Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00680435

  Virus:  

Merkel cell polyomavirus

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      mcpv-miR-P1-3p:           TRIM66:      

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Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol mcpv-miR-P1-3p TRIM66
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0010151 9866
Organism Merkel cell polyomavirus Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - C11orf29//TIF1D//TIF1DELTA

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR TRIM66
chr11:8677087(-) A-I      intronic
chr11:8654137(-) A-I      intronic
chr11:8654133(-) A-I      intronic
chr11:8654116(-) A-I      intronic
chr11:8654101(-) A-I      intronic
chr11:8636669(-) A-I      3'UTR
chr11:8654094(-) A-I      intronic
chr11:8654110(-) A-I      intronic
chr11:8654145(-) A-I      intronic
chr11:8654142(-) A-I      intronic
chr11:8677084(-) A-I      intronic
chr11:8655991(-) A-I      intronic
chr11:8650077(-) A-I      intronic
chr11:8654081(-) A-I      intronic
chr11:8654830(-) A-I      intronic
chr11:8653792(-) A-I      intronic
chr11:8676500(-) A-I      intronic
chr11:8676532(-) A-I      intronic
chr11:8650073(-) A-I      intronic
chr11:8676546(-) A-I      intronic
chr11:8655795(-) A-I      intronic
chr11:8649578(-) A-I      intronic
chr11:8649955(-) A-I      intronic
chr11:8649956(-) A-I      intronic
chr11:8654825(-) A-I      intronic
chr11:8649539(-) A-I      intronic
chr11:8650038(-) A-I      intronic
chr11:8676568(-) A-I      intronic
chr11:8649651(-) A-I      intronic
chr11:8655785(-) A-I      intronic
chr11:8676580(-) A-I      intronic
chr11:8676610(-) A-I      intronic
chr11:8676634(-) A-I      intronic
chr11:8677160(-) A-I      intronic
chr11:8677086(-) A-I      intronic
chr11:8654149(-) A-I      intronic
chr11:8677167(-) A-I      intronic
chr11:8677242(-) A-I      intronic
chr11:8677246(-) A-I      intronic
chr11:8653773(-) A-I      intronic
chr11:8653772(-) A-I      intronic
chr11:8653743(-) A-I      intronic
chr11:8636748(-) A-I      3'UTR
chr11:8636675(-) A-I      3'UTR
chr11:8635786(-) A-I      3'UTR
chr11:8635804(-) A-I      3'UTR
chr11:8635628(-) A-I      3'UTR
chr11:8636614(-) A-I      3'UTR
chr11:8636613(-) A-I      3'UTR
chr11:8635693(-) A-I      3'UTR
chr11:8635667(-) A-I      3'UTR
chr11:8636584(-) A-I      3'UTR
chr11:8636622(-) A-I      3'UTR
chr11:8636538(-) A-I      3'UTR
chr11:8635642(-) A-I      3'UTR
chr11:8636643(-) A-I      3'UTR
chr11:8636757(-) A-I      3'UTR
chr11:8635703(-) A-I      3'UTR
chr11:8636597(-) A-I      3'UTR
chr11:8636640(-) A-I      3'UTR
chr11:8655989(-) A-I      intronic
chr11:8676231(-) A-I      intronic
chr11:8676666(-) A-I      intronic
chr11:8649652(-) A-I      intronic
chr11:8677253(-) A-I      intronic
chr11:8653847(-) A-I      intronic
chr11:8653692(-) A-I      intronic
chr11:8654102(-) A-I      intronic
chr11:8676562(-) A-I      intronic
chr11:8676586(-) A-I      intronic
chr11:8677209(-) A-I      intronic
chr11:8677277(-) A-I      intronic
chr11:8649514(-) A-I      intronic
chr11:8676583(-) A-I      intronic
chr11:8655810(-) A-I      intronic
chr11:8676575(-) A-I      intronic
chr11:8649455(-) A-I      intronic
chr11:8654227(-) A-I      intronic
chr11:8676585(-) A-I      intronic
chr11:8655967(-) A-I      intronic
chr11:8653822(-) A-I      intronic
chr11:8677137(-) A-I      intronic
chr11:8677073(-) A-I      intronic
chr11:8677141(-) A-I      intronic
chr11:8655988(-) A-I      intronic
chr11:8653769(-) A-I      intronic
chr11:8677350(-) A-I      intronic
chr11:8650060(-) A-I      intronic
chr11:8676696(-) A-I      intronic
chr11:8676698(-) A-I      intronic
chr11:8677125(-) A-I      intronic
chr11:8676702(-) A-I      intronic
chr11:8677323(-) A-I      intronic
chr11:8677113(-) A-I      intronic
chr11:8677198(-) A-I      intronic
chr11:8653755(-) A-I      intronic
chr11:8649975(-) A-I      intronic
chr11:8653846(-) A-I      intronic
chr11:8677164(-) A-I      intronic
chr11:8677173(-) A-I      intronic
chr11:8654097(-) A-I      intronic
chr11:8676589(-) A-I      intronic
chr11:8654107(-) A-I      intronic
chr11:8653768(-) A-I      intronic
chr11:8653841(-) A-I      intronic
chr11:8676513(-) A-I      intronic
chr11:8635641(-) A-I      3'UTR
chr11:8635640(-) A-I      3'UTR
chr11:8635724(-) A-I      3'UTR
chr11:8636749(-) A-I      3'UTR
chr11:8635738(-) A-I      3'UTR
chr11:8635720(-) A-I      3'UTR
chr11:8636541(-) A-I      3'UTR
chr11:8635872(-) A-I      3'UTR
chr11:8635764(-) A-I      3'UTR
chr11:8635791(-) A-I      3'UTR
chr11:8635839(-) A-I      3'UTR
chr11:8635823(-) A-I      3'UTR
chr11:8636572(-) A-I      3'UTR
chr11:8636679(-) A-I      3'UTR
chr11:8638225(-) A-I      3'UTR
chr11:8636552(-) A-I      3'UTR
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED TRIM66
chr11:8636613(-) A-I exon 3'UTR    22327324
chr11:8636675(-) A-I exon 3'UTR    22327324
chr11:8676698(-) A-I intron -    22327324
chr11:8636613(-) A-G exon 3'UTR    21725310   //22484847
chr11:8676231(-) A-G intron -    22484847
chr11:8636552(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr11:8636675(-) A-G exon 3'UTR    22484847
chr11:8649514(-) A-G intron -    22484847
chr11:8676586(-) A-G intron -    22484847
chr11:8676696(-) A-G intron -    22484847
chr11:8676698(-) A-G intron -    22484847
chr11:8676702(-) A-G intron -    22484847
chr11:8677137(-) A-G intron -    22484847
chr11:8677209(-) A-G intron -    22484847
chr11:8677253(-) A-G intron -    22484847
chr11:8677277(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase TRIM66
chr11:8633903-8633904(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8633978-8633979(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8634888-8634889(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635041-8635042(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635118-8635119(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635140-8635141(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635224-8635225(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635365-8635366(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8635986-8635987(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8636009-8636010(-) m6A 3'UTR       27773535
chr11:8639016-8639017(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr11:8639046-8639047(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr11:8639058-8639059(-) m6A 3'UTR//exon       27773535
chr11:8639376-8639377(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//27773535
chr11:8639476-8639477(-) m6A 3'UTR//exon       24284625//27773535
chr11:8640402-8640403(-) m6A CDS//exon       27371828
chr11:8640408-8640409(-) m6A CDS//exon       27371828
chr11:8641008-8641009(-) m6A CDS//exon       -
chr11:8641044-8641045(-) m6A CDS//exon       -
chr11:8641611-8641612(-) m6A CDS//exon       -
chr11:8642683-8642684(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8642729-8642730(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8642742-8642743(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8642748-8642749(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8646546-8646547(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863
chr11:8646584-8646585(-) m6A CDS//exon       24284625
chr11:8661781-8661782(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8661850-8661851(-) m6A CDS//exon       24284625//27773535
chr11:8661877-8661878(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535
chr11:8661927-8661928(-) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535
chr11:8661969-8661970(-) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828
chr11:8661975-8661976(-) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828
chr11:8662195-8662196(-) m6A CDS//exon       27773535
chr11:8662321-8662322(-) m6A CDS//exon       -
chr11:8684686-8684687(-) m6A 5'UTR//exon       -
chr11:8684723-8684724(-) m6A 5'UTR//exon       -
chr11:8693344-8693345(-) m6A 5'UTR//exon       -

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate TRIM66
Chromatin K562 cells     -
Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -
Exosome Blood     -
Membrane K562 cells     -
Nucleoplasm K562 cells     -
Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: mcpv-miR-P1-3p
Interactor2: TRIM66

Evidence Support:


Prediction-Evidence miRanda//PITA//Targetscan
Support Database VmiReg

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