Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00512872

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          RINT1:  NM_021930     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	RINT1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	60561
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ILFS3//RINT-1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RINT1	chr7:105182639(+) A-I      intronic chr7:105181740(+) A-I      intronic chr7:105181725(+) A-I      intronic chr7:105182173(+) A-I      ncRNA chr7:105181722(+) A-I      intronic chr7:105181436(+) A-I      intronic chr7:105181429(+) A-I      intronic chr7:105181364(+) A-I      intronic chr7:105180917(+) A-I      intronic chr7:105180866(+) A-I      intronic chr7:105199018(+) A-I      intronic chr7:105199802(+) A-I      intronic chr7:105199829(+) A-I      intronic chr7:105199845(+) A-I      intronic chr7:105200082(+) A-I      intronic chr7:105201285(+) A-I      intronic chr7:105201737(+) A-I      intronic chr7:105201765(+) A-I      intronic chr7:105201815(+) A-I      intronic chr7:105202192(+) A-I      intronic chr7:105202229(+) A-I      intronic chr7:105202230(+) A-I      intronic chr7:105202231(+) A-I      intronic chr7:105203091(+) A-I      intronic chr7:105203099(+) A-I      intronic chr7:105182033(+) A-I      intronic chr7:105181387(+) A-I      intronic chr7:105203207(+) A-I      intronic chr7:105203299(+) A-I      intronic chr7:105181359(+) A-I      intronic chr7:105181074(+) A-I      intronic chr7:105181011(+) A-I      intronic chr7:105180889(+) A-I      intronic chr7:105180668(+) A-I      intronic chr7:105180600(+) A-I      intronic chr7:105182072(+) A-I      ncRNA chr7:105182073(+) A-I      ncRNA chr7:105198662(+) A-I      intronic chr7:105182058(+) A-I      ncRNA chr7:105182211(+) A-I      ncRNA chr7:105180545(+) A-I      intronic chr7:105182036(+) A-I      intronic chr7:105179925(+) A-I      intronic chr7:105178093(+) A-I      intronic chr7:105181409(+) A-I      intronic chr7:105181758(+) A-I      intronic chr7:105181764(+) A-I      intronic chr7:105181951(+) A-I      intronic chr7:105178652(+) A-I      intronic chr7:105178601(+) A-I      intronic chr7:105178718(+) A-I      intronic chr7:105182045(+) A-I      intronic chr7:105178569(+) A-I      intronic chr7:105182723(+) A-I      intronic chr7:105182727(+) A-I      intronic chr7:105183461(+) A-I      intronic chr7:105183468(+) A-I      intronic chr7:105183522(+) A-I      intronic chr7:105183539(+) A-I      intronic chr7:105184283(+) A-I      intronic chr7:105184350(+) A-I      intronic chr7:105184359(+) A-I      intronic chr7:105184360(+) A-I      intronic chr7:105184432(+) A-I      intronic chr7:105184436(+) A-I      intronic chr7:105184937(+) A-I      intronic chr7:105184951(+) A-I      intronic chr7:105184968(+) A-I      intronic chr7:105185011(+) A-I      intronic chr7:105185015(+) A-I      intronic chr7:105185071(+) A-I      intronic chr7:105178557(+) A-I      intronic chr7:105185082(+) A-I      intronic chr7:105185091(+) A-I      intronic chr7:105178544(+) A-I      intronic chr7:105178539(+) A-I      intronic chr7:105178490(+) A-I      intronic chr7:105178485(+) A-I      intronic chr7:105178483(+) A-I      intronic chr7:105178204(+) A-I      intronic chr7:105178172(+) A-I      intronic chr7:105178156(+) A-I      intronic chr7:105178091(+) A-I      intronic chr7:105178038(+) A-I      intronic chr7:105177739(+) A-I      intronic chr7:105177707(+) A-I      intronic chr7:105177677(+) A-I      intronic chr7:105177658(+) A-I      intronic chr7:105177634(+) A-I      intronic chr7:105177633(+) A-I      intronic chr7:105176798(+) A-I      intronic chr7:105178712(+) A-I      intronic chr7:105182667(+) A-I      intronic chr7:105185747(+) A-I      intronic chr7:105186114(+) A-I      intronic chr7:105186178(+) A-I      intronic chr7:105186368(+) A-I      intronic chr7:105186392(+) A-I      intronic chr7:105186423(+) A-I      intronic chr7:105187119(+) A-I      intronic chr7:105187156(+) A-I      intronic chr7:105187194(+) A-I      intronic chr7:105187272(+) A-I      intronic chr7:105192361(+) A-I      intronic chr7:105194134(+) A-I      intronic chr7:105194415(+) A-I      intronic chr7:105196294(+) A-I      intronic chr7:105196316(+) A-I      intronic chr7:105198547(+) A-I      intronic chr7:105198552(+) A-I      intronic chr7:105198650(+) A-I      intronic chr7:105198667(+) A-I      intronic chr7:105182063(+) A-I      ncRNA chr7:105182081(+) A-I      ncRNA chr7:105182087(+) A-I      ncRNA chr7:105182129(+) A-I      ncRNA chr7:105182138(+) A-I      ncRNA chr7:105181559(+) A-I      intronic chr7:105181806(+) A-I      intronic chr7:105193812(+) A-I      intronic chr7:105177851(+) A-I      intronic chr7:105182175(+) A-I      ncRNA chr7:105181388(+) A-I      intronic chr7:105196736(+) A-I      intronic chr7:105182212(+) A-I      ncRNA chr7:105178623(+) A-I      intronic chr7:105201713(+) A-I      intronic chr7:105182178(+) A-I      ncRNA chr7:105182076(+) A-I      ncRNA chr7:105180848(+) A-I      intronic chr7:105185788(+) A-I      intronic chr7:105201828(+) A-I      intronic chr7:105200116(+) A-I      intronic chr7:105181410(+) A-I      intronic chr7:105201348(+) A-I      intronic chr7:105201297(+) A-I      intronic chr7:105180666(+) A-I      intronic chr7:105192372(+) A-I      intronic chr7:105178208(+) A-I      intronic chr7:105177839(+) A-I      intronic chr7:105180089(+) A-I      intronic chr7:105181496(+) A-I      intronic chr7:105177869(+) A-I      intronic chr7:105184282(+) A-I      intronic chr7:105186073(+) A-I      intronic chr7:105178459(+) A-I      intronic chr7:105178162(+) A-I      intronic chr7:105200057(+) A-I      intronic chr7:105199151(+) A-I      intronic chr7:105181509(+) A-I      intronic chr7:105182047(+) A-I      intronic chr7:105202057(+) A-I      intronic chr7:105182016(+) A-I      intronic chr7:105201333(+) A-I      intronic chr7:105177678(+) A-I      intronic chr7:105199173(+) A-I      intronic chr7:105202883(+) A-I      intronic chr7:105178649(+) A-I      intronic chr7:105180790(+) A-I      intronic chr7:105201939(+) A-I      intronic chr7:105192258(+) A-I      intronic chr7:105184479(+) A-I      intronic chr7:105183544(+) A-I      intronic chr7:105182645(+) A-I      intronic chr7:105181845(+) A-I      intronic chr7:105205223(+) A-I      intronic chr7:105180631(+) A-I      intronic chr7:105181389(+) A-I      intronic chr7:105178027(+) A-I      intronic chr7:105199211(+) A-I      intronic chr7:105193221(+) A-I      intronic chr7:105177682(+) A-I      intronic chr7:105182630(+) A-I      intronic chr7:105201268(+) A-I      intronic chr7:105182711(+) A-I      intronic chr7:105201191(+) A-I      intronic chr7:105187065(+) A-I      intronic chr7:105203920(+) A-I      intronic chr7:105181640(+) A-I      intronic chr7:105201895(+) A-I      intronic chr7:105182661(+) A-I      intronic chr7:105178265(+) A-I      intronic chr7:105198621(+) A-I      intronic chr7:105178267(+) A-I      intronic chr7:105203912(+) A-I      intronic chr7:105180595(+) A-I      intronic chr7:105181858(+) A-I      intronic chr7:105205291(+) A-I      intronic chr7:105199055(+) A-I      intronic chr7:105177723(+) A-I      intronic chr7:105177751(+) A-I      intronic chr7:105203888(+) A-I      intronic chr7:105201403(+) A-I      intronic chr7:105181106(+) A-I      intronic chr7:105181608(+) A-I      intronic chr7:105180028(+) A-I      intronic chr7:105201199(+) A-I      intronic chr7:105177671(+) A-I      intronic chr7:105187161(+) A-I      intronic chr7:105181045(+) A-I      intronic chr7:105178706(+) A-I      intronic chr7:105201773(+) A-I      intronic chr7:105180626(+) A-I      intronic chr7:105177756(+) A-I      intronic chr7:105205286(+) A-I      intronic chr7:105178067(+) A-I      intronic chr7:105178140(+) A-I      intronic chr7:105186380(+) A-I      intronic chr7:105177760(+) A-I      intronic chr7:105204715(+) A-I      intronic chr7:105205329(+) A-I      intronic chr7:105178579(+) A-I      intronic chr7:105180883(+) A-I      intronic chr7:105181445(+) A-I      intronic chr7:105196631(+) A-I      intronic chr7:105181741(+) A-I      intronic chr7:105178268(+) A-I      intronic chr7:105181054(+) A-I      intronic chr7:105184459(+) A-I      intronic chr7:105181385(+) A-I      intronic chr7:105176106(+) A-I      intronic chr7:105180779(+) A-I      intronic chr7:105198576(+) A-I      intronic chr7:105187203(+) A-I      intronic chr7:105202801(+) A-I      intronic chr7:105180918(+) A-I      intronic chr7:105178699(+) A-I      intronic chr7:105181969(+) A-I      intronic chr7:105180858(+) A-I      intronic chr7:105180029(+) A-I      intronic chr7:105178266(+) A-I      intronic chr7:105180721(+) A-I      intronic chr7:105181042(+) A-I      intronic chr7:105182731(+) A-I      intronic chr7:105192394(+) A-I      intronic chr7:105182702(+) A-I      intronic chr7:105204795(+) A-I      intronic chr7:105201383(+) A-I      intronic chr7:105180774(+) A-I      intronic chr7:105182008(+) A-I      intronic chr7:105180850(+) A-I      intronic chr7:105201918(+) A-I      intronic chr7:105178044(+) A-I      intronic chr7:105180035(+) A-I      intronic chr7:105178057(+) A-I      intronic chr7:105187135(+) A-I      intronic chr7:105187162(+) A-I      intronic chr7:105181467(+) A-I      intronic chr7:105201854(+) A-I      intronic chr7:105183471(+) A-I      intronic chr7:105178112(+) A-I      intronic chr7:105198561(+) A-I      intronic chr7:105178228(+) A-I      intronic chr7:105181119(+) A-I      intronic chr7:105196389(+) A-I      intronic chr7:105178585(+) A-I      intronic chr7:105182655(+) A-I      intronic chr7:105182594(+) A-I      intronic chr7:105180929(+) A-I      intronic chr7:105182671(+) A-I      intronic chr7:105186477(+) A-I      intronic chr7:105181546(+) A-I      intronic chr7:105185156(+) A-I      intronic chr7:105177816(+) A-I      intronic chr7:105181476(+) A-I      intronic chr7:105199225(+) A-I      intronic chr7:105201896(+) A-I      intronic chr7:105180656(+) A-I      intronic chr7:105203270(+) A-I      intronic chr7:105185808(+) A-I      intronic chr7:105186416(+) A-I      intronic chr7:105181425(+) A-I      intronic chr7:105186112(+) A-I      intronic chr7:105203918(+) A-I      intronic chr7:105182013(+) A-I      intronic chr7:105178700(+) A-I      intronic chr7:105196653(+) A-I      intronic chr7:105180644(+) A-I      intronic chr7:105204053(+) A-I      intronic chr7:105203869(+) A-I      intronic chr7:105184522(+) A-I      intronic chr7:105181686(+) A-I      intronic chr7:105186390(+) A-I      intronic chr7:105177681(+) A-I      intronic chr7:105185772(+) A-I      intronic chr7:105181516(+) A-I      intronic chr7:105204031(+) A-I      intronic chr7:105186283(+) A-I      intronic chr7:105181348(+) A-I      intronic chr7:105187066(+) A-I      intronic chr7:105185875(+) A-I      intronic chr7:105187111(+) A-I      intronic chr7:105201307(+) A-I      intronic chr7:105178136(+) A-I      intronic chr7:105178495(+) A-I      intronic chr7:105186299(+) A-I      intronic chr7:105186354(+) A-I      intronic chr7:105177695(+) A-I      intronic chr7:105178015(+) A-I      intronic chr7:105180027(+) A-I      intronic chr7:105181767(+) A-I      intronic chr7:105181333(+) A-I      intronic chr7:105181019(+) A-I      intronic chr7:105178650(+) A-I      intronic chr7:105181860(+) A-I      intronic chr7:105184426(+) A-I      intronic chr7:105201261(+) A-I      intronic chr7:105181034(+) A-I      intronic chr7:105177785(+) A-I      intronic chr7:105180741(+) A-I      intronic chr7:105180627(+) A-I      intronic chr7:105202109(+) A-I      intronic chr7:105182707(+) A-I      intronic chr7:105187134(+) A-I      intronic chr7:105182116(+) A-I      ncRNA chr7:105182208(+) A-I      ncRNA chr7:105178189(+) A-I      intronic chr7:105182100(+) A-I      ncRNA chr7:105182102(+) A-I      ncRNA chr7:105182067(+) A-I      ncRNA chr7:105199242(+) A-I      intronic chr7:105182112(+) A-I      ncRNA chr7:105181524(+) A-I      intronic chr7:105182103(+) A-I      ncRNA

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RINT1	chr7:105181423(+) A-I intron -    15545495 chr7:105181425(+) A-I intron -    15545495 chr7:105181445(+) A-I intron -    15258596   //15545495 chr7:105181467(+) A-I intron -    15258596 chr7:105181496(+) A-I intron -    15258596   //15545495 chr7:105181528(+) A-I intron -    15258596 chr7:105180627(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr7:105181858(+) A-I intron -    22327324 chr7:105182594(+) A-I intron -    21960545 chr7:105182661(+) A-I intron -    21960545 chr7:105182702(+) A-I intron -    21960545 chr7:105177671(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177681(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177682(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177751(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177756(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177806(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177816(+) A-G intron -    22484847 chr7:105177839(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178015(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178027(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178136(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178163(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178189(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178266(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178267(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178579(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178585(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178623(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178699(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178700(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178701(+) A-G intron -    22484847 chr7:105178706(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180626(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180627(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180631(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180644(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180666(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180721(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180741(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180779(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180848(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180850(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180858(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180883(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180892(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180929(+) A-G intron -    22484847 chr7:105180977(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181034(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181333(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181348(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181385(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181388(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181389(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181410(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181423(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181425(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181445(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181467(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181470(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181476(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181496(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181516(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181524(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181528(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181608(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181749(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181845(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181858(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181860(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181969(+) A-G intron -    22484847 chr7:105181970(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182008(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182047(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182070(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182076(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182092(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182102(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182116(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182645(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182661(+) A-G intron -    22484847 chr7:105182731(+) A-G intron -    22484847 chr7:105183471(+) A-G intron -    22484847 chr7:105184282(+) A-G intron -    22484847 chr7:105184943(+) A-G intron -    22484847 chr7:105185070(+) T-C intron -    22484847 chr7:105185776(+) A-G intron -    22484847 chr7:105185834(+) A-G intron -    22484847 chr7:105185842(+) A-G intron -    22484847 chr7:105185875(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186073(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186076(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186283(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186299(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186354(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186380(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186390(+) A-G intron -    22484847 chr7:105186416(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187065(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187066(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187111(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187134(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187135(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187160(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187161(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187162(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187203(+) A-G intron -    22484847 chr7:105187255(+) A-G intron -    22484847 chr7:105192257(+) A-G intron -    22484847 chr7:105192258(+) A-G intron -    22484847 chr7:105192394(+) A-G intron -    22484847 chr7:105192404(+) A-G intron -    22484847 chr7:105193812(+) A-G intron -    22484847 chr7:105196653(+) A-G intron -    22484847 chr7:105199055(+) A-G intron -    22484847 chr7:105199151(+) A-G intron -    22484847 chr7:105199719(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201261(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201268(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201713(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201773(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201789(+) A-G intron -    22484847 chr7:105201828(+) A-G intron -    22484847 chr7:105202057(+) A-G intron -    22484847 chr7:105202109(+) A-G intron -    22484847 chr7:105202801(+) A-G intron -    22484847 chr7:105203869(+) A-G intron -    22484847 chr7:105203918(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RINT1	chr7:105172619-105172620(+) m6A 5'UTR       24981863 chr7:105172628-105172629(+) m6A 5'UTR       24981863 chr7:105172708-105172709(+) m6A 5'UTR       24981863 chr7:105172745-105172746(+) m6A 5'UTR       - chr7:105187491-105187492(+) Y 3'UTR//CDS       26075521 chr7:105187745-105187746(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr7:105187768-105187769(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr7:105187775-105187776(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr7:105207945-105207946(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:105207951-105207952(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:105207963-105207964(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:105207972-105207973(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RINT1	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: RINT1

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.