Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00517983

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          ZNF680:  NM_001130022     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	ZNF680
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	340252
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ZNF680	chr7:64020669(-) A-I      intronic chr7:64020670(-) A-I      intronic chr7:64020695(-) A-I      intronic chr7:64020743(-) A-I      intronic chr7:64020942(-) A-I      intronic chr7:64021090(-) A-I      intronic chr7:64021176(-) A-I      intronic chr7:64022191(-) A-I      intronic chr7:64003248(-) A-I      intronic chr7:63986852(-) A-I      Syn:Ser->Ser chr7:64021050(-) A-I      intronic chr7:64012682(-) A-I      intronic chr7:64012528(-) A-I      intronic chr7:64006940(-) A-I      intronic chr7:63984700(-) A-I      intronic chr7:64014101(-) A-I      intronic chr7:64003255(-) A-I      intronic chr7:64003250(-) A-I      intronic chr7:64020773(-) A-I      intronic chr7:64003233(-) A-I      intronic chr7:64003225(-) A-I      intronic chr7:64003199(-) A-I      intronic chr7:64003198(-) A-I      intronic chr7:63984033(-) A-I      intronic chr7:63984239(-) A-I      intronic chr7:63984598(-) A-I      intronic chr7:63987529(-) A-I      intronic chr7:63987534(-) A-I      intronic chr7:63987590(-) A-I      intronic chr7:63987597(-) A-I      intronic chr7:63987615(-) A-I      intronic chr7:63996245(-) A-I      intronic chr7:63996316(-) A-I      intronic chr7:63997281(-) A-I      intronic chr7:63999265(-) A-I      intronic chr7:63999387(-) A-I      intronic chr7:63999397(-) A-I      intronic chr7:64000101(-) A-I      intronic chr7:64000107(-) A-I      intronic chr7:64000266(-) A-I      intronic chr7:64000294(-) A-I      intronic chr7:64000324(-) A-I      intronic chr7:64000871(-) A-I      intronic chr7:64000878(-) A-I      intronic chr7:64003217(-) A-I      intronic chr7:64003252(-) A-I      intronic chr7:64003256(-) A-I      intronic chr7:64003259(-) A-I      intronic chr7:64005454(-) A-I      intronic chr7:64005566(-) A-I      intronic chr7:64005608(-) A-I      intronic chr7:64005628(-) A-I      intronic chr7:64006899(-) A-I      intronic chr7:64006908(-) A-I      intronic chr7:64006956(-) A-I      intronic chr7:64007045(-) A-I      intronic chr7:64012580(-) A-I      intronic chr7:64012596(-) A-I      intronic chr7:64012602(-) A-I      intronic chr7:64012605(-) A-I      intronic chr7:64012630(-) A-I      intronic chr7:64013341(-) A-I      intronic chr7:64018118(-) A-I      intronic chr7:64018145(-) A-I      intronic chr7:64019894(-) A-I      intronic chr7:64019944(-) A-I      intronic chr7:64020665(-) A-I      intronic chr7:64021046(-) A-I      intronic chr7:63999470(-) A-I      intronic chr7:64006869(-) A-I      intronic chr7:64021024(-) A-I      intronic chr7:63997202(-) A-I      intronic chr7:64018155(-) A-I      intronic chr7:64021107(-) A-I      intronic chr7:63997275(-) A-I      intronic chr7:64007034(-) A-I      intronic chr7:63984690(-) A-I      intronic chr7:63999252(-) A-I      intronic chr7:63987577(-) A-I      intronic chr7:64020671(-) A-I      intronic chr7:63997348(-) A-I      intronic chr7:64018061(-) A-I      intronic chr7:63984586(-) A-I      intronic chr7:64012668(-) A-I      intronic chr7:64010176(-) A-I      intronic chr7:64020124(-) A-I      intronic chr7:64012720(-) A-I      intronic chr7:64013421(-) A-I      intronic chr7:64018119(-) A-I      intronic chr7:64020010(-) A-I      intronic chr7:64020946(-) A-I      intronic chr7:64012537(-) A-I      intronic chr7:64005420(-) A-I      intronic chr7:63996259(-) A-I      intronic chr7:64021127(-) A-I      intronic chr7:64005439(-) A-I      intronic chr7:63986851(-) A-I      NonSyn:Ser->Gly chr7:63984207(-) A-I      intronic chr7:64012478(-) A-I      intronic chr7:64013321(-) A-I      intronic chr7:64000811(-) A-I      intronic chr7:64003205(-) A-I      intronic chr7:64020719(-) A-I      intronic chr7:64012473(-) A-I      intronic chr7:64013382(-) A-I      intronic chr7:63987609(-) A-I      intronic chr7:64000154(-) A-I      intronic chr7:63997223(-) A-I      intronic chr7:64013338(-) A-I      intronic chr7:64007009(-) A-I      intronic chr7:64000284(-) A-I      intronic chr7:63984611(-) A-I      intronic chr7:64019996(-) A-I      intronic chr7:64020606(-) A-I      intronic chr7:64020927(-) A-I      intronic chr7:64021184(-) A-I      intronic chr7:64010193(-) A-I      intronic chr7:64017770(-) A-I      intronic chr7:63984768(-) A-I      intronic chr7:64020933(-) A-I      intronic chr7:64020599(-) A-I      intronic chr7:64007107(-) A-I      intronic chr7:64012569(-) A-I      intronic chr7:64019997(-) A-I      intronic chr7:64012560(-) A-I      intronic chr7:64000113(-) A-I      intronic chr7:64013465(-) A-I      intronic chr7:64012663(-) A-I      intronic chr7:63984803(-) A-I      intronic chr7:64021078(-) A-I      intronic chr7:63997228(-) A-I      intronic chr7:64013497(-) A-I      intronic chr7:64003244(-) A-I      intronic chr7:64003200(-) A-I      intronic chr7:64020674(-) A-I      intronic chr7:63999336(-) A-I      intronic chr7:64005471(-) A-I      intronic chr7:64020686(-) A-I      intronic chr7:64007088(-) A-I      intronic chr7:64018158(-) A-I      intronic chr7:64019983(-) A-I      intronic chr7:63984697(-) A-I      intronic chr7:64013247(-) A-I      intronic chr7:64021042(-) A-I      intronic chr7:64000094(-) A-I      intronic chr7:63984035(-) A-I      intronic chr7:64021027(-) A-I      intronic chr7:64000282(-) A-I      intronic chr7:64000761(-) A-I      intronic chr7:64020520(-) A-I      intronic chr7:63984720(-) A-I      intronic chr7:64005611(-) A-I      intronic chr7:63987504(-) A-I      intronic chr7:64020629(-) A-I      intronic chr7:63984179(-) A-I      intronic chr7:63984143(-) A-I      intronic chr7:63999264(-) A-I      intronic chr7:64000102(-) A-I      intronic chr7:64005542(-) A-I      intronic chr7:64021066(-) A-I      intronic chr7:64018104(-) A-I      intronic chr7:64018081(-) A-I      intronic chr7:64020742(-) A-I      intronic chr7:63997380(-) A-I      intronic chr7:64003363(-) A-I      intronic chr7:63987370(-) A-I      intronic chr7:64018167(-) A-I      intronic chr7:64017470(-) A-I      intronic chr7:63992494(-) A-I      intronic chr7:63987445(-) A-I      intronic chr7:64007083(-) A-I      intronic chr7:64020781(-) A-I      intronic chr7:63984142(-) A-I      intronic chr7:64020656(-) A-I      intronic chr7:64003253(-) A-I      intronic chr7:64020987(-) A-I      intronic chr7:64005533(-) A-I      intronic chr7:63998049(-) A-I      intronic chr7:64020931(-) A-I      intronic chr7:63998186(-) A-I      intronic chr7:64000834(-) A-I      intronic chr7:64007064(-) A-I      intronic chr7:64010239(-) A-I      intronic chr7:64020588(-) A-I      intronic chr7:64000768(-) A-I      intronic chr7:64013356(-) A-I      intronic chr7:63997336(-) A-I      intronic chr7:64013477(-) A-I      intronic chr7:63987611(-) A-I      intronic chr7:64007011(-) A-I      intronic chr7:63987533(-) A-I      intronic chr7:63997259(-) A-I      intronic chr7:63987507(-) A-I      intronic chr7:64020668(-) A-I      intronic chr7:63986865(-) A-I      NonSyn:Glu->Gly chr7:64012467(-) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ZNF680	chr7:63984142(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984143(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984169(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984179(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984207(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984253(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984586(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984690(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984768(-) A-G intron -    22484847 chr7:63984803(-) A-G intron -    22484847 chr7:63987504(-) A-G intron -    22484847 chr7:63987533(-) A-G intron -    22484847 chr7:63987608(-) A-G intron -    22484847 chr7:63987611(-) A-G intron -    22484847 chr7:63999326(-) A-G intron -    22484847 chr7:63999336(-) A-G intron -    22484847 chr7:63999470(-) A-G intron -    22484847 chr7:63999478(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000094(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000102(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000113(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000284(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000811(-) A-G intron -    22484847 chr7:64000834(-) A-G intron -    22484847 chr7:64003356(-) A-G intron -    22484847 chr7:64003363(-) A-G intron -    22484847 chr7:64005611(-) A-G intron -    22484847 chr7:64006937(-) A-G intron -    22484847 chr7:64006999(-) A-G intron -    22484847 chr7:64007009(-) A-G intron -    22484847 chr7:64007011(-) A-G intron -    22484847 chr7:64007083(-) A-G intron -    22484847 chr7:64009505(-) C-T intron -    22484847 chr7:64012461(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012473(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012560(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012569(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012624(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012658(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012663(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012668(-) A-G intron -    22484847 chr7:64012720(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013247(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013321(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013332(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013338(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013356(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013392(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013421(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013451(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013465(-) A-G intron -    22484847 chr7:64013497(-) A-G intron -    22484847 chr7:64018081(-) A-G intron -    22484847 chr7:64019919(-) A-G intron -    22484847 chr7:64019996(-) A-G intron -    22484847 chr7:64019997(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020010(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020087(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020124(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020606(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020629(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020671(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020686(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020719(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020742(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020751(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020781(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020986(-) A-G intron -    22484847 chr7:64020987(-) A-G intron -    22484847 chr7:64021066(-) A-G intron -    22484847 chr7:64021107(-) A-G intron -    22484847 chr7:64021108(-) A-G intron -    22484847 chr7:64021184(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ZNF680	chr7:63980274-63980275(-) m6A 3'UTR       27773535 chr7:63980826-63980827(-) m6A 3'UTR       27773535 chr7:63980839-63980840(-) m6A 3'UTR       27773535 chr7:63980965-63980966(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63980980-63980981(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63980996-63980997(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981061-63981062(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981081-63981082(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981172-63981173(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981212-63981213(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981388-63981389(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981416-63981417(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981499-63981500(-) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:63981517-63981518(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63981526-63981527(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63981536-63981537(-) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63981574-63981575(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63981583-63981584(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63981610-63981611(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63981667-63981668(-) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63981919-63981920(-) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:63981946-63981947(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//27371828//22608085 chr7:63981956-63981957(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//27371828//22608085 chr7:63982030-63982031(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//27371828//22608085 chr7:63982040-63982041(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//27371828//22608085 chr7:63982087-63982088(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//27371828//22608085 chr7:63982114-63982115(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63982124-63982125(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63982142-63982143(-) m6A CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr7:63982171-63982172(-) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:63982259-63982260(-) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:63982282-63982283(-) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:63982339-63982340(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:63982366-63982367(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:63982423-63982424(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:63982450-63982451(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:63982622-63982623(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:63982689-63982690(-) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63982708-63982709(-) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63982783-63982784(-) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr7:63982853-63982854(-) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22608085 chr7:64021386-64021387(-) m6A exon//intron       27773535 chr7:64021460-64021461(-) m6A exon//intron       27773535 chr7:64021500-64021501(-) m6A exon//intron       27773535 chr7:64021544-64021545(-) m6A exon//intron       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ZNF680	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: ZNF680

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.