Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00659383

  Virus:  

Human polyomavirus 1 (BKV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      bkv-miR-B1-5p:  MIMAT0009149          LMNB1:  NR_134488     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	bkv-miR-B1-5p	LMNB1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0009149	4001
Organism	Human polyomavirus 1 (BKV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ADLD//LMN//LMN2//LMNB//MCPH26

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	LMNB1	chr5:126155213(+) A-I      intronic chr5:126145381(+) A-I      intronic chr5:126145334(+) A-I      intronic chr5:126145300(+) A-I      intronic chr5:126145288(+) A-I      intronic chr5:126145258(+) A-I      intronic chr5:126145229(+) A-I      intronic chr5:126145218(+) A-I      intronic chr5:126145195(+) A-I      intronic chr5:126145164(+) A-I      intronic chr5:126145150(+) A-I      intronic chr5:126145105(+) A-I      intronic chr5:126144750(+) A-I      intronic chr5:126144709(+) A-I      intronic chr5:126144707(+) A-I      intronic chr5:126144680(+) A-I      intronic chr5:126140005(+) A-I      intronic chr5:126139979(+) A-I      intronic chr5:126139844(+) A-I      intronic chr5:126139839(+) A-I      intronic chr5:126139168(+) A-I      intronic chr5:126121087(+) A-I      intronic chr5:126164438(+) A-I      intronic chr5:126168254(+) A-I      intronic chr5:126121083(+) A-I      intronic chr5:126121053(+) A-I      intronic chr5:126120860(+) A-I      intronic chr5:126120735(+) A-I      intronic chr5:126120193(+) A-I      intronic chr5:126120187(+) A-I      intronic chr5:126120112(+) A-I      intronic chr5:126118770(+) A-I      intronic chr5:126118693(+) A-I      intronic chr5:126118397(+) A-I      intronic chr5:126121546(+) A-I      intronic chr5:126121550(+) A-I      intronic chr5:126121595(+) A-I      intronic chr5:126121634(+) A-I      intronic chr5:126121638(+) A-I      intronic chr5:126121909(+) A-I      intronic chr5:126121919(+) A-I      intronic chr5:126121941(+) A-I      intronic chr5:126165192(+) A-I      intronic chr5:126121944(+) A-I      intronic chr5:126121954(+) A-I      intronic chr5:126122020(+) A-I      intronic chr5:126123343(+) A-I      intronic chr5:126123344(+) A-I      intronic chr5:126123477(+) A-I      intronic chr5:126124167(+) A-I      intronic chr5:126121544(+) A-I      intronic chr5:126124168(+) A-I      intronic chr5:126124169(+) A-I      intronic chr5:126125416(+) A-I      intronic chr5:126125495(+) A-I      intronic chr5:126125680(+) A-I      intronic chr5:126125758(+) A-I      intronic chr5:126125924(+) A-I      intronic chr5:126126007(+) A-I      intronic chr5:126126072(+) A-I      intronic chr5:126126501(+) A-I      intronic chr5:126126592(+) A-I      intronic chr5:126126593(+) A-I      intronic chr5:126126633(+) A-I      intronic chr5:126127575(+) A-I      intronic chr5:126127592(+) A-I      intronic chr5:126164670(+) A-I      intronic chr5:126164699(+) A-I      intronic chr5:126121541(+) A-I      intronic chr5:126121520(+) A-I      intronic chr5:126164708(+) A-I      intronic chr5:126167762(+) A-I      intronic chr5:126167771(+) A-I      intronic chr5:126167787(+) A-I      intronic chr5:126170015(+) A-I      intronic chr5:126118381(+) A-I      intronic chr5:126118371(+) A-I      intronic chr5:126118368(+) A-I      intronic chr5:126118345(+) A-I      intronic chr5:126118341(+) A-I      intronic chr5:126117418(+) A-I      intronic chr5:126117389(+) A-I      intronic chr5:126127935(+) A-I      intronic chr5:126117371(+) A-I      intronic chr5:126116883(+) A-I      intronic chr5:126116825(+) A-I      intronic chr5:126116823(+) A-I      intronic chr5:126116819(+) A-I      intronic chr5:126116803(+) A-I      intronic chr5:126116797(+) A-I      intronic chr5:126115728(+) A-I      intronic chr5:126115626(+) A-I      intronic chr5:126115613(+) A-I      intronic chr5:126115565(+) A-I      intronic chr5:126115540(+) A-I      intronic chr5:126115434(+) A-I      intronic chr5:126115362(+) A-I      intronic chr5:126121467(+) A-I      intronic chr5:126138820(+) A-I      intronic chr5:126128015(+) A-I      intronic chr5:126128027(+) A-I      intronic chr5:126129683(+) A-I      intronic chr5:126129851(+) A-I      intronic chr5:126130891(+) A-I      intronic chr5:126130899(+) A-I      intronic chr5:126130959(+) A-I      intronic chr5:126132622(+) A-I      intronic chr5:126133543(+) A-I      intronic chr5:126155380(+) A-I      intronic chr5:126155368(+) A-I      intronic chr5:126133558(+) A-I      intronic chr5:126133618(+) A-I      intronic chr5:126133620(+) A-I      intronic chr5:126133788(+) A-I      intronic chr5:126133844(+) A-I      intronic chr5:126155608(+) A-I      intronic chr5:126155363(+) A-I      intronic chr5:126133890(+) A-I      intronic chr5:126133995(+) A-I      intronic chr5:126134003(+) A-I      intronic chr5:126170533(+) A-I      intronic chr5:126170457(+) A-I      intronic chr5:126170447(+) A-I      intronic chr5:126170421(+) A-I      intronic chr5:126170418(+) A-I      intronic chr5:126170414(+) A-I      intronic chr5:126170413(+) A-I      intronic chr5:126170405(+) A-I      intronic chr5:126170402(+) A-I      intronic chr5:126170043(+) A-I      intronic chr5:126169972(+) A-I      intronic chr5:126167849(+) A-I      intronic chr5:126167809(+) A-I      intronic chr5:126167782(+) A-I      intronic chr5:126167748(+) A-I      intronic chr5:126167738(+) A-I      intronic chr5:126167719(+) A-I      intronic chr5:126163250(+) A-I      intronic chr5:126134021(+) A-I      intronic chr5:126134083(+) A-I      intronic chr5:126134087(+) A-I      intronic chr5:126134132(+) A-I      intronic chr5:126138790(+) A-I      intronic chr5:126138800(+) A-I      intronic chr5:126139042(+) A-I      intronic chr5:126155636(+) A-I      intronic chr5:126155630(+) A-I      intronic chr5:126155627(+) A-I      intronic chr5:126117375(+) A-I      intronic chr5:126172010(+) A-I      3'UTR chr5:126155257(+) A-I      intronic chr5:126168121(+) A-I      intronic chr5:126170024(+) A-I      intronic chr5:126121491(+) A-I      intronic chr5:126121061(+) A-I      intronic chr5:126124119(+) A-I      intronic chr5:126167702(+) A-I      intronic chr5:126126506(+) A-I      intronic chr5:126121027(+) A-I      intronic chr5:126127574(+) A-I      intronic chr5:126163206(+) A-I      intronic chr5:126138302(+) A-I      intronic chr5:126117362(+) A-I      intronic chr5:126121210(+) A-I      intronic chr5:126157787(+) A-I      intronic chr5:126155717(+) A-I      intronic chr5:126121579(+) A-I      intronic chr5:126139368(+) A-I      intronic chr5:126121496(+) A-I      intronic chr5:126144648(+) A-I      intronic chr5:126170071(+) A-I      intronic chr5:126124818(+) A-I      intronic chr5:126170027(+) A-I      intronic chr5:126167744(+) A-I      intronic chr5:126116834(+) A-I      intronic chr5:126167840(+) A-I      intronic chr5:126121450(+) A-I      intronic chr5:126121088(+) A-I      intronic chr5:126124616(+) A-I      intronic chr5:126144697(+) A-I      intronic chr5:126170039(+) A-I      intronic chr5:126126567(+) A-I      intronic chr5:126121222(+) A-I      intronic chr5:126133586(+) A-I      intronic chr5:126126602(+) A-I      intronic chr5:126167807(+) A-I      intronic chr5:126128368(+) A-I      intronic chr5:126144776(+) A-I      intronic chr5:126125815(+) A-I      intronic chr5:126155262(+) A-I      intronic chr5:126125770(+) A-I      intronic chr5:126163242(+) A-I      intronic chr5:126124235(+) A-I      intronic chr5:126117209(+) A-I      intronic chr5:126129431(+) A-I      intronic chr5:126124074(+) A-I      intronic chr5:126138803(+) A-I      intronic chr5:126121556(+) A-I      intronic chr5:126131458(+) A-I      intronic chr5:126138275(+) A-I      intronic chr5:126121647(+) A-I      intronic chr5:126164457(+) A-I      intronic chr5:126145285(+) A-I      intronic chr5:126115810(+) A-I      intronic chr5:126138741(+) A-I      intronic chr5:126123382(+) A-I      intronic chr5:126170112(+) A-I      intronic chr5:126170073(+) A-I      intronic chr5:126124075(+) A-I      intronic chr5:126168153(+) A-I      intronic chr5:126129421(+) A-I      intronic chr5:126121559(+) A-I      intronic chr5:126116847(+) A-I      intronic chr5:126167681(+) A-I      intronic chr5:126116752(+) A-I      intronic chr5:126133496(+) A-I      intronic chr5:126164384(+) A-I      intronic chr5:126139169(+) A-I      intronic chr5:126124209(+) A-I      intronic chr5:126124218(+) A-I      intronic chr5:126133857(+) A-I      intronic chr5:126129487(+) A-I      intronic chr5:126118311(+) A-I      intronic chr5:126138757(+) A-I      intronic chr5:126124665(+) A-I      intronic chr5:126121553(+) A-I      intronic chr5:126144733(+) A-I      intronic chr5:126129488(+) A-I      intronic chr5:126118638(+) A-I      intronic chr5:126129882(+) A-I      intronic chr5:126127934(+) A-I      intronic chr5:126164514(+) A-I      intronic chr5:126155423(+) A-I      intronic chr5:126129381(+) A-I      intronic chr5:126167831(+) A-I      intronic chr5:126127964(+) A-I      intronic chr5:126118682(+) A-I      intronic chr5:126171670(+) A-I      intronic chr5:126131098(+) A-I      intronic chr5:126118639(+) A-I      intronic chr5:126170371(+) A-I      intronic chr5:126121585(+) A-I      intronic chr5:126121586(+) A-I      intronic chr5:126133975(+) A-I      intronic chr5:126121599(+) A-I      intronic chr5:126127974(+) A-I      intronic chr5:126133889(+) A-I      intronic chr5:126117268(+) A-I      intronic chr5:126127965(+) A-I      intronic chr5:126118425(+) A-I      intronic chr5:126145248(+) A-I      intronic chr5:126131335(+) A-I      intronic chr5:126121527(+) A-I      intronic chr5:126126551(+) A-I      intronic chr5:126169967(+) A-I      intronic chr5:126124066(+) A-I      intronic chr5:126116903(+) A-I      intronic chr5:126124130(+) A-I      intronic chr5:126120149(+) A-I      intronic chr5:126170023(+) A-I      intronic chr5:126118342(+) A-I      intronic chr5:126131372(+) A-I      intronic chr5:126121567(+) A-I      intronic chr5:126125459(+) A-I      intronic chr5:126168131(+) A-I      intronic chr5:126163232(+) A-I      intronic chr5:126125483(+) A-I      intronic chr5:126116767(+) A-I      intronic chr5:126139230(+) A-I      intronic chr5:126167813(+) A-I      intronic chr5:126145217(+) A-I      intronic chr5:126125927(+) A-I      intronic chr5:126124814(+) A-I      intronic chr5:126128369(+) A-I      intronic chr5:126126634(+) A-I      intronic chr5:126133647(+) A-I      intronic chr5:126127952(+) A-I      intronic chr5:126138695(+) A-I      intronic chr5:126133655(+) A-I      intronic chr5:126118849(+) A-I      intronic chr5:126145232(+) A-I      intronic chr5:126117258(+) A-I      intronic chr5:126167906(+) A-I      intronic chr5:126138367(+) A-I      intronic chr5:126145214(+) A-I      intronic chr5:126138706(+) A-I      intronic chr5:126121283(+) A-I      intronic chr5:126121451(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	LMNB1	chr5:126124235(+) A-I intron -    22327324 chr5:126164611(+) A-I intron -    22327324 chr5:126165188(+) A-I intron -    22327324 chr5:126165189(+) A-I intron -    22327324 chr5:126115630(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116752(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116767(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116795(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116834(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116847(+) A-G intron -    22484847 chr5:126116859(+) C-T intron -    22484847 chr5:126116870(+) A-G intron -    22484847 chr5:126117258(+) A-G intron -    22484847 chr5:126117268(+) A-G intron -    22484847 chr5:126117311(+) A-G intron -    22484847 chr5:126117325(+) A-G intron -    22484847 chr5:126117362(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118311(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118342(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118425(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118638(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118639(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118682(+) A-G intron -    22484847 chr5:126118849(+) A-G intron -    22484847 chr5:126120149(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121061(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121088(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121267(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121283(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121451(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121491(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121496(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121519(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121527(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121528(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121553(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121556(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121559(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121567(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121579(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121585(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121586(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121599(+) A-G intron -    22484847 chr5:126121647(+) A-G intron -    22484847 chr5:126123382(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124066(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124074(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124075(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124109(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124130(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124186(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124209(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124215(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124218(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124235(+) A-G intron -    22484847 chr5:126124665(+) A-G intron -    22484847 chr5:126125459(+) A-G intron -    22484847 chr5:126125483(+) A-G intron -    22484847 chr5:126125492(+) A-G intron -    22484847 chr5:126125915(+) A-G intron -    22484847 chr5:126125927(+) A-G intron -    22484847 chr5:126126511(+) A-G intron -    22484847 chr5:126126567(+) A-G intron -    22484847 chr5:126126602(+) A-G intron -    22484847 chr5:126126606(+) A-G intron -    22484847 chr5:126126620(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127574(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127888(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127896(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127934(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127952(+) A-G intron -    22484847 chr5:126127965(+) A-G intron -    22484847 chr5:126128368(+) A-G intron -    22484847 chr5:126128369(+) A-G intron -    22484847 chr5:126129381(+) A-G intron -    22484847 chr5:126129487(+) A-G intron -    22484847 chr5:126129726(+) A-G intron -    22484847 chr5:126129727(+) A-G intron -    22484847 chr5:126131335(+) A-G intron -    22484847 chr5:126131372(+) A-G intron -    22484847 chr5:126131392(+) A-T intron -    22484847 chr5:126131458(+) A-G intron -    22484847 chr5:126131597(+) C-T intron -    22484847 chr5:126133586(+) A-G intron -    22484847 chr5:126133655(+) A-G intron -    22484847 chr5:126133769(+) A-G intron -    22484847 chr5:126133851(+) A-T intron -    22484847 chr5:126133857(+) A-G intron -    22484847 chr5:126133964(+) A-G intron -    22484847 chr5:126133975(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138367(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138662(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138695(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138706(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138741(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138757(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138758(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138803(+) A-G intron -    22484847 chr5:126138810(+) A-G intron -    22484847 chr5:126139055(+) A-G intron -    22484847 chr5:126139169(+) A-G intron -    22484847 chr5:126144648(+) A-G intron -    22484847 chr5:126144661(+) A-G intron -    22484847 chr5:126144697(+) A-G intron -    22484847 chr5:126144769(+) A-G intron -    22484847 chr5:126144776(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145117(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145214(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145217(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145232(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145248(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145259(+) A-G intron -    22484847 chr5:126145285(+) A-G intron -    22484847 chr5:126155423(+) A-G intron -    22484847 chr5:126155717(+) A-G intron -    22484847 chr5:126163206(+) A-G intron -    22484847 chr5:126163232(+) A-G intron -    22484847 chr5:126164427(+) A-G intron -    22484847 chr5:126164457(+) A-G intron -    22484847 chr5:126167681(+) A-G intron -    22484847 chr5:126167744(+) A-G intron -    22484847 chr5:126167779(+) A-G intron -    22484847 chr5:126167810(+) A-G intron -    22484847 chr5:126168131(+) A-G intron -    22484847 chr5:126168153(+) A-G intron -    22484847 chr5:126168175(+) A-G intron -    22484847 chr5:126169967(+) A-G intron -    22484847 chr5:126169991(+) A-G intron -    22484847 chr5:126170023(+) A-G intron -    22484847 chr5:126170071(+) A-G intron -    22484847 chr5:126170073(+) A-G intron -    22484847 chr5:126170371(+) A-G intron -    22484847 chr5:126170509(+) A-G intron -    22484847 chr5:126164611(+) A-G intron -    22484847 chr5:126164612(+) A-G intron -    22484847 chr5:126164640(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165183(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165188(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165189(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165201(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165259(+) A-G intron -    22484847 chr5:126165279(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	LMNB1	chr5:126112448-126112449(+) m6A 5'UTR       25456834 chr5:126112589-126112590(+) m6A 5'UTR       25456834 chr5:126112849-126112850(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863 chr5:126112885-126112886(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24209618//24981863 chr5:126113369-126113370(+) m6A CDS//intron       22575960 chr5:126113449-126113450(+) m6A CDS//exon//intron       22575960 chr5:126113538-126113539(+) m6A CDS//exon//intron       - chr5:126123965-126123966(+) Gm intron       - chr5:126140511-126140512(+) Y CDS//exon       26075521 chr5:126145970-126145971(+) Gm CDS//exon       - chr5:126146027-126146028(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960 chr5:126147436-126147437(+) m6A exon//intron       24981863 chr5:126147478-126147479(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:126147526-126147527(+) m6A CDS//exon       24981863 chr5:126154650-126154651(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126154671-126154672(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126154695-126154696(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126154756-126154757(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126154785-126154786(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126154810-126154811(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126161761-126161762(+) Am 3'UTR//CDS//exon       - chr5:126168415-126168416(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//27773535 chr5:126168477-126168478(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126171917-126171918(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr5:126172173-126172174(+) m6A 3'UTR//exon       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	LMNB1	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: bkv-miR-B1-5p
Interactor2: LMNB1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg