Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00424036

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2381

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      kshv-miR-K12-10a-3p:  MIMAT0002179          IST1:  NM_001270978     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	kshv-miR-K12-10a-3p	IST1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002179	9798
Organism	Human gammaherpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma herpesvirus, KSHV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CHMP8//OLC1

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	IST1	chr16:71959975(+) A-I      intronic chr16:71960425(+) A-I      intronic chr16:71960392(+) A-I      intronic chr16:71936356(+) A-I      intronic chr16:71930757(+) A-I      intronic chr16:71946221(+) A-I      intronic chr16:71960539(+) A-I      intronic chr16:71960008(+) A-I      intronic chr16:71958333(+) A-I      intronic chr16:71936353(+) A-I      intronic chr16:71959946(+) A-I      intronic chr16:71961298(+) A-I      intronic chr16:71943150(+) A-I      intronic chr16:71943144(+) A-I      intronic chr16:71960035(+) A-I      intronic chr16:71960001(+) A-I      intronic chr16:71959965(+) A-I      intronic chr16:71961199(+) A-I      intronic chr16:71961241(+) A-I      intronic chr16:71961215(+) A-I      intronic chr16:71959651(+) A-I      intronic chr16:71944981(+) A-I      intronic chr16:71944987(+) A-I      intronic chr16:71945001(+) A-I      intronic chr16:71945063(+) A-I      intronic chr16:71946160(+) A-I      intronic chr16:71946167(+) A-I      intronic chr16:71946210(+) A-I      intronic chr16:71934026(+) A-I      intronic chr16:71959632(+) A-I      intronic chr16:71946347(+) A-I      intronic chr16:71958310(+) A-I      intronic chr16:71958338(+) A-I      intronic chr16:71944942(+) A-I      intronic chr16:71960412(+) A-I      intronic chr16:71959597(+) A-I      intronic chr16:71959593(+) A-I      intronic chr16:71944941(+) A-I      intronic chr16:71941814(+) A-I      intronic chr16:71941778(+) A-I      intronic chr16:71941367(+) A-I      intronic chr16:71941347(+) A-I      intronic chr16:71941346(+) A-I      intronic chr16:71941280(+) A-I      intronic chr16:71941236(+) A-I      intronic chr16:71958995(+) A-I      intronic chr16:71940865(+) A-I      intronic chr16:71940822(+) A-I      intronic chr16:71940818(+) A-I      intronic chr16:71938260(+) A-I      intronic chr16:71938131(+) A-I      intronic chr16:71938130(+) A-I      intronic chr16:71938126(+) A-I      intronic chr16:71937154(+) A-I      intronic chr16:71936916(+) A-I      intronic chr16:71936314(+) A-I      intronic chr16:71935327(+) A-I      intronic chr16:71935178(+) A-I      intronic chr16:71930605(+) A-I      intronic chr16:71931706(+) A-I      intronic chr16:71933715(+) A-I      intronic chr16:71935175(+) A-I      intronic chr16:71933958(+) A-I      intronic chr16:71959497(+) A-I      intronic chr16:71959493(+) A-I      intronic chr16:71959456(+) A-I      intronic chr16:71959393(+) A-I      intronic chr16:71959384(+) A-I      intronic chr16:71959380(+) A-I      intronic chr16:71959371(+) A-I      intronic chr16:71958966(+) A-I      intronic chr16:71959178(+) A-I      intronic chr16:71959130(+) A-I      intronic chr16:71959055(+) A-I      intronic chr16:71959045(+) A-I      intronic chr16:71959033(+) A-I      intronic chr16:71934020(+) A-I      intronic chr16:71938248(+) A-I      intronic chr16:71961374(+) A-I      intronic chr16:71961357(+) A-I      intronic chr16:71961285(+) A-I      intronic chr16:71961277(+) A-I      intronic chr16:71961261(+) A-I      intronic chr16:71961242(+) A-I      intronic chr16:71960472(+) A-I      intronic chr16:71960460(+) A-I      intronic chr16:71960451(+) A-I      intronic chr16:71960333(+) A-I      intronic chr16:71960311(+) A-I      intronic chr16:71960286(+) A-I      intronic chr16:71960081(+) A-I      intronic chr16:71960070(+) A-I      intronic chr16:71960029(+) A-I      intronic chr16:71960025(+) A-I      intronic chr16:71960024(+) A-I      intronic chr16:71960023(+) A-I      intronic chr16:71959989(+) A-I      intronic chr16:71959983(+) A-I      intronic chr16:71959938(+) A-I      intronic chr16:71959819(+) A-I      intronic chr16:71959751(+) A-I      intronic chr16:71959641(+) A-I      intronic chr16:71960364(+) A-I      intronic chr16:71959479(+) A-I      intronic chr16:71959486(+) A-I      intronic chr16:71959921(+) A-I      intronic chr16:71941976(+) A-I      intronic chr16:71960130(+) A-I      intronic chr16:71960510(+) A-I      intronic chr16:71959695(+) A-I      intronic chr16:71960388(+) A-I      intronic chr16:71960509(+) A-I      intronic chr16:71932704(+) A-I      intronic chr16:71960376(+) A-I      intronic chr16:71961200(+) A-I      intronic chr16:71930812(+) A-I      intronic chr16:71933975(+) A-I      intronic chr16:71959778(+) A-I      intronic chr16:71960523(+) A-I      intronic chr16:71932780(+) A-I      intronic chr16:71942052(+) A-I      intronic chr16:71961271(+) A-I      intronic chr16:71935323(+) A-I      intronic chr16:71960106(+) A-I      intronic chr16:71959970(+) A-I      intronic chr16:71940881(+) A-I      intronic chr16:71932386(+) A-I      intronic chr16:71959747(+) A-I      intronic chr16:71961141(+) A-I      intronic chr16:71960268(+) A-I      intronic chr16:71930704(+) A-I      intronic chr16:71959345(+) A-I      intronic chr16:71936455(+) A-I      intronic chr16:71933204(+) A-I      intronic chr16:71960372(+) A-I      intronic chr16:71961245(+) A-I      intronic chr16:71932729(+) A-I      intronic chr16:71937086(+) A-I      intronic chr16:71936939(+) A-I      intronic chr16:71961249(+) A-I      intronic chr16:71937491(+) A-I      intronic chr16:71936312(+) A-I      intronic chr16:71938264(+) A-I      intronic chr16:71959646(+) A-I      intronic chr16:71960327(+) A-I      intronic chr16:71940812(+) A-I      intronic chr16:71960373(+) A-I      intronic chr16:71960134(+) A-I      intronic chr16:71960094(+) A-I      intronic chr16:71958334(+) A-I      intronic chr16:71959101(+) A-I      intronic chr16:71940036(+) A-I      intronic chr16:71959930(+) A-I      intronic chr16:71958308(+) A-I      intronic chr16:71931737(+) A-I      intronic chr16:71961304(+) A-I      intronic chr16:71959935(+) A-I      intronic chr16:71960038(+) A-I      intronic chr16:71959402(+) A-I      intronic chr16:71959123(+) A-I      intronic chr16:71959611(+) A-I      intronic chr16:71933949(+) A-I      intronic chr16:71961216(+) A-I      intronic chr16:71959769(+) A-I      intronic chr16:71959098(+) A-I      intronic chr16:71933908(+) A-I      intronic chr16:71958318(+) A-I      intronic chr16:71940896(+) A-I      intronic chr16:71960386(+) A-I      intronic chr16:71958935(+) A-I      intronic chr16:71961236(+) A-I      intronic chr16:71960365(+) A-I      intronic chr16:71961230(+) A-I      intronic chr16:71961317(+) A-I      intronic chr16:71932793(+) A-I      intronic chr16:71961294(+) A-I      intronic chr16:71940853(+) A-I      intronic chr16:71936373(+) A-I      intronic chr16:71960131(+) A-I      intronic chr16:71960434(+) A-I      intronic chr16:71944429(+) A-I      intronic chr16:71933524(+) A-I      intronic chr16:71959999(+) A-I      intronic chr16:71937549(+) A-I      intronic chr16:71959399(+) A-I      intronic chr16:71943231(+) A-I      intronic chr16:71932757(+) A-I      intronic chr16:71960431(+) A-I      intronic chr16:71936383(+) A-I      intronic chr16:71958996(+) A-I      intronic chr16:71940113(+) A-I      intronic chr16:71960082(+) A-I      intronic chr16:71945024(+) A-I      intronic chr16:71961240(+) A-I      intronic chr16:71959998(+) A-I      intronic chr16:71961147(+) A-I      intronic chr16:71959179(+) A-I      intronic chr16:71959752(+) A-I      intronic chr16:71959348(+) A-I      intronic chr16:71958257(+) A-I      intronic chr16:71933588(+) A-I      intronic chr16:71937563(+) A-I      intronic chr16:71959241(+) A-I      intronic chr16:71932725(+) A-I      intronic chr16:71931016(+) A-I      intronic chr16:71959783(+) A-I      intronic chr16:71938339(+) A-I      intronic chr16:71960064(+) A-I      intronic chr16:71959500(+) A-I      intronic chr16:71959180(+) A-I      intronic chr16:71958258(+) A-I      intronic chr16:71931754(+) A-I      intronic chr16:71958419(+) A-I      intronic chr16:71958423(+) A-I      intronic chr16:71940046(+) A-I      intronic chr16:71933593(+) A-I      intronic chr16:71958329(+) A-I      intronic chr16:71961148(+) A-I      intronic chr16:71960155(+) A-I      intronic chr16:71961227(+) A-I      intronic chr16:71940839(+) A-I      intronic chr16:71936370(+) A-I      intronic chr16:71940883(+) A-I      intronic chr16:71945357(+) A-I      intronic chr16:71959300(+) A-I      intronic chr16:71935301(+) A-I      intronic chr16:71961405(+) A-I      intronic chr16:71959478(+) A-I      intronic chr16:71942366(+) A-I      intronic chr16:71960511(+) A-I      intronic chr16:71959610(+) A-I      intronic chr16:71959115(+) A-I      intronic chr16:71959675(+) A-I      intronic chr16:71961313(+) A-I      intronic chr16:71932440(+) A-I      intronic chr16:71945749(+) A-I      intronic chr16:71945419(+) A-I      intronic chr16:71961272(+) A-I      intronic chr16:71959385(+) A-I      intronic chr16:71945021(+) A-I      intronic chr16:71937094(+) A-I      intronic chr16:71944255(+) A-I      intronic chr16:71961281(+) A-I      intronic chr16:71945316(+) A-I      intronic chr16:71959929(+) A-I      intronic chr16:71959960(+) A-I      intronic chr16:71960135(+) A-I      intronic chr16:71961233(+) A-I      intronic chr16:71959583(+) A-I      intronic chr16:71960074(+) A-I      intronic chr16:71960448(+) A-I      intronic chr16:71959984(+) A-I      intronic chr16:71943152(+) A-I      intronic chr16:71932434(+) A-I      intronic chr16:71932702(+) A-I      intronic chr16:71961346(+) A-I      intronic chr16:71959192(+) A-I      intronic chr16:71961125(+) A-I      intronic chr16:71959319(+) A-I      intronic chr16:71937167(+) A-I      intronic chr16:71943123(+) A-I      intronic chr16:71960298(+) A-I      intronic chr16:71959599(+) A-I      intronic chr16:71959606(+) A-I      intronic chr16:71940861(+) A-I      intronic chr16:71936961(+) A-I      intronic chr16:71961205(+) A-I      intronic chr16:71959623(+) A-I      intronic chr16:71936411(+) A-I      intronic chr16:71961206(+) A-I      intronic chr16:71958357(+) A-I      intronic chr16:71930777(+) A-I      intronic chr16:71930832(+) A-I      intronic chr16:71961324(+) A-I      intronic chr16:71933948(+) A-I      intronic chr16:71931159(+) A-I      intronic chr16:71930981(+) A-I      intronic chr16:71960007(+) A-I      intronic chr16:71958335(+) A-I      intronic chr16:71936224(+) A-I      intronic chr16:71931146(+) A-I      intronic chr16:71961139(+) A-I      intronic chr16:71959448(+) A-I      intronic chr16:71960009(+) A-I      intronic chr16:71961239(+) A-I      intronic chr16:71931017(+) A-I      intronic chr16:71959198(+) A-I      intronic chr16:71933592(+) A-I      intronic chr16:71959605(+) A-I      intronic chr16:71944516(+) A-I      intronic chr16:71960456(+) A-I      intronic chr16:71931593(+) A-I      intronic chr16:71959082(+) A-I      intronic chr16:71959731(+) A-I      intronic chr16:71933980(+) A-I      intronic chr16:71948148(+) A-I      intronic chr16:71933235(+) A-I      intronic chr16:71935256(+) A-I      intronic chr16:71943033(+) A-I      intronic chr16:71930663(+) A-I      intronic chr16:71960065(+) A-I      intronic chr16:71959337(+) A-I      intronic chr16:71959364(+) A-I      intronic chr16:71959491(+) A-I      intronic chr16:71943209(+) A-I      intronic chr16:71961231(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	IST1	chr16:71959606(+) A-I intron -    22327324 chr16:71959611(+) A-I intron -    22327324 chr16:71930777(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959337(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959348(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959606(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959610(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959611(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959783(+) A-G intron -    22484847 chr16:71959999(+) A-G intron -    22484847 chr16:71960134(+) A-G intron -    22484847 chr16:71960148(+) G-C intron -    22484847 chr16:71960386(+) A-G intron -    22484847 chr16:71960510(+) A-G intron -    22484847 chr16:71960511(+) A-G intron -    22484847 chr16:71960523(+) A-G intron -    22484847 chr16:71961141(+) A-G intron -    22484847 chr16:71961304(+) A-G intron -    22484847 chr16:71961317(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	IST1	chr16:71881933-71881934(+) m6A 5'UTR       24284625 chr16:71881968-71881969(+) m6A 5'UTR       24284625 chr16:71882035-71882036(+) m6A intron       24284625//24981863 chr16:71882040-71882041(+) m6A intron       24284625//24981863 chr16:71882298-71882299(+) m6A intron       - chr16:71883628-71883629(+) m6A intron       24284625//24209618 chr16:71883648-71883649(+) m6A intron       24284625//24209618 chr16:71883695-71883696(+) m6A intron       24284625//24209618//24981863 chr16:71883727-71883728(+) m6A intron       24284625//24209618//24981863 chr16:71883872-71883873(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71883930-71883931(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr16:71884304-71884305(+) m6A intron       24284625//24209618//24981863 chr16:71884375-71884376(+) m6A intron       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr16:71884455-71884456(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71884461-71884462(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71884536-71884537(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71884569-71884570(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71884591-71884592(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884630-71884631(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884637-71884638(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884685-71884686(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884719-71884720(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884787-71884788(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71884848-71884849(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr16:71884857-71884858(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr16:71884863-71884864(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr16:71884915-71884916(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr16:71884997-71884998(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71885102-71885103(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71885110-71885111(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71885177-71885178(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71885399-71885400(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr16:71885502-71885503(+) Cm intron       - chr16:71885713-71885714(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863 chr16:71885726-71885727(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863 chr16:71885732-71885733(+) m6A intron       24284625//24209618//25456834//24981863 chr16:71885903-71885904(+) m6A intron       24284625 chr16:71886204-71886205(+) m6A intron       - chr16:71888680-71888681(+) m6A intron       - chr16:71888736-71888737(+) m6A intron       - chr16:71889482-71889483(+) m6A intron       24981863 chr16:71889541-71889542(+) m6A intron       24981863//27773535 chr16:71893696-71893697(+) m6A intron       - chr16:71893796-71893797(+) m6A intron       - chr16:71893822-71893823(+) m6A intron       - chr16:71894060-71894061(+) m6A intron       - chr16:71927986-71927987(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr16:71928755-71928756(+) m6A 5'UTR//CDS//intron       - chr16:71929447-71929448(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr16:71937105-71937106(+) m6A 5'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr16:71949533-71949534(+) m6A 5'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr16:71949611-71949612(+) m6A CDS//exon//intron       24981863 chr16:71950368-71950369(+) m6A CDS//exon//intron       - chr16:71954745-71954746(+) m6A exon//intron       - chr16:71956400-71956401(+) m6A CDS//exon       24284625 chr16:71956492-71956493(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625 chr16:71956579-71956580(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625 chr16:71956648-71956649(+) m6A exon//intron       24284625 chr16:71956800-71956801(+) m6A exon//intron       - chr16:71957204-71957205(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       26404942 chr16:71957217-71957218(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       26404942 chr16:71961523-71961524(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22608085 chr16:71961559-71961560(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//24981863//22608085 chr16:71961612-71961613(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71961660-71961661(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71961710-71961711(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71961725-71961726(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71961756-71961757(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr16:71961898-71961899(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71961912-71961913(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71962046-71962047(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71962064-71962065(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71962085-71962086(+) Y 3'UTR//exon       26075521 chr16:71962117-71962118(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71962125-71962126(+) m6A 3'UTR//exon       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr16:71962490-71962491(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//22575960//22608085 chr16:71962610-71962611(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr16:71962625-71962626(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr16:71962634-71962635(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr16:71962702-71962703(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	IST1	Chromatin K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: kshv-miR-K12-10a-3p
Interactor2: IST1

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg