Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | kshv-miR-K12-11-3p | PTPRJ |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0002181 | 5795 |
Organism | Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV) | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | CD148//DEP1//HPTPeta//R-PTP-ETA//SCC1 |
Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | PTPRJ |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | PTPRJ |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | PTPRJ |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | |||||||||||||||||||||
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RNALocate | PTPRJ |
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Interactor1: kshv-miR-K12-11-3p | Interactor2: PTPRJ |
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Weak-Evidence | Microarray//PAR-CLIP | |
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Prediction-Evidence | miRanda//PARalyzer//Targetscan | |
Support Database | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg |
[1]PMID | 22100165 | Target region | 3'UTR |
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Source | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | BC-3 cells//BJAB cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | Table S10C Genes that contribute to the enrichments of PAR-CLIP targets of miR-K11 from BC-1 libraries in downregulated mRNAs in BJAB/miR-K11 cells.Table S10F Genes that contribute to the enrichments of PAR-CLIP targets of miR-K11 from BC-3 libraries in downregulated mRNAs in BJAB/miR-K11 cells. |
[2]PMID | 22174674 | Target region | None |
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Source | ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | DG-75 cells | Interactor2 expression | Downregulation |
Description | As KSHV putative direct targets we extracted transcripts that were significantly down-regulated significantly in the replicate experiments, and which contained at least one seed-match to one of the KSHV miRNAs. We identified 704 putative direct targets in DG-75 cells (Figure 3B), and 980 putative direct targets in EA.hy926 cells (Figure 3C). A complete list of putative direct targets can be found in Dataset S2 for DG-75 cells and in Dataset S3 for EA.hy926 cells. The overlap between the two datasets contained 153 putative direct targets (Dataset S4). |