Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00434836

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-1-5p:  MIMAT0002182          ARL8B:  NM_018184     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-1-5p	ARL8B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002182	55207
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ARL10C//Gie1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ARL8B	chr3:5205378(+) A-I      intronic chr3:5205379(+) A-I      intronic chr3:5205393(+) A-I      intronic chr3:5205545(+) A-I      intronic chr3:5208097(+) A-I      intronic chr3:5208206(+) A-I      intronic chr3:5208208(+) A-I      intronic chr3:5208261(+) A-I      intronic chr3:5172318(+) A-I      intronic chr3:5175412(+) A-I      intronic chr3:5202730(+) A-I      intronic chr3:5202769(+) A-I      intronic chr3:5171249(+) A-I      intronic chr3:5169838(+) A-I      intronic chr3:5169837(+) A-I      intronic chr3:5169836(+) A-I      intronic chr3:5169769(+) A-I      intronic chr3:5169741(+) A-I      intronic chr3:5169696(+) A-I      intronic chr3:5169689(+) A-I      intronic chr3:5169510(+) A-I      intronic chr3:5169507(+) A-I      intronic chr3:5169490(+) A-I      intronic chr3:5169447(+) A-I      intronic chr3:5169443(+) A-I      intronic chr3:5169396(+) A-I      intronic chr3:5169392(+) A-I      intronic chr3:5169380(+) A-I      intronic chr3:5169371(+) A-I      intronic chr3:5171312(+) A-I      intronic chr3:5171453(+) A-I      intronic chr3:5171460(+) A-I      intronic chr3:5171470(+) A-I      intronic chr3:5171472(+) A-I      intronic chr3:5171489(+) A-I      intronic chr3:5171588(+) A-I      intronic chr3:5171602(+) A-I      intronic chr3:5171649(+) A-I      intronic chr3:5171690(+) A-I      intronic chr3:5171287(+) A-I      intronic chr3:5165621(+) A-I      intronic chr3:5165817(+) A-I      intronic chr3:5169625(+) A-I      intronic chr3:5169628(+) A-I      intronic chr3:5173588(+) A-I      intronic chr3:5173592(+) A-I      intronic chr3:5173613(+) A-I      intronic chr3:5173614(+) A-I      intronic chr3:5173622(+) A-I      intronic chr3:5202697(+) A-I      intronic chr3:5202708(+) A-I      intronic chr3:5202716(+) A-I      intronic chr3:5202729(+) A-I      intronic chr3:5169586(+) A-I      intronic chr3:5201132(+) A-I      intronic chr3:5201135(+) A-I      intronic chr3:5201158(+) A-I      intronic chr3:5201166(+) A-I      intronic chr3:5201189(+) A-I      intronic chr3:5201193(+) A-I      intronic chr3:5201208(+) A-I      intronic chr3:5201237(+) A-I      intronic chr3:5201239(+) A-I      intronic chr3:5204737(+) A-I      intronic chr3:5204742(+) A-I      intronic chr3:5204772(+) A-I      intronic chr3:5204785(+) A-I      intronic chr3:5204798(+) A-I      intronic chr3:5204802(+) A-I      intronic chr3:5204812(+) A-I      intronic chr3:5204906(+) A-I      intronic chr3:5200870(+) A-I      intronic chr3:5200851(+) A-I      intronic chr3:5200844(+) A-I      intronic chr3:5200765(+) A-I      intronic chr3:5200694(+) A-I      intronic chr3:5193675(+) A-I      intronic chr3:5176734(+) A-I      intronic chr3:5176723(+) A-I      intronic chr3:5175347(+) A-I      intronic chr3:5173350(+) A-I      intronic chr3:5173319(+) A-I      intronic chr3:5173209(+) A-I      intronic chr3:5173205(+) A-I      intronic chr3:5173176(+) A-I      intronic chr3:5172842(+) A-I      intronic chr3:5172763(+) A-I      intronic chr3:5172737(+) A-I      intronic chr3:5172731(+) A-I      intronic chr3:5171814(+) A-I      intronic chr3:5171758(+) A-I      intronic chr3:5171749(+) A-I      intronic chr3:5204924(+) A-I      intronic chr3:5205345(+) A-I      intronic chr3:5205354(+) A-I      intronic chr3:5176586(+) A-I      intronic chr3:5171493(+) A-I      intronic chr3:5200967(+) A-I      intronic chr3:5205416(+) A-I      intronic chr3:5167492(+) A-I      intronic chr3:5200829(+) A-I      intronic chr3:5194399(+) A-I      intronic chr3:5165816(+) A-I      intronic chr3:5171293(+) A-I      intronic chr3:5193582(+) A-I      intronic chr3:5193049(+) A-I      intronic chr3:5200833(+) A-I      intronic chr3:5192315(+) A-I      intronic chr3:5170964(+) A-I      intronic chr3:5202673(+) A-I      intronic chr3:5169395(+) A-I      intronic chr3:5172650(+) A-I      intronic chr3:5173250(+) A-I      intronic chr3:5165767(+) A-I      intronic chr3:5199687(+) A-I      intronic chr3:5194406(+) A-I      intronic chr3:5199869(+) A-I      intronic chr3:5169697(+) A-I      intronic chr3:5176768(+) A-I      intronic chr3:5171371(+) A-I      intronic chr3:5194221(+) A-I      intronic chr3:5205487(+) A-I      intronic chr3:5166220(+) A-I      intronic chr3:5199717(+) A-I      intronic chr3:5199794(+) A-I      intronic chr3:5191898(+) A-I      intronic chr3:5205435(+) A-I      intronic chr3:5173175(+) A-I      intronic chr3:5171732(+) A-I      intronic chr3:5191892(+) A-I      intronic chr3:5169437(+) A-I      intronic chr3:5192054(+) A-I      intronic chr3:5198284(+) A-I      intronic chr3:5191946(+) A-I      intronic chr3:5177845(+) A-I      intronic chr3:5169620(+) A-I      intronic chr3:5172697(+) A-I      intronic chr3:5169597(+) A-I      intronic chr3:5175355(+) A-I      intronic chr3:5205434(+) A-I      intronic chr3:5200834(+) A-I      intronic chr3:5201032(+) A-I      intronic chr3:5171723(+) A-I      intronic chr3:5205283(+) A-I      intronic chr3:5205475(+) A-I      intronic chr3:5200748(+) A-I      intronic chr3:5202733(+) A-I      intronic chr3:5175431(+) A-I      intronic chr3:5165628(+) A-I      intronic chr3:5200934(+) A-I      intronic chr3:5169800(+) A-I      intronic chr3:5169619(+) A-I      intronic chr3:5193007(+) A-I      intronic chr3:5199934(+) A-I      intronic chr3:5167357(+) A-I      intronic chr3:5169355(+) A-I      intronic chr3:5193626(+) A-I      intronic chr3:5201033(+) A-I      intronic chr3:5200825(+) A-I      intronic chr3:5169398(+) A-I      intronic chr3:5175435(+) A-I      intronic chr3:5165659(+) A-I      intronic chr3:5166174(+) A-I      intronic chr3:5169478(+) A-I      intronic chr3:5170946(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ARL8B	chr3:5199717(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199778(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199794(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199858(+) A-I intron -    15342557 chr3:5199869(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200748(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200825(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200829(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200833(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200834(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200905(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200934(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200942(+) A-I intron -    15342557 chr3:5200967(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201032(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201033(+) A-I intron -    15342557 chr3:5201167(+) A-I intron -    15342557 chr3:5193020(+) A-I intron -    22327324 chr3:5194268(+) A-I intron -    22327324 chr3:5198438(+) A-I intron -    22327324 chr3:5171373(+) A-I intron -    21960545 chr3:5193427(+) A-I intron -    21960545 chr3:5194466(+) T-C intron -    22484847 chr3:5165628(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165652(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165659(+) A-G intron -    22484847 chr3:5165767(+) A-G intron -    22484847 chr3:5166220(+) A-G intron -    22484847 chr3:5166289(+) C-T intron -    22484847 chr3:5167357(+) A-G intron -    22484847 chr3:5170946(+) A-G intron -    22484847 chr3:5170964(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171371(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171468(+) A-G intron -    22484847 chr3:5171892(+) A-G intron -    22484847 chr3:5172409(+) T-C intron -    22484847 chr3:5173094(+) G-T intron -    22484847 chr3:5173099(+) A-G intron -    22484847 chr3:5173107(+) A-G intron -    22484847 chr3:5173175(+) A-G intron -    22484847 chr3:5174113(+) A-G intron -    22484847 chr3:5176586(+) A-G intron -    22484847 chr3:5176717(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191888(+) T-C intron -    22484847 chr3:5191891(+) T-C intron -    22484847 chr3:5191892(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191893(+) A-G intron -    22484847 chr3:5191960(+) T-C intron -    22484847 chr3:5192054(+) A-G intron -    22484847 chr3:5192449(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193020(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193027(+) A-C intron -    22484847 chr3:5193046(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193049(+) A-G intron -    22484847 chr3:5193076(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193082(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193084(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193122(+) T-C intron -    22484847 chr3:5193128(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194262(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194267(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194268(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194398(+) T-C intron -    22484847 chr3:5194460(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196058(+) G-T intron -    22484847 chr3:5196059(+) C-G intron -    22484847 chr3:5196087(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196463(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196493(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196517(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196534(+) T-C intron -    22484847 chr3:5196574(+) G-T intron -    22484847 chr3:5196692(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197726(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197783(+) A-G intron -    22484847 chr3:5197787(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197860(+) T-C intron -    22484847 chr3:5197863(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198136(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198137(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198198(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198212(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198238(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198278(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198284(+) A-G intron -    22484847 chr3:5198296(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198297(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198368(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198438(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198441(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198559(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198560(+) T-C intron -    22484847 chr3:5198580(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ARL8B	chr3:5164178-5164179(+) m6A CDS//exon       - chr3:5164249-5164250(+) m6A CDS//exon       - chr3:5220860-5220861(+) m6A 3'UTR       - chr3:5220898-5220899(+) m6A 3'UTR       - chr3:5222478-5222479(+) m6A 3'UTR       27773535 chr3:5222513-5222514(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ARL8B	Chromatin K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-1-5p
Interactor2: ARL8B

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//Targetscan
Support Database	VmiReg