Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00683371

  Virus:  

Merkel cell polyomavirus

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      mcpv-miR-P1-3p:           LHFPL4:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol mcpv-miR-P1-3p LHFPL4
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0010151 375323
Organism Merkel cell polyomavirus Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - GARLH4

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR LHFPL4
chr3:9577727(-) A-I      intronic
chr3:9561580(-) A-I      intronic
chr3:9561589(-) A-I      intronic
chr3:9577659(-) A-I      intronic
chr3:9586223(-) A-I      intronic
chr3:9589663(-) A-I      intronic
chr3:9586209(-) A-I      intronic
chr3:9580451(-) A-I      intronic
chr3:9569308(-) A-I      intronic
chr3:9577762(-) A-I      intronic
chr3:9557186(-) A-I      intronic
chr3:9555220(-) A-I      intronic
chr3:9555162(-) A-I      intronic
chr3:9545489(-) A-I      intronic
chr3:9547424(-) A-I      intronic
chr3:9589654(-) A-I      intronic
chr3:9577722(-) A-I      intronic
chr3:9561562(-) A-I      intronic
chr3:9561561(-) A-I      intronic
chr3:9561559(-) A-I      intronic
chr3:9589660(-) A-I      intronic
chr3:9577686(-) A-I      intronic
chr3:9589638(-) A-I      intronic
chr3:9577703(-) A-I      intronic
chr3:9547446(-) A-I      intronic
chr3:9577716(-) A-I      intronic
chr3:9580946(-) A-I      intronic
chr3:9585063(-) A-I      intronic
chr3:9585595(-) A-I      intronic
chr3:9580982(-) A-I      intronic
chr3:9560927(-) A-I      intronic
chr3:9548403(-) A-I      intronic
chr3:9585657(-) A-I      intronic
chr3:9563257(-) A-I      intronic
chr3:9588919(-) A-I      intronic
chr3:9545663(-) A-I      intronic
chr3:9573874(-) A-I      intronic
chr3:9573423(-) A-I      intronic
chr3:9583211(-) A-I      intronic
chr3:9547518(-) A-I      intronic
chr3:9563223(-) A-I      intronic
chr3:9574212(-) A-I      intronic
chr3:9575695(-) A-I      intronic
chr3:9570408(-) A-I      intronic
chr3:9586290(-) A-I      intronic
chr3:9582343(-) A-I      intronic
chr3:9587133(-) A-I      intronic
chr3:9546495(-) A-I      intronic
chr3:9563181(-) A-I      intronic
chr3:9560743(-) A-I      intronic
chr3:9586187(-) A-I      intronic
chr3:9583807(-) A-I      intronic
chr3:9578734(-) A-I      intronic
chr3:9581076(-) A-I      intronic
chr3:9591629(-) A-I      intronic
chr3:9571455(-) A-I      intronic
chr3:9577650(-) A-I      intronic
chr3:9557674(-) A-I      intronic
chr3:9585553(-) A-I      intronic
chr3:9585540(-) A-I      intronic
chr3:9545518(-) A-I      intronic
chr3:9587510(-) A-I      intronic
chr3:9552039(-) A-I      intronic
chr3:9563037(-) A-I      intronic
chr3:9557169(-) A-I      intronic
chr3:9561618(-) A-I      intronic
chr3:9586247(-) A-I      intronic
chr3:9569056(-) A-I      intronic
chr3:9561929(-) A-I      intronic
chr3:9564577(-) A-I      intronic
chr3:9587194(-) A-I      intronic
chr3:9544770(-) A-I      intronic
chr3:9564255(-) A-I      intronic
chr3:9565389(-) A-I      intronic
chr3:9548393(-) A-I      intronic
chr3:9587567(-) A-I      intronic
chr3:9591689(-) A-I      intronic
chr3:9577553(-) A-I      intronic
chr3:9544304(-) A-I      intronic
chr3:9588797(-) A-I      intronic
chr3:9552082(-) A-I      intronic
chr3:9557510(-) A-I      intronic
chr3:9561594(-) A-I      intronic
chr3:9561974(-) A-I      intronic
chr3:9575344(-) A-I      intronic
chr3:9586146(-) A-I      intronic
chr3:9544214(-) A-I      intronic
chr3:9578428(-) A-I      intronic
chr3:9578474(-) A-I      intronic
chr3:9558366(-) A-I      intronic
chr3:9588741(-) A-I      intronic
chr3:9585537(-) A-I      intronic
chr3:9581092(-) A-I      intronic
chr3:9577702(-) A-I      intronic
chr3:9585472(-) A-I      intronic
chr3:9563073(-) A-I      intronic
chr3:9575900(-) A-I      intronic
chr3:9575732(-) A-I      intronic
chr3:9560992(-) A-I      intronic
chr3:9578540(-) A-I      intronic
chr3:9547414(-) A-I      intronic
chr3:9560792(-) A-I      intronic
chr3:9585069(-) A-I      intronic
chr3:9546265(-) A-I      intronic
chr3:9585554(-) A-I      intronic
chr3:9547380(-) A-I      intronic
chr3:9583264(-) A-I      intronic
chr3:9580920(-) A-I      intronic
chr3:9569291(-) A-I      intronic
chr3:9558531(-) A-I      intronic
chr3:9575818(-) A-I      intronic
chr3:9582732(-) A-I      intronic
chr3:9584318(-) A-I      intronic
chr3:9572477(-) A-I      intronic
chr3:9589628(-) A-I      intronic
chr3:9560540(-) A-I      intronic
chr3:9575817(-) A-I      intronic
chr3:9578441(-) A-I      intronic
chr3:9571477(-) A-I      intronic
chr3:9575663(-) A-I      intronic
chr3:9577774(-) A-I      intronic
chr3:9572555(-) A-I      intronic
chr3:9553022(-) A-I      intronic
chr3:9551932(-) A-I      intronic
chr3:9578480(-) A-I      intronic
chr3:9580511(-) A-I      intronic
chr3:9561381(-) A-I      intronic
chr3:9547498(-) A-I      intronic
chr3:9570512(-) A-I      intronic
chr3:9583393(-) A-I      intronic
chr3:9575751(-) A-I      intronic
chr3:9563033(-) A-I      intronic
chr3:9573306(-) A-I      intronic
chr3:9551891(-) A-I      intronic
chr3:9580550(-) A-I      intronic
chr3:9577582(-) A-I      intronic
chr3:9557492(-) A-I      intronic
chr3:9585679(-) A-I      intronic
chr3:9547246(-) A-I      intronic
chr3:9572527(-) A-I      intronic
chr3:9557178(-) A-I      intronic
chr3:9545627(-) A-I      intronic
chr3:9544219(-) A-I      intronic
chr3:9563252(-) A-I      intronic
chr3:9564251(-) A-I      intronic
chr3:9551887(-) A-I      intronic
chr3:9589587(-) A-I      intronic
chr3:9585175(-) A-I      intronic
chr3:9547102(-) A-I      intronic
chr3:9578670(-) A-I      intronic
chr3:9580520(-) A-I      intronic
chr3:9587750(-) A-I      intronic
chr3:9571392(-) A-I      intronic
chr3:9547417(-) A-I      intronic
chr3:9553755(-) A-I      intronic
chr3:9559319(-) A-I      intronic
chr3:9558536(-) A-I      intronic
chr3:9577583(-) A-I      intronic
chr3:9571481(-) A-I      intronic
chr3:9574153(-) A-I      intronic
chr3:9573848(-) A-I      intronic
chr3:9588775(-) A-I      intronic
chr3:9584929(-) A-I      intronic
chr3:9547462(-) A-I      intronic
chr3:9578389(-) A-I      intronic
chr3:9563216(-) A-I      intronic
chr3:9575894(-) A-I      intronic
chr3:9552972(-) A-I      intronic
chr3:9582763(-) A-I      intronic
chr3:9555160(-) A-I      intronic
chr3:9561364(-) A-I      intronic
chr3:9557537(-) A-I      intronic
chr3:9571454(-) A-I      intronic
chr3:9577776(-) A-I      intronic
chr3:9583284(-) A-I      intronic
chr3:9586200(-) A-I      intronic
chr3:9580659(-) A-I      intronic
chr3:9580990(-) A-I      intronic
chr3:9573363(-) A-I      intronic
chr3:9547493(-) A-I      intronic
chr3:9552953(-) A-I      intronic
chr3:9586161(-) A-I      intronic
chr3:9552027(-) A-I      intronic
chr3:9582689(-) A-I      intronic
chr3:9582899(-) A-I      intronic
chr3:9577624(-) A-I      intronic
chr3:9547234(-) A-I      intronic
chr3:9586303(-) A-I      intronic
chr3:9585518(-) A-I      intronic
chr3:9591615(-) A-I      intronic
chr3:9588929(-) A-I      intronic
chr3:9591259(-) A-I      intronic
chr3:9585508(-) A-I      intronic
chr3:9578675(-) A-I      intronic
chr3:9589614(-) A-I      intronic
chr3:9564469(-) A-I      intronic
chr3:9577704(-) A-I      intronic
chr3:9545976(-) A-I      intronic
chr3:9547515(-) A-I      intronic
chr3:9588872(-) A-I      intronic
chr3:9558737(-) A-I      intronic
chr3:9570517(-) A-I      intronic
chr3:9548537(-) A-I      intronic
chr3:9585487(-) A-I      intronic
chr3:9574231(-) A-I      intronic
chr3:9547243(-) A-I      intronic
chr3:9578718(-) A-I      intronic
chr3:9584218(-) A-I      intronic
chr3:9558225(-) A-I      intronic
chr3:9583373(-) A-I      intronic
chr3:9573231(-) A-I      intronic
chr3:9548540(-) A-I      intronic
chr3:9586185(-) A-I      intronic
chr3:9582473(-) A-I      intronic
chr3:9588962(-) A-I      intronic
chr3:9573323(-) A-I      intronic
chr3:9582490(-) A-I      intronic
chr3:9587530(-) A-I      intronic
chr3:9572513(-) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED LHFPL4
chr3:9565357(-) T-C intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase LHFPL4
chr3:9541689-9541690(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9541745-9541746(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9541802-9541803(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9541833-9541834(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9541916-9541917(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9542000-9542001(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9542035-9542036(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9542144-9542145(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9542969-9542970(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543009-9543010(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543042-9543043(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543125-9543126(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543231-9543232(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543264-9543265(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543353-9543354(-) m6A 3'UTR       -
chr3:9543609-9543610(-) m6A 3'UTR       25456834//24981863
chr3:9543702-9543703(-) m6A 3'UTR       25456834//24981863
chr3:9543791-9543792(-) m6A 3'UTR       25456834//24981863
chr3:9543804-9543805(-) m6A 3'UTR       25456834//24981863
chr3:9543900-9543901(-) m6A CDS       25456834
chr3:9547655-9547656(-) m6A CDS       25456834
chr3:9547689-9547690(-) m6A CDS       25456834
chr3:9547784-9547785(-) m6A CDS       25456834
chr3:9547823-9547824(-) m6A CDS       25456834
chr3:9547833-9547834(-) m6A CDS       25456834
chr3:9592509-9592510(-) m6A exon//intron       25456834
chr3:9592534-9592535(-) m6A exon//intron       25456834
chr3:9592546-9592547(-) m6A exon//intron       25456834
chr3:9592597-9592598(-) m6A exon//intron       25456834
chr3:9592632-9592633(-) m6A exon//intron       25456834

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate LHFPL4
Exosome Blood     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: mcpv-miR-P1-3p
Interactor2: LHFPL4

Evidence Support:


Prediction-Evidence cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan
Support Database RepTar//VmiReg

Starting a new search, please wait ...