 19220914 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | 293T cells//HLM-1 cells//U1 cells//U937 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | To confirm that this repression was due to miRNA and not to any secondary effect of the procedure, RT-PCR was performed on the extracted RNA to examine the mRNA levels of ERCC1 and IER3 (Fig.10C). PCR results indicated no change in the levels of mRNA for either gene. RT-PCR on RNA extracts from 293T cells transfected with TAR-D or TAR-WT RNA also indicated no change in mRNA level. These results strongly suggested that the TAR miRNA worked by repressing the translation of targeted mRNA. |