Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00427104

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6055

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-10b:  MIMAT0002180          ZNF107:  NR_104148     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-10b	ZNF107
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002180	51427
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	smap-7//Y8//ZFD25//ZNF588

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ZNF107	chr7:64162756(+) A-I      intronic chr7:64151437(+) A-I      intronic chr7:64138136(+) A-I      intronic chr7:64138074(+) A-I      intronic chr7:64156572(+) A-I      intronic chr7:64159882(+) A-I      intronic chr7:64129952(+) A-I      intronic chr7:64162765(+) A-I      intronic chr7:64129962(+) A-I      intronic chr7:64161782(+) A-I      intronic chr7:64138072(+) A-I      intronic chr7:64137977(+) A-I      intronic chr7:64161779(+) A-I      intronic chr7:64137812(+) A-I      intronic chr7:64129963(+) A-I      intronic chr7:64129970(+) A-I      intronic chr7:64129971(+) A-I      intronic chr7:64137605(+) A-I      intronic chr7:64159932(+) A-I      intronic chr7:64137811(+) A-I      intronic chr7:64137658(+) A-I      intronic chr7:64156369(+) A-I      intronic chr7:64156381(+) A-I      intronic chr7:64156548(+) A-I      intronic chr7:64138185(+) A-I      intronic chr7:64156583(+) A-I      intronic chr7:64129535(+) A-I      5'UTR chr7:64129523(+) A-I      5'UTR chr7:64129519(+) A-I      5'UTR chr7:64170469(+) A-I      3'UTR chr7:64170409(+) A-I      3'UTR chr7:64170253(+) A-I      3'UTR chr7:64170256(+) A-I      3'UTR chr7:64170321(+) A-I      3'UTR chr7:64170353(+) A-I      3'UTR chr7:64170456(+) A-I      3'UTR chr7:64170391(+) A-I      3'UTR chr7:64170440(+) A-I      3'UTR chr7:64170495(+) A-I      3'UTR chr7:64170375(+) A-I      3'UTR chr7:64170426(+) A-I      3'UTR chr7:64159915(+) A-I      intronic chr7:64159920(+) A-I      intronic chr7:64137824(+) A-I      intronic chr7:64129668(+) A-I      intronic chr7:64138096(+) A-I      intronic chr7:64129520(+) A-I      5'UTR chr7:64170354(+) A-I      3'UTR chr7:64170359(+) A-I      3'UTR chr7:64170457(+) A-I      3'UTR chr7:64170288(+) A-I      3'UTR chr7:64129494(+) A-I      5'UTR chr7:64156759(+) A-I      intronic chr7:64138054(+) A-I      intronic chr7:64130055(+) A-I      intronic chr7:64159986(+) A-I      intronic chr7:64160324(+) A-I      intronic chr7:64156460(+) A-I      intronic chr7:64148815(+) A-I      intronic chr7:64137580(+) A-I      intronic chr7:64163856(+) A-I      intronic chr7:64130098(+) A-I      intronic chr7:64160010(+) A-I      intronic chr7:64156510(+) A-I      intronic chr7:64138119(+) A-I      intronic chr7:64137650(+) A-I      intronic chr7:64156832(+) A-I      intronic chr7:64156406(+) A-I      intronic chr7:64137676(+) A-I      intronic chr7:64137750(+) A-I      intronic chr7:64138107(+) A-I      intronic chr7:64156398(+) A-I      intronic chr7:64159822(+) A-I      intronic chr7:64129623(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ZNF107	chr7:64170359(+) A-I intron -    21960545 chr7:64139457(+) A-G intron -    22484847 chr7:64129493(+) A-G exon 5'UTR    22484847 chr7:64129494(+) A-G exon 5'UTR    22484847 chr7:64129497(+) A-G exon 5'UTR    22484847 chr7:64129511(+) A-G exon 5'UTR    22484847 chr7:64129616(+) A-G intron -    22484847 chr7:64129623(+) A-G intron -    22484847 chr7:64129628(+) A-G intron -    22484847 chr7:64129629(+) A-G intron -    22484847 chr7:64129662(+) A-G intron -    22484847 chr7:64130045(+) A-G intron -    22484847 chr7:64130055(+) A-G intron -    22484847 chr7:64130098(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137580(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137650(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137676(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137679(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137750(+) A-G intron -    22484847 chr7:64137824(+) A-G intron -    22484847 chr7:64138054(+) A-G intron -    22484847 chr7:64138096(+) A-G intron -    22484847 chr7:64138107(+) A-G intron -    22484847 chr7:64138109(+) A-G intron -    22484847 chr7:64138119(+) A-G intron -    22484847 chr7:64156349(+) A-G intron -    22484847 chr7:64156510(+) A-G intron -    22484847 chr7:64156511(+) A-G intron -    22484847 chr7:64156759(+) A-G intron -    22484847 chr7:64156832(+) A-G intron -    22484847 chr7:64159936(+) A-G intron -    22484847 chr7:64160280(+) A-G intron -    22484847 chr7:64160324(+) A-G intron -    22484847 chr7:64170288(+) A-G intron -    22484847 chr7:64170359(+) A-G intron -    22484847 chr7:64170386(+) A-G intron -    22484847 chr7:64170512(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ZNF107	chr7:64139554-64139555(+) m6A 5'UTR//intron       - chr7:64139599-64139600(+) m6A 5'UTR//intron       - chr7:64139650-64139651(+) m6A 5'UTR//intron       - chr7:64139676-64139677(+) m6A 5'UTR//intron       - chr7:64166725-64166726(+) m6A CDS       22608085 chr7:64166743-64166744(+) m6A CDS       22608085 chr7:64166828-64166829(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64166972-64166973(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64166983-64166984(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167128-64167129(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167239-64167240(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167275-64167276(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167323-64167324(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167406-64167407(+) m6A CDS       22608085 chr7:64167491-64167492(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167538-64167539(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167548-64167549(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167575-64167576(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167623-64167624(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167659-64167660(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167716-64167717(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167743-64167744(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167790-64167791(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167800-64167801(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167874-64167875(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167911-64167912(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167968-64167969(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64167995-64167996(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168042-64168043(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168052-64168053(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168079-64168080(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168136-64168137(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168163-64168164(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168220-64168221(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168247-64168248(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168283-64168284(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168331-64168332(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168349-64168350(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168378-64168379(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168414-64168415(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168433-64168434(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168462-64168463(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168499-64168500(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168546-64168547(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168583-64168584(+) m6A CDS       24981863//22608085 chr7:64168640-64168641(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:64168667-64168668(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:64168751-64168752(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr7:64168798-64168799(+) m6A CDS       22608085 chr7:64168835-64168836(+) m6A CDS       22608085 chr7:64169003-64169004(+) m6A CDS       22608085 chr7:64169028-64169029(+) m6A CDS       22608085 chr7:64169082-64169083(+) m6A 3'UTR       22608085 chr7:64169166-64169167(+) m6A 3'UTR       22608085 chr7:64169212-64169213(+) m6A 3'UTR       22608085 chr7:64169306-64169307(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr7:64169417-64169418(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr7:64169581-64169582(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr7:64169665-64169666(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr7:64169729-64169730(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr7:64169750-64169751(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr7:64169785-64169786(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169797-64169798(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169807-64169808(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169826-64169827(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169835-64169836(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169873-64169874(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535//22608085 chr7:64169984-64169985(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr7:64170303-64170304(+) m6A 3'UTR       24981863 chr7:64170426-64170427(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr7:64170497-64170498(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:64170511-64170512(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:64170516-64170517(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:64170542-64170543(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:64170625-64170626(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr7:64170710-64170711(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ZNF107	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-10b
Interactor2: ZNF107

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PARalyzer//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//ViRBase//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	RepTar//ViRBase//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-3 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6B BC-3 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.