Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00667555

  Virus:  

JC polyomavirus (JCPyV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      jcv-miR-J1-5p:  MIMAT0009147          SMARCB1:  NM_003073     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	jcv-miR-J1-5p	SMARCB1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0009147	6598
Organism	JC polyomavirus (JCPyV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	BAF47//CSS3//hSNFS//INI1//MRD15//PPP1R144//RDT//RTPS1//Sfh1p//SNF5//SNF5L1//Snr1//SWNTS1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SMARCB1	chr22:24132868(+) A-I      intronic chr22:24160466(+) A-I      intronic chr22:24132876(+) A-I      intronic chr22:24131220(+) A-I      intronic chr22:24131222(+) A-I      intronic chr22:24131257(+) A-I      intronic chr22:24132874(+) A-I      intronic chr22:24132820(+) A-I      intronic chr22:24170687(+) A-I      intronic chr22:24160479(+) A-I      intronic chr22:24132877(+) A-I      intronic chr22:24132854(+) A-I      intronic chr22:24160465(+) A-I      intronic chr22:24156238(+) A-I      intronic chr22:24156214(+) A-I      intronic chr22:24150965(+) A-I      intronic chr22:24146831(+) A-I      intronic chr22:24157633(+) A-I      intronic chr22:24160099(+) A-I      intronic chr22:24160452(+) A-I      intronic chr22:24160469(+) A-I      intronic chr22:24161621(+) A-I      intronic chr22:24161692(+) A-I      intronic chr22:24162064(+) A-I      intronic chr22:24162094(+) A-I      intronic chr22:24162197(+) A-I      intronic chr22:24162249(+) A-I      intronic chr22:24162575(+) A-I      intronic chr22:24162596(+) A-I      intronic chr22:24162601(+) A-I      intronic chr22:24162605(+) A-I      intronic chr22:24162641(+) A-I      intronic chr22:24162654(+) A-I      intronic chr22:24162663(+) A-I      intronic chr22:24162673(+) A-I      intronic chr22:24164099(+) A-I      intronic chr22:24166021(+) A-I      intronic chr22:24170320(+) A-I      intronic chr22:24170401(+) A-I      intronic chr22:24170405(+) A-I      intronic chr22:24170596(+) A-I      intronic chr22:24170655(+) A-I      intronic chr22:24170730(+) A-I      intronic chr22:24170762(+) A-I      intronic chr22:24172974(+) A-I      intronic chr22:24152623(+) A-I      intronic chr22:24139704(+) A-I      intronic chr22:24141169(+) A-I      intronic chr22:24146920(+) A-I      intronic chr22:24146931(+) A-I      intronic chr22:24147773(+) A-I      intronic chr22:24147810(+) A-I      intronic chr22:24148931(+) A-I      intronic chr22:24149078(+) A-I      intronic chr22:24149593(+) A-I      intronic chr22:24149595(+) A-I      intronic chr22:24150196(+) A-I      intronic chr22:24150212(+) A-I      intronic chr22:24150447(+) A-I      intronic chr22:24150449(+) A-I      intronic chr22:24150582(+) A-I      intronic chr22:24150618(+) A-I      intronic chr22:24150632(+) A-I      intronic chr22:24150929(+) A-I      intronic chr22:24150947(+) A-I      intronic chr22:24150966(+) A-I      intronic chr22:24151131(+) A-I      intronic chr22:24151227(+) A-I      intronic chr22:24151256(+) A-I      intronic chr22:24151282(+) A-I      intronic chr22:24151541(+) A-I      intronic chr22:24151564(+) A-I      intronic chr22:24151663(+) A-I      intronic chr22:24152169(+) A-I      intronic chr22:24152170(+) A-I      intronic chr22:24152236(+) A-I      intronic chr22:24152464(+) A-I      intronic chr22:24152480(+) A-I      intronic chr22:24152485(+) A-I      intronic chr22:24152494(+) A-I      intronic chr22:24152502(+) A-I      intronic chr22:24152535(+) A-I      intronic chr22:24152560(+) A-I      intronic chr22:24152608(+) A-I      intronic chr22:24152621(+) A-I      intronic chr22:24152656(+) A-I      intronic chr22:24152667(+) A-I      intronic chr22:24152670(+) A-I      intronic chr22:24152680(+) A-I      intronic chr22:24153007(+) A-I      intronic chr22:24153038(+) A-I      intronic chr22:24153039(+) A-I      intronic chr22:24153181(+) A-I      intronic chr22:24155071(+) A-I      intronic chr22:24155126(+) A-I      intronic chr22:24155181(+) A-I      intronic chr22:24155228(+) A-I      intronic chr22:24155313(+) A-I      intronic chr22:24156078(+) A-I      intronic chr22:24156182(+) A-I      intronic chr22:24156200(+) A-I      intronic chr22:24156246(+) A-I      intronic chr22:24156251(+) A-I      intronic chr22:24156255(+) A-I      intronic chr22:24156269(+) A-I      intronic chr22:24156279(+) A-I      intronic chr22:24156293(+) A-I      intronic chr22:24131068(+) A-I      intronic chr22:24131154(+) A-I      intronic chr22:24131163(+) A-I      intronic chr22:24132757(+) A-I      intronic chr22:24132774(+) A-I      intronic chr22:24132780(+) A-I      intronic chr22:24132870(+) A-I      intronic chr22:24132871(+) A-I      intronic chr22:24132932(+) A-I      intronic chr22:24136615(+) A-I      intronic chr22:24136654(+) A-I      intronic chr22:24138058(+) A-I      intronic chr22:24138078(+) A-I      intronic chr22:24138177(+) A-I      intronic chr22:24156666(+) A-I      intronic chr22:24156971(+) A-I      intronic chr22:24157082(+) A-I      intronic chr22:24157521(+) A-I      intronic chr22:24157623(+) A-I      intronic chr22:24157627(+) A-I      intronic chr22:24138254(+) A-I      intronic chr22:24140090(+) A-I      intronic chr22:24140080(+) A-I      intronic chr22:24138107(+) A-I      intronic chr22:24150972(+) A-I      intronic chr22:24156996(+) A-I      intronic chr22:24149019(+) A-I      intronic chr22:24137764(+) A-I      intronic chr22:24155326(+) A-I      intronic chr22:24152212(+) A-I      intronic chr22:24149703(+) A-I      intronic chr22:24164001(+) A-I      intronic chr22:24146495(+) A-I      intronic chr22:24152180(+) A-I      intronic chr22:24142290(+) A-I      intronic chr22:24148959(+) A-I      intronic chr22:24157173(+) A-I      intronic chr22:24166068(+) A-I      intronic chr22:24163788(+) A-I      intronic chr22:24157600(+) A-I      intronic chr22:24152568(+) A-I      intronic chr22:24155116(+) A-I      intronic chr22:24163657(+) A-I      intronic chr22:24149569(+) A-I      intronic chr22:24150425(+) A-I      intronic chr22:24136614(+) A-I      intronic chr22:24146825(+) A-I      intronic chr22:24151015(+) A-I      intronic chr22:24156691(+) A-I      intronic chr22:24131137(+) A-I      intronic chr22:24162183(+) A-I      intronic chr22:24170379(+) A-I      intronic chr22:24150111(+) A-I      intronic chr22:24157574(+) A-I      intronic chr22:24131299(+) A-I      intronic chr22:24149676(+) A-I      intronic chr22:24156237(+) A-I      intronic chr22:24162668(+) A-I      intronic chr22:24152961(+) A-I      intronic chr22:24151651(+) A-I      intronic chr22:24160113(+) A-I      intronic chr22:24149048(+) A-I      intronic chr22:24132936(+) A-I      intronic chr22:24170691(+) A-I      intronic chr22:24156697(+) A-I      intronic chr22:24163891(+) A-I      intronic chr22:24136909(+) A-I      intronic chr22:24157146(+) A-I      intronic chr22:24147952(+) A-I      intronic chr22:24139635(+) A-I      intronic chr22:24141570(+) A-I      intronic chr22:24139986(+) A-I      intronic chr22:24156784(+) A-I      intronic chr22:24153206(+) A-I      intronic chr22:24170690(+) A-I      intronic chr22:24136987(+) A-I      intronic chr22:24166097(+) A-I      intronic chr22:24156693(+) A-I      intronic chr22:24142365(+) A-I      intronic chr22:24160146(+) A-I      intronic chr22:24162100(+) A-I      intronic chr22:24151147(+) A-I      intronic chr22:24156692(+) A-I      intronic chr22:24136657(+) A-I      intronic chr22:24138218(+) A-I      intronic chr22:24146936(+) A-I      intronic chr22:24160093(+) A-I      intronic chr22:24132775(+) A-I      intronic chr22:24154388(+) A-I      intronic chr22:24156134(+) A-I      intronic chr22:24163631(+) A-I      intronic chr22:24152600(+) A-I      intronic chr22:24146414(+) A-I      intronic chr22:24170381(+) A-I      intronic chr22:24150515(+) A-I      intronic chr22:24148958(+) A-I      intronic chr22:24153145(+) A-I      intronic chr22:24149570(+) A-I      intronic chr22:24132865(+) A-I      intronic chr22:24148968(+) A-I      intronic chr22:24147770(+) A-I      intronic chr22:24131209(+) A-I      intronic chr22:24149651(+) A-I      intronic chr22:24162256(+) A-I      intronic chr22:24152458(+) A-I      intronic chr22:24170481(+) A-I      intronic chr22:24170512(+) A-I      intronic chr22:24163699(+) A-I      intronic chr22:24151025(+) A-I      intronic chr22:24170698(+) A-I      intronic chr22:24146792(+) A-I      intronic chr22:24151533(+) A-I      intronic chr22:24150628(+) A-I      intronic chr22:24156156(+) A-I      intronic chr22:24150372(+) A-I      intronic chr22:24137997(+) A-I      intronic chr22:24137995(+) A-I      intronic chr22:24170369(+) A-I      intronic chr22:24147926(+) A-I      intronic chr22:24154365(+) A-I      intronic chr22:24136866(+) A-I      intronic chr22:24152528(+) A-I      intronic chr22:24162182(+) A-I      intronic chr22:24160117(+) A-I      intronic chr22:24156732(+) A-I      intronic chr22:24161698(+) A-I      intronic chr22:24148854(+) A-I      intronic chr22:24152572(+) A-I      intronic chr22:24170769(+) A-I      intronic chr22:24156938(+) A-I      intronic chr22:24136188(+) A-I      intronic chr22:24162622(+) A-I      intronic chr22:24161699(+) A-I      intronic chr22:24162169(+) A-I      intronic chr22:24163636(+) A-I      intronic chr22:24146525(+) A-I      intronic chr22:24162600(+) A-I      intronic chr22:24137721(+) A-I      intronic chr22:24162146(+) A-I      intronic chr22:24155121(+) A-I      intronic chr22:24166114(+) A-I      intronic chr22:24152103(+) A-I      intronic chr22:24156667(+) A-I      intronic chr22:24162238(+) A-I      intronic chr22:24136108(+) A-I      intronic chr22:24170721(+) A-I      intronic chr22:24150963(+) A-I      intronic chr22:24161701(+) A-I      intronic chr22:24156103(+) A-I      intronic chr22:24166055(+) A-I      intronic chr22:24160549(+) A-I      intronic chr22:24148884(+) A-I      intronic chr22:24132869(+) A-I      intronic chr22:24140093(+) A-I      intronic chr22:24148845(+) A-I      intronic chr22:24132950(+) A-I      intronic chr22:24161610(+) A-I      intronic chr22:24163782(+) A-I      intronic chr22:24150499(+) A-I      intronic chr22:24140517(+) A-I      intronic chr22:24162609(+) A-I      intronic chr22:24146416(+) A-I      intronic chr22:24162088(+) A-I      intronic chr22:24161617(+) A-I      intronic chr22:24141490(+) A-I      intronic chr22:24155080(+) A-I      intronic chr22:24155251(+) A-I      intronic chr22:24139922(+) A-I      intronic chr22:24154387(+) A-I      intronic chr22:24151003(+) A-I      intronic chr22:24138219(+) A-I      intronic chr22:24163722(+) A-I      intronic chr22:24157703(+) A-I      intronic chr22:24154410(+) A-I      intronic chr22:24151805(+) A-I      intronic chr22:24162577(+) A-I      intronic chr22:24136831(+) A-I      intronic chr22:24163696(+) A-I      intronic chr22:24156628(+) A-I      intronic chr22:24161108(+) A-I      intronic chr22:24156597(+) A-I      intronic chr22:24148978(+) A-I      intronic chr22:24140982(+) A-I      intronic chr22:24141566(+) A-I      intronic chr22:24162078(+) A-I      intronic chr22:24149572(+) A-I      intronic chr22:24138242(+) A-I      intronic chr22:24138095(+) A-I      intronic chr22:24162156(+) A-I      intronic chr22:24156705(+) A-I      intronic chr22:24161655(+) A-I      intronic chr22:24148962(+) A-I      intronic chr22:24138160(+) A-I      intronic chr22:24130329(+) A-I      intronic chr22:24151872(+) A-I      intronic chr22:24170590(+) A-I      intronic chr22:24155259(+) A-I      intronic chr22:24166144(+) A-I      intronic chr22:24152102(+) A-I      intronic chr22:24152179(+) A-I      intronic chr22:24156116(+) A-I      intronic chr22:24150401(+) A-I      intronic chr22:24162681(+) A-I      intronic chr22:24152141(+) A-I      intronic chr22:24152594(+) A-I      intronic chr22:24147762(+) A-I      intronic chr22:24136297(+) A-I      intronic chr22:24160193(+) A-I      intronic chr22:24138082(+) A-I      intronic chr22:24163907(+) A-I      intronic chr22:24151159(+) A-I      intronic chr22:24162574(+) A-I      intronic chr22:24157562(+) A-I      intronic chr22:24148933(+) A-I      intronic chr22:24146444(+) A-I      intronic chr22:24156197(+) A-I      intronic chr22:24151783(+) A-I      intronic chr22:24137587(+) A-I      intronic chr22:24156772(+) A-I      intronic chr22:24170689(+) A-I      intronic chr22:24147723(+) A-I      intronic chr22:24156183(+) A-I      intronic chr22:24152459(+) A-I      intronic chr22:24152636(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SMARCB1	chr22:24139634(+) A-I intron -    22327324 chr22:24162476(+) A-G intron -    22484847 chr22:24137072(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137347(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137353(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137358(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137365(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137392(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137458(+) T-C intron -    22484847 chr22:24137509(+) T-C intron -    22484847 chr22:24138117(+) A-G intron -    22484847 chr22:24139634(+) T-C intron -    22484847 chr22:24139668(+) T-C intron -    22484847 chr22:24139985(+) T-C intron -    22484847 chr22:24140009(+) T-C intron -    22484847 chr22:24140010(+) T-C intron -    22484847 chr22:24141558(+) T-C intron -    22484847 chr22:24148962(+) A-G intron -    22484847 chr22:24149676(+) A-G intron -    22484847 chr22:24152594(+) A-G intron -    22484847 chr22:24152636(+) A-G intron -    22484847 chr22:24152962(+) A-G intron -    22484847 chr22:24160146(+) A-G intron -    22484847 chr22:24163631(+) A-G intron -    22484847 chr22:24166068(+) A-G intron -    22484847 chr22:24166114(+) A-G intron -    22484847 chr22:24166144(+) A-G intron -    22484847 chr22:24170691(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SMARCB1	chr22:24129257-24129258(+) Y 5'UTR       26075521 chr22:24134021-24134022(+) Am CDS       - chr22:24143133-24143134(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535 chr22:24143150-24143151(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535 chr22:24143408-24143409(+) m6A exon//intron       - chr22:24143434-24143435(+) m6A exon//intron       - chr22:24145560-24145561(+) Gm CDS       - chr22:24167566-24167567(+) m6A CDS       - chr22:24167588-24167589(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175763-24175764(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175796-24175797(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175811-24175812(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175834-24175835(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175849-24175850(+) Gm CDS       - chr22:24175877-24175878(+) m6A CDS       22575960 chr22:24175883-24175884(+) m6A CDS       22575960

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	jcv-miR-J1-5p	Nucleus PML tissue     32324824
	SMARCB1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Urine     25135963 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: jcv-miR-J1-5p
Interactor2: SMARCB1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg