Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00669535

  Virus:  

JC polyomavirus (JCPyV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2483

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      jcv-miR-J1-5p:  MIMAT0009147          CENPH:  NM_022909     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	jcv-miR-J1-5p	CENPH
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0009147	64946
Organism	JC polyomavirus (JCPyV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CENPH	chr5:68504739(+) A-I      intronic chr5:68502393(+) A-I      intronic chr5:68491819(+) A-I      intronic chr5:68490802(+) A-I      intronic chr5:68490819(+) A-I      intronic chr5:68490837(+) A-I      intronic chr5:68490867(+) A-I      intronic chr5:68503613(+) A-I      intronic chr5:68503538(+) A-I      intronic chr5:68497611(+) A-I      intronic chr5:68491127(+) A-I      intronic chr5:68497563(+) A-I      intronic chr5:68497557(+) A-I      intronic chr5:68491852(+) A-I      intronic chr5:68490098(+) A-I      intronic chr5:68505245(+) A-I      intronic chr5:68505213(+) A-I      intronic chr5:68505212(+) A-I      intronic chr5:68505206(+) A-I      intronic chr5:68502108(+) A-I      intronic chr5:68501600(+) A-I      intronic chr5:68501597(+) A-I      intronic chr5:68497552(+) A-I      intronic chr5:68491128(+) A-I      intronic chr5:68491870(+) A-I      intronic chr5:68491895(+) A-I      intronic chr5:68491932(+) A-I      intronic chr5:68491998(+) A-I      intronic chr5:68503379(+) A-I      intronic chr5:68491905(+) A-I      intronic chr5:68491869(+) A-I      intronic chr5:68491859(+) A-I      intronic chr5:68491851(+) A-I      intronic chr5:68492329(+) A-I      intronic chr5:68494220(+) A-I      intronic chr5:68497539(+) A-I      intronic chr5:68495185(+) A-I      intronic chr5:68496882(+) A-I      intronic chr5:68487817(+) A-I      intronic chr5:68488728(+) A-I      intronic chr5:68489553(+) A-I      intronic chr5:68489612(+) A-I      intronic chr5:68490047(+) A-I      intronic chr5:68496717(+) A-I      intronic chr5:68495846(+) A-I      intronic chr5:68493887(+) A-I      intronic chr5:68492397(+) A-I      intronic chr5:68492393(+) A-I      intronic chr5:68492391(+) A-I      intronic chr5:68492361(+) A-I      intronic chr5:68492352(+) A-I      intronic chr5:68505929(+) A-I      3'UTR chr5:68505951(+) A-I      3'UTR chr5:68505903(+) A-I      3'UTR chr5:68505991(+) A-I      3'UTR chr5:68505943(+) A-I      3'UTR chr5:68505932(+) A-I      3'UTR chr5:68503290(+) A-I      intronic chr5:68503436(+) A-I      intronic chr5:68500326(+) A-I      intronic chr5:68503516(+) A-I      intronic chr5:68500131(+) A-I      intronic chr5:68505286(+) A-I      intronic chr5:68496779(+) A-I      intronic chr5:68490842(+) A-I      intronic chr5:68503073(+) A-I      intronic chr5:68491173(+) A-I      intronic chr5:68504761(+) A-I      intronic chr5:68504366(+) A-I      intronic chr5:68504896(+) A-I      intronic chr5:68503161(+) A-I      intronic chr5:68495099(+) A-I      intronic chr5:68502109(+) A-I      intronic chr5:68490892(+) A-I      intronic chr5:68491131(+) A-I      intronic chr5:68505967(+) A-I      3'UTR chr5:68506108(+) A-I      3'UTR chr5:68505848(+) A-I      3'UTR chr5:68506009(+) A-I      3'UTR chr5:68506100(+) A-I      3'UTR chr5:68506094(+) A-I      3'UTR chr5:68506006(+) A-I      3'UTR chr5:68505893(+) A-I      3'UTR chr5:68505966(+) A-I      3'UTR chr5:68496892(+) A-I      intronic chr5:68490622(+) A-I      intronic chr5:68504686(+) A-I      intronic chr5:68489620(+) A-I      intronic chr5:68489206(+) A-I      intronic chr5:68494216(+) A-I      intronic chr5:68503588(+) A-I      intronic chr5:68495080(+) A-I      intronic chr5:68487737(+) A-I      intronic chr5:68490896(+) A-I      intronic chr5:68491827(+) A-I      intronic chr5:68491992(+) A-I      intronic chr5:68501418(+) A-I      intronic chr5:68495277(+) A-I      intronic chr5:68494300(+) A-I      intronic chr5:68504371(+) A-I      intronic chr5:68490897(+) A-I      intronic chr5:68501747(+) A-I      intronic chr5:68494217(+) A-I      intronic chr5:68503529(+) A-I      intronic chr5:68494578(+) A-I      intronic chr5:68494297(+) A-I      intronic chr5:68505276(+) A-I      intronic chr5:68491001(+) A-I      intronic chr5:68489220(+) A-I      intronic chr5:68505100(+) A-I      intronic chr5:68496745(+) A-I      intronic chr5:68504884(+) A-I      intronic chr5:68505133(+) A-I      intronic chr5:68502428(+) A-I      intronic chr5:68501743(+) A-I      intronic chr5:68490127(+) A-I      intronic chr5:68505356(+) A-I      intronic chr5:68490904(+) A-I      intronic chr5:68494716(+) A-I      intronic chr5:68492252(+) A-I      intronic chr5:68487816(+) A-I      intronic chr5:68504325(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CENPH	chr5:68487737(+) A-G intron -    22484847 chr5:68490842(+) A-G intron -    22484847 chr5:68490896(+) A-G intron -    22484847 chr5:68490897(+) A-G intron -    22484847 chr5:68491131(+) A-G intron -    22484847 chr5:68491173(+) A-G intron -    22484847 chr5:68491825(+) A-G intron -    22484847 chr5:68491827(+) A-G intron -    22484847 chr5:68491860(+) A-G intron -    22484847 chr5:68492252(+) A-G intron -    22484847 chr5:68494578(+) A-G intron -    22484847 chr5:68494640(+) A-G intron -    22484847 chr5:68494716(+) A-G intron -    22484847 chr5:68496745(+) A-G intron -    22484847 chr5:68497417(+) A-G intron -    22484847 chr5:68501092(+) T-C intron -    22484847 chr5:68501735(+) A-G intron -    22484847 chr5:68501743(+) A-G intron -    22484847 chr5:68501747(+) A-G intron -    22484847 chr5:68502109(+) A-G intron -    22484847 chr5:68502428(+) A-G intron -    22484847 chr5:68502433(+) A-G intron -    22484847 chr5:68503073(+) A-G intron -    22484847 chr5:68503161(+) A-G intron -    22484847 chr5:68503529(+) A-G intron -    22484847 chr5:68504686(+) A-G intron -    22484847 chr5:68504787(+) A-G intron -    22484847 chr5:68505967(+) A-G intron -    22484847 chr5:68505973(+) A-G intron -    22484847 chr5:68506006(+) A-G intron -    22484847 chr5:68506009(+) A-G intron -    22484847 chr5:68506094(+) A-G intron -    22484847 chr5:68506100(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CENPH	chr5:68485504-68485505(+) m6A CDS//exon       24981863//27773536 chr5:68485573-68485574(+) m6A CDS//exon       27773536 chr5:68487634-68487635(+) m6A CDS//exon       27773536 chr5:68487639-68487640(+) m6A CDS//exon       - chr5:68490484-68490485(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:68490492-68490493(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:68491554-68491555(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:68491614-68491615(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:68492885-68492886(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr5:68492908-68492909(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       - chr5:68498353-68498354(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr5:68498768-68498769(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr5:68503625-68503626(+) m6A exon//intron       22608085 chr5:68504029-68504030(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:68504063-68504064(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535 chr5:68504073-68504074(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535 chr5:68504094-68504095(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535 chr5:68504106-68504107(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535 chr5:68504120-68504121(+) Am CDS//exon       - chr5:68504136-68504137(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	jcv-miR-J1-5p	Nucleus PML tissue     32324824
	CENPH	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: jcv-miR-J1-5p
Interactor2: CENPH

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg