Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00480230

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-10a-5p:  MIMAT0015212          INTS3:  NM_001324475     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-10a-5p	INTS3
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015212	65123
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	C1orf193//C1orf60//INT3//SOSS-A//SOSSA

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	INTS3	chr1:153725875(+) A-I      intronic chr1:153726520(+) A-I      intronic chr1:153727945(+) A-I      intronic chr1:153727979(+) A-I      intronic chr1:153708461(+) A-I      intronic chr1:153727988(+) A-I      intronic chr1:153727865(+) A-I      intronic chr1:153726548(+) A-I      intronic chr1:153727795(+) A-I      intronic chr1:153711463(+) A-I      intronic chr1:153725824(+) A-I      intronic chr1:153711784(+) A-I      intronic chr1:153727839(+) A-I      intronic chr1:153727858(+) A-I      intronic chr1:153728820(+) A-I      intronic chr1:153731292(+) A-I      intronic chr1:153702164(+) A-I      intronic chr1:153702222(+) A-I      intronic chr1:153727894(+) A-I      intronic chr1:153707634(+) A-I      intronic chr1:153725831(+) A-I      intronic chr1:153726407(+) A-I      intronic chr1:153717813(+) A-I      intronic chr1:153718386(+) A-I      intronic chr1:153718373(+) A-I      intronic chr1:153726461(+) A-I      intronic chr1:153725912(+) A-I      intronic chr1:153725977(+) A-I      intronic chr1:153725779(+) A-I      intronic chr1:153725857(+) A-I      intronic chr1:153728305(+) A-I      intronic chr1:153727879(+) A-I      intronic chr1:153717750(+) A-I      intronic chr1:153726545(+) A-I      intronic chr1:153718412(+) A-I      intronic chr1:153725939(+) A-I      intronic chr1:153728281(+) A-I      intronic chr1:153728593(+) A-I      intronic chr1:153734718(+) A-I      intronic chr1:153725773(+) A-I      intronic chr1:153726331(+) A-I      intronic chr1:153711450(+) A-I      intronic chr1:153718395(+) A-I      intronic chr1:153704532(+) A-I      intronic chr1:153727970(+) A-I      intronic chr1:153726538(+) A-I      intronic chr1:153737961(+) A-I      intronic chr1:153725847(+) A-I      intronic chr1:153726151(+) A-I      intronic chr1:153726462(+) A-I      intronic chr1:153726551(+) A-I      intronic chr1:153728728(+) A-I      intronic chr1:153729249(+) A-I      intronic chr1:153702103(+) A-I      intronic chr1:153725785(+) A-I      intronic chr1:153733880(+) A-I      intronic chr1:153728782(+) A-I      intronic chr1:153726044(+) A-I      intronic chr1:153733781(+) A-I      intronic chr1:153725978(+) A-I      intronic chr1:153702276(+) A-I      intronic chr1:153702088(+) A-I      intronic chr1:153728010(+) A-I      intronic chr1:153710108(+) A-I      intronic chr1:153727698(+) A-I      intronic chr1:153725780(+) A-I      intronic chr1:153728780(+) A-I      intronic chr1:153726400(+) A-I      intronic chr1:153727873(+) A-I      intronic chr1:153726477(+) A-I      intronic chr1:153727840(+) A-I      intronic chr1:153733772(+) A-I      intronic chr1:153725832(+) A-I      intronic chr1:153725886(+) A-I      intronic chr1:153725852(+) A-I      intronic chr1:153727788(+) A-I      intronic chr1:153705419(+) A-I      intronic chr1:153705126(+) A-I      intronic chr1:153725922(+) A-I      intronic chr1:153705198(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	INTS3	chr1:153717750(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725773(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725779(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725780(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725785(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725832(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725847(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725852(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725886(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725912(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725977(+) A-G intron -    22484847 chr1:153725978(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726151(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726201(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726206(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726261(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726265(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726331(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726477(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726538(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726545(+) A-G intron -    22484847 chr1:153726551(+) A-G intron -    22484847 chr1:153727788(+) A-G intron -    22484847 chr1:153727840(+) A-G intron -    22484847 chr1:153727873(+) A-G intron -    22484847 chr1:153727879(+) A-G intron -    22484847 chr1:153727970(+) A-G intron -    22484847 chr1:153728281(+) A-G intron -    22484847 chr1:153728305(+) A-G intron -    22484847 chr1:153728344(+) G-A intron -    22484847 chr1:153728780(+) A-G intron -    22484847 chr1:153728782(+) A-G intron -    22484847 chr1:153733880(+) A-G intron -    22484847 chr1:153739184(+) G-T intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	INTS3	chr1:153700840-153700841(+) m6A 5'UTR//intron       24284625 chr1:153700910-153700911(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//25456834//22575960 chr1:153700919-153700920(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//25456834//22575960 chr1:153700979-153700980(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24284625//25456834 chr1:153701060-153701061(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//25456834//24981863 chr1:153701259-153701260(+) Gm CDS//exon       - chr1:153719565-153719566(+) m6A exon//intron       22575960 chr1:153721003-153721004(+) m6A exon//intron       - chr1:153721021-153721022(+) m6A exon//intron       - chr1:153721082-153721083(+) m6A exon//intron       - chr1:153732083-153732084(+) m6A CDS//exon//intron       - chr1:153735236-153735237(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr1:153735746-153735747(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr1:153735810-153735811(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr1:153736348-153736349(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr1:153736597-153736598(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr1:153739210-153739211(+) m6A exon//intron       - chr1:153739955-153739956(+) m6A exon//intron       - chr1:153740021-153740022(+) m6A exon//intron       - chr1:153744433-153744434(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chr1:153744877-153744878(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chr1:153744913-153744914(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chr1:153744967-153744968(+) m6A CDS//exon//intron       - chr1:153745002-153745003(+) m6A CDS//exon//intron       - chr1:153745068-153745069(+) m6A CDS//exon//intron       - chr1:153745438-153745439(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//27773535 chr1:153745555-153745556(+) Cm 3'UTR//CDS//exon       - chr1:153745678-153745679(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:153745685-153745686(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:153745778-153745779(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//25456834//24981863//22575960 chr1:153745838-153745839(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//22575960 chr1:153746019-153746020(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24981863 chr1:153746150-153746151(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr1:153746885-153746886(+) m6A 3'UTR//intron       25456834 chr1:153746929-153746930(+) m6A 3'UTR//intron       25456834 chr1:153746969-153746970(+) m6A 3'UTR//intron       25456834 chr1:153747018-153747019(+) m6A 3'UTR       25456834 chr1:153747083-153747084(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr1:153747106-153747107(+) m6A 3'UTR       25456834//24981863 chr1:153747207-153747208(+) m6A 3'UTR       25456834//27773535 chr1:153747268-153747269(+) m6A 3'UTR       25456834//27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	INTS3	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-10a-5p
Interactor2: INTS3

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA//RNAHybrid//Targetscan
Support Database	VmiReg