Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00429566

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.5711

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-11-3p:  MIMAT0002181          CASP8AP2:  NM_001137668     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-11-3p	CASP8AP2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002181	9994
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CED-4//FLASH//RIP25

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position
Lncediting	CASP8AP2	chr6: 90567059     chr6: 90541028     chr6: 90540993     chr6: 90541020

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CASP8AP2	chr6:90581768(+) A-I      intronic chr6:90581776(+) A-I      intronic chr6:90555971(+) A-I      intronic chr6:90559600(+) A-I      intronic chr6:90567900(+) A-I      intronic chr6:90567871(+) A-I      intronic chr6:90559609(+) A-I      intronic chr6:90554817(+) A-I      intronic chr6:90554820(+) A-I      intronic chr6:90582648(+) A-I      intronic chr6:90568463(+) A-I      intronic chr6:90551594(+) A-I      intronic chr6:90551589(+) A-I      intronic chr6:90541568(+) A-I      intronic chr6:90556430(+) A-I      intronic chr6:90555085(+) A-I      intronic chr6:90555192(+) A-I      intronic chr6:90582639(+) A-I      intronic chr6:90582331(+) A-I      intronic chr6:90582172(+) A-I      intronic chr6:90582157(+) A-I      intronic chr6:90582127(+) A-I      intronic chr6:90582120(+) A-I      intronic chr6:90582072(+) A-I      intronic chr6:90582062(+) A-I      intronic chr6:90582038(+) A-I      intronic chr6:90582030(+) A-I      intronic chr6:90582003(+) A-I      intronic chr6:90581733(+) A-I      intronic chr6:90581702(+) A-I      intronic chr6:90581350(+) A-I      intronic chr6:90581344(+) A-I      intronic chr6:90580245(+) A-I      intronic chr6:90580227(+) A-I      intronic chr6:90579215(+) A-I      intronic chr6:90579106(+) A-I      intronic chr6:90575497(+) A-I      intronic chr6:90575484(+) A-I      intronic chr6:90555549(+) A-I      intronic chr6:90555586(+) A-I      intronic chr6:90556052(+) A-I      intronic chr6:90556068(+) A-I      intronic chr6:90556416(+) A-I      intronic chr6:90575056(+) A-I      intronic chr6:90575014(+) A-I      intronic chr6:90574979(+) A-I      intronic chr6:90574790(+) A-I      intronic chr6:90574787(+) A-I      intronic chr6:90574747(+) A-I      intronic chr6:90574683(+) A-I      intronic chr6:90574651(+) A-I      intronic chr6:90574380(+) A-I      intronic chr6:90574368(+) A-I      intronic chr6:90574365(+) A-I      intronic chr6:90574356(+) A-I      intronic chr6:90574338(+) A-I      intronic chr6:90574333(+) A-I      intronic chr6:90574300(+) A-I      intronic chr6:90574263(+) A-I      intronic chr6:90574257(+) A-I      intronic chr6:90571233(+) A-I      intronic chr6:90571221(+) A-I      intronic chr6:90568542(+) A-I      intronic chr6:90568488(+) A-I      intronic chr6:90568462(+) A-I      intronic chr6:90567961(+) A-I      intronic chr6:90567933(+) A-I      intronic chr6:90567682(+) A-I      intronic chr6:90567555(+) A-I      intronic chr6:90567261(+) A-I      intronic chr6:90565511(+) A-I      intronic chr6:90563470(+) A-I      intronic chr6:90563426(+) A-I      intronic chr6:90563414(+) A-I      intronic chr6:90563395(+) A-I      intronic chr6:90563369(+) A-I      intronic chr6:90562580(+) A-I      intronic chr6:90562457(+) A-I      intronic chr6:90562417(+) A-I      intronic chr6:90562043(+) A-I      intronic chr6:90560471(+) A-I      intronic chr6:90559546(+) A-I      intronic chr6:90559138(+) A-I      intronic chr6:90558760(+) A-I      intronic chr6:90558699(+) A-I      intronic chr6:90558221(+) A-I      intronic chr6:90558203(+) A-I      intronic chr6:90558188(+) A-I      intronic chr6:90558179(+) A-I      intronic chr6:90558173(+) A-I      intronic chr6:90558160(+) A-I      intronic chr6:90557657(+) A-I      intronic chr6:90557549(+) A-I      intronic chr6:90557522(+) A-I      intronic chr6:90557134(+) A-I      intronic chr6:90557129(+) A-I      intronic chr6:90541097(+) A-I      intronic chr6:90541149(+) A-I      intronic chr6:90543973(+) A-I      intronic chr6:90543978(+) A-I      intronic chr6:90543979(+) A-I      intronic chr6:90544002(+) A-I      intronic chr6:90544026(+) A-I      intronic chr6:90556525(+) A-I      intronic chr6:90544121(+) A-I      intronic chr6:90544276(+) A-I      intronic chr6:90544666(+) A-I      intronic chr6:90544669(+) A-I      intronic chr6:90545870(+) A-I      intronic chr6:90545908(+) A-I      intronic chr6:90546050(+) A-I      intronic chr6:90546068(+) A-I      intronic chr6:90546087(+) A-I      intronic chr6:90546653(+) A-I      intronic chr6:90547604(+) A-I      intronic chr6:90547691(+) A-I      intronic chr6:90547694(+) A-I      intronic chr6:90549162(+) A-I      intronic chr6:90549171(+) A-I      intronic chr6:90549237(+) A-I      intronic chr6:90549243(+) A-I      intronic chr6:90550007(+) A-I      intronic chr6:90554765(+) A-I      intronic chr6:90541028(+) A-I      5'UTR chr6:90541020(+) A-I      5'UTR chr6:90567059(+) A-I      3'UTR chr6:90581919(+) A-I      intronic chr6:90549971(+) A-I      intronic chr6:90555082(+) A-I      intronic chr6:90582327(+) A-I      intronic chr6:90580299(+) A-I      intronic chr6:90555482(+) A-I      intronic chr6:90555700(+) A-I      intronic chr6:90549198(+) A-I      intronic chr6:90581436(+) A-I      intronic chr6:90558336(+) A-I      intronic chr6:90574906(+) A-I      intronic chr6:90568618(+) A-I      intronic chr6:90567467(+) A-I      intronic chr6:90571139(+) A-I      intronic chr6:90565452(+) A-I      intronic chr6:90581178(+) A-I      intronic chr6:90567776(+) A-I      intronic chr6:90559509(+) A-I      intronic chr6:90575380(+) A-I      intronic chr6:90546917(+) A-I      intronic chr6:90571588(+) A-I      intronic chr6:90555895(+) A-I      intronic chr6:90561276(+) A-I      intronic chr6:90546696(+) A-I      intronic chr6:90574627(+) A-I      intronic chr6:90574425(+) A-I      intronic chr6:90581187(+) A-I      intronic chr6:90557035(+) A-I      intronic chr6:90581524(+) A-I      intronic chr6:90555958(+) A-I      intronic chr6:90581808(+) A-I      intronic chr6:90557028(+) A-I      intronic chr6:90563520(+) A-I      intronic chr6:90556529(+) A-I      intronic chr6:90581849(+) A-I      intronic chr6:90581517(+) A-I      intronic chr6:90544679(+) A-I      intronic chr6:90581522(+) A-I      intronic chr6:90558148(+) A-I      intronic chr6:90546978(+) A-I      intronic chr6:90581764(+) A-I      intronic chr6:90564388(+) A-I      intronic chr6:90555894(+) A-I      intronic chr6:90574339(+) A-I      intronic chr6:90559588(+) A-I      intronic chr6:90571254(+) A-I      intronic chr6:90581918(+) A-I      intronic chr6:90557029(+) A-I      intronic chr6:90558294(+) A-I      intronic chr6:90562703(+) A-I      intronic chr6:90543986(+) A-I      intronic chr6:90547926(+) A-I      intronic chr6:90574970(+) A-I      intronic chr6:90567844(+) A-I      intronic chr6:90549895(+) A-I      intronic chr6:90579204(+) A-I      intronic chr6:90541177(+) A-I      intronic chr6:90562697(+) A-I      intronic chr6:90555068(+) A-I      intronic chr6:90549227(+) A-I      intronic chr6:90579195(+) A-I      intronic chr6:90567128(+) A-I      intronic chr6:90564320(+) A-I      intronic chr6:90549307(+) A-I      intronic chr6:90549278(+) A-I      intronic chr6:90567867(+) A-I      intronic chr6:90581799(+) A-I      intronic chr6:90549247(+) A-I      intronic chr6:90558870(+) A-I      intronic chr6:90580158(+) A-I      intronic chr6:90570331(+) A-I      3'UTR chr6:90569322(+) A-I      3'UTR chr6:90570335(+) A-I      3'UTR chr6:90569347(+) A-I      3'UTR chr6:90570488(+) A-I      3'UTR chr6:90569520(+) A-I      3'UTR chr6:90570544(+) A-I      3'UTR chr6:90569507(+) A-I      3'UTR chr6:90540993(+) A-I      5'UTR chr6:90569393(+) A-I      3'UTR chr6:90569384(+) A-I      3'UTR chr6:90570466(+) A-I      3'UTR chr6:90570317(+) A-I      3'UTR chr6:90569546(+) A-I      3'UTR chr6:90569549(+) A-I      3'UTR chr6:90569396(+) A-I      3'UTR chr6:90569367(+) A-I      3'UTR chr6:90546972(+) A-I      intronic chr6:90567714(+) A-I      intronic chr6:90544408(+) A-I      intronic chr6:90549358(+) A-I      intronic chr6:90571133(+) A-I      intronic chr6:90562730(+) A-I      intronic chr6:90549716(+) A-I      intronic chr6:90571220(+) A-I      intronic chr6:90549333(+) A-I      intronic chr6:90551362(+) A-I      intronic chr6:90571314(+) A-I      intronic chr6:90555909(+) A-I      intronic chr6:90557645(+) A-I      intronic chr6:90558166(+) A-I      intronic chr6:90555228(+) A-I      intronic chr6:90544697(+) A-I      intronic chr6:90549626(+) A-I      intronic chr6:90583103(+) A-I      intronic chr6:90582712(+) A-I      intronic chr6:90567854(+) A-I      intronic chr6:90567845(+) A-I      intronic chr6:90555957(+) A-I      intronic chr6:90574733(+) A-I      intronic chr6:90564315(+) A-I      intronic chr6:90549119(+) A-I      intronic chr6:90579228(+) A-I      intronic chr6:90549583(+) A-I      intronic chr6:90571238(+) A-I      intronic chr6:90581920(+) A-I      intronic chr6:90546969(+) A-I      intronic chr6:90567798(+) A-I      intronic chr6:90562497(+) A-I      intronic chr6:90558262(+) A-I      intronic chr6:90557046(+) A-I      intronic chr6:90567909(+) A-I      intronic chr6:90545063(+) A-I      intronic chr6:90542659(+) A-I      intronic chr6:90544247(+) A-I      intronic chr6:90571473(+) A-I      intronic chr6:90549225(+) A-I      intronic chr6:90582345(+) A-I      intronic chr6:90579107(+) A-I      intronic chr6:90582558(+) A-I      intronic chr6:90583143(+) A-I      intronic chr6:90544344(+) A-I      intronic chr6:90555848(+) A-I      intronic chr6:90581813(+) A-I      intronic chr6:90571179(+) A-I      intronic chr6:90549281(+) A-I      intronic chr6:90555452(+) A-I      intronic chr6:90568920(+) A-I      intronic chr6:90560307(+) A-I      intronic chr6:90546069(+) A-I      intronic chr6:90581382(+) A-I      intronic chr6:90556022(+) A-I      intronic chr6:90574606(+) A-I      intronic chr6:90567270(+) A-I      intronic chr6:90544327(+) A-I      intronic chr6:90574759(+) A-I      intronic chr6:90554842(+) A-I      intronic chr6:90580192(+) A-I      intronic chr6:90555682(+) A-I      intronic chr6:90581462(+) A-I      intronic chr6:90581485(+) A-I      intronic chr6:90557548(+) A-I      intronic chr6:90549197(+) A-I      intronic chr6:90549379(+) A-I      intronic chr6:90544240(+) A-I      intronic chr6:90582033(+) A-I      intronic chr6:90551548(+) A-I      intronic chr6:90564387(+) A-I      intronic chr6:90558798(+) A-I      intronic chr6:90567246(+) A-I      intronic chr6:90549142(+) A-I      intronic chr6:90580267(+) A-I      intronic chr6:90563915(+) A-I      intronic chr6:90556064(+) A-I      intronic chr6:90549919(+) A-I      intronic chr6:90578970(+) A-I      intronic chr6:90579112(+) A-I      intronic chr6:90567886(+) A-I      intronic chr6:90583120(+) A-I      intronic chr6:90555655(+) A-I      intronic chr6:90581773(+) A-I      intronic chr6:90580228(+) A-I      intronic chr6:90544746(+) A-I      intronic chr6:90564305(+) A-I      intronic chr6:90581721(+) A-I      intronic chr6:90563475(+) A-I      intronic chr6:90546764(+) A-I      intronic chr6:90582400(+) A-I      intronic chr6:90557120(+) A-I      intronic chr6:90555296(+) A-I      intronic chr6:90581591(+) A-I      intronic chr6:90559506(+) A-I      intronic chr6:90545204(+) A-I      intronic chr6:90574750(+) A-I      intronic chr6:90549288(+) A-I      intronic chr6:90555869(+) A-I      intronic chr6:90574269(+) A-I      intronic chr6:90555908(+) A-I      intronic chr6:90565466(+) A-I      intronic chr6:90567435(+) A-I      intronic chr6:90555956(+) A-I      intronic chr6:90555284(+) A-I      intronic chr6:90583168(+) A-I      intronic chr6:90549961(+) A-I      intronic chr6:90582112(+) A-I      intronic chr6:90567444(+) A-I      intronic chr6:90567699(+) A-I      intronic chr6:90568620(+) A-I      intronic chr6:90562511(+) A-I      intronic chr6:90555654(+) A-I      intronic chr6:90568782(+) A-I      intronic chr6:90556023(+) A-I      intronic chr6:90558664(+) A-I      intronic chr6:90544312(+) A-I      intronic chr6:90544409(+) A-I      intronic chr6:90567424(+) A-I      intronic chr6:90580178(+) A-I      intronic chr6:90555120(+) A-I      intronic chr6:90555640(+) A-I      intronic chr6:90579172(+) A-I      intronic chr6:90583142(+) A-I      intronic chr6:90582539(+) A-I      intronic chr6:90555984(+) A-I      intronic chr6:90555514(+) A-I      intronic chr6:90555903(+) A-I      intronic chr6:90558271(+) A-I      intronic chr6:90541142(+) A-I      intronic chr6:90549148(+) A-I      intronic chr6:90579501(+) A-I      intronic chr6:90565316(+) A-I      intronic chr6:90545946(+) A-I      intronic chr6:90543865(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CASP8AP2	chr6:90565242(+) A-I exon CDS    15342557 chr6:90569322(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569393(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569396(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569494(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569507(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569549(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90569634(+) A-I intron -    15342557 chr6:90570317(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90570335(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90570382(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr6:90570442(+) A-I intron -    15342557 chr6:90570459(+) A-I intron -    15342557 chr6:90570466(+) A-I intron -    15342557 chr6:90541167(+) A-G intron -    22484847 chr6:90541192(+) A-G intron -    22484847 chr6:90542629(+) G-A intron -    22484847 chr6:90543865(+) A-G intron -    22484847 chr6:90543986(+) A-G intron -    22484847 chr6:90544240(+) A-G intron -    22484847 chr6:90544312(+) A-G intron -    22484847 chr6:90544344(+) A-G intron -    22484847 chr6:90544409(+) A-G intron -    22484847 chr6:90544801(+) A-G intron -    22484847 chr6:90545063(+) A-G intron -    22484847 chr6:90545204(+) A-G intron -    22484847 chr6:90546069(+) A-G intron -    22484847 chr6:90547131(+) A-G intron -    22484847 chr6:90547301(+) T-C intron -    22484847 chr6:90549119(+) A-G intron -    22484847 chr6:90549142(+) A-G intron -    22484847 chr6:90549197(+) A-G intron -    22484847 chr6:90549281(+) A-G intron -    22484847 chr6:90549583(+) A-G intron -    22484847 chr6:90554775(+) A-G intron -    22484847 chr6:90554842(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555082(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555228(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555296(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555452(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555521(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555629(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555640(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555655(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555700(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555848(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555869(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555894(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555895(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555900(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555903(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555908(+) A-G intron -    22484847 chr6:90555909(+) A-G intron -    22484847 chr6:90556058(+) A-G intron -    22484847 chr6:90556064(+) A-G intron -    22484847 chr6:90557548(+) A-G intron -    22484847 chr6:90558148(+) A-G intron -    22484847 chr6:90558798(+) A-G intron -    22484847 chr6:90558870(+) A-G intron -    22484847 chr6:90560307(+) A-G intron -    22484847 chr6:90562511(+) A-G intron -    22484847 chr6:90563398(+) A-G intron -    22484847 chr6:90563475(+) A-G intron -    22484847 chr6:90563520(+) A-G intron -    22484847 chr6:90564064(+) A-G intron -    22484847 chr6:90564305(+) A-G intron -    22484847 chr6:90567128(+) A-G intron -    22484847 chr6:90567145(+) A-G intron -    22484847 chr6:90567157(+) A-G intron -    22484847 chr6:90567699(+) A-G intron -    22484847 chr6:90569079(+) C-G intron -    22484847 chr6:90571254(+) A-G intron -    22484847 chr6:90574269(+) A-G intron -    22484847 chr6:90574339(+) A-G intron -    22484847 chr6:90574364(+) A-G intron -    22484847 chr6:90574627(+) A-G intron -    22484847 chr6:90574906(+) A-G intron -    22484847 chr6:90579195(+) A-G intron -    22484847 chr6:90580158(+) A-G intron -    22484847 chr6:90580184(+) A-G intron -    22484847 chr6:90580192(+) A-G intron -    22484847 chr6:90580228(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581462(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581522(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581721(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581726(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581918(+) A-G intron -    22484847 chr6:90581919(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CASP8AP2	chr6:90539624-90539625(+) m6A 5'UTR       24284625 chr6:90539685-90539686(+) m6A 5'UTR//exon//intron       - chr6:90566862-90566863(+) m6A CDS//exon       22608085 chr6:90566881-90566882(+) m6A CDS//exon       22608085 chr6:90570551-90570552(+) m6A intron       24981863//22608085 chr6:90571881-90571882(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90571890-90571891(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90571908-90571909(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90571956-90571957(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90572036-90572037(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90572087-90572088(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:90572180-90572181(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572202-90572203(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572221-90572222(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572249-90572250(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572285-90572286(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572312-90572313(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572319-90572320(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572403-90572404(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572434-90572435(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572453-90572454(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572462-90572463(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572512-90572513(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572540-90572541(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22608085 chr6:90572560-90572561(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//27773535//22608085 chr6:90572686-90572687(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572698-90572699(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572743-90572744(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572751-90572752(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572761-90572762(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572825-90572826(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572832-90572833(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572855-90572856(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90572912-90572913(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572925-90572926(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572937-90572938(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572946-90572947(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572966-90572967(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572975-90572976(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90572982-90572983(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90573072-90573073(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573079-90573080(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573085-90573086(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573115-90573116(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573231-90573232(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573260-90573261(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573290-90573291(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573306-90573307(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573326-90573327(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573356-90573357(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573378-90573379(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573462-90573463(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573495-90573496(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573527-90573528(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573582-90573583(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573598-90573599(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90573702-90573703(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//22608085 chr6:90573858-90573859(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:90573882-90573883(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:90573895-90573896(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:90573918-90573919(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:90573980-90573981(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr6:90574022-90574023(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//22575960//22608085 chr6:90575776-90575777(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90575838-90575839(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90575846-90575847(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90575910-90575911(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:90575953-90575954(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90575964-90575965(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90575985-90575986(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90576008-90576009(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90576036-90576037(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90576113-90576114(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90576117-90576118(+) Gm CDS//exon//intron       - chr6:90576149-90576150(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90576503-90576504(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90576513-90576514(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90576521-90576522(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90576562-90576563(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90576610-90576611(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90576667-90576668(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90576745-90576746(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:90576837-90576838(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:90576890-90576891(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr6:90576982-90576983(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90577026-90577027(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90577050-90577051(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//22608085 chr6:90577679-90577680(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90577721-90577722(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90577745-90577746(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90577774-90577775(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90577807-90577808(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr6:90577850-90577851(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90577869-90577870(+) m6A CDS//exon//intron       22608085 chr6:90577974-90577975(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578039-90578040(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578050-90578051(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578088-90578089(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:90578095-90578096(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr6:90578185-90578186(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr6:90578290-90578291(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578356-90578357(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:90578385-90578386(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578490-90578491(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr6:90578521-90578522(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578552-90578553(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578565-90578566(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578589-90578590(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578597-90578598(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr6:90578796-90578797(+) m6A CDS//exon//intron       24284625//22608085 chr6:90581062-90581063(+) m6A CDS//exon       22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	CASP8AP2	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-11-3p
Interactor2: CASP8AP2

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	PARalyzer
Support Database	ViRBase//VIRmiRNA

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	ViRBase//VIRmiRNA	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.