Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00491460

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-8-5p:  MIMAT0015216          CNOT8:  NM_001301073     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-8-5p	CNOT8
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015216	9337
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CAF1//Caf1b//CALIF//hCAF1//POP2

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CNOT8	chr5:154253873(+) A-I      intronic chr5:154253882(+) A-I      intronic chr5:154253908(+) A-I      intronic chr5:154253909(+) A-I      intronic chr5:154247721(+) A-I      intronic chr5:154246362(+) A-I      intronic chr5:154245848(+) A-I      intronic chr5:154241987(+) A-I      intronic chr5:154241903(+) A-I      intronic chr5:154241883(+) A-I      intronic chr5:154241457(+) A-I      intronic chr5:154241395(+) A-I      intronic chr5:154241359(+) A-I      intronic chr5:154241358(+) A-I      intronic chr5:154254331(+) A-I      intronic chr5:154253927(+) A-I      intronic chr5:154253993(+) A-I      intronic chr5:154254009(+) A-I      intronic chr5:154254042(+) A-I      intronic chr5:154254043(+) A-I      intronic chr5:154254051(+) A-I      intronic chr5:154254169(+) A-I      intronic chr5:154254198(+) A-I      intronic chr5:154254657(+) A-I      intronic chr5:154254219(+) A-I      intronic chr5:154254259(+) A-I      intronic chr5:154254280(+) A-I      intronic chr5:154254292(+) A-I      intronic chr5:154254295(+) A-I      intronic chr5:154254304(+) A-I      intronic chr5:154254317(+) A-I      intronic chr5:154247708(+) A-I      intronic chr5:154246366(+) A-I      intronic chr5:154246423(+) A-I      intronic chr5:154249205(+) A-I      intronic chr5:154249302(+) A-I      intronic chr5:154249310(+) A-I      intronic chr5:154249311(+) A-I      intronic chr5:154241339(+) A-I      intronic chr5:154246352(+) A-I      intronic chr5:154247517(+) A-I      intronic chr5:154249906(+) A-I      intronic chr5:154253875(+) A-I      intronic chr5:154249368(+) A-I      intronic chr5:154248034(+) A-I      intronic chr5:154246455(+) A-I      intronic chr5:154248022(+) A-I      intronic chr5:154243926(+) A-I      intronic chr5:154243102(+) A-I      intronic chr5:154246353(+) A-I      intronic chr5:154253976(+) A-I      intronic chr5:154254199(+) A-I      intronic chr5:154241845(+) A-I      intronic chr5:154241909(+) A-I      intronic chr5:154254223(+) A-I      intronic chr5:154241465(+) A-I      intronic chr5:154254616(+) A-I      intronic chr5:154248063(+) A-I      intronic chr5:154253980(+) A-I      intronic chr5:154244530(+) A-I      intronic chr5:154241440(+) A-I      intronic chr5:154245847(+) A-I      intronic chr5:154240051(+) A-I      intronic chr5:154254729(+) A-I      intronic chr5:154245786(+) A-I      intronic chr5:154241520(+) A-I      intronic chr5:154253881(+) A-I      intronic chr5:154243064(+) A-I      intronic chr5:154244375(+) A-I      intronic chr5:154243870(+) A-I      intronic chr5:154249444(+) A-I      intronic chr5:154254622(+) A-I      intronic chr5:154245861(+) A-I      intronic chr5:154241816(+) A-I      intronic chr5:154244494(+) A-I      intronic chr5:154246215(+) A-I      intronic chr5:154241443(+) A-I      intronic chr5:154249502(+) A-I      intronic chr5:154246388(+) A-I      intronic chr5:154250861(+) A-I      intronic chr5:154241416(+) A-I      intronic chr5:154241445(+) A-I      intronic chr5:154241919(+) A-I      intronic chr5:154254015(+) A-I      intronic chr5:154249904(+) A-I      intronic chr5:154245851(+) A-I      intronic chr5:154254355(+) A-I      intronic chr5:154250999(+) A-I      intronic chr5:154249737(+) A-I      intronic chr5:154243873(+) A-I      intronic chr5:154249570(+) A-I      intronic chr5:154253989(+) A-I      intronic chr5:154254739(+) A-I      intronic chr5:154241860(+) A-I      intronic chr5:154245761(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CNOT8	chr5:154255685(+) A-I exon 3'UTR    19478186 chr5:154245861(+) A-I intron -    22327324 chr5:154243064(+) A-I intron -    21960545 chr5:154244359(+) A-I intron -    21960545 chr5:154245826(+) A-I intron -    21960545 chr5:154241278(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241388(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241443(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241445(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241465(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241845(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241860(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241907(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241909(+) A-G intron -    22484847 chr5:154241919(+) A-G intron -    22484847 chr5:154243064(+) A-G intron -    22484847 chr5:154243938(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245761(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245770(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245786(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245826(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245847(+) A-G intron -    22484847 chr5:154245861(+) A-G intron -    22484847 chr5:154246209(+) A-G intron -    22484847 chr5:154246215(+) A-G intron -    22484847 chr5:154246230(+) C-T intron -    22484847 chr5:154246353(+) A-G intron -    22484847 chr5:154247621(+) C-T intron -    22484847 chr5:154247622(+) G-A intron -    22484847 chr5:154248804(+) T-C intron -    22484847 chr5:154253875(+) A-G intron -    22484847 chr5:154254015(+) A-G intron -    22484847 chr5:154254016(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CNOT8	chr5:154237997-154237998(+) m6A 5'UTR//exon//intron       - chr5:154238149-154238150(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr5:154252139-154252140(+) Am 3'UTR//CDS//exon       - chr5:154254862-154254863(+) m6A 3'UTR//CDS       24209618 chr5:154254943-154254944(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:154255129-154255130(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:154255147-154255148(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:154255169-154255170(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr5:154255300-154255301(+) m6A 3'UTR       24284625 chr5:154256135-154256136(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:154256147-154256148(+) m6A 3'UTR       26404942//27773535 chr5:154256153-154256154(+) m6A 3'UTR       26404942//27773535 chr5:154256180-154256181(+) m6A 3'UTR       26404942//27773535 chr5:154256235-154256236(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	CNOT8	Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-8-5p
Interactor2: CNOT8

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg