Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00485727

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-1-3p:  MIMAT0015214          XAF1:  NR_046398     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-1-3p	XAF1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015214	54739
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	BIRC4BP//HSXIAPAF1//XIAPAF1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	XAF1	chr17:6672024(+) A-I      intronic chr17:6670647(+) A-I      intronic chr17:6670646(+) A-I      intronic chr17:6675931(+) A-I      intronic chr17:6666776(+) A-I      intronic chr17:6666727(+) A-I      intronic chr17:6666702(+) A-I      intronic chr17:6666670(+) A-I      intronic chr17:6675935(+) A-I      intronic chr17:6666851(+) A-I      intronic chr17:6668573(+) A-I      intronic chr17:6675889(+) A-I      intronic chr17:6664483(+) A-I      intronic chr17:6678233(+) A-I      3'UTR chr17:6678213(+) A-I      3'UTR chr17:6676018(+) A-I      intronic chr17:6668572(+) A-I      intronic chr17:6678373(+) A-I      3'UTR chr17:6671522(+) A-I      intronic chr17:6670750(+) A-I      intronic chr17:6670737(+) A-I      intronic chr17:6666786(+) A-I      intronic chr17:6670724(+) A-I      intronic chr17:6670716(+) A-I      intronic chr17:6672010(+) A-I      intronic chr17:6670748(+) A-I      intronic chr17:6670652(+) A-I      intronic chr17:6663511(+) A-I      intronic chr17:6670745(+) A-I      intronic chr17:6670658(+) A-I      intronic chr17:6671960(+) A-I      intronic chr17:6672039(+) A-I      intronic chr17:6670807(+) A-I      intronic chr17:6670744(+) A-I      intronic chr17:6670752(+) A-I      intronic chr17:6670627(+) A-I      intronic chr17:6678064(+) A-I      3'UTR chr17:6678066(+) A-I      3'UTR chr17:6678204(+) A-I      3'UTR

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	XAF1	chr17:6670658(+) A-I intron -    22327324 chr17:6670652(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670658(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670716(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670724(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670744(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670745(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670748(+) A-G intron -    22484847 chr17:6670750(+) A-G intron -    22484847 chr17:6671960(+) A-G intron -    22484847 chr17:6678204(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	XAF1	chr17:6659100-6659101(+) m6A 5'UTR//intron       - chr17:6659395-6659396(+) m6A 5'UTR//exon       - chr17:6659407-6659408(+) m6A CDS//exon       - chr17:6659425-6659426(+) m6A CDS//exon       - chr17:6659456-6659457(+) m6A exon//intron       - chr17:6659545-6659546(+) m6A exon//intron       - chr17:6659559-6659560(+) m6A exon//intron       - chr17:6660722-6660723(+) m6A exon//intron       - chr17:6661413-6661414(+) m6A CDS//exon       - chr17:6661507-6661508(+) m6A CDS//exon       - chr17:6662783-6662784(+) m6A CDS//exon//intron       - chr17:6662796-6662797(+) m6A 3'UTR//exon//intron       - chr17:6662807-6662808(+) m6A 3'UTR//exon//intron       - chr17:6662830-6662831(+) m6A 3'UTR//exon//intron       - chr17:6662876-6662877(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:6662882-6662883(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:6662889-6662890(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:6662937-6662938(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:6676623-6676624(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676630-6676631(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676635-6676636(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676703-6676704(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676714-6676715(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676730-6676731(+) m6A 3'UTR       - chr17:6676766-6676767(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677429-6677430(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677463-6677464(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677491-6677492(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677536-6677537(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677553-6677554(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677698-6677699(+) m6A 3'UTR       22575960 chr17:6677703-6677704(+) m6A 3'UTR       22575960 chr17:6677751-6677752(+) m6A 3'UTR       22575960 chr17:6677764-6677765(+) m6A 3'UTR       22575960 chr17:6677771-6677772(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677780-6677781(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677814-6677815(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677889-6677890(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677899-6677900(+) m6A 3'UTR       - chr17:6677975-6677976(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678034-6678035(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678280-6678281(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678349-6678350(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678481-6678482(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678493-6678494(+) m6A 3'UTR       24981863 chr17:6678500-6678501(+) m6A 3'UTR       24981863 chr17:6678539-6678540(+) m6A 3'UTR       24981863 chr17:6678570-6678571(+) m6A 3'UTR       24981863 chr17:6678577-6678578(+) m6A 3'UTR       24981863 chr17:6678629-6678630(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678685-6678686(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678738-6678739(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678790-6678791(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678796-6678797(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678814-6678815(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678825-6678826(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678900-6678901(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678925-6678926(+) m6A 3'UTR       - chr17:6678952-6678953(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	XAF1	Exosome Blood     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-1-3p
Interactor2: XAF1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg