Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | kshv-miR-K12-4-3p | GRB2 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002192 | 2885 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | ASH//EGFRBP-GRB2//Grb3-3//MST084//MSTP084//NCKAP2 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | GRB2 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | GRB2 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | GRB2 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
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RNALocate | GRB2 |
Resource | Symbol | Drug Name | PubChem ID |
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RNAactDrug | kshv-miR-K12-4-3p |
Interactor1: kshv-miR-K12-4-3p | Interactor2: GRB2 |
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Strong-Evidence | 3'UTR indicator assay//Luciferase reporter assay//Western blot | |
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Weak-Evidence | Microarray//PAR-CLIP | |
Prediction-Evidence | cRep//miRanda//PARalyzer//Targetscan | |
Support Database | RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg |
[1]PMID | 22100165 | Target region | 3'UTR |
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Source | RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BC-1 cells//BC-3 cells//BJAB cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | We focused this analysis mostly on 3'UTRs of mRNAs encoding proteins with functions of potential relevance to KSHV biology and pathogenesis (Table S11). Thirty-six combinations of 3'UTR indicators and KSHV miRNAs with PAR-CLIP interactions were tested for regulation. Nine of these interactions were independently also predicted by microarray analysis of the BJAB cell pools expressing miR-K1, miR-K4-3p, or miR-K11 described above (i.e. for miR-K1: NMI, RAD21, BCL11A, RFXAP; for miR-K4-3p: TPD52, GRB2, MCC, YWHAB; for miR-K11: WEE1). Targets were representative of the full range of seed match types observed in the libraries (Tables S6 and S11). |
[2]PMID | 22174674 | Target region | None |
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Source | RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | DG-75 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | As KSHV putative direct targets we extracted transcripts that were significantly down-regulated significantly in the replicate experiments, and which contained at least one seed-match to one of the KSHV miRNAs. We identified 704 putative direct targets in DG-75 cells (Figure 3B), and 980 putative direct targets in EA.hy926 cells (Figure 3C). A complete list of putative direct targets can be found in Dataset S2 for DG-75 cells and in Dataset S3 for EA.hy926 cells. The overlap between the two datasets contained 153 putative direct targets (Dataset S4). |