Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00569863

  Virus:  

Macacine alphaherpesvirus 1 (CeHV-1)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hbv-miR-B26-5p:  MIMAT0031771          TRIM38:  NM_006355     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hbv-miR-B26-5p	TRIM38
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0031771	10475
Organism	Macacine alphaherpesvirus 1 (CeHV-1)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	RNF15//RORET

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TRIM38	chr6:25977771(+) A-I      intronic chr6:25977755(+) A-I      intronic chr6:25976642(+) A-I      intronic chr6:25977702(+) A-I      intronic chr6:25977697(+) A-I      intronic chr6:25977688(+) A-I      intronic chr6:25978969(+) A-I      intronic chr6:25978828(+) A-I      intronic chr6:25977678(+) A-I      intronic chr6:25978761(+) A-I      intronic chr6:25978505(+) A-I      intronic chr6:25965993(+) A-I      intronic chr6:25965990(+) A-I      intronic chr6:25965791(+) A-I      intronic chr6:25965770(+) A-I      intronic chr6:25965734(+) A-I      intronic chr6:25965708(+) A-I      intronic chr6:25965302(+) A-I      intronic chr6:25965261(+) A-I      intronic chr6:25965079(+) A-I      intronic chr6:25979105(+) A-I      intronic chr6:25965771(+) A-I      intronic chr6:25975575(+) A-I      intronic chr6:25984905(+) A-I      3'UTR chr6:25984900(+) A-I      3'UTR chr6:25984863(+) A-I      3'UTR chr6:25984892(+) A-I      3'UTR chr6:25984878(+) A-I      3'UTR chr6:25984911(+) A-I      3'UTR chr6:25977512(+) A-I      intronic chr6:25977643(+) A-I      intronic chr6:25983271(+) A-I      intronic chr6:25977820(+) A-I      intronic chr6:25978503(+) A-I      intronic chr6:25976596(+) A-I      intronic chr6:25976575(+) A-I      intronic chr6:25978988(+) A-I      intronic chr6:25977816(+) A-I      intronic chr6:25977593(+) A-I      intronic chr6:25965984(+) A-I      intronic chr6:25977669(+) A-I      intronic chr6:25984887(+) A-I      3'UTR chr6:25985045(+) A-I      3'UTR chr6:25985008(+) A-I      3'UTR chr6:25985007(+) A-I      3'UTR chr6:25984995(+) A-I      3'UTR chr6:25984852(+) A-I      3'UTR chr6:25977507(+) A-I      intronic chr6:25966009(+) A-I      intronic chr6:25965139(+) A-I      intronic chr6:25979061(+) A-I      intronic chr6:25977748(+) A-I      intronic chr6:25976552(+) A-I      intronic chr6:25965063(+) A-I      intronic chr6:25977683(+) A-I      intronic chr6:25965710(+) A-I      intronic chr6:25965134(+) A-I      intronic chr6:25977733(+) A-I      intronic chr6:25977823(+) A-I      intronic chr6:25975698(+) A-I      intronic chr6:25978868(+) A-I      intronic chr6:25977575(+) A-I      intronic chr6:25976733(+) A-I      intronic chr6:25965769(+) A-I      intronic chr6:25978870(+) A-I      intronic chr6:25978918(+) A-I      intronic chr6:25978846(+) A-I      intronic chr6:25975569(+) A-I      intronic chr6:25979034(+) A-I      intronic chr6:25978829(+) A-I      intronic chr6:25965140(+) A-I      intronic chr6:25983052(+) A-I      intronic chr6:25979170(+) A-I      intronic chr6:25978995(+) A-I      intronic chr6:25978841(+) A-I      intronic chr6:25977653(+) A-I      intronic chr6:25977531(+) A-I      intronic chr6:25977747(+) A-I      intronic chr6:25976761(+) A-I      intronic chr6:25977485(+) A-I      intronic chr6:25977751(+) A-I      intronic chr6:25976581(+) A-I      intronic chr6:25965987(+) A-I      intronic chr6:25976582(+) A-I      intronic chr6:25977595(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TRIM38	chr6:25977485(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr6:25977669(+) A-I intron -    22327324 chr6:25970570(+) A-I intron -    21960545 chr6:25970623(+) A-I intron -    21960545 chr6:25976596(+) A-I intron -    21960545 chr6:25977477(+) A-I intron -    21960545 chr6:25978503(+) A-I intron -    21960545 chr6:25978505(+) A-I intron -    21960545 chr6:25965063(+) A-G intron -    22484847 chr6:25965134(+) A-G intron -    22484847 chr6:25965139(+) A-G intron -    22484847 chr6:25965769(+) A-G intron -    22484847 chr6:25965987(+) A-G intron -    22484847 chr6:25965999(+) A-G intron -    22484847 chr6:25966009(+) A-G intron -    22484847 chr6:25966070(+) A-G intron -    22484847 chr6:25975715(+) T-C intron -    22484847 chr6:25976515(+) A-G intron -    22484847 chr6:25976552(+) A-G intron -    22484847 chr6:25976575(+) A-G intron -    22484847 chr6:25976608(+) A-G intron -    22484847 chr6:25976613(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977485(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977507(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977512(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977550(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977642(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977643(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977669(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977683(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977748(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977751(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977777(+) A-G intron -    22484847 chr6:25977820(+) A-G intron -    22484847 chr6:25978988(+) A-G intron -    22484847 chr6:25979170(+) A-G intron -    22484847 chr6:25983190(+) A-G intron -    22484847 chr6:25983196(+) A-G intron -    22484847 chr6:25983271(+) A-G intron -    22484847 chr6:25984829(+) A-G intron -    22484847 chr6:25984995(+) A-G intron -    22484847 chr6:25985045(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TRIM38	chr6:25963068-25963069(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:25963276-25963277(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:25963305-25963306(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:25963327-25963328(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:25963333-25963334(+) m6A 5'UTR       24981863 chr6:25966823-25966824(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:25966845-25966846(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:25966874-25966875(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:25966886-25966887(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:25966915-25966916(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr6:25967034-25967035(+) m6A CDS       22608085 chr6:25969578-25969579(+) m6A CDS       - chr6:25972116-25972117(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr6:25972203-25972204(+) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:25972210-25972211(+) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:25972221-25972222(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr6:25972229-25972230(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr6:25972263-25972264(+) m6A CDS       24981863//27773535//22608085 chr6:25972284-25972285(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr6:25973422-25973423(+) m6A CDS       - chr6:25973445-25973446(+) m6A CDS       - chr6:25973476-25973477(+) Y CDS       26075521 chr6:25983428-25983429(+) m6A CDS       24981863 chr6:25983452-25983453(+) m6A CDS       24981863//22575960//22608085 chr6:25983487-25983488(+) m6A CDS       24981863//22575960//22608085 chr6:25983585-25983586(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:25983666-25983667(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:25983766-25983767(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr6:25984024-25984025(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr6:25984076-25984077(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:25984113-25984114(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:25984271-25984272(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr6:25984323-25984324(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:25984328-25984329(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:25984333-25984334(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:25984416-25984417(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:25984439-25984440(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:25984471-25984472(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:25984524-25984525(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr6:25984580-25984581(+) m6A 3'UTR       - chr6:25986168-25986169(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986178-25986179(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986307-25986308(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986374-25986375(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986388-25986389(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986429-25986430(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986459-25986460(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986908-25986909(+) m6A 3'UTR       24981863 chr6:25986995-25986996(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	TRIM38	Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hbv-miR-B26-5p
Interactor2: TRIM38

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	VmiReg