Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00435279

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-1-5p:  MIMAT0002182          FNDC3B:  NM_001135095     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-1-5p	FNDC3B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002182	64778
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	FAD104//PRO4979//YVTM2421

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	FNDC3B	chr3:172096177(+) A-I      Syn:Ser->Ser chr3:172096162(+) A-I      Syn:Gly->Gly chr3:172096151(+) A-I      NonSyn:Ser->Gly chr3:172096203(+) A-I      NonSyn:Lys->Arg chr3:172033033(+) A-I      intronic chr3:172033028(+) A-I      intronic chr3:171768379(+) A-I      intronic chr3:171768930(+) A-I      intronic chr3:171768991(+) A-I      intronic chr3:171768992(+) A-I      intronic chr3:171769013(+) A-I      intronic chr3:171771333(+) A-I      intronic chr3:171771397(+) A-I      intronic chr3:171771400(+) A-I      intronic chr3:171771402(+) A-I      intronic chr3:171771441(+) A-I      intronic chr3:171771442(+) A-I      intronic chr3:171771473(+) A-I      intronic chr3:171832434(+) A-I      intronic chr3:171832444(+) A-I      intronic chr3:171845550(+) A-I      intronic chr3:172104802(+) A-I      intronic chr3:172104805(+) A-I      intronic chr3:172104927(+) A-I      intronic chr3:172104990(+) A-I      intronic chr3:172033006(+) A-I      intronic chr3:172032960(+) A-I      intronic chr3:172032903(+) A-I      intronic chr3:171999116(+) A-I      intronic chr3:171999115(+) A-I      intronic chr3:171999105(+) A-I      intronic chr3:171999097(+) A-I      intronic chr3:171997902(+) A-I      intronic chr3:171997844(+) A-I      intronic chr3:171997834(+) A-I      intronic chr3:171997817(+) A-I      intronic chr3:171997773(+) A-I      intronic chr3:171845585(+) A-I      intronic chr3:171848956(+) A-I      intronic chr3:171848960(+) A-I      intronic chr3:171849024(+) A-I      intronic chr3:171849030(+) A-I      intronic chr3:171849089(+) A-I      intronic chr3:171854590(+) A-I      intronic chr3:171865017(+) A-I      intronic chr3:171997754(+) A-I      intronic chr3:171996602(+) A-I      intronic chr3:171996596(+) A-I      intronic chr3:171854627(+) A-I      intronic chr3:171854709(+) A-I      intronic chr3:171854718(+) A-I      intronic chr3:171855178(+) A-I      intronic chr3:171855280(+) A-I      intronic chr3:171855285(+) A-I      intronic chr3:171855341(+) A-I      intronic chr3:171855361(+) A-I      intronic chr3:171855391(+) A-I      intronic chr3:171857624(+) A-I      intronic chr3:171857685(+) A-I      intronic chr3:171861445(+) A-I      intronic chr3:171861523(+) A-I      intronic chr3:171861538(+) A-I      intronic chr3:171861541(+) A-I      intronic chr3:171863743(+) A-I      intronic chr3:171863749(+) A-I      intronic chr3:172057262(+) A-I      intronic chr3:172057253(+) A-I      intronic chr3:172057247(+) A-I      intronic chr3:172033963(+) A-I      intronic chr3:172033955(+) A-I      intronic chr3:171864820(+) A-I      intronic chr3:171864846(+) A-I      intronic chr3:171864862(+) A-I      intronic chr3:171864867(+) A-I      intronic chr3:171865049(+) A-I      intronic chr3:171867809(+) A-I      intronic chr3:171867811(+) A-I      intronic chr3:171867881(+) A-I      intronic chr3:171876798(+) A-I      intronic chr3:171876948(+) A-I      intronic chr3:171876949(+) A-I      intronic chr3:171882835(+) A-I      intronic chr3:171882854(+) A-I      intronic chr3:171882940(+) A-I      intronic chr3:171882983(+) A-I      intronic chr3:171883000(+) A-I      intronic chr3:171855317(+) A-I      intronic chr3:171883038(+) A-I      intronic chr3:171883047(+) A-I      intronic chr3:171883096(+) A-I      intronic chr3:171884402(+) A-I      intronic chr3:172033950(+) A-I      intronic chr3:172033020(+) A-I      intronic chr3:172033017(+) A-I      intronic chr3:171980483(+) A-I      intronic chr3:171948107(+) A-I      intronic chr3:171948106(+) A-I      intronic chr3:171948076(+) A-I      intronic chr3:171948063(+) A-I      intronic chr3:171884408(+) A-I      intronic chr3:171884430(+) A-I      intronic chr3:171897485(+) A-I      intronic chr3:172111888(+) A-I      intronic chr3:172111853(+) A-I      intronic chr3:172111823(+) A-I      intronic chr3:171884930(+) A-I      intronic chr3:171884931(+) A-I      intronic chr3:171885111(+) A-I      intronic chr3:171891335(+) A-I      intronic chr3:171891338(+) A-I      intronic chr3:171891474(+) A-I      intronic chr3:171896895(+) A-I      intronic chr3:171896969(+) A-I      intronic chr3:171897511(+) A-I      intronic chr3:171943103(+) A-I      intronic chr3:171883021(+) A-I      intronic chr3:172058155(+) A-I      intronic chr3:172057278(+) A-I      intronic chr3:172057107(+) A-I      intronic chr3:172057092(+) A-I      intronic chr3:172057090(+) A-I      intronic chr3:172056734(+) A-I      intronic chr3:172056663(+) A-I      intronic chr3:172056591(+) A-I      intronic chr3:172041137(+) A-I      intronic chr3:172041135(+) A-I      intronic chr3:171897623(+) A-I      intronic chr3:172105116(+) A-I      intronic chr3:172105123(+) A-I      intronic chr3:171897630(+) A-I      intronic chr3:171906255(+) A-I      intronic chr3:171906300(+) A-I      intronic chr3:171906313(+) A-I      intronic chr3:171908538(+) A-I      intronic chr3:171908559(+) A-I      intronic chr3:171908563(+) A-I      intronic chr3:171908624(+) A-I      intronic chr3:171908625(+) A-I      intronic chr3:171909361(+) A-I      intronic chr3:172039646(+) A-I      intronic chr3:172039374(+) A-I      intronic chr3:172035248(+) A-I      intronic chr3:172035236(+) A-I      intronic chr3:171764241(+) A-I      intronic chr3:172035157(+) A-I      intronic chr3:172035150(+) A-I      intronic chr3:172035126(+) A-I      intronic chr3:171996580(+) A-I      intronic chr3:171909484(+) A-I      intronic chr3:171910006(+) A-I      intronic chr3:171910080(+) A-I      intronic chr3:171910182(+) A-I      intronic chr3:171910249(+) A-I      intronic chr3:171911761(+) A-I      intronic chr3:172035103(+) A-I      intronic chr3:171911772(+) A-I      intronic chr3:171911844(+) A-I      intronic chr3:171911850(+) A-I      intronic chr3:171911889(+) A-I      intronic chr3:171911895(+) A-I      intronic chr3:172033897(+) A-I      intronic chr3:171996570(+) A-I      intronic chr3:171996564(+) A-I      intronic chr3:171996561(+) A-I      intronic chr3:171980584(+) A-I      intronic chr3:172111807(+) A-I      intronic chr3:172111804(+) A-I      intronic chr3:172111777(+) A-I      intronic chr3:172111751(+) A-I      intronic chr3:172033862(+) A-I      intronic chr3:172033112(+) A-I      intronic chr3:171768273(+) A-I      intronic chr3:172111736(+) A-I      intronic chr3:172111719(+) A-I      intronic chr3:172111687(+) A-I      intronic chr3:172105008(+) A-I      intronic chr3:172104382(+) A-I      intronic chr3:172057264(+) A-I      intronic chr3:171980514(+) A-I      intronic chr3:171980511(+) A-I      intronic chr3:171980492(+) A-I      intronic chr3:171980491(+) A-I      intronic chr3:172107438(+) A-I      intronic chr3:172107498(+) A-I      intronic chr3:172107519(+) A-I      intronic chr3:172110773(+) A-I      intronic chr3:172111637(+) A-I      intronic chr3:172111644(+) A-I      intronic chr3:172111649(+) A-I      intronic chr3:172111674(+) A-I      intronic chr3:171955995(+) A-I      intronic chr3:171914734(+) A-I      intronic chr3:171911764(+) A-I      intronic chr3:171914118(+) A-I      intronic chr3:171914034(+) A-I      intronic chr3:171914029(+) A-I      intronic chr3:171911997(+) A-I      intronic chr3:171911899(+) A-I      intronic chr3:172111679(+) A-I      intronic chr3:172111688(+) A-I      intronic chr3:172111718(+) A-I      intronic chr3:172111748(+) A-I      intronic chr3:172104982(+) A-I      intronic chr3:172033056(+) A-I      intronic chr3:172033046(+) A-I      intronic chr3:172058176(+) A-I      intronic chr3:172058215(+) A-I      intronic chr3:172058217(+) A-I      intronic chr3:172067027(+) A-I      intronic chr3:172068558(+) A-I      intronic chr3:172068572(+) A-I      intronic chr3:172068575(+) A-I      intronic chr3:172068587(+) A-I      intronic chr3:172104321(+) A-I      intronic chr3:172104345(+) A-I      intronic chr3:172104366(+) A-I      intronic chr3:172104378(+) A-I      intronic chr3:172104380(+) A-I      intronic chr3:172104401(+) A-I      intronic chr3:172104405(+) A-I      intronic chr3:172104506(+) A-I      intronic chr3:171846549(+) A-I      intronic chr3:172102642(+) A-I      intronic chr3:171885059(+) A-I      intronic chr3:171817714(+) A-I      intronic chr3:171768303(+) A-I      intronic chr3:171769898(+) A-I      intronic chr3:171828687(+) A-I      intronic chr3:171840898(+) A-I      intronic chr3:171840903(+) A-I      intronic chr3:171850273(+) A-I      intronic chr3:172118896(+) A-I      3'UTR chr3:172118923(+) A-I      3'UTR chr3:172104381(+) A-I      intronic chr3:172110660(+) A-I      intronic chr3:172104349(+) A-I      intronic chr3:171863703(+) A-I      intronic chr3:171880981(+) A-I      intronic chr3:171855244(+) A-I      intronic chr3:172104944(+) A-I      intronic chr3:172057287(+) A-I      intronic chr3:171910243(+) A-I      intronic chr3:171867632(+) A-I      intronic chr3:172057259(+) A-I      intronic chr3:171828739(+) A-I      intronic chr3:172035156(+) A-I      intronic chr3:172104411(+) A-I      intronic chr3:172058276(+) A-I      intronic chr3:171864843(+) A-I      intronic chr3:172041183(+) A-I      intronic chr3:171872279(+) A-I      intronic chr3:171863769(+) A-I      intronic chr3:171855348(+) A-I      intronic chr3:171980620(+) A-I      intronic chr3:172104421(+) A-I      intronic chr3:171849022(+) A-I      intronic chr3:171914709(+) A-I      intronic chr3:171884446(+) A-I      intronic chr3:171905493(+) A-I      intronic chr3:171897126(+) A-I      intronic chr3:171899540(+) A-I      intronic chr3:171897438(+) A-I      intronic chr3:171854626(+) A-I      intronic chr3:171883052(+) A-I      intronic chr3:171997914(+) A-I      intronic chr3:172104278(+) A-I      intronic chr3:172057188(+) A-I      intronic chr3:171880849(+) A-I      intronic chr3:171884424(+) A-I      intronic chr3:172103622(+) A-I      intronic chr3:172104385(+) A-I      intronic chr3:172056666(+) A-I      intronic chr3:172086807(+) A-I      intronic chr3:171897423(+) A-I      intronic chr3:172105026(+) A-I      intronic chr3:171802143(+) A-I      intronic chr3:171771557(+) A-I      intronic chr3:171882933(+) A-I      intronic chr3:171768354(+) A-I      intronic chr3:172057233(+) A-I      intronic chr3:171914091(+) A-I      intronic chr3:171914718(+) A-I      intronic chr3:171864985(+) A-I      intronic chr3:171896979(+) A-I      intronic chr3:171996597(+) A-I      intronic chr3:171855296(+) A-I      intronic chr3:171855260(+) A-I      intronic chr3:171896888(+) A-I      intronic chr3:171768205(+) A-I      intronic chr3:171855342(+) A-I      intronic chr3:171906296(+) A-I      intronic chr3:172104876(+) A-I      intronic chr3:171928274(+) A-I      intronic chr3:171943974(+) A-I      intronic chr3:171980662(+) A-I      intronic chr3:171924328(+) A-I      intronic chr3:171861446(+) A-I      intronic chr3:172104766(+) A-I      intronic chr3:171864886(+) A-I      intronic chr3:171850300(+) A-I      intronic chr3:172045401(+) A-I      intronic chr3:171943943(+) A-I      intronic chr3:171883022(+) A-I      intronic chr3:171910092(+) A-I      intronic chr3:172033927(+) A-I      intronic chr3:172066967(+) A-I      intronic chr3:172104846(+) A-I      intronic chr3:171768974(+) A-I      intronic chr3:171883034(+) A-I      intronic chr3:171855189(+) A-I      intronic chr3:171910063(+) A-I      intronic chr3:171854692(+) A-I      intronic chr3:172057206(+) A-I      intronic chr3:172056743(+) A-I      intronic chr3:171884928(+) A-I      intronic chr3:171897486(+) A-I      intronic chr3:171996674(+) A-I      intronic chr3:171863684(+) A-I      intronic chr3:171882921(+) A-I      intronic chr3:171883009(+) A-I      intronic chr3:172041180(+) A-I      intronic chr3:171897434(+) A-I      intronic chr3:171909318(+) A-I      intronic chr3:171897439(+) A-I      intronic chr3:171880986(+) A-I      intronic chr3:172054681(+) A-I      intronic chr3:171768357(+) A-I      intronic chr3:171864920(+) A-I      intronic chr3:171896875(+) A-I      intronic chr3:172056692(+) A-I      intronic chr3:171906299(+) A-I      intronic chr3:171879806(+) A-I      intronic chr3:172057200(+) A-I      intronic chr3:172057242(+) A-I      intronic chr3:172056607(+) A-I      intronic chr3:172037908(+) A-I      intronic chr3:171897562(+) A-I      intronic chr3:171897032(+) A-I      intronic chr3:171910174(+) A-I      intronic chr3:172104912(+) A-I      intronic chr3:172104873(+) A-I      intronic chr3:171828768(+) A-I      intronic chr3:171854651(+) A-I      intronic chr3:171928271(+) A-I      intronic chr3:171882889(+) A-I      intronic chr3:172033891(+) A-I      intronic chr3:171999122(+) A-I      intronic chr3:171771542(+) A-I      intronic chr3:172056691(+) A-I      intronic chr3:172107445(+) A-I      intronic chr3:171854657(+) A-I      intronic chr3:172045217(+) A-I      intronic chr3:171855284(+) A-I      intronic chr3:171916893(+) A-I      intronic chr3:171768192(+) A-I      intronic chr3:171879867(+) A-I      intronic chr3:171771556(+) A-I      intronic chr3:171896869(+) A-I      intronic chr3:171896991(+) A-I      intronic chr3:172057255(+) A-I      intronic chr3:171771482(+) A-I      intronic chr3:172057197(+) A-I      intronic chr3:172045271(+) A-I      intronic chr3:171865022(+) A-I      intronic chr3:171855325(+) A-I      intronic chr3:172057232(+) A-I      intronic chr3:171914892(+) A-I      intronic chr3:171883035(+) A-I      intronic chr3:171899508(+) A-I      intronic chr3:171863704(+) A-I      intronic chr3:171827036(+) A-I      intronic chr3:171883039(+) A-I      intronic chr3:171876816(+) A-I      intronic chr3:171907461(+) A-I      intronic chr3:171828782(+) A-I      intronic chr3:172104373(+) A-I      intronic chr3:172033867(+) A-I      intronic chr3:172104947(+) A-I      intronic chr3:171896952(+) A-I      intronic chr3:171781919(+) A-I      intronic chr3:172056788(+) A-I      intronic chr3:171996590(+) A-I      intronic chr3:171882878(+) A-I      intronic chr3:172033859(+) A-I      intronic chr3:172057175(+) A-I      intronic chr3:171854649(+) A-I      intronic chr3:172105088(+) A-I      intronic chr3:171768319(+) A-I      intronic chr3:171914860(+) A-I      intronic chr3:172057112(+) A-I      intronic chr3:171980576(+) A-I      intronic chr3:171768904(+) A-I      intronic chr3:171884447(+) A-I      intronic chr3:172056656(+) A-I      intronic chr3:172045376(+) A-I      intronic chr3:172056787(+) A-I      intronic chr3:171980622(+) A-I      intronic chr3:171849019(+) A-I      intronic chr3:172110683(+) A-I      intronic chr3:172058350(+) A-I      intronic chr3:171885075(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	FNDC3B	chr3:172104847(+) A-I intron -    22327324 chr3:172057112(+) A-I intron -    21960545 chr3:172115474(+) A-I intron -    21960545 chr3:171897552(+) A-I intron -    21960545 chr3:172104846(+) A-I intron -    21960545 chr3:171760968(+) G-A intron -    22484847 chr3:171761155(+) A-G intron -    22484847 chr3:171767364(+) G-C intron -    22484847 chr3:171767437(+) T-C intron -    22484847 chr3:171768192(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768205(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768291(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768319(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768354(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768357(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768904(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768973(+) A-G intron -    22484847 chr3:171768974(+) A-G intron -    22484847 chr3:171771482(+) A-G intron -    22484847 chr3:171771542(+) A-G intron -    22484847 chr3:171771557(+) A-G intron -    22484847 chr3:171781919(+) A-G intron -    22484847 chr3:171783011(+) A-G intron -    22484847 chr3:171783036(+) T-C intron -    22484847 chr3:171827036(+) A-G intron -    22484847 chr3:171828702(+) A-G intron -    22484847 chr3:171828739(+) A-G intron -    22484847 chr3:171828782(+) A-G intron -    22484847 chr3:171849019(+) A-G intron -    22484847 chr3:171849022(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854626(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854649(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854651(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854657(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854692(+) A-G intron -    22484847 chr3:171854717(+) A-G intron -    22484847 chr3:171855185(+) A-G intron -    22484847 chr3:171855189(+) A-G intron -    22484847 chr3:171855192(+) A-G intron -    22484847 chr3:171855284(+) A-G intron -    22484847 chr3:171859545(+) A-G intron -    22484847 chr3:171861443(+) A-G intron -    22484847 chr3:171861446(+) A-G intron -    22484847 chr3:171861578(+) A-G intron -    22484847 chr3:171863684(+) A-G intron -    22484847 chr3:171863703(+) A-G intron -    22484847 chr3:171863704(+) A-G intron -    22484847 chr3:171863733(+) A-G intron -    22484847 chr3:171863837(+) A-G intron -    22484847 chr3:171864834(+) A-G intron -    22484847 chr3:171864843(+) A-G intron -    22484847 chr3:171864886(+) A-G intron -    22484847 chr3:171864920(+) A-G intron -    22484847 chr3:171876816(+) A-G intron -    22484847 chr3:171876914(+) T-C intron -    22484847 chr3:171879806(+) A-G intron -    22484847 chr3:171880834(+) A-G intron -    22484847 chr3:171880849(+) A-G intron -    22484847 chr3:171880940(+) A-G intron -    22484847 chr3:171882878(+) A-G intron -    22484847 chr3:171882904(+) A-G intron -    22484847 chr3:171882921(+) A-G intron -    22484847 chr3:171882933(+) A-G intron -    22484847 chr3:171882997(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883009(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883022(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883034(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883039(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883052(+) A-G intron -    22484847 chr3:171883068(+) A-G intron -    22484847 chr3:171884424(+) A-G intron -    22484847 chr3:171884446(+) A-G intron -    22484847 chr3:171884447(+) A-G intron -    22484847 chr3:171884928(+) A-G intron -    22484847 chr3:171884937(+) G-A intron -    22484847 chr3:171885031(+) A-G intron -    22484847 chr3:171885065(+) A-G intron -    22484847 chr3:171885078(+) C-T intron -    22484847 chr3:171896869(+) A-G intron -    22484847 chr3:171896875(+) A-G intron -    22484847 chr3:171896991(+) A-G intron -    22484847 chr3:171897434(+) A-G intron -    22484847 chr3:171897438(+) A-G intron -    22484847 chr3:171897526(+) A-G intron -    22484847 chr3:171897552(+) A-G intron -    22484847 chr3:171906296(+) A-G intron -    22484847 chr3:171906299(+) A-G intron -    22484847 chr3:171906377(+) G-A intron -    22484847 chr3:171909318(+) A-G intron -    22484847 chr3:171910174(+) A-G intron -    22484847 chr3:171910243(+) A-G intron -    22484847 chr3:171911756(+) A-G intron -    22484847 chr3:171914091(+) A-G intron -    22484847 chr3:171914113(+) A-G intron -    22484847 chr3:171914709(+) A-G intron -    22484847 chr3:171914718(+) A-G intron -    22484847 chr3:171916893(+) A-G intron -    22484847 chr3:171928274(+) A-G intron -    22484847 chr3:171934338(+) G-A intron -    22484847 chr3:171943943(+) A-G intron -    22484847 chr3:171943974(+) A-G intron -    22484847 chr3:171964442(+) T-C intron -    22484847 chr3:171996590(+) A-G intron -    22484847 chr3:171996597(+) A-G intron -    22484847 chr3:171996632(+) G-T intron -    22484847 chr3:171996674(+) A-G intron -    22484847 chr3:171997850(+) A-G intron -    22484847 chr3:172033116(+) A-G intron -    22484847 chr3:172033859(+) A-G intron -    22484847 chr3:172033867(+) A-G intron -    22484847 chr3:172033891(+) A-G intron -    22484847 chr3:172035043(+) A-G intron -    22484847 chr3:172035156(+) A-G intron -    22484847 chr3:172035181(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055539(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055540(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055716(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055860(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055895(+) A-G intron -    22484847 chr3:172055933(+) G-A intron -    22484847 chr3:172056606(+) A-G intron -    22484847 chr3:172056607(+) A-G intron -    22484847 chr3:172056691(+) A-G intron -    22484847 chr3:172056692(+) A-G intron -    22484847 chr3:172056787(+) A-G intron -    22484847 chr3:172056788(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057112(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057206(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057232(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057233(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057259(+) A-G intron -    22484847 chr3:172057298(+) A-G intron -    22484847 chr3:172058276(+) A-G intron -    22484847 chr3:172064546(+) G-T intron -    22484847 chr3:172079717(+) T-C intron -    22484847 chr3:172079720(+) T-C intron -    22484847 chr3:172086646(+) C-T intron -    22484847 chr3:172104349(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104385(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104411(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104800(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104816(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104846(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104847(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104876(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104888(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104912(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104944(+) A-G intron -    22484847 chr3:172104947(+) A-G intron -    22484847 chr3:172105088(+) A-G intron -    22484847 chr3:172110660(+) A-G intron -    22484847 chr3:172110683(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	FNDC3B	chr3:171764717-171764718(+) m6A 5'UTR//intron       24209618 chr3:171965498-171965499(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//27773535 chr3:171969094-171969095(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//27773535 chr3:171969122-171969123(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//27773535 chr3:171969130-171969131(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//27773535 chr3:171969151-171969152(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//27773535//22575960 chr3:171969279-171969280(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960 chr3:171969322-171969323(+) m6A CDS//exon       24981863//27773535//22575960 chr3:172003745-172003746(+) m6A CDS//exon       24981863//22575960 chr3:172060874-172060875(+) m6A CDS       22575960 chr3:172070627-172070628(+) m6A CDS//exon       24284625 chr3:172070743-172070744(+) m6A CDS       24284625 chr3:172070803-172070804(+) m6A CDS       27773535 chr3:172070862-172070863(+) m6A CDS       27773535 chr3:172080458-172080459(+) m6A CDS       27773535 chr3:172080486-172080487(+) m6A CDS       27773535 chr3:172080595-172080596(+) m6A CDS       26404942 chr3:172080622-172080623(+) m6A CDS       26404942//27773535 chr3:172080628-172080629(+) m6A CDS       26404942//27773535 chr3:172096080-172096081(+) m6A CDS       27773535 chr3:172096107-172096108(+) m6A CDS       27773535 chr3:172096180-172096181(+) m6A CDS       27773535 chr3:172115047-172115048(+) m6A CDS       24981863 chr3:172115128-172115129(+) m6A CDS       24981863//26404942//27773535 chr3:172115180-172115181(+) m6A CDS       24981863//26404942//27773535 chr3:172115770-172115771(+) m6A 3'UTR       26404942 chr3:172115780-172115781(+) m6A 3'UTR       26404942

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	FNDC3B	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-1-5p
Interactor2: FNDC3B

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PARalyzer//Targetscan
Support Database	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.