Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | kshv-miR-K12-1-5p | MTUS1 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002182 | 57509 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | ATBP//ATIP//ATIP3//ICIS//MP44//MTSG1 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | MTUS1 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | MTUS1 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID |
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RNALocate | MTUS1 |
Interactor1: kshv-miR-K12-1-5p | Interactor2: MTUS1 |
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Strong-Evidence | 3'UTR indicator assay | |
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Weak-Evidence | PAR-CLIP | |
Prediction-Evidence | miRanda//PARalyzer//Targetscan | |
Support Database | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg |
PMID | 22100165 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BC-1 cells//BC-3 cells | Interactor2 expression | None |
Description | We focused this analysis mostly on 3'UTRs of mRNAs encoding proteins with functions of potential relevance to KSHV biology and pathogenesis (Table S11). Thirty-six combinations of 3'UTR indicators and KSHV miRNAs with PAR-CLIP interactions were tested for regulation. Nine of these interactions were independently also predicted by microarray analysis of the BJAB cell pools expressing miR-K1, miR-K4-3p, or miR-K11 described above (i.e. for miR-K1: NMI, RAD21, BCL11A, RFXAP; for miR-K4-3p: TPD52, GRB2, MCC, YWHAB; for miR-K11: WEE1). Targets were representative of the full range of seed match types observed in the libraries (Tables S6 and S11). |