Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00670498

  Virus:  

JC polyomavirus (JCPyV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      jcv-miR-J1-5p:  MIMAT0009147          SPATA5:  NM_001317799     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	jcv-miR-J1-5p	SPATA5
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0009147	166378
Organism	JC polyomavirus (JCPyV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AFG2//EHLMRS//SPAF

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SPATA5	chr4:123909654(+) A-I      intronic chr4:123941689(+) A-I      intronic chr4:123941704(+) A-I      intronic chr4:123950458(+) A-I      intronic chr4:124128685(+) A-I      intronic chr4:124124103(+) A-I      intronic chr4:124119265(+) A-I      intronic chr4:124119246(+) A-I      intronic chr4:123892093(+) A-I      intronic chr4:124119264(+) A-I      intronic chr4:123888932(+) A-I      intronic chr4:124119223(+) A-I      intronic chr4:124119222(+) A-I      intronic chr4:123962483(+) A-I      intronic chr4:124119214(+) A-I      intronic chr4:124119201(+) A-I      intronic chr4:124119373(+) A-I      intronic chr4:124119365(+) A-I      intronic chr4:124109036(+) A-I      intronic chr4:124118803(+) A-I      intronic chr4:123853582(+) A-I      intronic chr4:123853208(+) A-I      intronic chr4:124118777(+) A-I      intronic chr4:124118661(+) A-I      intronic chr4:124118653(+) A-I      intronic chr4:124113444(+) A-I      intronic chr4:124117249(+) A-I      intronic chr4:124117225(+) A-I      intronic chr4:124111207(+) A-I      intronic chr4:124124405(+) A-I      intronic chr4:124141124(+) A-I      intronic chr4:124141159(+) A-I      intronic chr4:124141209(+) A-I      intronic chr4:124109040(+) A-I      intronic chr4:124109014(+) A-I      intronic chr4:124102608(+) A-I      intronic chr4:124141676(+) A-I      intronic chr4:123892089(+) A-I      intronic chr4:124142334(+) A-I      intronic chr4:124142342(+) A-I      intronic chr4:124142385(+) A-I      intronic chr4:124142411(+) A-I      intronic chr4:124142423(+) A-I      intronic chr4:124142440(+) A-I      intronic chr4:123892177(+) A-I      intronic chr4:124102588(+) A-I      intronic chr4:124102568(+) A-I      intronic chr4:124102542(+) A-I      intronic chr4:124101120(+) A-I      intronic chr4:124101119(+) A-I      intronic chr4:123892346(+) A-I      intronic chr4:124100753(+) A-I      intronic chr4:124100748(+) A-I      intronic chr4:124100708(+) A-I      intronic chr4:124100613(+) A-I      intronic chr4:123996962(+) A-I      intronic chr4:123996948(+) A-I      intronic chr4:123996216(+) A-I      intronic chr4:124024417(+) A-I      intronic chr4:123967158(+) A-I      intronic chr4:123888905(+) A-I      intronic chr4:123962780(+) A-I      intronic chr4:124142553(+) A-I      intronic chr4:124142556(+) A-I      intronic chr4:124142818(+) A-I      intronic chr4:124142825(+) A-I      intronic chr4:124142927(+) A-I      intronic chr4:124142945(+) A-I      intronic chr4:124142984(+) A-I      intronic chr4:124142988(+) A-I      intronic chr4:124200553(+) A-I      intronic chr4:123900811(+) A-I      intronic chr4:124130940(+) A-I      intronic chr4:123979317(+) A-I      intronic chr4:124124399(+) A-I      intronic chr4:124124057(+) A-I      intronic chr4:123860334(+) A-I      intronic chr4:124236572(+) A-I      3'UTR chr4:124236173(+) A-I      3'UTR chr4:124239854(+) A-I      3'UTR chr4:124238368(+) A-I      3'UTR chr4:124236580(+) A-I      3'UTR chr4:124236111(+) A-I      3'UTR chr4:124236158(+) A-I      3'UTR chr4:124236588(+) A-I      3'UTR chr4:124237072(+) A-I      3'UTR chr4:124237204(+) A-I      3'UTR chr4:124239926(+) A-I      3'UTR chr4:124239927(+) A-I      3'UTR chr4:124236029(+) A-I      3'UTR chr4:124236011(+) A-I      3'UTR chr4:124236609(+) A-I      3'UTR chr4:124236611(+) A-I      3'UTR chr4:124237020(+) A-I      3'UTR chr4:124238360(+) A-I      3'UTR chr4:124239902(+) A-I      3'UTR chr4:124237197(+) A-I      3'UTR chr4:124238197(+) A-I      3'UTR chr4:124239928(+) A-I      3'UTR chr4:124236482(+) A-I      3'UTR chr4:124236472(+) A-I      3'UTR chr4:124238152(+) A-I      3'UTR chr4:124238177(+) A-I      3'UTR chr4:124238233(+) A-I      3'UTR chr4:124238286(+) A-I      3'UTR chr4:124238321(+) A-I      3'UTR chr4:124238325(+) A-I      3'UTR chr4:124113281(+) A-I      intronic chr4:124142428(+) A-I      intronic chr4:123892092(+) A-I      intronic chr4:124218622(+) A-I      intronic chr4:124124376(+) A-I      intronic chr4:124108949(+) A-I      intronic chr4:124084592(+) A-I      intronic chr4:124142528(+) A-I      intronic chr4:124124406(+) A-I      intronic chr4:124119399(+) A-I      intronic chr4:123997305(+) A-I      intronic chr4:124098427(+) A-I      intronic chr4:123853609(+) A-I      intronic chr4:123968961(+) A-I      intronic chr4:123892178(+) A-I      intronic chr4:124109110(+) A-I      intronic chr4:123967124(+) A-I      intronic chr4:123997303(+) A-I      intronic chr4:124141223(+) A-I      intronic chr4:124141687(+) A-I      intronic chr4:124142570(+) A-I      intronic chr4:123967131(+) A-I      intronic chr4:124237126(+) A-I      3'UTR chr4:124237075(+) A-I      3'UTR chr4:124239811(+) A-I      3'UTR chr4:124236956(+) A-I      3'UTR chr4:124238301(+) A-I      3'UTR chr4:124238228(+) A-I      3'UTR chr4:124239909(+) A-I      3'UTR chr4:124238259(+) A-I      3'UTR chr4:124239827(+) A-I      3'UTR chr4:124237067(+) A-I      3'UTR chr4:124237063(+) A-I      3'UTR chr4:124236994(+) A-I      3'UTR chr4:124238178(+) A-I      3'UTR chr4:124236447(+) A-I      3'UTR chr4:124239929(+) A-I      3'UTR chr4:124238269(+) A-I      3'UTR chr4:124237187(+) A-I      3'UTR chr4:124239852(+) A-I      3'UTR chr4:124238125(+) A-I      3'UTR chr4:124238386(+) A-I      3'UTR chr4:124236623(+) A-I      3'UTR chr4:124236352(+) A-I      3'UTR chr4:124236387(+) A-I      3'UTR chr4:124238126(+) A-I      3'UTR chr4:124236094(+) A-I      3'UTR chr4:124236359(+) A-I      3'UTR chr4:124236185(+) A-I      3'UTR chr4:123967149(+) A-I      intronic chr4:123988617(+) A-I      intronic chr4:123996991(+) A-I      intronic chr4:123853533(+) A-I      intronic chr4:124142330(+) A-I      intronic chr4:124085706(+) A-I      intronic chr4:123853509(+) A-I      intronic chr4:124109128(+) A-I      intronic chr4:123950926(+) A-I      intronic chr4:124141605(+) A-I      intronic chr4:124102602(+) A-I      intronic chr4:124111032(+) A-I      intronic chr4:123996168(+) A-I      intronic chr4:124100702(+) A-I      intronic chr4:124113207(+) A-I      intronic chr4:123892361(+) A-I      intronic chr4:123885512(+) A-I      intronic chr4:123885508(+) A-I      intronic chr4:124100570(+) A-I      intronic chr4:123885538(+) A-I      intronic chr4:124085544(+) A-I      intronic chr4:124108941(+) A-I      intronic chr4:124141648(+) A-I      intronic chr4:123962405(+) A-I      intronic chr4:124176496(+) A-I      intronic chr4:124119242(+) A-I      intronic chr4:124141701(+) A-I      intronic chr4:124142824(+) A-I      intronic chr4:124100575(+) A-I      intronic chr4:123909824(+) A-I      intronic chr4:124141649(+) A-I      intronic chr4:124119374(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SPATA5	chr4:124237067(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr4:124237187(+) A-G intron -    21725310 chr4:123853533(+) A-G intron -    22484847 chr4:123853583(+) A-G intron -    22484847 chr4:123882840(+) A-G intron -    22484847 chr4:123892092(+) A-G intron -    22484847 chr4:123892178(+) A-G intron -    22484847 chr4:123996168(+) A-G intron -    22484847 chr4:123996628(+) A-G intron -    22484847 chr4:123996991(+) A-G intron -    22484847 chr4:123996992(+) A-G intron -    22484847 chr4:124033063(+) A-T intron -    22484847 chr4:124033070(+) G-A intron -    22484847 chr4:124071076(+) T-C intron -    22484847 chr4:124084477(+) A-G intron -    22484847 chr4:124084480(+) A-G intron -    22484847 chr4:124084592(+) A-G intron -    22484847 chr4:124100570(+) A-G intron -    22484847 chr4:124100575(+) A-G intron -    22484847 chr4:124100702(+) A-G intron -    22484847 chr4:124100716(+) A-G intron -    22484847 chr4:124101133(+) A-G intron -    22484847 chr4:124101319(+) A-G intron -    22484847 chr4:124101320(+) A-G intron -    22484847 chr4:124113207(+) A-G intron -    22484847 chr4:124113281(+) A-G intron -    22484847 chr4:124124330(+) G-A intron -    22484847 chr4:124124376(+) A-G intron -    22484847 chr4:124124406(+) A-G intron -    22484847 chr4:124141164(+) A-G intron -    22484847 chr4:124142380(+) A-G intron -    22484847 chr4:124142428(+) A-G intron -    22484847 chr4:124142528(+) A-G intron -    22484847 chr4:124142570(+) A-G intron -    22484847 chr4:124236359(+) A-G intron -    22484847 chr4:124237063(+) A-G intron -    22484847 chr4:124237075(+) A-G intron -    22484847 chr4:124237124(+) A-G intron -    22484847 chr4:124238125(+) A-G intron -    22484847 chr4:124238126(+) A-G intron -    22484847 chr4:124238269(+) A-G intron -    22484847 chr4:124239811(+) A-G intron -    22484847 chr4:124239847(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SPATA5	chr4:123854623-123854624(+) m6A CDS//exon       24209618//22608085 chr4:123854647-123854648(+) m6A CDS//exon       24209618//22608085 chr4:123855405-123855406(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22608085 chr4:123855421-123855422(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22608085 chr4:123855507-123855508(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr4:123855585-123855586(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr4:123855669-123855670(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr4:123855779-123855780(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr4:123855867-123855868(+) m6A CDS//exon       22608085 chr4:124177298-124177299(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr4:124177311-124177312(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr4:124235088-124235089(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr4:124235116-124235117(+) m6A CDS       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	jcv-miR-J1-5p	Nucleus PML tissue     32324824
	SPATA5	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: jcv-miR-J1-5p
Interactor2: SPATA5

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg