Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | kshv-miR-K12-7-3p | SMG1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002187 | 23049 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | 61E3.4//ATX//LIP |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | SMG1 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | SMG1 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | SMG1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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RNALocate | kshv-miR-K12-7-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMG1 |
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Interactor1: kshv-miR-K12-7-3p | Interactor2: SMG1 |
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Strong-Evidence | ELISA//RT-PCR//Western blot | |
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Support Database | ViRBase//VmiReg |
[1]PMID | 21277611 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BCBL-1 cells//HeLa cells//RAW cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | The authors also identified the transcriptional repressor C/EBPbeta p20 (LIP) as a potential target transcript and demonstrated down regulation of endogenous LIP levels after ectopic miRNA expression. |
[2]PMID | 20052801 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BCBL-1 cells//HeLa cells//RAW cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Our bioinformatics analysis identified KSHV miRNA binding sites for miR-K12-3 and miR-K12-7 in the 3'UTR of the murine C/EBP-beta gene (Fig.7A), suggesting the possibility of functional repression of this gene by these two miRNAs. Subsequent analyses revealed that miR-K12-3 and miR-K12-7 specifically suppress expression of LIP and only slightly affect expression of the other two C/EBP-beta isoforms (p42 and p35) and that antagomirs targeting miR-K12-3 and miR-K12-7 restored expression of LIP (Fig.7B). |