Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
---|---|---|
Symbol | kshv-miR-K12-8-3p | PNKD |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002186 | 25953 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | BRP17//DYT8//FKSG19//FPD1//KIPP1184//MR-1//MR-1S//MR1//PDC//PKND1//PNKD1//R1//TAHCCP2 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RADAR | PNKD |
|
Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID |
---|---|---|---|---|---|---|
DARNED | PNKD |
Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RMBase | PNKD |
|
Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RNALocate | kshv-miR-K12-8-3p | |||||||||||||||||||||||
PNKD |
|
Interactor1: kshv-miR-K12-8-3p | Interactor2: PNKD |
---|
Weak-Evidence | Microarray | |
---|---|---|
Prediction-Evidence | cRep//miRanda//Targetscan | |
Support Database | RepTar//ViRBase//VmiReg |
PMID | 22174674 | Target region | None |
---|---|---|---|
Source | RepTar//ViRBase//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | DG-75 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | As KSHV putative direct targets we extracted transcripts that were significantly down-regulated significantly in the replicate experiments, and which contained at least one seed-match to one of the KSHV miRNAs. We identified 704 putative direct targets in DG-75 cells (Figure 3B), and 980 putative direct targets in EA.hy926 cells (Figure 3C). A complete list of putative direct targets can be found in Dataset S2 for DG-75 cells and in Dataset S3 for EA.hy926 cells. The overlap between the two datasets contained 153 putative direct targets (Dataset S4). |