Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00675445

  Virus:  

Merkel cell polyomavirus

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      mcpv-miR-P1-5p:  MIMAT0010150          STX11:  NM_003764     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	mcpv-miR-P1-5p	STX11
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010150	8676
Organism	Merkel cell polyomavirus	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	FHL4//HLH4//HPLH4

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	STX11	chr6:144498780(+) A-I      intronic chr6:144498766(+) A-I      intronic chr6:144495776(+) A-I      intronic chr6:144495740(+) A-I      intronic chr6:144495739(+) A-I      intronic chr6:144495737(+) A-I      intronic chr6:144498723(+) A-I      intronic chr6:144498736(+) A-I      intronic chr6:144498767(+) A-I      intronic chr6:144496092(+) A-I      intronic chr6:144485894(+) A-I      intronic chr6:144485951(+) A-I      intronic chr6:144485970(+) A-I      intronic chr6:144495998(+) A-I      intronic chr6:144496062(+) A-I      intronic chr6:144498740(+) A-I      intronic chr6:144496119(+) A-I      intronic chr6:144496591(+) A-I      intronic chr6:144498674(+) A-I      intronic chr6:144498689(+) A-I      intronic chr6:144498697(+) A-I      intronic chr6:144498722(+) A-I      intronic chr6:144473910(+) A-I      intronic chr6:144473928(+) A-I      intronic chr6:144477393(+) A-I      intronic chr6:144484455(+) A-I      intronic chr6:144484481(+) A-I      intronic chr6:144485027(+) A-I      intronic chr6:144485028(+) A-I      intronic chr6:144485052(+) A-I      intronic chr6:144485829(+) A-I      intronic chr6:144485886(+) A-I      intronic chr6:144495714(+) A-I      intronic chr6:144510349(+) A-I      3'UTR chr6:144510343(+) A-I      3'UTR chr6:144510325(+) A-I      3'UTR chr6:144510326(+) A-I      3'UTR chr6:144495587(+) A-I      intronic chr6:144490956(+) A-I      intronic chr6:144485032(+) A-I      intronic chr6:144502585(+) A-I      intronic chr6:144495782(+) A-I      intronic chr6:144486575(+) A-I      intronic chr6:144509943(+) A-I      3'UTR chr6:144502621(+) A-I      intronic chr6:144496641(+) A-I      intronic chr6:144490962(+) A-I      intronic chr6:144485892(+) A-I      intronic chr6:144495672(+) A-I      intronic chr6:144485834(+) A-I      intronic chr6:144484646(+) A-I      intronic chr6:144476440(+) A-I      intronic chr6:144496618(+) A-I      intronic chr6:144495710(+) A-I      intronic chr6:144496329(+) A-I      intronic chr6:144484715(+) A-I      intronic chr6:144495576(+) A-I      intronic chr6:144496051(+) A-I      intronic chr6:144496280(+) A-I      intronic chr6:144485956(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	STX11	chr6:144484439(+) A-G intron -    22484847 chr6:144484646(+) A-G intron -    22484847 chr6:144484714(+) A-G intron -    22484847 chr6:144484715(+) A-G intron -    22484847 chr6:144484811(+) A-G intron -    22484847 chr6:144485867(+) A-G intron -    22484847 chr6:144485892(+) A-G intron -    22484847 chr6:144485956(+) A-G intron -    22484847 chr6:144486512(+) A-G intron -    22484847 chr6:144495576(+) A-G intron -    22484847 chr6:144495710(+) A-G intron -    22484847 chr6:144495782(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496008(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496166(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496177(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496280(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496299(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496329(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496332(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496583(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496618(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496641(+) A-G intron -    22484847 chr6:144496644(+) A-G intron -    22484847 chr6:144498702(+) A-G intron -    22484847 chr6:144509943(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	STX11	chr6:144471696-144471697(+) m6A 5'UTR       - chr6:144507771-144507772(+) m6A CDS       - chr6:144507784-144507785(+) m6A CDS       - chr6:144507792-144507793(+) m6A CDS       - chr6:144507858-144507859(+) m6A CDS       24981863 chr6:144507876-144507877(+) m6A CDS       24981863 chr6:144507903-144507904(+) m6A CDS       24981863 chr6:144507912-144507913(+) m6A CDS       24981863 chr6:144507927-144507928(+) m6A CDS       24981863 chr6:144508299-144508300(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:144508338-144508339(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:144508402-144508403(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr6:144508581-144508582(+) m6A CDS       24284625 chr6:144508592-144508593(+) m6A CDS       24284625 chr6:144508661-144508662(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863 chr6:144508738-144508739(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863 chr6:144508780-144508781(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863 chr6:144508916-144508917(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:144508971-144508972(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:144509012-144509013(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:144509025-144509026(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:144509099-144509100(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863 chr6:144509206-144509207(+) m6A 3'UTR       - chr6:144509281-144509282(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	STX11	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: mcpv-miR-P1-5p
Interactor2: STX11

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg