Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00478310

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-10a-5p:  MIMAT0015212          ARID3A:  NM_005224     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-10a-5p	ARID3A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015212	1820
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	BRIGHT//DRIL1//DRIL3//E2FBP1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ARID3A	chr19:962608(+) A-I      intronic chr19:961901(+) A-I      intronic chr19:961844(+) A-I      intronic chr19:969378(+) A-I      intronic chr19:952082(+) A-I      intronic chr19:952021(+) A-I      intronic chr19:934882(+) A-I      intronic chr19:970622(+) A-I      intronic chr19:970151(+) A-I      intronic chr19:969828(+) A-I      intronic chr19:969814(+) A-I      intronic chr19:961788(+) A-I      intronic chr19:969439(+) A-I      intronic chr19:969386(+) A-I      intronic chr19:969359(+) A-I      intronic chr19:969336(+) A-I      intronic chr19:951405(+) A-I      intronic chr19:951404(+) A-I      intronic chr19:951369(+) A-I      intronic chr19:951339(+) A-I      intronic chr19:971426(+) A-I      intronic chr19:962777(+) A-I      intronic chr19:962767(+) A-I      intronic chr19:930485(+) A-I      intronic chr19:930488(+) A-I      intronic chr19:930493(+) A-I      intronic chr19:930579(+) A-I      intronic chr19:930611(+) A-I      intronic chr19:930649(+) A-I      intronic chr19:930685(+) A-I      intronic chr19:930694(+) A-I      intronic chr19:930716(+) A-I      intronic chr19:931022(+) A-I      intronic chr19:931038(+) A-I      intronic chr19:931039(+) A-I      intronic chr19:931044(+) A-I      intronic chr19:931123(+) A-I      intronic chr19:934869(+) A-I      intronic chr19:935595(+) A-I      intronic chr19:935607(+) A-I      intronic chr19:935643(+) A-I      intronic chr19:935644(+) A-I      intronic chr19:951397(+) A-I      intronic chr19:951407(+) A-I      intronic chr19:951395(+) A-I      intronic chr19:951386(+) A-I      intronic chr19:951371(+) A-I      intronic chr19:951340(+) A-I      intronic chr19:949696(+) A-I      intronic chr19:951539(+) A-I      intronic chr19:969749(+) A-I      intronic chr19:969767(+) A-I      intronic chr19:969846(+) A-I      intronic chr19:969883(+) A-I      intronic chr19:951991(+) A-I      intronic chr19:952328(+) A-I      intronic chr19:952336(+) A-I      intronic chr19:952348(+) A-I      intronic chr19:935730(+) A-I      intronic chr19:935846(+) A-I      intronic chr19:935870(+) A-I      intronic chr19:935871(+) A-I      intronic chr19:935972(+) A-I      intronic chr19:935982(+) A-I      intronic chr19:936289(+) A-I      intronic chr19:936298(+) A-I      intronic chr19:936614(+) A-I      intronic chr19:951302(+) A-I      intronic chr19:951218(+) A-I      intronic chr19:951142(+) A-I      intronic chr19:950996(+) A-I      intronic chr19:970531(+) A-I      intronic chr19:950978(+) A-I      intronic chr19:969953(+) A-I      intronic chr19:970041(+) A-I      intronic chr19:949815(+) A-I      intronic chr19:949805(+) A-I      intronic chr19:970117(+) A-I      intronic chr19:936655(+) A-I      intronic chr19:936676(+) A-I      intronic chr19:936680(+) A-I      intronic chr19:936695(+) A-I      intronic chr19:936708(+) A-I      intronic chr19:936731(+) A-I      intronic chr19:936770(+) A-I      intronic chr19:937058(+) A-I      intronic chr19:937209(+) A-I      intronic chr19:937763(+) A-I      intronic chr19:937781(+) A-I      intronic chr19:937907(+) A-I      intronic chr19:951396(+) A-I      intronic chr19:930080(+) A-I      intronic chr19:930105(+) A-I      intronic chr19:937915(+) A-I      intronic chr19:938024(+) A-I      intronic chr19:939218(+) A-I      intronic chr19:944767(+) A-I      intronic chr19:944755(+) A-I      intronic chr19:939222(+) A-I      intronic chr19:959374(+) A-I      intronic chr19:959419(+) A-I      intronic chr19:959440(+) A-I      intronic chr19:961766(+) A-I      intronic chr19:970749(+) A-I      intronic chr19:970734(+) A-I      intronic chr19:970672(+) A-I      intronic chr19:970627(+) A-I      intronic chr19:970569(+) A-I      intronic chr19:970392(+) A-I      intronic chr19:970391(+) A-I      intronic chr19:970383(+) A-I      intronic chr19:970375(+) A-I      intronic chr19:970292(+) A-I      intronic chr19:959531(+) A-I      intronic chr19:970247(+) A-I      intronic chr19:970193(+) A-I      intronic chr19:961767(+) A-I      intronic chr19:961776(+) A-I      intronic chr19:930342(+) A-I      intronic chr19:930421(+) A-I      intronic chr19:944647(+) A-I      intronic chr19:969433(+) A-I      intronic chr19:969390(+) A-I      intronic chr19:969379(+) A-I      intronic chr19:969375(+) A-I      intronic chr19:969027(+) A-I      intronic chr19:968995(+) A-I      intronic chr19:968892(+) A-I      intronic chr19:969815(+) A-I      intronic chr19:937012(+) A-I      intronic chr19:958192(+) A-I      intronic chr19:936423(+) A-I      intronic chr19:970170(+) A-I      intronic chr19:939319(+) A-I      intronic chr19:936679(+) A-I      intronic chr19:952206(+) A-I      intronic chr19:961768(+) A-I      intronic chr19:936721(+) A-I      intronic chr19:968916(+) A-I      intronic chr19:969303(+) A-I      intronic chr19:957631(+) A-I      intronic chr19:936397(+) A-I      intronic chr19:936757(+) A-I      intronic chr19:968988(+) A-I      intronic chr19:957750(+) A-I      intronic chr19:970675(+) A-I      intronic chr19:968928(+) A-I      intronic chr19:932096(+) A-I      intronic chr19:935619(+) A-I      intronic chr19:936382(+) A-I      intronic chr19:943150(+) A-I      intronic chr19:930297(+) A-I      intronic chr19:936806(+) A-I      intronic chr19:970747(+) A-I      intronic chr19:961663(+) A-I      intronic chr19:969457(+) A-I      intronic chr19:939258(+) A-I      intronic chr19:971262(+) A-I      intronic chr19:951406(+) A-I      intronic chr19:971640(+) A-I      intronic chr19:970112(+) A-I      intronic chr19:930431(+) A-I      intronic chr19:937148(+) A-I      intronic chr19:936417(+) A-I      intronic chr19:952096(+) A-I      intronic chr19:959474(+) A-I      intronic chr19:937089(+) A-I      intronic chr19:962537(+) A-I      intronic chr19:970539(+) A-I      intronic chr19:970577(+) A-I      intronic chr19:959532(+) A-I      intronic chr19:935844(+) A-I      intronic chr19:936306(+) A-I      intronic chr19:970098(+) A-I      intronic chr19:951500(+) A-I      intronic chr19:969393(+) A-I      intronic chr19:930365(+) A-I      intronic chr19:937082(+) A-I      intronic chr19:931179(+) A-I      intronic chr19:936328(+) A-I      intronic chr19:968821(+) A-I      intronic chr19:936631(+) A-I      intronic chr19:952101(+) A-I      intronic chr19:952331(+) A-I      intronic chr19:935509(+) A-I      intronic chr19:970046(+) A-I      intronic chr19:949859(+) A-I      intronic chr19:950853(+) A-I      intronic chr19:951426(+) A-I      intronic chr19:970461(+) A-I      intronic chr19:959317(+) A-I      intronic chr19:969281(+) A-I      intronic chr19:952327(+) A-I      intronic chr19:969873(+) A-I      intronic chr19:930168(+) A-I      intronic chr19:936588(+) A-I      intronic chr19:930639(+) A-I      intronic chr19:969893(+) A-I      intronic chr19:957952(+) A-I      intronic chr19:939260(+) A-I      intronic chr19:970137(+) A-I      intronic chr19:957733(+) A-I      intronic chr19:937147(+) A-I      intronic chr19:971602(+) A-I      intronic chr19:970655(+) A-I      intronic chr19:958005(+) A-I      intronic chr19:937013(+) A-I      intronic chr19:930082(+) A-I      intronic chr19:930473(+) A-I      intronic chr19:951353(+) A-I      intronic chr19:934843(+) A-I      intronic chr19:934796(+) A-I      intronic chr19:937067(+) A-I      intronic chr19:969969(+) A-I      intronic chr19:970111(+) A-I      intronic chr19:949905(+) A-I      intronic chr19:970696(+) A-I      intronic chr19:970735(+) A-I      intronic chr19:937145(+) A-I      intronic chr19:930400(+) A-I      intronic chr19:971493(+) A-I      intronic chr19:970614(+) A-I      intronic chr19:969317(+) A-I      intronic chr19:951279(+) A-I      intronic chr19:969353(+) A-I      intronic chr19:969351(+) A-I      intronic chr19:969355(+) A-I      intronic chr19:970127(+) A-I      intronic chr19:968893(+) A-I      intronic chr19:936464(+) A-I      intronic chr19:939316(+) A-I      intronic chr19:959291(+) A-I      intronic chr19:970053(+) A-I      intronic chr19:970300(+) A-I      intronic chr19:936064(+) A-I      intronic chr19:971457(+) A-I      intronic chr19:968930(+) A-I      intronic chr19:936780(+) A-I      intronic chr19:936507(+) A-I      intronic chr19:969442(+) A-I      intronic chr19:957729(+) A-I      intronic chr19:951446(+) A-I      intronic chr19:970043(+) A-I      intronic chr19:969768(+) A-I      intronic chr19:970166(+) A-I      intronic chr19:931251(+) A-I      intronic chr19:970684(+) A-I      intronic chr19:951003(+) A-I      intronic chr19:930432(+) A-I      intronic chr19:937141(+) A-I      intronic chr19:958312(+) A-I      intronic chr19:969335(+) A-I      intronic chr19:969366(+) A-I      intronic chr19:953926(+) A-I      intronic chr19:952430(+) A-I      intronic chr19:951231(+) A-I      intronic chr19:969416(+) A-I      intronic chr19:954030(+) A-I      intronic chr19:959403(+) A-I      intronic chr19:951538(+) A-I      intronic chr19:958334(+) A-I      intronic chr19:952091(+) A-I      intronic chr19:962571(+) A-I      intronic chr19:952047(+) A-I      intronic chr19:930102(+) A-I      intronic chr19:936762(+) A-I      intronic chr19:970697(+) A-I      intronic chr19:951874(+) A-I      intronic chr19:935708(+) A-I      intronic chr19:957659(+) A-I      intronic chr19:936291(+) A-I      intronic chr19:959391(+) A-I      intronic chr19:949776(+) A-I      intronic chr19:971456(+) A-I      intronic chr19:951354(+) A-I      intronic chr19:951249(+) A-I      intronic chr19:959367(+) A-I      intronic chr19:969414(+) A-I      intronic chr19:970265(+) A-I      intronic chr19:935639(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ARID3A	chr19:952263(+) A-I intron -    22327324 chr19:969265(+) A-I intron -    22327324 chr19:969355(+) A-I intron -    22327324 chr19:955837(+) G-A intron -    22484847 chr19:930400(+) A-G intron -    22484847 chr19:939258(+) A-G intron -    22484847 chr19:939260(+) A-G intron -    22484847 chr19:946737(+) G-A intron -    22484847 chr19:949793(+) A-G intron -    22484847 chr19:949856(+) A-G intron -    22484847 chr19:949918(+) A-G intron -    22484847 chr19:952096(+) A-G intron -    22484847 chr19:952206(+) A-G intron -    22484847 chr19:952263(+) A-G intron -    22484847 chr19:952327(+) A-G intron -    22484847 chr19:957952(+) A-G intron -    22484847 chr19:958192(+) A-G intron -    22484847 chr19:959460(+) A-G intron -    22484847 chr19:969265(+) A-G intron -    22484847 chr19:969355(+) A-G intron -    22484847 chr19:969452(+) A-G intron -    22484847 chr19:970111(+) A-G intron -    22484847 chr19:970112(+) A-G intron -    22484847 chr19:970170(+) A-G intron -    22484847 chr19:970564(+) A-G intron -    22484847 chr19:970577(+) A-G intron -    22484847 chr19:970675(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ARID3A	chr19:925825-925826(+) m6A exon       25456834 chr19:928738-928739(+) m6A exon//intron       - chr19:928902-928903(+) m6A exon//intron       25456834 chr19:928920-928921(+) m6A exon//intron       25456834 chr19:928927-928928(+) m6A exon//intron       25456834 chr19:929533-929534(+) m6A CDS       24209618 chr19:929664-929665(+) m6A CDS       24209618//25456834 chr19:929746-929747(+) m6A CDS       24209618//25456834//24981863//27371828//22608085 chr19:929819-929820(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27371828//22608085 chr19:929874-929875(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828 chr19:929892-929893(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828 chr19:932452-932453(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535 chr19:932718-932719(+) m6A CDS       24209618 chr19:959189-959190(+) m6A exon//intron       - chr19:964426-964427(+) m6A CDS//exon       - chr19:964909-964910(+) m6A CDS//exon       24284625 chr19:968641-968642(+) m6A exon//intron       25456834 chr19:968654-968655(+) m6A exon//intron       25456834 chr19:971982-971983(+) m6A CDS//exon       24209618//24981863 chr19:971990-971991(+) m6A CDS//exon       24209618//24981863 chr19:972277-972278(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972287-972288(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972295-972296(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972319-972320(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972344-972345(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972368-972369(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr19:972415-972416(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22608085 chr19:972577-972578(+) m6A 3'UTR       - chr19:972585-972586(+) m6A 3'UTR       - chr19:974272-974273(+) m6A 3'UTR       - chr19:974650-974651(+) m6A 3'UTR       - chr19:974802-974803(+) m6A 3'UTR       - chr19:974823-974824(+) m6A 3'UTR       - chr19:974858-974859(+) m6A 3'UTR       - chr19:975606-975607(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975627-975628(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975634-975635(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975717-975718(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975752-975753(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975760-975761(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975800-975801(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975851-975852(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975910-975911(+) m6A 3'UTR       27773535 chr19:975915-975916(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ARID3A	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-10a-5p
Interactor2: ARID3A

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//RNAHybrid
Support Database	VmiReg