Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00501789

  Virus:  

Human herpesvirus 5 strain AD169

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.7311

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hcmv-miR-US25-1-5p:  MIMAT0001581          ATP7A:  NR_104109     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hcmv-miR-US25-1-5p	ATP7A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0001581	538
Organism	Human herpesvirus 5 strain AD169	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	DSMAX//MK//MNK//SMAX3

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ATP7A	chrX:77182030(+) A-I      intronic chrX:77200792(+) A-I      intronic chrX:77200814(+) A-I      intronic chrX:77200939(+) A-I      intronic chrX:77203703(+) A-I      intronic chrX:77203728(+) A-I      intronic chrX:77204493(+) A-I      intronic chrX:77204528(+) A-I      intronic chrX:77182067(+) A-I      intronic chrX:77204649(+) A-I      intronic chrX:77204661(+) A-I      intronic chrX:77206266(+) A-I      intronic chrX:77206425(+) A-I      intronic chrX:77183588(+) A-I      intronic chrX:77183608(+) A-I      intronic chrX:77188820(+) A-I      intronic chrX:77220952(+) A-I      intronic chrX:77220950(+) A-I      intronic chrX:77206434(+) A-I      intronic chrX:77254593(+) A-I      intronic chrX:77250273(+) A-I      intronic chrX:77251441(+) A-I      intronic chrX:77235817(+) A-I      intronic chrX:77263084(+) A-I      intronic chrX:77263033(+) A-I      intronic chrX:77263029(+) A-I      intronic chrX:77262940(+) A-I      intronic chrX:77207170(+) A-I      intronic chrX:77207177(+) A-I      intronic chrX:77209850(+) A-I      intronic chrX:77209855(+) A-I      intronic chrX:77209907(+) A-I      intronic chrX:77212369(+) A-I      intronic chrX:77212372(+) A-I      intronic chrX:77212374(+) A-I      intronic chrX:77214337(+) A-I      intronic chrX:77215718(+) A-I      intronic chrX:77215720(+) A-I      intronic chrX:77215727(+) A-I      intronic chrX:77215785(+) A-I      intronic chrX:77215790(+) A-I      intronic chrX:77215800(+) A-I      intronic chrX:77235788(+) A-I      intronic chrX:77235791(+) A-I      intronic chrX:77236204(+) A-I      intronic chrX:77236304(+) A-I      intronic chrX:77247256(+) A-I      intronic chrX:77247285(+) A-I      intronic chrX:77247357(+) A-I      intronic chrX:77256414(+) A-I      intronic chrX:77247392(+) A-I      intronic chrX:77247408(+) A-I      intronic chrX:77247630(+) A-I      intronic chrX:77171709(+) A-I      intronic chrX:77247820(+) A-I      intronic chrX:77215716(+) A-I      intronic chrX:77194565(+) A-I      intronic chrX:77194683(+) A-I      intronic chrX:77194740(+) A-I      intronic chrX:77197976(+) A-I      intronic chrX:77248207(+) A-I      intronic chrX:77248208(+) A-I      intronic chrX:77248225(+) A-I      intronic chrX:77220939(+) A-I      NonSyn:Asn->Asp chrX:77200113(+) A-I      intronic chrX:77200441(+) A-I      intronic chrX:77200489(+) A-I      intronic chrX:77200774(+) A-I      intronic chrX:77200787(+) A-I      intronic chrX:77247798(+) A-I      intronic chrX:77171702(+) A-I      intronic chrX:77171701(+) A-I      intronic chrX:77171700(+) A-I      intronic chrX:77251370(+) A-I      intronic chrX:77251305(+) A-I      intronic chrX:77250944(+) A-I      intronic chrX:77247821(+) A-I      intronic chrX:77273412(+) A-I      intronic chrX:77273402(+) A-I      intronic chrX:77255191(+) A-I      intronic chrX:77255254(+) A-I      intronic chrX:77255264(+) A-I      intronic chrX:77255327(+) A-I      intronic chrX:77255393(+) A-I      intronic chrX:77182008(+) A-I      intronic chrX:77273335(+) A-I      intronic chrX:77249823(+) A-I      intronic chrX:77250148(+) A-I      intronic chrX:77250172(+) A-I      intronic chrX:77250235(+) A-I      intronic chrX:77250272(+) A-I      intronic chrX:77264440(+) A-I      intronic chrX:77264428(+) A-I      intronic chrX:77255151(+) A-I      intronic chrX:77255139(+) A-I      intronic chrX:77220910(+) A-I      intronic chrX:77182011(+) A-I      intronic chrX:77182017(+) A-I      intronic chrX:77299700(+) A-I      intronic chrX:77182028(+) A-I      intronic chrX:77299679(+) A-I      intronic chrX:77299671(+) A-I      intronic chrX:77299594(+) A-I      intronic chrX:77299537(+) A-I      intronic chrX:77299394(+) A-I      intronic chrX:77250285(+) A-I      intronic chrX:77250875(+) A-I      intronic chrX:77249824(+) A-I      intronic chrX:77250876(+) A-I      intronic chrX:77256397(+) A-I      intronic chrX:77299336(+) A-I      intronic chrX:77299321(+) A-I      intronic chrX:77299317(+) A-I      intronic chrX:77285812(+) A-I      intronic chrX:77285808(+) A-I      intronic chrX:77285805(+) A-I      intronic chrX:77285771(+) A-I      intronic chrX:77276110(+) A-I      intronic chrX:77276109(+) A-I      intronic chrX:77275029(+) A-I      intronic chrX:77274989(+) A-I      intronic chrX:77274988(+) A-I      intronic chrX:77274986(+) A-I      intronic chrX:77170022(+) A-I      intronic chrX:77170665(+) A-I      intronic chrX:77170691(+) A-I      intronic chrX:77171298(+) A-I      intronic chrX:77171347(+) A-I      intronic chrX:77171753(+) A-I      intronic chrX:77171755(+) A-I      intronic chrX:77171807(+) A-I      intronic chrX:77171834(+) A-I      intronic chrX:77177885(+) A-I      intronic chrX:77177984(+) A-I      intronic chrX:77181969(+) A-I      intronic chrX:77182002(+) A-I      intronic chrX:77273880(+) A-I      intronic chrX:77273846(+) A-I      intronic chrX:77255133(+) A-I      intronic chrX:77303196(+) A-I      3'UTR chrX:77303200(+) A-I      3'UTR chrX:77303206(+) A-I      3'UTR chrX:77303146(+) A-I      3'UTR chrX:77177893(+) A-I      intronic chrX:77227818(+) A-I      intronic chrX:77250977(+) A-I      intronic chrX:77204655(+) A-I      intronic chrX:77183571(+) A-I      intronic chrX:77215768(+) A-I      intronic chrX:77183494(+) A-I      intronic chrX:77250175(+) A-I      intronic chrX:77167231(+) A-I      intronic chrX:77199957(+) A-I      intronic chrX:77273958(+) A-I      intronic chrX:77251380(+) A-I      intronic chrX:77299677(+) A-I      intronic chrX:77254737(+) A-I      intronic chrX:77247726(+) A-I      intronic chrX:77169693(+) A-I      intronic chrX:77275077(+) A-I      intronic chrX:77250784(+) A-I      intronic chrX:77247802(+) A-I      intronic chrX:77169920(+) A-I      intronic chrX:77208553(+) A-I      intronic chrX:77250247(+) A-I      intronic chrX:77190548(+) A-I      intronic chrX:77247293(+) A-I      intronic chrX:77299497(+) A-I      intronic chrX:77204442(+) A-I      intronic chrX:77203830(+) A-I      intronic chrX:77171729(+) A-I      intronic chrX:77177889(+) A-I      intronic chrX:77247609(+) A-I      intronic chrX:77235823(+) A-I      intronic chrX:77250258(+) A-I      intronic chrX:77254677(+) A-I      intronic chrX:77171669(+) A-I      intronic chrX:77201654(+) A-I      intronic chrX:77254668(+) A-I      intronic chrX:77236348(+) A-I      intronic chrX:77189661(+) A-I      intronic chrX:77201535(+) A-I      intronic chrX:77239888(+) A-I      intronic chrX:77194715(+) A-I      intronic chrX:77299187(+) A-I      intronic chrX:77261203(+) A-I      intronic chrX:77194637(+) A-I      intronic chrX:77200698(+) A-I      intronic chrX:77296956(+) A-I      intronic chrX:77201591(+) A-I      intronic chrX:77189765(+) A-I      intronic chrX:77194714(+) A-I      intronic chrX:77203717(+) A-I      intronic chrX:77201611(+) A-I      intronic chrX:77299672(+) A-I      intronic chrX:77247438(+) A-I      intronic chrX:77181994(+) A-I      intronic chrX:77299256(+) A-I      intronic chrX:77235824(+) A-I      intronic chrX:77247249(+) A-I      intronic chrX:77254762(+) A-I      intronic chrX:77167192(+) A-I      intronic chrX:77247362(+) A-I      intronic chrX:77299330(+) A-I      intronic chrX:77181929(+) A-I      intronic chrX:77247404(+) A-I      intronic chrX:77247447(+) A-I      intronic chrX:77236345(+) A-I      intronic chrX:77273338(+) A-I      intronic chrX:77201587(+) A-I      intronic chrX:77247678(+) A-I      intronic chrX:77247660(+) A-I      intronic chrX:77254623(+) A-I      intronic chrX:77273881(+) A-I      intronic chrX:77227768(+) A-I      intronic chrX:77251379(+) A-I      intronic chrX:77215623(+) A-I      intronic chrX:77226049(+) A-I      intronic chrX:77208340(+) A-I      intronic chrX:77296907(+) A-I      intronic chrX:77299604(+) A-I      intronic chrX:77250105(+) A-I      intronic chrX:77273816(+) A-I      intronic chrX:77171359(+) A-I      intronic chrX:77201541(+) A-I      intronic chrX:77171236(+) A-I      intronic chrX:77273890(+) A-I      intronic chrX:77171480(+) A-I      intronic chrX:77259184(+) A-I      intronic chrX:77273858(+) A-I      intronic chrX:77200409(+) A-I      intronic chrX:77171357(+) A-I      intronic chrX:77247360(+) A-I      intronic chrX:77200003(+) A-I      intronic chrX:77299496(+) A-I      intronic chrX:77177925(+) A-I      intronic chrX:77285851(+) A-I      intronic chrX:77167276(+) A-I      intronic chrX:77200905(+) A-I      intronic chrX:77247420(+) A-I      intronic chrX:77299741(+) A-I      intronic chrX:77299273(+) A-I      intronic chrX:77201679(+) A-I      intronic chrX:77215622(+) A-I      intronic chrX:77273747(+) A-I      intronic chrX:77171731(+) A-I      intronic chrX:77273815(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ATP7A	chrX:77167276(+) A-G intron -    22484847 chrX:77204442(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265183(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265197(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265253(+) A-G intron -    22484847 chrX:77273746(+) A-G intron -    22484847 chrX:77273958(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296838(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296873(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296874(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299179(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299677(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299741(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ATP7A	chrX:77166327-77166328(+) m6A 5'UTR       27773535 chrX:77227210-77227211(+) m6A CDS       - chrX:77227222-77227223(+) Cm CDS       - chrX:77243781-77243782(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243788-77243789(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243797-77243798(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243918-77243919(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243944-77243945(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243960-77243961(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243986-77243987(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77244051-77244052(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77244070-77244071(+) m6A CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77245184-77245185(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245252-77245253(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245262-77245263(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245369-77245370(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77301066-77301067(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chrX:77301799-77301800(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chrX:77301820-77301821(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77301844-77301845(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chrX:77301910-77301911(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301924-77301925(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301957-77301958(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301987-77301988(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302006-77302007(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302035-77302036(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302460-77302461(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302540-77302541(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302561-77302562(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302570-77302571(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77304304-77304305(+) m6A 3'UTR       24981863 chrX:77304377-77304378(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ATP7A	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hcmv-miR-US25-1-5p
Interactor2: ATP7A

Evidence Support:

Strong-Evidence	RISC-IP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	20585629	Target region	5'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HEK293 cells	Interactor2 expression	None
Description	Here, we identify cellular transcript targets of one of the most highly expressed HCMV encoded miRNAs, miR-US25-1, using a recently developed biochemical approach called RISC immunoprecipitation. Strikingly, the majority of identified transcripts contained miR-US25-1 target sites within the 5'UTR rather than the 3'UTR.