Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00497142

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-5-5p:  MIMAT0015218          RCSD1:  NM_001322923     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-5-5p	RCSD1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015218	92241
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CAPZIP//MK2S4

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RCSD1	chr1:167609887(+) A-I      intronic chr1:167627802(+) A-I      intronic chr1:167670790(+) A-I      intronic chr1:167633963(+) A-I      ncRNA chr1:167608855(+) A-I      intronic chr1:167608869(+) A-I      intronic chr1:167635323(+) A-I      intronic chr1:167670669(+) A-I      intronic chr1:167670684(+) A-I      intronic chr1:167608307(+) A-I      intronic chr1:167669698(+) A-I      intronic chr1:167669700(+) A-I      intronic chr1:167670624(+) A-I      intronic chr1:167606023(+) A-I      intronic chr1:167605953(+) A-I      intronic chr1:167671864(+) A-I      intronic chr1:167671869(+) A-I      intronic chr1:167605941(+) A-I      intronic chr1:167670643(+) A-I      intronic chr1:167610888(+) A-I      intronic chr1:167610861(+) A-I      intronic chr1:167670647(+) A-I      intronic chr1:167671873(+) A-I      intronic chr1:167671937(+) A-I      intronic chr1:167670682(+) A-I      intronic chr1:167610816(+) A-I      intronic chr1:167610776(+) A-I      intronic chr1:167608299(+) A-I      intronic chr1:167670743(+) A-I      intronic chr1:167605896(+) A-I      intronic chr1:167610717(+) A-I      intronic chr1:167601003(+) A-I      intronic chr1:167670778(+) A-I      intronic chr1:167610701(+) A-I      intronic chr1:167671895(+) A-I      intronic chr1:167609953(+) A-I      intronic chr1:167671760(+) A-I      intronic chr1:167671761(+) A-I      intronic chr1:167600984(+) A-I      intronic chr1:167600847(+) A-I      intronic chr1:167671777(+) A-I      intronic chr1:167671783(+) A-I      intronic chr1:167600834(+) A-I      intronic chr1:167671815(+) A-I      intronic chr1:167600815(+) A-I      intronic chr1:167608291(+) A-I      intronic chr1:167671840(+) A-I      intronic chr1:167609952(+) A-I      intronic chr1:167608288(+) A-I      intronic chr1:167600802(+) A-I      intronic chr1:167608993(+) A-I      intronic chr1:167600791(+) A-I      intronic chr1:167600785(+) A-I      intronic chr1:167600783(+) A-I      intronic chr1:167613558(+) A-I      intronic chr1:167613566(+) A-I      intronic chr1:167613569(+) A-I      intronic chr1:167613620(+) A-I      intronic chr1:167613665(+) A-I      intronic chr1:167616288(+) A-I      intronic chr1:167616308(+) A-I      intronic chr1:167608912(+) A-I      intronic chr1:167616549(+) A-I      intronic chr1:167627259(+) A-I      intronic chr1:167635178(+) A-I      intronic chr1:167608911(+) A-I      intronic chr1:167608834(+) A-I      intronic chr1:167635284(+) A-I      intronic chr1:167608276(+) A-I      intronic chr1:167635301(+) A-I      intronic chr1:167635310(+) A-I      intronic chr1:167608275(+) A-I      intronic chr1:167649912(+) A-I      intronic chr1:167659790(+) A-I      intronic chr1:167608810(+) A-I      intronic chr1:167659800(+) A-I      intronic chr1:167608360(+) A-I      intronic chr1:167608272(+) A-I      intronic chr1:167608343(+) A-I      intronic chr1:167606075(+) A-I      intronic chr1:167608339(+) A-I      intronic chr1:167664795(+) A-I      intronic chr1:167606070(+) A-I      intronic chr1:167629799(+) A-I      intronic chr1:167609830(+) A-I      intronic chr1:167670606(+) A-I      intronic chr1:167610741(+) A-I      intronic chr1:167669777(+) A-I      intronic chr1:167608419(+) A-I      intronic chr1:167608856(+) A-I      intronic chr1:167610685(+) A-I      intronic chr1:167637286(+) A-I      intronic chr1:167616208(+) A-I      intronic chr1:167670733(+) A-I      intronic chr1:167609866(+) A-I      intronic chr1:167616931(+) A-I      intronic chr1:167609926(+) A-I      intronic chr1:167610800(+) A-I      intronic chr1:167609974(+) A-I      intronic chr1:167610804(+) A-I      intronic chr1:167605989(+) A-I      intronic chr1:167609848(+) A-I      intronic chr1:167609977(+) A-I      intronic chr1:167610780(+) A-I      intronic chr1:167649944(+) A-I      intronic chr1:167610034(+) A-I      intronic chr1:167605875(+) A-I      intronic chr1:167600924(+) A-I      intronic chr1:167670612(+) A-I      intronic chr1:167608793(+) A-I      intronic chr1:167608831(+) A-I      intronic chr1:167610061(+) A-I      intronic chr1:167608794(+) A-I      intronic chr1:167659866(+) A-I      intronic chr1:167670642(+) A-I      intronic chr1:167610779(+) A-I      intronic chr1:167616933(+) A-I      intronic chr1:167670636(+) A-I      intronic chr1:167609880(+) A-I      intronic chr1:167616855(+) A-I      intronic chr1:167616963(+) A-I      intronic chr1:167616869(+) A-I      intronic chr1:167670607(+) A-I      intronic chr1:167608274(+) A-I      intronic chr1:167610727(+) A-I      intronic chr1:167610736(+) A-I      intronic chr1:167627763(+) A-I      intronic chr1:167637266(+) A-I      intronic chr1:167651679(+) A-I      intronic chr1:167600745(+) A-I      intronic chr1:167670804(+) A-I      intronic chr1:167670708(+) A-I      intronic chr1:167613641(+) A-I      intronic chr1:167609810(+) A-I      intronic chr1:167609850(+) A-I      intronic chr1:167670685(+) A-I      intronic chr1:167661780(+) A-I      intronic chr1:167605880(+) A-I      intronic chr1:167609900(+) A-I      intronic chr1:167608374(+) A-I      intronic chr1:167610835(+) A-I      intronic chr1:167609970(+) A-I      intronic chr1:167608409(+) A-I      intronic chr1:167627887(+) A-I      intronic chr1:167670745(+) A-I      intronic chr1:167608333(+) A-I      intronic chr1:167609944(+) A-I      intronic chr1:167606003(+) A-I      intronic chr1:167600823(+) A-I      intronic chr1:167610889(+) A-I      intronic chr1:167670726(+) A-I      intronic chr1:167608456(+) A-I      intronic chr1:167605928(+) A-I      intronic chr1:167670717(+) A-I      intronic chr1:167609948(+) A-I      intronic chr1:167637442(+) A-I      intronic chr1:167608859(+) A-I      intronic chr1:167616209(+) A-I      intronic chr1:167600985(+) A-I      intronic chr1:167670623(+) A-I      intronic chr1:167609838(+) A-I      intronic chr1:167608199(+) A-I      intronic chr1:167610039(+) A-I      intronic chr1:167671896(+) A-I      intronic chr1:167600727(+) A-I      intronic chr1:167613622(+) A-I      intronic chr1:167670672(+) A-I      intronic chr1:167609996(+) A-I      intronic chr1:167609914(+) A-I      intronic chr1:167671941(+) A-I      intronic chr1:167608200(+) A-I      intronic chr1:167610805(+) A-I      intronic chr1:167608191(+) A-I      intronic chr1:167600786(+) A-I      intronic chr1:167670604(+) A-I      intronic chr1:167608375(+) A-I      intronic chr1:167616246(+) A-I      intronic chr1:167608830(+) A-I      intronic chr1:167616166(+) A-I      intronic chr1:167610808(+) A-I      intronic chr1:167610709(+) A-I      intronic chr1:167653956(+) A-I      intronic chr1:167609917(+) A-I      intronic chr1:167610770(+) A-I      intronic chr1:167669781(+) A-I      intronic chr1:167659813(+) A-I      intronic chr1:167601107(+) A-I      intronic chr1:167610772(+) A-I      intronic chr1:167608931(+) A-I      intronic chr1:167610803(+) A-I      intronic chr1:167672649(+) A-I      intronic chr1:167609928(+) A-I      intronic chr1:167670617(+) A-I      intronic chr1:167608786(+) A-I      intronic chr1:167613660(+) A-I      intronic chr1:167608267(+) A-I      intronic chr1:167616564(+) A-I      intronic chr1:167609888(+) A-I      intronic chr1:167600861(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RCSD1	chr1:167610772(+) A-I intron -    15258596 chr1:167610800(+) A-I intron -    15258596 chr1:167610808(+) A-I intron -    15258596 chr1:167610835(+) A-I intron -    15258596 chr1:167600735(+) C-T intron -    22484847 chr1:167600745(+) A-G intron -    22484847 chr1:167600786(+) A-G intron -    22484847 chr1:167600823(+) A-G intron -    22484847 chr1:167600861(+) A-G intron -    22484847 chr1:167605875(+) A-G intron -    22484847 chr1:167605880(+) A-G intron -    22484847 chr1:167605928(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608199(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608200(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608274(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608333(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608374(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608409(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608419(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608786(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608793(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608794(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608830(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608831(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608856(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608859(+) A-G intron -    22484847 chr1:167608931(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609810(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609838(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609848(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609888(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609900(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609914(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609917(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609948(+) A-G intron -    22484847 chr1:167609974(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610034(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610039(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610685(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610709(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610727(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610741(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610770(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610772(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610779(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610780(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610800(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610803(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610804(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610805(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610808(+) A-G intron -    22484847 chr1:167610835(+) A-G intron -    22484847 chr1:167613622(+) A-G intron -    22484847 chr1:167613641(+) A-G intron -    22484847 chr1:167613660(+) A-G intron -    22484847 chr1:167616564(+) A-G intron -    22484847 chr1:167616869(+) A-G intron -    22484847 chr1:167616931(+) A-G intron -    22484847 chr1:167616933(+) A-G intron -    22484847 chr1:167627763(+) A-G intron -    22484847 chr1:167627887(+) A-G intron -    22484847 chr1:167629712(+) G-T intron -    22484847 chr1:167637266(+) A-G intron -    22484847 chr1:167637286(+) A-G intron -    22484847 chr1:167651410(+) T-C intron -    22484847 chr1:167659813(+) A-G intron -    22484847 chr1:167661780(+) A-G intron -    22484847 chr1:167669781(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670604(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670606(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670607(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670612(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670617(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670623(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670636(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670672(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670685(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670717(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670726(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670733(+) A-G intron -    22484847 chr1:167670745(+) A-G intron -    22484847 chr1:167671919(+) G-A intron -    22484847 chr1:167671941(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RCSD1	chr1:167599565-167599566(+) m6A 5'UTR//exon       27371828 chr1:167599591-167599592(+) m6A 5'UTR//exon       27371828 chr1:167599658-167599659(+) m6A 5'UTR//exon       27371828 chr1:167634264-167634265(+) m6A exon//intron       - chr1:167653141-167653142(+) m6A CDS       - chr1:167653151-167653152(+) m6A CDS       - chr1:167653167-167653168(+) m6A CDS       - chr1:167654671-167654672(+) m6A CDS//intron       - chr1:167654686-167654687(+) m6A CDS//intron       - chr1:167654724-167654725(+) m6A CDS//intron       - chr1:167663394-167663395(+) m6A CDS       - chr1:167666399-167666400(+) m6A CDS       - chr1:167666409-167666410(+) m6A CDS       - chr1:167666548-167666549(+) m6A CDS       25456834//27371828 chr1:167666556-167666557(+) m6A CDS       25456834//27371828 chr1:167666596-167666597(+) m6A CDS       25456834//27371828 chr1:167666615-167666616(+) m6A CDS       25456834//27371828 chr1:167666719-167666720(+) m6A CDS       24209618//25456834//27371828 chr1:167666844-167666845(+) m6A CDS       25456834//27773535//27371828 chr1:167666850-167666851(+) m6A CDS       25456834//27773535//27371828 chr1:167666866-167666867(+) m6A CDS       25456834//27773535//27371828 chr1:167666902-167666903(+) m6A CDS       27371828 chr1:167666970-167666971(+) m6A CDS       27371828 chr1:167667013-167667014(+) m6A CDS       27371828 chr1:167667034-167667035(+) m6A CDS       27371828 chr1:167673919-167673920(+) m6A CDS       27371828 chr1:167673936-167673937(+) m6A 3'UTR       - chr1:167673970-167673971(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674066-167674067(+) m6A 3'UTR       25456834 chr1:167674121-167674122(+) m6A 3'UTR       25456834 chr1:167674141-167674142(+) m6A 3'UTR       25456834 chr1:167674175-167674176(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674194-167674195(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674205-167674206(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674405-167674406(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674426-167674427(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674439-167674440(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674458-167674459(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674476-167674477(+) m6A 3'UTR       - chr1:167674485-167674486(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	RCSD1	Chromatin K562 cells     - Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-5-5p
Interactor2: RCSD1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	VmiReg