Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00469600

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-3-5p:  MIMAT0002193          ALG13:  NM_001257237     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-3-5p	ALG13
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002193	79868
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CDG1S//CXorf45//DEE36//EIEE36//GLT28D1//MDS031//TDRD13//YGL047W

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ALG13	chrX:110947164(+) A-I      intronic chrX:110958861(+) A-I      intronic chrX:110984831(+) A-I      intronic chrX:110949797(+) A-I      intronic chrX:110992082(+) A-I      intronic chrX:110995789(+) A-I      intronic chrX:110995827(+) A-I      intronic chrX:110984888(+) A-I      intronic chrX:110958866(+) A-I      intronic chrX:110958871(+) A-I      intronic chrX:110984870(+) A-I      intronic chrX:110960299(+) A-I      intronic chrX:110981975(+) A-I      intronic chrX:110981993(+) A-I      intronic chrX:110992110(+) A-I      intronic chrX:110992115(+) A-I      intronic chrX:110947060(+) A-I      intronic chrX:110947107(+) A-I      intronic chrX:110947373(+) A-I      intronic chrX:110947563(+) A-I      intronic chrX:110947636(+) A-I      intronic chrX:110947978(+) A-I      intronic chrX:110947664(+) A-I      intronic chrX:110947670(+) A-I      intronic chrX:110948129(+) A-I      intronic chrX:110948413(+) A-I      intronic chrX:110947177(+) A-I      intronic chrX:110947475(+) A-I      intronic chrX:110947480(+) A-I      intronic chrX:110992086(+) A-I      intronic chrX:110992062(+) A-I      intronic chrX:110953361(+) A-I      intronic chrX:110982027(+) A-I      intronic chrX:110984791(+) A-I      intronic chrX:110984816(+) A-I      intronic chrX:110949837(+) A-I      intronic chrX:110949821(+) A-I      intronic chrX:110949819(+) A-I      intronic chrX:110938556(+) A-I      intronic chrX:110947515(+) A-I      intronic chrX:110947615(+) A-I      intronic chrX:110947528(+) A-I      intronic chrX:110947616(+) A-I      intronic chrX:110947617(+) A-I      intronic chrX:110954124(+) A-I      intronic chrX:110958762(+) A-I      intronic chrX:110954064(+) A-I      intronic chrX:110954054(+) A-I      intronic chrX:110954029(+) A-I      intronic chrX:110984859(+) A-I      intronic chrX:110953999(+) A-I      intronic chrX:110953538(+) A-I      intronic chrX:110953523(+) A-I      intronic chrX:110953496(+) A-I      intronic chrX:110953495(+) A-I      intronic chrX:110953470(+) A-I      intronic chrX:110953461(+) A-I      intronic chrX:110953398(+) A-I      intronic chrX:110953387(+) A-I      intronic chrX:110953370(+) A-I      intronic chrX:110953362(+) A-I      intronic chrX:110953319(+) A-I      intronic chrX:110949912(+) A-I      intronic chrX:110984855(+) A-I      intronic chrX:110949893(+) A-I      intronic chrX:110984857(+) A-I      intronic chrX:110949872(+) A-I      intronic chrX:110949826(+) A-I      intronic chrX:110947000(+) A-I      intronic chrX:110949806(+) A-I      intronic chrX:110949746(+) A-I      intronic chrX:110949709(+) A-I      intronic chrX:110949433(+) A-I      intronic chrX:110949423(+) A-I      intronic chrX:110949383(+) A-I      intronic chrX:110938636(+) A-I      intronic chrX:110937535(+) A-I      intronic chrX:110937480(+) A-I      intronic chrX:110937464(+) A-I      intronic chrX:110937411(+) A-I      intronic chrX:110995773(+) A-I      intronic chrX:110994397(+) A-I      intronic chrX:110994390(+) A-I      intronic chrX:110993973(+) A-I      intronic chrX:110936613(+) A-I      intronic chrX:110936261(+) A-I      intronic chrX:110992134(+) A-I      intronic chrX:110984921(+) A-I      intronic chrX:110936244(+) A-I      intronic chrX:110949832(+) A-I      intronic chrX:110942120(+) A-I      intronic chrX:110946993(+) A-I      intronic chrX:110947001(+) A-I      intronic chrX:110949834(+) A-I      intronic chrX:110981954(+) A-I      intronic chrX:110938631(+) A-I      intronic chrX:110949387(+) A-I      intronic chrX:110958786(+) A-I      intronic chrX:110992155(+) A-I      intronic chrX:110949399(+) A-I      intronic chrX:110949456(+) A-I      intronic chrX:110949730(+) A-I      intronic chrX:110981905(+) A-I      intronic chrX:110938496(+) A-I      intronic chrX:110981828(+) A-I      intronic chrX:110936576(+) A-I      intronic chrX:110992055(+) A-I      intronic chrX:110960253(+) A-I      intronic chrX:110938497(+) A-I      intronic chrX:110934543(+) A-I      intronic chrX:110982017(+) A-I      intronic chrX:110982039(+) A-I      intronic chrX:110938518(+) A-I      intronic chrX:110981859(+) A-I      intronic chrX:110960194(+) A-I      intronic chrX:110933944(+) A-I      intronic chrX:110949805(+) A-I      intronic chrX:110992073(+) A-I      intronic chrX:110938604(+) A-I      intronic chrX:110936563(+) A-I      intronic chrX:110994480(+) A-I      intronic chrX:110949424(+) A-I      intronic chrX:110984785(+) A-I      intronic chrX:110936683(+) A-I      intronic chrX:110984986(+) A-I      intronic chrX:110933943(+) A-I      intronic chrX:110938565(+) A-I      intronic chrX:110982026(+) A-I      intronic chrX:110982000(+) A-I      intronic chrX:110934474(+) A-I      intronic chrX:110949519(+) A-I      intronic chrX:110949384(+) A-I      intronic chrX:110936640(+) A-I      intronic chrX:110958826(+) A-I      intronic chrX:110936129(+) A-I      intronic chrX:110936283(+) A-I      intronic chrX:110992200(+) A-I      intronic chrX:110985041(+) A-I      intronic chrX:110981931(+) A-I      intronic chrX:110938671(+) A-I      intronic chrX:110949876(+) A-I      intronic chrX:110936696(+) A-I      intronic chrX:110953986(+) A-I      intronic chrX:110936156(+) A-I      intronic chrX:110938630(+) A-I      intronic chrX:110981831(+) A-I      intronic chrX:110981923(+) A-I      intronic chrX:110949729(+) A-I      intronic chrX:110949798(+) A-I      intronic chrX:110995853(+) A-I      intronic chrX:110992125(+) A-I      intronic chrX:110984991(+) A-I      intronic chrX:110938644(+) A-I      intronic chrX:110958825(+) A-I      intronic chrX:110938683(+) A-I      intronic chrX:110949828(+) A-I      intronic chrX:110934509(+) A-I      intronic chrX:110981935(+) A-I      intronic chrX:110960251(+) A-I      intronic chrX:110936639(+) A-I      intronic chrX:110958854(+) A-I      intronic chrX:110949833(+) A-I      intronic chrX:110992056(+) A-I      intronic chrX:110984993(+) A-I      intronic chrX:110938657(+) A-I      intronic chrX:110981965(+) A-I      intronic chrX:110938741(+) A-I      intronic chrX:110949747(+) A-I      intronic chrX:110949735(+) A-I      intronic chrX:110992135(+) A-I      intronic chrX:110958799(+) A-I      intronic chrX:110936547(+) A-I      intronic chrX:110984998(+) A-I      intronic chrX:110995824(+) A-I      intronic chrX:110938701(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ALG13	chrX:110947165(+) A-I intron -    15342557   //21960545 chrX:110947168(+) A-I intron -    15342557   //21960545 chrX:110947194(+) A-I intron -    15342557   //21960545 chrX:110947202(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947230(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110947289(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947350(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947486(+) A-I intron -    15342557   //22327324 chrX:110947487(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947494(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947495(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947496(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947497(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947548(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110947575(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110947632(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110947647(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947654(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947663(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947678(+) A-I intron -    15342557   //21960545 chrX:110947679(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110947689(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947777(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947843(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947986(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110948159(+) A-I intron -    15342557   //21960545   //22327324 chrX:110948899(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949225(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949302(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949384(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949387(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949399(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949424(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949456(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949464(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949473(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949519(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949789(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949798(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949805(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949828(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949834(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949860(+) A-I intron -    15342557 chrX:110949876(+) A-I intron -    15342557 chrX:110947977(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chrX:110942003(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947068(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947095(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947107(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947109(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947110(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947538(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947553(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947563(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947588(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947617(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947686(+) A-I intron -    21960545 chrX:110947868(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948080(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948081(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948082(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948115(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948129(+) A-I intron -    21960545 chrX:110948214(+) A-I intron -    21960545 chrX:110946999(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947008(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947047(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947109(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947110(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947163(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947194(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947230(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947289(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947486(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947494(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947496(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947497(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947520(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947538(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947548(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947553(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947575(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947630(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947632(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947653(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947679(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947693(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947868(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947977(+) A-G intron -    22484847 chrX:110947986(+) A-G intron -    22484847 chrX:110948159(+) A-G intron -    22484847 chrX:110936557(+) A-G intron -    22484847 chrX:110936640(+) A-G intron -    22484847 chrX:110938497(+) A-G intron -    22484847 chrX:110938565(+) A-G intron -    22484847 chrX:110938630(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949375(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949380(+) C-T intron -    22484847 chrX:110949384(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949387(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949399(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949464(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949473(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949519(+) A-G intron -    22484847 chrX:110949828(+) A-G intron -    22484847 chrX:110960253(+) A-G intron -    22484847 chrX:110981866(+) A-G intron -    22484847 chrX:110981867(+) A-G intron -    22484847 chrX:110982000(+) A-G intron -    22484847 chrX:110982017(+) A-G intron -    22484847 chrX:110982026(+) A-G intron -    22484847 chrX:110982039(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ALG13	chrX:110909171-110909172(+) m6A CDS       24981863 chrX:110909186-110909187(+) m6A CDS       24981863 chrX:110924437-110924438(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chrX:110924473-110924474(+) m6A 5'UTR//CDS//intron       24981863//22575960 chrX:110924909-110924910(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chrX:110931143-110931144(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863 chrX:110931229-110931230(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085 chrX:110931236-110931237(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085 chrX:110931337-110931338(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chrX:110931808-110931809(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535//22608085 chrX:110931846-110931847(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//26404942//27773535//22608085 chrX:110931879-110931880(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//26404942//27773535//22608085 chrX:110931894-110931895(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085 chrX:110931939-110931940(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//22608085 chrX:110931998-110931999(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24981863 chrX:110951352-110951353(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       - chrX:110961435-110961436(+) m6A 3'UTR//CDS//intron       24981863 chrX:110963383-110963384(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chrX:110963392-110963393(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chrX:110970129-110970130(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chrX:110970977-110970978(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chrX:110971474-110971475(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chrX:110971489-110971490(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       - chrX:110980157-110980158(+) m6A exon//intron       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	kshv-miR-K12-3-5p	Exosome B cell line (Raji)|Primary dendritic cells|T cell line (J77)     21505438 Exosome KSHV-infected lymphoma cell lines (BCBL-1|TY-1)     27611973 Exosome K562 cells     24460325
	ALG13	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-3-5p
Interactor2: ALG13

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg