Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00511671

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7903

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          ARL8B:  NM_018184     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	ARL8B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	55207
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ARL10C//Gie1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ARL8B	chr3:5205378(+) A-I      intronic chr3:5205379(+) A-I      intronic chr3:5205393(+) A-I      intronic chr3:5205545(+) A-I      intronic chr3:5208097(+) A-I      intronic chr3:5208206(+) A-I      intronic chr3:5208208(+) A-I      intronic chr3:5208261(+) A-I      intronic chr3:5172318(+) A-I      intronic chr3:5175412(+) A-I      intronic chr3:5202730(+) A-I      intronic chr3:5202769(+) A-I      intronic chr3:5171249(+) A-I      intronic chr3:5169838(+) A-I      intronic chr3:5169837(+) A-I      intronic chr3:5169836(+) A-I      intronic chr3:5169769(+) A-I      intronic chr3:5169741(+) A-I      intronic chr3:5169696(+) A-I      intronic chr3:5169689(+) A-I      intronic chr3:5169510(+) A-I      intronic chr3:5169507(+) A-I      intronic chr3:5169490(+) A-I      intronic chr3:5169447(+) A-I      intronic chr3:5169443(+) A-I      intronic chr3:5169396(+) A-I      intronic chr3:5169392(+) A-I      intronic chr3:5169380(+) A-I      intronic chr3:5169371(+) A-I      intronic chr3:5171312(+) A-I      intronic chr3:5171453(+) A-I      intronic chr3:5171460(+) A-I      intronic chr3:5171470(+) A-I      intronic chr3:5171472(+) A-I      intronic chr3:5171489(+) A-I      intronic chr3:5171588(+) A-I      intronic chr3:5171602(+) A-I      intronic chr3:5171649(+) A-I      intronic chr3:5171690(+) A-I      intronic chr3:5171287(+) A-I      intronic chr3:5165621(+) A-I      intronic chr3:5165817(+) A-I      intronic chr3:5169625(+) A-I      intronic chr3:5169628(+) A-I      intronic chr3:5173588(+) A-I      intronic chr3:5173592(+) A-I      intronic chr3:5173613(+) A-I      intronic chr3:5173614(+) A-I      intronic chr3:5173622(+) A-I      intronic chr3:5202697(+) A-I      intronic chr3:5202708(+) A-I      intronic chr3:5202716(+) A-I      intronic chr3:5202729(+) A-I      intronic chr3:5169586(+) A-I      intronic chr3:5201132(+) A-I      intronic chr3:5201135(+) A-I      intronic chr3:5201158(+) A-I      intronic chr3:5201166(+) A-I      intronic chr3:5201189(+) A-I      intronic chr3:5201193(+) A-I      intronic chr3:5201208(+) A-I      intronic chr3:5201237(+) A-I      intronic chr3:5201239(+) A-I      intronic chr3:5204737(+) A-I      intronic chr3:5204742(+) A-I      intronic chr3:5204772(+) A-I      intronic chr3:5204785(+) A-I      intronic chr3:5204798(+) A-I      intronic chr3:5204802(+) A-I      intronic chr3:5204812(+) A-I      intronic chr3:5204906(+) A-I      intronic chr3:5200870(+) A-I      intronic chr3:5200851(+) A-I      intronic chr3:5200844(+) A-I      intronic chr3:5200765(+) A-I      intronic chr3:5200694(+) A-I      intronic chr3:5193675(+) A-I      intronic chr3:5176734(+) A-I      intronic chr3:5176723(+) A-I      intronic chr3:5175347(+) A-I      intronic chr3:5173350(+) A-I      intronic chr3:5173319(+) A-I      intronic chr3:5173209(+) A-I      intronic chr3:5173205(+) A-I      intronic chr3:5173176(+) A-I      intronic chr3:5172842(+) A-I      intronic chr3:5172763(+) A-I      intronic chr3:5172737(+) A-I      intronic chr3:5172731(+) A-I      intronic chr3:5171814(+) A-I      intronic chr3:5171758(+) A-I      intronic chr3:5171749(+) A-I      intronic chr3:5204924(+) A-I      intronic chr3:5205345(+) A-I      intronic chr3:5205354(+) A-I      intronic chr3:5176586(+) A-I      intronic chr3:5171493(+) A-I      intronic chr3:5200967(+) A-I      intronic chr3:5205416(+) A-I      intronic chr3:5167492(+) A-I      intronic chr3:5200829(+) A-I      intronic chr3:5194399(+) A-I      intronic chr3:5165816(+) A-I      intronic chr3:5171293(+) A-I      intronic chr3:5193582(+) A-I      intronic chr3:5193049(+) A-I      intronic chr3:5200833(+) A-I      intronic chr3:5192315(+) A-I      intronic chr3:5170964(+) A-I      intronic chr3:5202673(+) A-I      intronic chr3:5169395(+) A-I      intronic chr3:5172650(+) A-I      intronic chr3:5173250(+) A-I      intronic chr3:5165767(+) A-I      intronic chr3:5199687(+) A-I      intronic chr3:5194406(+) A-I      intronic chr3:5199869(+) A-I      intronic chr3:5169697(+) A-I      intronic chr3:5176768(+) A-I      intronic chr3:5171371(+) A-I      intronic chr3:5194221(+) A-I      intronic chr3:5205487(+) A-I      intronic chr3:5166220(+) A-I      intronic chr3:5199717(+) A-I      intronic chr3:5199794(+) A-I      intronic chr3:5191898(+) A-I      intronic chr3:5205435(+) A-I      intronic chr3:5173175(+) A-I      intronic chr3:5171732(+) A-I      intronic chr3:5191892(+) A-I      intronic chr3:5169437(+) A-I      intronic chr3:5192054(+) A-I      intronic chr3:5198284(+) A-I      intronic chr3:5191946(+) A-I      intronic chr3:5177845(+) A-I      intronic chr3:5169620(+) A-I      intronic chr3:5172697(+) A-I      intronic chr3:5169597(+) A-I      intronic chr3:5175355(+) A-I      intronic chr3:5205434(+) A-I      intronic chr3:5200834(+) A-I      intronic chr3:5201032(+) A-I      intronic chr3:5171723(+) A-I      intronic chr3:5205283(+) A-I      intronic chr3:5205475(+) A-I      intronic chr3:5200748(+) A-I      intronic chr3:5202733(+) A-I      intronic chr3:5175431(+) A-I      intronic chr3:5165628(+) A-I      intronic chr3:5200934(+) A-I      intronic chr3:5169800(+) A-I      intronic chr3:5169619(+) A-I      intronic chr3:5193007(+) A-I      intronic chr3:5199934(+) A-I      intronic chr3:5167357(+) A-I      intronic chr3:5169355(+) A-I      intronic chr3:5193626(+) A-I      intronic chr3:5201033(+) A-I      intronic chr3:5200825(+) A-I      intronic chr3:5169398(+) A-I      intronic chr3:5175435(+) A-I      intronic chr3:5165659(+) A-I      intronic chr3:5166174(+) A-I      intronic chr3:5169478(+) A-I      intronic chr3:5170946(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ARL8B	chr3:5199717(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199778(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199794(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199858(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199869(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200748(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200825(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200829(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200833(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200834(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200905(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200934(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200942(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200967(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201032(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201033(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201167(+) A-I intron -    15342557 chr3:5193020(+) A-I intron -    22327324 chr3:5194268(+) A-I intron -    22327324 chr3:5198438(+) A-I intron -    22327324 chr3:5171373(+) A-I intron -    21960545 chr3:5193427(+) A-I intron -    21960545 chr3:5194466(+) T-C intron -    22484847 chr3:5165628(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165652(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165659(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165767(+) A-G intron -    22484847 chr3:5166220(+) A-G intron -    22484847 chr3:5166289(+) C-T intron -    22484847 chr3:5167357(+) A-G intron -    22484847 chr3:5170946(+) A-G intron -    22484847 chr3:5170964(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171371(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171468(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171892(+) A-G intron -    22484847 chr3:5172409(+) T-C intron -    22484847 chr3:5173094(+) G-T intron -    22484847 chr3:5173099(+) A-G intron -    22484847 chr3:5173107(+) A-G intron -    22484847 chr3:5173175(+) A-G intron -    22484847 chr3:5174113(+) A-G intron -    22484847 chr3:5176586(+) A-G intron -    22484847 chr3:5176717(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191888(+) T-C intron -    22484847 chr3:5191891(+) T-C intron -    22484847 chr3:5191892(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191893(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191960(+) T-C intron -    22484847 chr3:5192054(+) A-G intron -    22484847 chr3:5192449(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193020(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193027(+) A-C intron -    22484847 chr3:5193046(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193049(+) A-G intron -    22484847 chr3:5193076(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193082(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193084(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193122(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193128(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194262(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194267(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194268(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194398(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194460(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196058(+) G-T intron -    22484847 chr3:5196059(+) C-G intron -    22484847 chr3:5196087(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196463(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196493(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196517(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196534(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196574(+) G-T intron -    22484847 chr3:5196692(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197726(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197783(+) A-G intron -    22484847 chr3:5197787(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197860(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197863(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198136(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198137(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198198(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198212(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198238(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198278(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198284(+) A-G intron -    22484847 chr3:5198296(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198297(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198368(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198438(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198441(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198559(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198560(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198580(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ARL8B	chr3:5164178-5164179(+) m6A CDS//exon       - chr3:5164249-5164250(+) m6A CDS//exon       - chr3:5220860-5220861(+) m6A 3'UTR       - chr3:5220898-5220899(+) m6A 3'UTR       - chr3:5222478-5222479(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:5222513-5222514(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ARL8B	Chromatin K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: ARL8B

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Prediction-Evidence	miRanda//PITA
Support Database	ViRBase//VmiReg

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.