Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00510773

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          PAIP2:  NR_109830     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	PAIP2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	51247
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	PAIP-2//PAIP2A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PAIP2	chr5:138682516(+) A-I      intronic chr5:138698705(+) A-I      intronic chr5:138698796(+) A-I      intronic chr5:138698890(+) A-I      intronic chr5:138699160(+) A-I      intronic chr5:138699251(+) A-I      intronic chr5:138699253(+) A-I      intronic chr5:138699284(+) A-I      intronic chr5:138699337(+) A-I      intronic chr5:138700605(+) A-I      intronic chr5:138700644(+) A-I      intronic chr5:138700683(+) A-I      intronic chr5:138700686(+) A-I      intronic chr5:138700699(+) A-I      intronic chr5:138700722(+) A-I      intronic chr5:138680755(+) A-I      intronic chr5:138699352(+) A-I      intronic chr5:138698880(+) A-I      intronic chr5:138698450(+) A-I      intronic chr5:138682201(+) A-I      intronic chr5:138683163(+) A-I      intronic chr5:138683611(+) A-I      intronic chr5:138683677(+) A-I      intronic chr5:138698422(+) A-I      intronic chr5:138695049(+) A-I      intronic chr5:138683736(+) A-I      intronic chr5:138683805(+) A-I      intronic chr5:138683933(+) A-I      intronic chr5:138684113(+) A-I      intronic chr5:138684228(+) A-I      intronic chr5:138684267(+) A-I      intronic chr5:138684579(+) A-I      intronic chr5:138695037(+) A-I      intronic chr5:138695017(+) A-I      intronic chr5:138684617(+) A-I      intronic chr5:138685018(+) A-I      intronic chr5:138685188(+) A-I      intronic chr5:138685429(+) A-I      intronic chr5:138685477(+) A-I      intronic chr5:138685606(+) A-I      intronic chr5:138686139(+) A-I      intronic chr5:138687412(+) A-I      intronic chr5:138687447(+) A-I      intronic chr5:138700763(+) A-I      intronic chr5:138687509(+) A-I      intronic chr5:138688381(+) A-I      intronic chr5:138693445(+) A-I      intronic chr5:138693452(+) A-I      intronic chr5:138694965(+) A-I      intronic chr5:138695813(+) A-I      intronic chr5:138696519(+) A-I      intronic chr5:138696520(+) A-I      intronic chr5:138700974(+) A-I      intronic chr5:138700989(+) A-I      intronic chr5:138701188(+) A-I      intronic chr5:138695008(+) A-I      intronic chr5:138703651(+) A-I      intronic chr5:138687474(+) A-I      intronic chr5:138698373(+) A-I      intronic chr5:138696619(+) A-I      intronic chr5:138696708(+) A-I      intronic chr5:138696740(+) A-I      intronic chr5:138697370(+) A-I      intronic chr5:138697378(+) A-I      intronic chr5:138697499(+) A-I      intronic chr5:138697644(+) A-I      intronic chr5:138698239(+) A-I      intronic chr5:138698430(+) A-I      intronic chr5:138698464(+) A-I      intronic chr5:138698509(+) A-I      intronic chr5:138698696(+) A-I      intronic chr5:138681337(+) A-I      intronic chr5:138684991(+) A-I      intronic chr5:138682401(+) A-I      intronic chr5:138695541(+) A-I      intronic chr5:138696307(+) A-I      intronic chr5:138699250(+) A-I      intronic chr5:138683606(+) A-I      intronic chr5:138683165(+) A-I      intronic chr5:138695473(+) A-I      intronic chr5:138696262(+) A-I      intronic chr5:138683665(+) A-I      intronic chr5:138682981(+) A-I      intronic chr5:138685431(+) A-I      intronic chr5:138688550(+) A-I      intronic chr5:138695481(+) A-I      intronic chr5:138685580(+) A-I      intronic chr5:138699247(+) A-I      intronic chr5:138693483(+) A-I      intronic chr5:138696563(+) A-I      intronic chr5:138680935(+) A-I      intronic chr5:138685576(+) A-I      intronic chr5:138686173(+) A-I      intronic chr5:138682766(+) A-I      intronic chr5:138695915(+) A-I      intronic chr5:138695893(+) A-I      intronic chr5:138688591(+) A-I      intronic chr5:138683092(+) A-I      intronic chr5:138698039(+) A-I      intronic chr5:138683814(+) A-I      intronic chr5:138683675(+) A-I      intronic chr5:138696609(+) A-I      intronic chr5:138698849(+) A-I      intronic chr5:138688440(+) A-I      intronic chr5:138695550(+) A-I      intronic chr5:138698680(+) A-I      intronic chr5:138686141(+) A-I      intronic chr5:138682272(+) A-I      intronic chr5:138685437(+) A-I      intronic chr5:138693804(+) A-I      intronic chr5:138687436(+) A-I      intronic chr5:138679612(+) A-I      intronic chr5:138685216(+) A-I      intronic chr5:138686133(+) A-I      intronic chr5:138695858(+) A-I      intronic chr5:138679571(+) A-I      intronic chr5:138699190(+) A-I      intronic chr5:138685118(+) A-I      intronic chr5:138680990(+) A-I      intronic chr5:138694912(+) A-I      intronic chr5:138694991(+) A-I      intronic chr5:138696354(+) A-I      intronic chr5:138699318(+) A-I      intronic chr5:138693426(+) A-I      intronic chr5:138685532(+) A-I      intronic chr5:138682568(+) A-I      intronic chr5:138685847(+) A-I      intronic chr5:138698674(+) A-I      intronic chr5:138696733(+) A-I      intronic chr5:138699241(+) A-I      intronic chr5:138684957(+) A-I      intronic chr5:138685544(+) A-I      intronic chr5:138695617(+) A-I      intronic chr5:138695916(+) A-I      intronic chr5:138685703(+) A-I      intronic chr5:138683182(+) A-I      intronic chr5:138693399(+) A-I      intronic chr5:138699290(+) A-I      intronic chr5:138697524(+) A-I      intronic chr5:138682674(+) A-I      intronic chr5:138683605(+) A-I      intronic chr5:138687489(+) A-I      intronic chr5:138682628(+) A-I      intronic chr5:138679590(+) A-I      intronic chr5:138695048(+) A-I      intronic chr5:138696732(+) A-I      intronic chr5:138688619(+) A-I      intronic chr5:138697547(+) A-I      intronic chr5:138696311(+) A-I      intronic chr5:138699255(+) A-I      intronic chr5:138696205(+) A-I      intronic chr5:138692320(+) A-I      intronic chr5:138688685(+) A-I      intronic chr5:138682290(+) A-I      intronic chr5:138695115(+) A-I      intronic chr5:138685482(+) A-I      intronic chr5:138687549(+) A-I      intronic chr5:138688654(+) A-I      intronic chr5:138685464(+) A-I      intronic chr5:138698879(+) A-I      intronic chr5:138684308(+) A-I      intronic chr5:138684587(+) A-I      intronic chr5:138695839(+) A-I      intronic chr5:138697515(+) A-I      intronic chr5:138688300(+) A-I      intronic chr5:138682363(+) A-I      intronic chr5:138682350(+) A-I      intronic chr5:138683628(+) A-I      intronic chr5:138685744(+) A-I      intronic chr5:138696294(+) A-I      intronic chr5:138685540(+) A-I      intronic chr5:138685539(+) A-I      intronic chr5:138699349(+) A-I      intronic chr5:138688558(+) A-I      intronic chr5:138695821(+) A-I      intronic chr5:138688551(+) A-I      intronic chr5:138682199(+) A-I      intronic chr5:138698925(+) A-I      intronic chr5:138685071(+) A-I      intronic chr5:138690587(+) A-I      intronic chr5:138695592(+) A-I      intronic chr5:138697487(+) A-I      intronic chr5:138683747(+) A-I      intronic chr5:138695011(+) A-I      intronic chr5:138698675(+) A-I      intronic chr5:138679472(+) A-I      intronic chr5:138685630(+) A-I      intronic chr5:138696599(+) A-I      intronic chr5:138698490(+) A-I      intronic chr5:138684231(+) A-I      intronic chr5:138690776(+) A-I      intronic chr5:138698472(+) A-I      intronic chr5:138685490(+) A-I      intronic chr5:138690609(+) A-I      intronic chr5:138694745(+) A-I      intronic chr5:138683198(+) A-I      intronic chr5:138698014(+) A-I      intronic chr5:138697384(+) A-I      intronic chr5:138691395(+) A-I      intronic chr5:138680939(+) A-I      intronic chr5:138699152(+) A-I      intronic chr5:138687514(+) A-I      intronic chr5:138682733(+) A-I      intronic chr5:138698463(+) A-I      intronic chr5:138686239(+) A-I      intronic chr5:138698850(+) A-I      intronic chr5:138681523(+) A-I      intronic chr5:138683714(+) A-I      intronic chr5:138683660(+) A-I      intronic chr5:138696366(+) A-I      intronic chr5:138696587(+) A-I      intronic chr5:138697379(+) A-I      intronic chr5:138698449(+) A-I      intronic chr5:138683957(+) A-I      intronic chr5:138682741(+) A-I      intronic chr5:138688684(+) A-I      intronic chr5:138696308(+) A-I      intronic chr5:138691667(+) A-I      intronic chr5:138692387(+) A-I      intronic chr5:138685538(+) A-I      intronic chr5:138695581(+) A-I      intronic chr5:138693361(+) A-I      intronic chr5:138685848(+) A-I      intronic chr5:138684253(+) A-I      intronic chr5:138699300(+) A-I      intronic chr5:138695928(+) A-I      intronic chr5:138688571(+) A-I      intronic chr5:138698416(+) A-I      intronic chr5:138683685(+) A-I      intronic chr5:138683794(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PAIP2	chr5:138682290(+) A-G intron -    22484847 chr5:138682568(+) A-G intron -    22484847 chr5:138682628(+) A-G intron -    22484847 chr5:138682741(+) A-G intron -    22484847 chr5:138682766(+) A-G intron -    22484847 chr5:138683165(+) A-G intron -    22484847 chr5:138683660(+) A-G intron -    22484847 chr5:138683747(+) A-G intron -    22484847 chr5:138685071(+) A-G intron -    22484847 chr5:138685147(+) A-G intron -    22484847 chr5:138685431(+) A-G intron -    22484847 chr5:138685576(+) A-G intron -    22484847 chr5:138688300(+) A-G intron -    22484847 chr5:138688649(+) T-C intron -    22484847 chr5:138688684(+) A-G intron -    22484847 chr5:138688685(+) A-G intron -    22484847 chr5:138689425(+) A-T intron -    22484847 chr5:138689427(+) G-A intron -    22484847 chr5:138692382(+) A-G intron -    22484847 chr5:138694771(+) T-C intron -    22484847 chr5:138695048(+) A-G intron -    22484847 chr5:138695592(+) A-G intron -    22484847 chr5:138695742(+) A-G intron -    22484847 chr5:138695821(+) A-G intron -    22484847 chr5:138696669(+) T-C intron -    22484847 chr5:138696702(+) T-C intron -    22484847 chr5:138697437(+) T-C intron -    22484847 chr5:138697552(+) T-C intron -    22484847 chr5:138698449(+) A-G intron -    22484847 chr5:138698876(+) A-G intron -    22484847 chr5:138699349(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PAIP2	chr5:138677489-138677490(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863 chr5:138677552-138677553(+) m6A 5'UTR//exon       25456834//24981863 chr5:138678159-138678160(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr5:138679083-138679084(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863 chr5:138699607-138699608(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535 chr5:138699628-138699629(+) m6A exon//intron       24981863//27773535 chr5:138699718-138699719(+) m6A exon//intron       24981863//27773535 chr5:138700312-138700313(+) Gm CDS//exon//intron       - chr5:138700360-138700361(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//26404942//27773535 chr5:138700367-138700368(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//26404942//27773535 chr5:138700379-138700380(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//26404942//27773535 chr5:138700753-138700754(+) m6A exon//intron       - chr5:138705172-138705173(+) m6A 3'UTR       26404942

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	PAIP2	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: PAIP2

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.