Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | kshv-miR-K12-9-3p | ZFYVE9 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002185 | 9372 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | MADHIP//NSP//PPP1R173//SARA//SMADIP |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | ZFYVE9 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | ZFYVE9 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | ZFYVE9 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
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RNALocate | ZFYVE9 |
Interactor1: kshv-miR-K12-9-3p | Interactor2: ZFYVE9 |
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Strong-Evidence | 3'UTR indicator assay | |
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Weak-Evidence | Microarray//PAR-CLIP | |
Prediction-Evidence | miRanda//PARalyzer//Targetscan | |
Support Database | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg |
[1]PMID | 23170179 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BC-1 cells//BJAB cells | Interactor2 expression | None |
Description | Here,we explore the similarities and differences in the functions of miRNA targets from the limited number of experimentally validated miRNA targets and the larger number of targets predicted by recent reports using high-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation(HITS-CLIP and PAR-CLIP) (Table 2).Table 2 Validated targets from high-throughput studies. Shown are cellular targets identified by photoactivatable ribonucleoside enhanced crosslinking and immunoprecipitation(PAR-CLIP), High-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation and microarray(RIP-Chip)techniques. Validation of these targets was done using luciferase reporter assays. |
[2]PMID | 22100165 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BC-1 cells//BJAB cells | Interactor2 expression | None |
Description | Validated interactions included several targets with minimal seed base pairing (NMI, CSNK1A1), several targets that were detected by PAR-CLIP in only one library, targets with ambiguous seed match assignment (e.g. ZFYVE9: miR-K9) and also targets with only one location of T to C conversion events in the relevant cluster (BCL11A, SOS1, WEE1), suggesting that these criteria do not necessary limit successful target validation. |
[3]PMID | 22174674 | Target region | None |
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Source | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | EA.hy926 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | As KSHV putative direct targets we extracted transcripts that were significantly down-regulated significantly in the replicate experiments, and which contained at least one seed-match to one of the KSHV miRNAs. We identified 704 putative direct targets in DG-75 cells (Figure 3B), and 980 putative direct targets in EA.hy926 cells (Figure 3C). A complete list of putative direct targets can be found in Dataset S2 for DG-75 cells and in Dataset S3 for EA.hy926 cells. The overlap between the two datasets contained 153 putative direct targets (Dataset S4). |