Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00508177

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          DCAF7:  NR_073585     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	DCAF7
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	10238
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AN11//HAN11//SWAN-1//WDR68

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	DCAF7	chr17:61634741(+) A-I      intronic chr17:61634117(+) A-I      intronic chr17:61647672(+) A-I      intronic chr17:61647650(+) A-I      intronic chr17:61647653(+) A-I      intronic chr17:61640255(+) A-I      intronic chr17:61640253(+) A-I      intronic chr17:61640248(+) A-I      intronic chr17:61634042(+) A-I      intronic chr17:61634051(+) A-I      intronic chr17:61634075(+) A-I      intronic chr17:61634076(+) A-I      intronic chr17:61634077(+) A-I      intronic chr17:61634113(+) A-I      intronic chr17:61634258(+) A-I      intronic chr17:61634268(+) A-I      intronic chr17:61634304(+) A-I      intronic chr17:61634731(+) A-I      intronic chr17:61634733(+) A-I      intronic chr17:61635279(+) A-I      intronic chr17:61635361(+) A-I      intronic chr17:61635391(+) A-I      intronic chr17:61636028(+) A-I      intronic chr17:61636051(+) A-I      intronic chr17:61636053(+) A-I      intronic chr17:61636520(+) A-I      intronic chr17:61636521(+) A-I      intronic chr17:61636551(+) A-I      intronic chr17:61636552(+) A-I      intronic chr17:61636642(+) A-I      intronic chr17:61650185(+) A-I      intronic chr17:61637088(+) A-I      intronic chr17:61640298(+) A-I      intronic chr17:61643237(+) A-I      intronic chr17:61643238(+) A-I      intronic chr17:61643300(+) A-I      intronic chr17:61643315(+) A-I      intronic chr17:61643342(+) A-I      intronic chr17:61643359(+) A-I      intronic chr17:61643360(+) A-I      intronic chr17:61643364(+) A-I      intronic chr17:61643368(+) A-I      intronic chr17:61644208(+) A-I      intronic chr17:61644427(+) A-I      intronic chr17:61650198(+) A-I      intronic chr17:61650210(+) A-I      intronic chr17:61633716(+) A-I      intronic chr17:61665691(+) A-I      intronic chr17:61653698(+) A-I      intronic chr17:61652494(+) A-I      intronic chr17:61652482(+) A-I      intronic chr17:61652187(+) A-I      intronic chr17:61652158(+) A-I      intronic chr17:61650416(+) A-I      intronic chr17:61650265(+) A-I      intronic chr17:61650253(+) A-I      intronic chr17:61645499(+) A-I      intronic chr17:61637060(+) A-I      intronic chr17:61633729(+) A-I      intronic chr17:61650249(+) A-I      intronic chr17:61650224(+) A-I      intronic chr17:61650223(+) A-I      intronic chr17:61633730(+) A-I      intronic chr17:61633770(+) A-I      intronic chr17:61633809(+) A-I      intronic chr17:61645562(+) A-I      intronic chr17:61645547(+) A-I      intronic chr17:61644439(+) A-I      intronic chr17:61644426(+) A-I      intronic chr17:61645596(+) A-I      intronic chr17:61645507(+) A-I      intronic chr17:61645639(+) A-I      intronic chr17:61647327(+) A-I      intronic chr17:61647600(+) A-I      intronic chr17:61647694(+) A-I      intronic chr17:61647695(+) A-I      intronic chr17:61647704(+) A-I      intronic chr17:61647721(+) A-I      intronic chr17:61648427(+) A-I      intronic chr17:61648440(+) A-I      intronic chr17:61648454(+) A-I      intronic chr17:61648472(+) A-I      intronic chr17:61633702(+) A-I      intronic chr17:61633706(+) A-I      intronic chr17:61645468(+) A-I      intronic chr17:61643339(+) A-I      intronic chr17:61647664(+) A-I      intronic chr17:61635922(+) A-I      intronic chr17:61647551(+) A-I      intronic chr17:61629367(+) A-I      intronic chr17:61636038(+) A-I      intronic chr17:61647775(+) A-I      intronic chr17:61634323(+) A-I      intronic chr17:61650971(+) A-I      intronic chr17:61641194(+) A-I      intronic chr17:61645624(+) A-I      intronic chr17:61647239(+) A-I      intronic chr17:61652549(+) A-I      intronic chr17:61652572(+) A-I      intronic chr17:61644374(+) A-I      intronic chr17:61635331(+) A-I      intronic chr17:61648340(+) A-I      intronic chr17:61641055(+) A-I      intronic chr17:61663993(+) A-I      intronic chr17:61650921(+) A-I      intronic chr17:61645597(+) A-I      intronic chr17:61645556(+) A-I      intronic chr17:61635490(+) A-I      intronic chr17:61647668(+) A-I      intronic chr17:61629292(+) A-I      intronic chr17:61643394(+) A-I      intronic chr17:61652100(+) A-I      intronic chr17:61640421(+) A-I      intronic chr17:61638511(+) A-I      intronic chr17:61645623(+) A-I      intronic chr17:61635350(+) A-I      intronic chr17:61665298(+) A-I      intronic chr17:61665228(+) A-I      intronic chr17:61665205(+) A-I      intronic chr17:61634108(+) A-I      intronic chr17:61638608(+) A-I      intronic chr17:61634063(+) A-I      intronic chr17:61652132(+) A-I      intronic chr17:61634750(+) A-I      intronic chr17:61633983(+) A-I      intronic chr17:61665614(+) A-I      intronic chr17:61645151(+) A-I      intronic chr17:61647636(+) A-I      intronic chr17:61645649(+) A-I      intronic chr17:61634799(+) A-I      intronic chr17:61654194(+) A-I      intronic chr17:61636099(+) A-I      intronic chr17:61638473(+) A-I      intronic chr17:61647240(+) A-I      intronic chr17:61636401(+) A-I      intronic chr17:61640285(+) A-I      intronic chr17:61665649(+) A-I      intronic chr17:61634339(+) A-I      intronic chr17:61633783(+) A-I      intronic chr17:61633810(+) A-I      intronic chr17:61650307(+) A-I      intronic chr17:61650225(+) A-I      intronic chr17:61665611(+) A-I      intronic chr17:61651041(+) A-I      intronic chr17:61650944(+) A-I      intronic chr17:61635973(+) A-I      intronic chr17:61650338(+) A-I      intronic chr17:61633836(+) A-I      intronic chr17:61635430(+) A-I      intronic chr17:61633844(+) A-I      intronic chr17:61650236(+) A-I      intronic chr17:61640325(+) A-I      intronic chr17:61641025(+) A-I      intronic chr17:61648496(+) A-I      intronic chr17:61645162(+) A-I      intronic chr17:61665328(+) A-I      intronic chr17:61650398(+) A-I      intronic chr17:61635947(+) A-I      intronic chr17:61645264(+) A-I      intronic chr17:61636052(+) A-I      intronic chr17:61636078(+) A-I      intronic chr17:61635277(+) A-I      intronic chr17:61644355(+) A-I      intronic chr17:61645451(+) A-I      intronic chr17:61650926(+) A-I      intronic chr17:61644385(+) A-I      intronic chr17:61636622(+) A-I      intronic chr17:61638489(+) A-I      intronic chr17:61647639(+) A-I      intronic chr17:61640449(+) A-I      intronic chr17:61647605(+) A-I      intronic chr17:61636998(+) A-I      intronic chr17:61665268(+) A-I      intronic chr17:61650333(+) A-I      intronic chr17:61643611(+) A-I      intronic chr17:61636461(+) A-I      intronic chr17:61650367(+) A-I      intronic chr17:61635326(+) A-I      intronic chr17:61638470(+) A-I      intronic chr17:61642443(+) A-I      intronic chr17:61635422(+) A-I      intronic chr17:61633766(+) A-I      intronic chr17:61638519(+) A-I      intronic chr17:61650298(+) A-I      intronic chr17:61634314(+) A-I      intronic chr17:61634107(+) A-I      intronic chr17:61633975(+) A-I      intronic chr17:61634749(+) A-I      intronic chr17:61650831(+) A-I      intronic chr17:61648426(+) A-I      intronic chr17:61645539(+) A-I      intronic chr17:61645138(+) A-I      intronic chr17:61665300(+) A-I      intronic chr17:61635386(+) A-I      intronic chr17:61644120(+) A-I      intronic chr17:61634081(+) A-I      intronic chr17:61635968(+) A-I      intronic chr17:61665648(+) A-I      intronic chr17:61640286(+) A-I      intronic chr17:61650386(+) A-I      intronic chr17:61635396(+) A-I      intronic chr17:61631472(+) A-I      intronic chr17:61640451(+) A-I      intronic chr17:61640238(+) A-I      intronic chr17:61634255(+) A-I      intronic chr17:61653539(+) A-I      intronic chr17:61647312(+) A-I      intronic chr17:61645045(+) A-I      intronic chr17:61634338(+) A-I      intronic chr17:61640288(+) A-I      intronic chr17:61647213(+) A-I      intronic chr17:61644157(+) A-I      intronic chr17:61647138(+) A-I      intronic chr17:61629359(+) A-I      intronic chr17:61651010(+) A-I      intronic chr17:61640389(+) A-I      intronic chr17:61636017(+) A-I      intronic chr17:61640221(+) A-I      intronic chr17:61659930(+) A-I      intronic chr17:61633675(+) A-I      intronic chr17:61635369(+) A-I      intronic chr17:61663581(+) A-I      intronic chr17:61654110(+) A-I      intronic chr17:61636417(+) A-I      intronic chr17:61636079(+) A-I      intronic chr17:61635281(+) A-I      intronic chr17:61636107(+) A-I      intronic chr17:61640459(+) A-I      intronic chr17:61663711(+) A-I      intronic chr17:61650909(+) A-I      intronic chr17:61635517(+) A-I      intronic chr17:61647174(+) A-I      intronic chr17:61651040(+) A-I      intronic chr17:61650193(+) A-I      intronic chr17:61647760(+) A-I      intronic chr17:61645798(+) A-I      intronic chr17:61645052(+) A-I      intronic chr17:61650279(+) A-I      intronic chr17:61640279(+) A-I      intronic chr17:61652636(+) A-I      intronic chr17:61650217(+) A-I      intronic chr17:61650363(+) A-I      intronic chr17:61647135(+) A-I      intronic chr17:61647132(+) A-I      intronic chr17:61648476(+) A-I      intronic chr17:61644018(+) A-I      intronic chr17:61650148(+) A-I      intronic chr17:61633659(+) A-I      intronic chr17:61642789(+) A-I      intronic chr17:61647093(+) A-I      intronic chr17:61645133(+) A-I      intronic chr17:61635957(+) A-I      intronic chr17:61650263(+) A-I      intronic chr17:61645098(+) A-I      intronic chr17:61634052(+) A-I      intronic chr17:61647663(+) A-I      intronic chr17:61666012(+) A-I      intronic chr17:61645160(+) A-I      intronic chr17:61644386(+) A-I      intronic chr17:61654114(+) A-I      intronic chr17:61636093(+) A-I      intronic chr17:61650830(+) A-I      intronic chr17:61640985(+) A-I      intronic chr17:61635289(+) A-I      intronic chr17:61650321(+) A-I      intronic chr17:61642374(+) A-I      intronic chr17:61638505(+) A-I      intronic chr17:61650359(+) A-I      intronic chr17:61635318(+) A-I      intronic chr17:61635476(+) A-I      intronic chr17:61645486(+) A-I      intronic chr17:61646078(+) A-I      intronic chr17:61635502(+) A-I      intronic chr17:61644400(+) A-I      intronic chr17:61652545(+) A-I      intronic chr17:61640319(+) A-I      intronic chr17:61644048(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	DCAF7	chr17:61633810(+) A-I intron -    22327324 chr17:61640389(+) A-I intron -    22327324 chr17:61633810(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633836(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633844(+) A-G intron -    22484847 chr17:61634397(+) A-T intron -    22484847 chr17:61634750(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635331(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635350(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635396(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636078(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636099(+) A-G intron -    22484847 chr17:61638519(+) A-G intron -    22484847 chr17:61640319(+) A-G intron -    22484847 chr17:61644157(+) A-G intron -    22484847 chr17:61645045(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647132(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647239(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650338(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650359(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650398(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650830(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650831(+) A-G intron -    22484847 chr17:61665268(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	DCAF7	chr17:61627863-61627864(+) m6A 5'UTR       24284625//24981863 chr17:61627959-61627960(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863//22575960 chr17:61628089-61628090(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61628105-61628106(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61629739-61629740(+) m6A exon//intron       - chr17:61660964-61660965(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61660987-61660988(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661023-61661024(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661032-61661033(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61667186-61667187(+) Y 3'UTR//exon//intron       26075521 chr17:61667665-61667666(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667670-61667671(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667688-61667689(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667696-61667697(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667797-61667798(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61668870-61668871(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61668880-61668881(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669377-61669378(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669448-61669449(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669563-61669564(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669687-61669688(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669756-61669757(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669831-61669832(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669838-61669839(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61669853-61669854(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669999-61670000(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670007-61670008(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670524-61670525(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61670652-61670653(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr17:61670795-61670796(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670825-61670826(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670845-61670846(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670869-61670870(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670935-61670936(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//22608085 chr17:61670953-61670954(+) m6A 3'UTR//intron       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	DCAF7	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: DCAF7

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.