Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00504800

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          PEX13:  NM_002618     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	PEX13
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	5194
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	NALD//PBD11A//PBD11B//ZWS

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PEX13	chr2:61247179(+) A-I      intronic chr2:61247201(+) A-I      intronic chr2:61247246(+) A-I      intronic chr2:61247267(+) A-I      intronic chr2:61247931(+) A-I      intronic chr2:61251690(+) A-I      intronic chr2:61251784(+) A-I      intronic chr2:61251785(+) A-I      intronic chr2:61251787(+) A-I      intronic chr2:61247955(+) A-I      intronic chr2:61247970(+) A-I      intronic chr2:61247973(+) A-I      intronic chr2:61254232(+) A-I      intronic chr2:61252773(+) A-I      intronic chr2:61252674(+) A-I      intronic chr2:61249764(+) A-I      intronic chr2:61249770(+) A-I      intronic chr2:61249796(+) A-I      intronic chr2:61254184(+) A-I      intronic chr2:61249797(+) A-I      intronic chr2:61249814(+) A-I      intronic chr2:61249826(+) A-I      intronic chr2:61249843(+) A-I      intronic chr2:61249844(+) A-I      intronic chr2:61251005(+) A-I      intronic chr2:61251010(+) A-I      intronic chr2:61251024(+) A-I      intronic chr2:61252651(+) A-I      intronic chr2:61252668(+) A-I      intronic chr2:61254358(+) A-I      intronic chr2:61254362(+) A-I      intronic chr2:61258229(+) A-I      intronic chr2:61258248(+) A-I      intronic chr2:61258254(+) A-I      intronic chr2:61258260(+) A-I      intronic chr2:61258263(+) A-I      intronic chr2:61258265(+) A-I      intronic chr2:61258276(+) A-I      intronic chr2:61258283(+) A-I      intronic chr2:61276722(+) A-I      3'UTR chr2:61251058(+) A-I      intronic chr2:61247929(+) A-I      intronic chr2:61250279(+) A-I      intronic chr2:61250414(+) A-I      intronic chr2:61250995(+) A-I      intronic chr2:61250998(+) A-I      intronic chr2:61251167(+) A-I      intronic chr2:61247919(+) A-I      intronic chr2:61247999(+) A-I      intronic chr2:61249742(+) A-I      intronic chr2:61249748(+) A-I      intronic chr2:61249802(+) A-I      intronic chr2:61249891(+) A-I      intronic chr2:61249928(+) A-I      intronic chr2:61249937(+) A-I      intronic chr2:61274149(+) A-I      intronic chr2:61271663(+) A-I      intronic chr2:61271661(+) A-I      intronic chr2:61253733(+) A-I      intronic chr2:61253649(+) A-I      intronic chr2:61251712(+) A-I      intronic chr2:61251192(+) A-I      intronic chr2:61268366(+) A-I      intronic chr2:61249944(+) A-I      intronic chr2:61263075(+) A-I      intronic chr2:61251073(+) A-I      intronic chr2:61251031(+) A-I      intronic chr2:61250416(+) A-I      intronic chr2:61250266(+) A-I      intronic chr2:61250007(+) A-I      intronic chr2:61250179(+) A-I      intronic chr2:61250163(+) A-I      intronic chr2:61252737(+) A-I      intronic chr2:61252660(+) A-I      intronic chr2:61254375(+) A-I      intronic chr2:61252635(+) A-I      intronic chr2:61252333(+) A-I      intronic chr2:61268193(+) A-I      intronic chr2:61254224(+) A-I      intronic chr2:61252304(+) A-I      intronic chr2:61252297(+) A-I      intronic chr2:61252284(+) A-I      intronic chr2:61252259(+) A-I      intronic chr2:61250008(+) A-I      intronic chr2:61252247(+) A-I      intronic chr2:61251909(+) A-I      intronic chr2:61251904(+) A-I      intronic chr2:61251899(+) A-I      intronic chr2:61251889(+) A-I      intronic chr2:61251869(+) A-I      intronic chr2:61251793(+) A-I      intronic chr2:61254318(+) A-I      intronic chr2:61254262(+) A-I      intronic chr2:61254258(+) A-I      intronic chr2:61254248(+) A-I      intronic chr2:61254243(+) A-I      intronic chr2:61252714(+) A-I      intronic chr2:61254196(+) A-I      intronic chr2:61274133(+) A-I      intronic chr2:61247254(+) A-I      intronic chr2:61247281(+) A-I      intronic chr2:61253743(+) A-I      intronic chr2:61251790(+) A-I      intronic chr2:61263073(+) A-I      intronic chr2:61261341(+) A-I      intronic chr2:61247316(+) A-I      intronic chr2:61261315(+) A-I      intronic chr2:61258319(+) A-I      intronic chr2:61254439(+) A-I      intronic chr2:61247343(+) A-I      intronic chr2:61276710(+) A-I      3'UTR chr2:61276684(+) A-I      3'UTR chr2:61277256(+) A-I      3'UTR chr2:61276659(+) A-I      3'UTR chr2:61276635(+) A-I      3'UTR chr2:61278016(+) A-I      3'UTR chr2:61277945(+) A-I      3'UTR chr2:61277920(+) A-I      3'UTR chr2:61277910(+) A-I      3'UTR chr2:61277907(+) A-I      3'UTR chr2:61276829(+) A-I      3'UTR chr2:61277261(+) A-I      3'UTR chr2:61277884(+) A-I      3'UTR chr2:61277301(+) A-I      3'UTR chr2:61277324(+) A-I      3'UTR chr2:61277327(+) A-I      3'UTR chr2:61277872(+) A-I      3'UTR chr2:61277859(+) A-I      3'UTR chr2:61277834(+) A-I      3'UTR chr2:61277798(+) A-I      3'UTR chr2:61277471(+) A-I      3'UTR chr2:61277407(+) A-I      3'UTR chr2:61277463(+) A-I      3'UTR chr2:61277432(+) A-I      3'UTR chr2:61277361(+) A-I      3'UTR chr2:61277426(+) A-I      3'UTR chr2:61277423(+) A-I      3'UTR chr2:61276854(+) A-I      3'UTR chr2:61277396(+) A-I      3'UTR chr2:61277400(+) A-I      3'UTR chr2:61276810(+) A-I      3'UTR chr2:61276793(+) A-I      3'UTR chr2:61276749(+) A-I      3'UTR chr2:61276732(+) A-I      3'UTR chr2:61277417(+) A-I      3'UTR chr2:61251782(+) A-I      intronic chr2:61255651(+) A-I      intronic chr2:61254271(+) A-I      intronic chr2:61250171(+) A-I      intronic chr2:61247854(+) A-I      intronic chr2:61252370(+) A-I      intronic chr2:61254294(+) A-I      intronic chr2:61250375(+) A-I      intronic chr2:61247964(+) A-I      intronic chr2:61262841(+) A-I      intronic chr2:61247214(+) A-I      intronic chr2:61252633(+) A-I      intronic chr2:61247250(+) A-I      intronic chr2:61249990(+) A-I      intronic chr2:61247924(+) A-I      intronic chr2:61274118(+) A-I      intronic chr2:61247853(+) A-I      intronic chr2:61256135(+) A-I      intronic chr2:61247971(+) A-I      intronic chr2:61247311(+) A-I      intronic chr2:61247181(+) A-I      intronic chr2:61277835(+) A-I      3'UTR chr2:61277819(+) A-I      3'UTR chr2:61278017(+) A-I      3'UTR chr2:61277498(+) A-I      3'UTR chr2:61277938(+) A-I      3'UTR chr2:61277486(+) A-I      3'UTR chr2:61276654(+) A-I      3'UTR chr2:61276761(+) A-I      3'UTR chr2:61276707(+) A-I      3'UTR chr2:61277364(+) A-I      3'UTR chr2:61277350(+) A-I      3'UTR chr2:61277776(+) A-I      3'UTR chr2:61277466(+) A-I      3'UTR chr2:61276653(+) A-I      3'UTR chr2:61277255(+) A-I      3'UTR chr2:61276814(+) A-I      3'UTR chr2:61276738(+) A-I      3'UTR chr2:61277349(+) A-I      3'UTR chr2:61277277(+) A-I      3'UTR chr2:61276757(+) A-I      3'UTR chr2:61276788(+) A-I      3'UTR chr2:61277894(+) A-I      3'UTR chr2:61276670(+) A-I      3'UTR chr2:61277941(+) A-I      3'UTR chr2:61278030(+) A-I      3'UTR chr2:61277786(+) A-I      3'UTR chr2:61277390(+) A-I      3'UTR chr2:61277352(+) A-I      3'UTR chr2:61276744(+) A-I      3'UTR chr2:61277963(+) A-I      3'UTR chr2:61276751(+) A-I      3'UTR chr2:61277335(+) A-I      3'UTR chr2:61276750(+) A-I      3'UTR chr2:61276797(+) A-I      3'UTR chr2:61276733(+) A-I      3'UTR chr2:61277955(+) A-I      3'UTR chr2:61278018(+) A-I      3'UTR chr2:61277443(+) A-I      3'UTR chr2:61276723(+) A-I      3'UTR chr2:61277333(+) A-I      3'UTR chr2:61276834(+) A-I      3'UTR chr2:61276765(+) A-I      3'UTR chr2:61276753(+) A-I      3'UTR chr2:61277384(+) A-I      3'UTR chr2:61276645(+) A-I      3'UTR chr2:61251071(+) A-I      intronic chr2:61251097(+) A-I      intronic chr2:61254229(+) A-I      intronic chr2:61249859(+) A-I      intronic chr2:61251183(+) A-I      intronic chr2:61252389(+) A-I      intronic chr2:61256136(+) A-I      intronic chr2:61255607(+) A-I      intronic chr2:61271576(+) A-I      intronic chr2:61252756(+) A-I      intronic chr2:61254203(+) A-I      intronic chr2:61254202(+) A-I      intronic chr2:61250349(+) A-I      intronic chr2:61252683(+) A-I      intronic chr2:61247798(+) A-I      intronic chr2:61251106(+) A-I      intronic chr2:61254352(+) A-I      intronic chr2:61255750(+) A-I      intronic chr2:61251823(+) A-I      intronic chr2:61251044(+) A-I      intronic chr2:61254431(+) A-I      intronic chr2:61249837(+) A-I      intronic chr2:61252356(+) A-I      intronic chr2:61247240(+) A-I      intronic chr2:61251049(+) A-I      intronic chr2:61251206(+) A-I      intronic chr2:61247180(+) A-I      intronic chr2:61268299(+) A-I      intronic chr2:61252268(+) A-I      intronic chr2:61254419(+) A-I      intronic chr2:61247951(+) A-I      intronic chr2:61250994(+) A-I      intronic chr2:61250379(+) A-I      intronic chr2:61252343(+) A-I      intronic chr2:61254277(+) A-I      intronic chr2:61251115(+) A-I      intronic chr2:61247142(+) A-I      intronic chr2:61250269(+) A-I      intronic chr2:61251193(+) A-I      intronic chr2:61268192(+) A-I      intronic chr2:61249765(+) A-I      intronic chr2:61268341(+) A-I      intronic chr2:61254299(+) A-I      intronic chr2:61251208(+) A-I      intronic chr2:61249842(+) A-I      intronic chr2:61247282(+) A-I      intronic chr2:61252746(+) A-I      intronic chr2:61252377(+) A-I      intronic chr2:61252623(+) A-I      intronic chr2:61251152(+) A-I      intronic chr2:61251797(+) A-I      intronic chr2:61251032(+) A-I      intronic chr2:61249881(+) A-I      intronic chr2:61247147(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PEX13	chr2:61251106(+) A-I intron -    22327324 chr2:61251115(+) A-I intron -    22327324 chr2:61268341(+) A-I intron -    22327324 chr2:61268343(+) A-I intron -    22327324 chr2:61278018(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr2:61278030(+) A-I intron -    21960545 chr2:61276670(+) A-I intron -    21960545 chr2:61276756(+) A-I intron -    21960545 chr2:61277390(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr2:61247142(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247147(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247214(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247282(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247853(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247924(+) A-G intron -    22484847 chr2:61247964(+) A-G intron -    22484847 chr2:61250269(+) A-G intron -    22484847 chr2:61250349(+) A-G intron -    22484847 chr2:61250379(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251044(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251097(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251106(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251115(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251179(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251183(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251194(+) A-G intron -    22484847 chr2:61251823(+) A-G intron -    22484847 chr2:61252343(+) A-G intron -    22484847 chr2:61252746(+) A-G intron -    22484847 chr2:61254225(+) A-G intron -    22484847 chr2:61254229(+) A-G intron -    22484847 chr2:61254352(+) A-G intron -    22484847 chr2:61254370(+) A-G intron -    22484847 chr2:61268341(+) A-G intron -    22484847 chr2:61268343(+) A-G intron -    22484847 chr2:61268349(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276631(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276751(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276757(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276758(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276761(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276765(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276787(+) A-G intron -    22484847 chr2:61276788(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277325(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277384(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277404(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277443(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277466(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277486(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277775(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277932(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277938(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277941(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277963(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277967(+) A-G intron -    22484847 chr2:61277998(+) A-G intron -    22484847 chr2:61278017(+) A-G intron -    22484847 chr2:61278018(+) A-G intron -    22484847 chr2:61278030(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PEX13	chr2:61244852-61244853(+) m6A 5'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61244923-61244924(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61244933-61244934(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61244956-61244957(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61244962-61244963(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61244968-61244969(+) m6A CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:61245323-61245324(+) m6A CDS//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61245451-61245452(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61245565-61245566(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61245649-61245650(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61245666-61245667(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61245723-61245724(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//22608085 chr2:61245794-61245795(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//22608085 chr2:61258586-61258587(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr2:61258592-61258593(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22608085 chr2:61258647-61258648(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//22575960//22608085 chr2:61258666-61258667(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:61258676-61258677(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chr2:61259019-61259020(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr2:61259086-61259087(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr2:61259109-61259110(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr2:61259134-61259135(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr2:61259216-61259217(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61272971-61272972(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61275656-61275657(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61275664-61275665(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:61275808-61275809(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr2:61275842-61275843(+) m6A CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chr2:61275931-61275932(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr2:61275996-61275997(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr2:61276104-61276105(+) m6A 3'UTR       22608085 chr2:61276113-61276114(+) m6A 3'UTR       22608085 chr2:61276147-61276148(+) m6A 3'UTR       22608085 chr2:61276207-61276208(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:61278419-61278420(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:61278435-61278436(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	PEX13	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: PEX13

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.