Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00680132

  Virus:  

Merkel cell polyomavirus

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      mcpv-miR-P1-3p:  MIMAT0010151          FXR1:  NM_001013438     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	mcpv-miR-P1-3p	FXR1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010151	8087
Organism	Merkel cell polyomavirus	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	FXR1P//MYOPMIL//MYORIBF

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	FXR1	chr3:180634237(+) A-I      intronic chr3:180634370(+) A-I      intronic chr3:180634379(+) A-I      intronic chr3:180634405(+) A-I      intronic chr3:180634485(+) A-I      intronic chr3:180634687(+) A-I      intronic chr3:180634768(+) A-I      intronic chr3:180634772(+) A-I      intronic chr3:180637525(+) A-I      intronic chr3:180638355(+) A-I      intronic chr3:180638361(+) A-I      intronic chr3:180638364(+) A-I      intronic chr3:180638449(+) A-I      intronic chr3:180638508(+) A-I      intronic chr3:180638903(+) A-I      intronic chr3:180639003(+) A-I      intronic chr3:180639005(+) A-I      intronic chr3:180639012(+) A-I      intronic chr3:180641913(+) A-I      intronic chr3:180642931(+) A-I      intronic chr3:180642934(+) A-I      intronic chr3:180642948(+) A-I      intronic chr3:180643018(+) A-I      intronic chr3:180643038(+) A-I      intronic chr3:180643051(+) A-I      intronic chr3:180643093(+) A-I      intronic chr3:180643127(+) A-I      intronic chr3:180646810(+) A-I      intronic chr3:180646827(+) A-I      intronic chr3:180647867(+) A-I      intronic chr3:180647875(+) A-I      intronic chr3:180647904(+) A-I      intronic chr3:180647975(+) A-I      intronic chr3:180648624(+) A-I      intronic chr3:180648627(+) A-I      intronic chr3:180648647(+) A-I      intronic chr3:180648662(+) A-I      intronic chr3:180648663(+) A-I      intronic chr3:180648664(+) A-I      intronic chr3:180648726(+) A-I      intronic chr3:180648729(+) A-I      intronic chr3:180689990(+) A-I      intronic chr3:180670905(+) A-I      intronic chr3:180668794(+) A-I      intronic chr3:180668793(+) A-I      intronic chr3:180662523(+) A-I      intronic chr3:180648772(+) A-I      intronic chr3:180648774(+) A-I      intronic chr3:180648796(+) A-I      intronic chr3:180648818(+) A-I      intronic chr3:180653943(+) A-I      intronic chr3:180659911(+) A-I      intronic chr3:180659966(+) A-I      intronic chr3:180659979(+) A-I      intronic chr3:180660032(+) A-I      intronic chr3:180660051(+) A-I      intronic chr3:180660055(+) A-I      intronic chr3:180660136(+) A-I      intronic chr3:180662234(+) A-I      intronic chr3:180662349(+) A-I      intronic chr3:180662367(+) A-I      intronic chr3:180662476(+) A-I      intronic chr3:180662480(+) A-I      intronic chr3:180662576(+) A-I      intronic chr3:180662585(+) A-I      intronic chr3:180663425(+) A-I      intronic chr3:180664982(+) A-I      intronic chr3:180667274(+) A-I      intronic chr3:180668792(+) A-I      intronic chr3:180668874(+) A-I      intronic chr3:180669712(+) A-I      intronic chr3:180669975(+) A-I      intronic chr3:180670202(+) A-I      intronic chr3:180670230(+) A-I      intronic chr3:180670251(+) A-I      intronic chr3:180670360(+) A-I      intronic chr3:180679085(+) A-I      intronic chr3:180679154(+) A-I      intronic chr3:180690022(+) A-I      intronic chr3:180690097(+) A-I      intronic chr3:180690110(+) A-I      intronic chr3:180690133(+) A-I      intronic chr3:180690156(+) A-I      intronic chr3:180690190(+) A-I      intronic chr3:180691977(+) A-I      intronic chr3:180691990(+) A-I      intronic chr3:180692026(+) A-I      intronic chr3:180692050(+) A-I      intronic chr3:180692082(+) A-I      intronic chr3:180692086(+) A-I      intronic chr3:180692098(+) A-I      intronic chr3:180692140(+) A-I      intronic chr3:180692192(+) A-I      intronic chr3:180692193(+) A-I      intronic chr3:180692205(+) A-I      intronic chr3:180692218(+) A-I      intronic chr3:180659928(+) A-I      intronic chr3:180687536(+) A-I      intronic chr3:180659917(+) A-I      intronic chr3:180648667(+) A-I      intronic chr3:180634678(+) A-I      intronic chr3:180667382(+) A-I      intronic chr3:180670867(+) A-I      intronic chr3:180648658(+) A-I      intronic chr3:180646889(+) A-I      intronic chr3:180647940(+) A-I      intronic chr3:180658444(+) A-I      intronic chr3:180637190(+) A-I      intronic chr3:180638434(+) A-I      intronic chr3:180647972(+) A-I      intronic chr3:180635579(+) A-I      intronic chr3:180635592(+) A-I      intronic chr3:180664971(+) A-I      intronic chr3:180660107(+) A-I      intronic chr3:180648675(+) A-I      intronic chr3:180638567(+) A-I      intronic chr3:180635584(+) A-I      intronic chr3:180649693(+) A-I      intronic chr3:180678943(+) A-I      intronic chr3:180635548(+) A-I      intronic chr3:180641896(+) A-I      intronic chr3:180647798(+) A-I      intronic chr3:180639126(+) A-I      intronic chr3:180690226(+) A-I      intronic chr3:180648616(+) A-I      intronic chr3:180634885(+) A-I      intronic chr3:180635559(+) A-I      intronic chr3:180670206(+) A-I      intronic chr3:180670255(+) A-I      intronic chr3:180635690(+) A-I      intronic chr3:180647931(+) A-I      intronic chr3:180646814(+) A-I      intronic chr3:180669740(+) A-I      intronic chr3:180635676(+) A-I      intronic chr3:180649187(+) A-I      intronic chr3:180634362(+) A-I      intronic chr3:180648673(+) A-I      intronic chr3:180635558(+) A-I      intronic chr3:180635549(+) A-I      intronic chr3:180670721(+) A-I      intronic chr3:180670853(+) A-I      intronic chr3:180635656(+) A-I      intronic chr3:180678371(+) A-I      intronic chr3:180647874(+) A-I      intronic chr3:180641930(+) A-I      intronic chr3:180649701(+) A-I      intronic chr3:180639035(+) A-I      intronic chr3:180635667(+) A-I      intronic chr3:180643050(+) A-I      intronic chr3:180635520(+) A-I      intronic chr3:180648645(+) A-I      intronic chr3:180638439(+) A-I      intronic chr3:180635551(+) A-I      intronic chr3:180692046(+) A-I      intronic chr3:180635588(+) A-I      intronic chr3:180648723(+) A-I      intronic chr3:180641912(+) A-I      intronic chr3:180670852(+) A-I      intronic chr3:180668819(+) A-I      intronic chr3:180640540(+) A-I      intronic chr3:180646733(+) A-I      intronic chr3:180661761(+) A-I      intronic chr3:180648797(+) A-I      intronic chr3:180664976(+) A-I      intronic chr3:180635632(+) A-I      intronic chr3:180634282(+) A-I      intronic chr3:180638399(+) A-I      intronic chr3:180660045(+) A-I      intronic chr3:180635525(+) A-I      intronic chr3:180635624(+) A-I      intronic chr3:180670294(+) A-I      intronic chr3:180648799(+) A-I      intronic chr3:180662676(+) A-I      intronic chr3:180648719(+) A-I      intronic chr3:180635481(+) A-I      intronic chr3:180646729(+) A-I      intronic chr3:180668931(+) A-I      intronic chr3:180648737(+) A-I      intronic chr3:180648608(+) A-I      intronic chr3:180639121(+) A-I      intronic chr3:180647996(+) A-I      intronic chr3:180647895(+) A-I      intronic chr3:180647957(+) A-I      intronic chr3:180690159(+) A-I      intronic chr3:180659032(+) A-I      intronic chr3:180670020(+) A-I      intronic chr3:180639036(+) A-I      intronic chr3:180638997(+) A-I      intronic chr3:180664844(+) A-I      intronic chr3:180659889(+) A-I      intronic chr3:180634313(+) A-I      intronic chr3:180662389(+) A-I      intronic chr3:180668914(+) A-I      intronic chr3:180648670(+) A-I      intronic chr3:180648671(+) A-I      intronic chr3:180648644(+) A-I      intronic chr3:180635482(+) A-I      intronic chr3:180692047(+) A-I      intronic chr3:180646849(+) A-I      intronic chr3:180635655(+) A-I      intronic chr3:180662157(+) A-I      intronic chr3:180641908(+) A-I      intronic chr3:180662248(+) A-I      intronic chr3:180638972(+) A-I      intronic chr3:180648706(+) A-I      intronic chr3:180661190(+) A-I      intronic chr3:180634361(+) A-I      intronic chr3:180646839(+) A-I      intronic chr3:180670754(+) A-I      intronic chr3:180641847(+) A-I      intronic chr3:180635553(+) A-I      intronic chr3:180678383(+) A-I      intronic chr3:180668743(+) A-I      intronic chr3:180667275(+) A-I      intronic chr3:180692051(+) A-I      intronic chr3:180639017(+) A-I      intronic chr3:180648565(+) A-I      intronic chr3:180664966(+) A-I      intronic chr3:180648613(+) A-I      intronic chr3:180638533(+) A-I      intronic chr3:180668732(+) A-I      intronic chr3:180662611(+) A-I      intronic chr3:180638465(+) A-I      intronic chr3:180678347(+) A-I      intronic chr3:180643002(+) A-I      intronic chr3:180635614(+) A-I      intronic chr3:180638902(+) A-I      intronic chr3:180660072(+) A-I      intronic chr3:180670248(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	FXR1	chr3:180635481(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635482(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635520(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635525(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635548(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635549(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635551(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635553(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635558(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635559(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635579(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635584(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635592(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635604(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635624(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635632(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635655(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635656(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635667(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635676(+) A-I intron -    22028664 chr3:180635690(+) A-I intron -    22028664 chr3:180690123(+) A-I intron -    21960545 chr3:180634282(+) A-G intron -    22484847 chr3:180634400(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635520(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635525(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635588(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635614(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635624(+) A-G intron -    22484847 chr3:180635655(+) A-G intron -    22484847 chr3:180637526(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638363(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638393(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638399(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638465(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638473(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638482(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638533(+) A-G intron -    22484847 chr3:180638902(+) A-G intron -    22484847 chr3:180639009(+) A-G intron -    22484847 chr3:180639017(+) A-G intron -    22484847 chr3:180640535(+) A-G intron -    22484847 chr3:180641908(+) A-G intron -    22484847 chr3:180647930(+) A-G intron -    22484847 chr3:180647931(+) A-G intron -    22484847 chr3:180647940(+) A-G intron -    22484847 chr3:180647972(+) A-G intron -    22484847 chr3:180648644(+) A-G intron -    22484847 chr3:180648658(+) A-G intron -    22484847 chr3:180649692(+) A-G intron -    22484847 chr3:180649693(+) A-G intron -    22484847 chr3:180649701(+) A-G intron -    22484847 chr3:180651766(+) T-C intron -    22484847 chr3:180658368(+) G-T intron -    22484847 chr3:180659912(+) A-G intron -    22484847 chr3:180662248(+) A-G intron -    22484847 chr3:180662608(+) A-G intron -    22484847 chr3:180662611(+) A-G intron -    22484847 chr3:180664966(+) A-G intron -    22484847 chr3:180664976(+) A-G intron -    22484847 chr3:180667275(+) A-G intron -    22484847 chr3:180668732(+) A-G intron -    22484847 chr3:180668743(+) A-G intron -    22484847 chr3:180668914(+) A-G intron -    22484847 chr3:180668931(+) A-G intron -    22484847 chr3:180668936(+) A-G intron -    22484847 chr3:180670206(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	FXR1	chr3:180632537-180632538(+) m6A 5'UTR//intron       - chr3:180632602-180632603(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr3:180632644-180632645(+) m6A 5'UTR//intron       24209618//24981863 chr3:180632698-180632699(+) m6A 5'UTR//intron       - chr3:180632713-180632714(+) m6A 5'UTR//intron       - chr3:180632766-180632767(+) m6A 5'UTR//intron       - chr3:180651146-180651147(+) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr3:180669160-180669161(+) m6A CDS//exon       24981863 chr3:180669235-180669236(+) m6A CDS//exon       24981863 chr3:180671664-180671665(+) m6A exon//intron       24981863 chr3:180675651-180675652(+) m6A CDS//exon       24981863//22575960 chr3:180675687-180675688(+) m6A CDS//exon       27773535//22575960 chr3:180680721-180680722(+) Cm CDS//exon       - chr3:180680855-180680856(+) m6A CDS//exon       22575960 chr3:180685931-180685932(+) m6A CDS//exon       27773535//22575960 chr3:180686010-180686011(+) m6A CDS//exon       22575960 chr3:180688073-180688074(+) m6A CDS//exon       27773535 chr3:180688217-180688218(+) m6A exon//intron       27773535 chr3:180693178-180693179(+) m6A CDS//exon//intron       27773535 chr3:180694042-180694043(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr3:180694080-180694081(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr3:180694244-180694245(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chr3:180694445-180694446(+) Y 3'UTR       25219674 chr3:180694545-180694546(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694599-180694600(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694621-180694622(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694637-180694638(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694722-180694723(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694739-180694740(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694770-180694771(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694781-180694782(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180694823-180694824(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:180697013-180697014(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697038-180697039(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697072-180697073(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697080-180697081(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697089-180697090(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697106-180697107(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697179-180697180(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:180697191-180697192(+) m6A 3'UTR       22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	FXR1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Exosome HeLa cells     24205503 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: mcpv-miR-P1-3p
Interactor2: FXR1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	VmiReg