Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00506846

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          OGT:  NM_181673     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	OGT
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	8473
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	HINCUT-1//HRNT1//MRX106//O-GLCNAC//OGT1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	OGT	chrX:70784845(+) A-I      intronic chrX:70784848(+) A-I      intronic chrX:70790773(+) A-I      intronic chrX:70769095(+) A-I      intronic chrX:70771961(+) A-I      intronic chrX:70792363(+) A-I      intronic chrX:70791818(+) A-I      intronic chrX:70791786(+) A-I      intronic chrX:70790912(+) A-I      intronic chrX:70790857(+) A-I      intronic chrX:70790851(+) A-I      intronic chrX:70771951(+) A-I      intronic chrX:70771887(+) A-I      intronic chrX:70771965(+) A-I      intronic chrX:70771978(+) A-I      intronic chrX:70769096(+) A-I      intronic chrX:70769375(+) A-I      intronic chrX:70769493(+) A-I      intronic chrX:70771262(+) A-I      intronic chrX:70771320(+) A-I      intronic chrX:70771321(+) A-I      intronic chrX:70771322(+) A-I      intronic chrX:70771323(+) A-I      intronic chrX:70771439(+) A-I      intronic chrX:70790770(+) A-I      intronic chrX:70790675(+) A-I      intronic chrX:70790132(+) A-I      intronic chrX:70789991(+) A-I      intronic chrX:70789952(+) A-I      intronic chrX:70789947(+) A-I      intronic chrX:70789528(+) A-I      intronic chrX:70771993(+) A-I      intronic chrX:70772025(+) A-I      intronic chrX:70772262(+) A-I      intronic chrX:70772368(+) A-I      intronic chrX:70790783(+) A-I      intronic chrX:70772414(+) A-I      intronic chrX:70772496(+) A-I      intronic chrX:70784851(+) A-I      intronic chrX:70771803(+) A-I      intronic chrX:70792566(+) A-I      intronic chrX:70792542(+) A-I      intronic chrX:70784878(+) A-I      intronic chrX:70785095(+) A-I      intronic chrX:70785216(+) A-I      intronic chrX:70785255(+) A-I      intronic chrX:70785313(+) A-I      intronic chrX:70772497(+) A-I      intronic chrX:70779952(+) A-I      intronic chrX:70779964(+) A-I      intronic chrX:70785340(+) A-I      intronic chrX:70785342(+) A-I      intronic chrX:70788567(+) A-I      intronic chrX:70788571(+) A-I      intronic chrX:70788599(+) A-I      intronic chrX:70788610(+) A-I      intronic chrX:70788635(+) A-I      intronic chrX:70788902(+) A-I      intronic chrX:70788924(+) A-I      intronic chrX:70785314(+) A-I      intronic chrX:70785301(+) A-I      intronic chrX:70775357(+) A-I      intronic chrX:70775346(+) A-I      intronic chrX:70769489(+) A-I      intronic chrX:70769486(+) A-I      intronic chrX:70769454(+) A-I      intronic chrX:70769458(+) A-I      intronic chrX:70768953(+) A-I      intronic chrX:70772378(+) A-I      intronic chrX:70772404(+) A-I      intronic chrX:70768930(+) A-I      intronic chrX:70768886(+) A-I      intronic chrX:70792523(+) A-I      intronic chrX:70792466(+) A-I      intronic chrX:70792440(+) A-I      intronic chrX:70792429(+) A-I      intronic chrX:70792377(+) A-I      intronic chrX:70775381(+) A-I      intronic chrX:70779968(+) A-I      intronic chrX:70786948(+) A-I      intronic chrX:70792596(+) A-I      intronic chrX:70786945(+) A-I      intronic chrX:70786943(+) A-I      intronic chrX:70786934(+) A-I      intronic chrX:70786901(+) A-I      intronic chrX:70786899(+) A-I      intronic chrX:70786894(+) A-I      intronic chrX:70786890(+) A-I      intronic chrX:70786827(+) A-I      intronic chrX:70786806(+) A-I      intronic chrX:70785609(+) A-I      intronic chrX:70785606(+) A-I      intronic chrX:70785604(+) A-I      intronic chrX:70775322(+) A-I      intronic chrX:70785600(+) A-I      intronic chrX:70768893(+) A-I      intronic chrX:70768905(+) A-I      intronic chrX:70768955(+) A-I      intronic chrX:70785583(+) A-I      intronic chrX:70768973(+) A-I      intronic chrX:70775310(+) A-I      intronic chrX:70785550(+) A-I      intronic chrX:70785579(+) A-I      intronic chrX:70786942(+) A-I      intronic chrX:70768974(+) A-I      intronic chrX:70768992(+) A-I      intronic chrX:70769092(+) A-I      intronic chrX:70779972(+) A-I      intronic chrX:70780035(+) A-I      intronic chrX:70780073(+) A-I      intronic chrX:70780074(+) A-I      intronic chrX:70780829(+) A-I      intronic chrX:70780839(+) A-I      intronic chrX:70780852(+) A-I      intronic chrX:70780878(+) A-I      intronic chrX:70780958(+) A-I      intronic chrX:70781294(+) A-I      intronic chrX:70781298(+) A-I      intronic chrX:70788925(+) A-I      intronic chrX:70788933(+) A-I      intronic chrX:70789001(+) A-I      intronic chrX:70789012(+) A-I      intronic chrX:70789015(+) A-I      intronic chrX:70789057(+) A-I      intronic chrX:70789063(+) A-I      intronic chrX:70789067(+) A-I      intronic chrX:70784743(+) A-I      intronic chrX:70784751(+) A-I      intronic chrX:70771952(+) A-I      intronic chrX:70785261(+) A-I      intronic chrX:70784847(+) A-I      intronic chrX:70789392(+) A-I      intronic chrX:70784735(+) A-I      intronic chrX:70772503(+) A-I      intronic chrX:70789453(+) A-I      intronic chrX:70784913(+) A-I      intronic chrX:70785341(+) A-I      intronic chrX:70791759(+) A-I      intronic chrX:70785170(+) A-I      intronic chrX:70785347(+) A-I      intronic chrX:70784846(+) A-I      intronic chrX:70789686(+) A-I      intronic chrX:70785276(+) A-I      intronic chrX:70789084(+) A-I      intronic chrX:70788930(+) A-I      intronic chrX:70785194(+) A-I      intronic chrX:70771974(+) A-I      intronic chrX:70779877(+) A-I      intronic chrX:70771882(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	OGT	chrX:70772332(+) A-I intron -    22327324 chrX:70772339(+) A-I intron -    22327324 chrX:70784846(+) A-I intron -    22327324 chrX:70784847(+) A-I intron -    22327324 chrX:70785170(+) A-I intron -    22327324 chrX:70785597(+) A-I intron -    22327324 chrX:70786802(+) A-I intron -    22327324 chrX:70786866(+) A-I intron -    22327324 chrX:70786889(+) A-I intron -    22327324

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	OGT	chrX:70752961-70752962(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863//22608085 chrX:70753109-70753110(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863//22575960 chrX:70764501-70764502(+) m6A exon//intron       22608085 chrX:70764511-70764512(+) m6A exon//intron       22608085 chrX:70764528-70764529(+) m6A exon//intron       24981863//22608085 chrX:70764579-70764580(+) m6A exon//intron       24981863//26404942//27773535//22608085 chrX:70764592-70764593(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085 chrX:70764602-70764603(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//27773535//22608085 chrX:70764681-70764682(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chrX:70764687-70764688(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chrX:70764715-70764716(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chrX:70764829-70764830(+) m6A exon//intron       24284625//24981863//26404942//22608085 chrX:70765029-70765030(+) m6A exon//intron       24284625 chrX:70767261-70767262(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70767290-70767291(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70767331-70767332(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70767345-70767346(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70767362-70767363(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70767401-70767402(+) m6A exon//intron       26404942 chrX:70783200-70783201(+) m6A CDS//exon       27773535 chrX:70783291-70783292(+) m6A CDS//exon       26404942 chrX:70783333-70783334(+) m6A CDS//exon       26404942 chrX:70783346-70783347(+) Cm CDS//exon       - chrX:70787666-70787667(+) m6A exon//intron       - chrX:70787847-70787848(+) m6A CDS//exon       24284625 chrX:70787914-70787915(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chrX:70787932-70787933(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22608085 chrX:70787952-70787953(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793532-70793533(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793547-70793548(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793598-70793599(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793650-70793651(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793705-70793706(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793789-70793790(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793815-70793816(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793831-70793832(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chrX:70793838-70793839(+) Y 3'UTR//exon       26075521 chrX:70794133-70794134(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//22608085 chrX:70794153-70794154(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//22608085 chrX:70794188-70794189(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24981863//22608085 chrX:70794392-70794393(+) Y 3'UTR//exon       26075521 chrX:70794821-70794822(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chrX:70794865-70794866(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chrX:70794899-70794900(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chrX:70794917-70794918(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chrX:70794987-70794988(+) m6A 3'UTR       24284625//26404942 chrX:70795176-70795177(+) m6A 3'UTR       26404942 chrX:70795244-70795245(+) m6A 3'UTR       24284625//26404942 chrX:70795265-70795266(+) m6A 3'UTR       24284625//26404942 chrX:70795380-70795381(+) m6A 3'UTR       24284625//26404942 chrX:70795500-70795501(+) m6A 3'UTR       24284625//26404942 chrX:70795588-70795589(+) m6A 3'UTR       24284625//27773535 chrX:70795624-70795625(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	OGT	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: OGT

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.