Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00476344

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-12-5p:  MIMAT0003712          CYSTM1:  NM_032412     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-12-5p	CYSTM1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003712	84418
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	C5orf32//ORF1-FL49

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CYSTM1	chr5:139604620(+) A-I      intronic chr5:139604517(+) A-I      intronic chr5:139604495(+) A-I      intronic chr5:139604180(+) A-I      intronic chr5:139595710(+) A-I      intronic chr5:139592139(+) A-I      intronic chr5:139591385(+) A-I      intronic chr5:139591380(+) A-I      intronic chr5:139595606(+) A-I      intronic chr5:139595588(+) A-I      intronic chr5:139595580(+) A-I      intronic chr5:139590262(+) A-I      intronic chr5:139590242(+) A-I      intronic chr5:139590230(+) A-I      intronic chr5:139604534(+) A-I      intronic chr5:139589397(+) A-I      intronic chr5:139604530(+) A-I      intronic chr5:139589273(+) A-I      intronic chr5:139586341(+) A-I      intronic chr5:139586316(+) A-I      intronic chr5:139583883(+) A-I      intronic chr5:139583851(+) A-I      intronic chr5:139575375(+) A-I      intronic chr5:139575374(+) A-I      intronic chr5:139567950(+) A-I      intronic chr5:139567175(+) A-I      intronic chr5:139567173(+) A-I      intronic chr5:139559522(+) A-I      intronic chr5:139559482(+) A-I      intronic chr5:139604529(+) A-I      intronic chr5:139595634(+) A-I      intronic chr5:139559477(+) A-I      intronic chr5:139559457(+) A-I      intronic chr5:139559445(+) A-I      intronic chr5:139558675(+) A-I      intronic chr5:139558241(+) A-I      intronic chr5:139586315(+) A-I      intronic chr5:139595612(+) A-I      intronic chr5:139567134(+) A-I      intronic chr5:139604664(+) A-I      intronic chr5:139592160(+) A-I      intronic chr5:139627851(+) A-I      intronic chr5:139567858(+) A-I      intronic chr5:139604746(+) A-I      intronic chr5:139604588(+) A-I      intronic chr5:139648047(+) A-I      intronic chr5:139626770(+) A-I      intronic chr5:139588991(+) A-I      intronic chr5:139583897(+) A-I      intronic chr5:139558794(+) A-I      intronic chr5:139590226(+) A-I      intronic chr5:139592502(+) A-I      intronic chr5:139648110(+) A-I      intronic chr5:139566661(+) A-I      intronic chr5:139575507(+) A-I      intronic chr5:139591277(+) A-I      intronic chr5:139627793(+) A-I      intronic chr5:139566434(+) A-I      intronic chr5:139627864(+) A-I      intronic chr5:139558960(+) A-I      intronic chr5:139566714(+) A-I      intronic chr5:139604520(+) A-I      intronic chr5:139604206(+) A-I      intronic chr5:139627783(+) A-I      intronic chr5:139604587(+) A-I      intronic chr5:139591412(+) A-I      intronic chr5:139583914(+) A-I      intronic chr5:139630686(+) A-I      intronic chr5:139604580(+) A-I      intronic chr5:139567188(+) A-I      intronic chr5:139558266(+) A-I      intronic chr5:139567143(+) A-I      intronic chr5:139566456(+) A-I      intronic chr5:139626987(+) A-I      intronic chr5:139558303(+) A-I      intronic chr5:139575515(+) A-I      intronic chr5:139583860(+) A-I      intronic chr5:139583837(+) A-I      intronic chr5:139647975(+) A-I      intronic chr5:139592126(+) A-I      intronic chr5:139604712(+) A-I      intronic chr5:139595647(+) A-I      intronic chr5:139604308(+) A-I      intronic chr5:139627859(+) A-I      intronic chr5:139558787(+) A-I      intronic chr5:139586242(+) A-I      intronic chr5:139567759(+) A-I      intronic chr5:139591411(+) A-I      intronic chr5:139567043(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CYSTM1	chr5:139558415(+) A-G intron -    22484847 chr5:139567043(+) A-G intron -    22484847 chr5:139575507(+) A-G intron -    22484847 chr5:139575515(+) A-G intron -    22484847 chr5:139575519(+) A-G intron -    22484847 chr5:139590226(+) A-G intron -    22484847 chr5:139590263(+) A-G intron -    22484847 chr5:139590371(+) A-G intron -    22484847 chr5:139591276(+) A-G intron -    22484847 chr5:139591277(+) A-G intron -    22484847 chr5:139591411(+) A-G intron -    22484847 chr5:139591412(+) A-G intron -    22484847 chr5:139592126(+) A-G intron -    22484847 chr5:139592160(+) A-G intron -    22484847 chr5:139595647(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604245(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604303(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604308(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604520(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604580(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604582(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604587(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604588(+) A-G intron -    22484847 chr5:139604746(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CYSTM1	chr5:139554236-139554237(+) m6A 5'UTR       22608085 chr5:139554355-139554356(+) m6A 5'UTR       25456834//22608085 chr5:139554364-139554365(+) m6A 5'UTR       25456834//22608085 chr5:139554456-139554457(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr5:139554493-139554494(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr5:139554573-139554574(+) m6A 5'UTR       24981863//22608085 chr5:139554784-139554785(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr5:139554833-139554834(+) m6A 5'UTR//exon       24981863 chr5:139574054-139574055(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//26404942 chr5:139574063-139574064(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//26404942 chr5:139574136-139574137(+) m6A CDS//exon//intron       26404942 chr5:139574148-139574149(+) m6A CDS//exon//intron       26404942 chr5:139622926-139622927(+) m6A CDS//exon       24284625 chr5:139622982-139622983(+) m6A CDS//exon       24284625 chr5:139623000-139623001(+) m6A 3'UTR//exon       24284625 chr5:139623104-139623105(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr5:139645410-139645411(+) m6A exon//intron       27773535 chr5:139661104-139661105(+) m6A exon       27773535 chr5:139661116-139661117(+) m6A exon       27773535 chr5:139661125-139661126(+) m6A exon       27773535 chr5:139661201-139661202(+) m6A exon       27773535 chr5:139661219-139661220(+) m6A exon       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	kshv-miR-K12-12-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438
	CYSTM1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-12-5p
Interactor2: CYSTM1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//RNAHybrid
Support Database	VmiReg