Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00419263

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6061

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART22:  MIMAT0010132          DCAF7:  NR_073585     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART22	DCAF7
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010132	10238
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AN11//HAN11//SWAN-1//WDR68

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	DCAF7	chr17:61634741(+) A-I      intronic chr17:61634117(+) A-I      intronic chr17:61647672(+) A-I      intronic chr17:61647650(+) A-I      intronic chr17:61647653(+) A-I      intronic chr17:61640255(+) A-I      intronic chr17:61640253(+) A-I      intronic chr17:61640248(+) A-I      intronic chr17:61634042(+) A-I      intronic chr17:61634051(+) A-I      intronic chr17:61634075(+) A-I      intronic chr17:61634076(+) A-I      intronic chr17:61634077(+) A-I      intronic chr17:61634113(+) A-I      intronic chr17:61634258(+) A-I      intronic chr17:61634268(+) A-I      intronic chr17:61634304(+) A-I      intronic chr17:61634731(+) A-I      intronic chr17:61634733(+) A-I      intronic chr17:61635279(+) A-I      intronic chr17:61635361(+) A-I      intronic chr17:61635391(+) A-I      intronic chr17:61636028(+) A-I      intronic chr17:61636051(+) A-I      intronic chr17:61636053(+) A-I      intronic chr17:61636520(+) A-I      intronic chr17:61636521(+) A-I      intronic chr17:61636551(+) A-I      intronic chr17:61636552(+) A-I      intronic chr17:61636642(+) A-I      intronic chr17:61650185(+) A-I      intronic chr17:61637088(+) A-I      intronic chr17:61640298(+) A-I      intronic chr17:61643237(+) A-I      intronic chr17:61643238(+) A-I      intronic chr17:61643300(+) A-I      intronic chr17:61643315(+) A-I      intronic chr17:61643342(+) A-I      intronic chr17:61643359(+) A-I      intronic chr17:61643360(+) A-I      intronic chr17:61643364(+) A-I      intronic chr17:61643368(+) A-I      intronic chr17:61644208(+) A-I      intronic chr17:61644427(+) A-I      intronic chr17:61650198(+) A-I      intronic chr17:61650210(+) A-I      intronic chr17:61633716(+) A-I      intronic chr17:61665691(+) A-I      intronic chr17:61653698(+) A-I      intronic chr17:61652494(+) A-I      intronic chr17:61652482(+) A-I      intronic chr17:61652187(+) A-I      intronic chr17:61652158(+) A-I      intronic chr17:61650416(+) A-I      intronic chr17:61650265(+) A-I      intronic chr17:61650253(+) A-I      intronic chr17:61645499(+) A-I      intronic chr17:61637060(+) A-I      intronic chr17:61633729(+) A-I      intronic chr17:61650249(+) A-I      intronic chr17:61650224(+) A-I      intronic chr17:61650223(+) A-I      intronic chr17:61633730(+) A-I      intronic chr17:61633770(+) A-I      intronic chr17:61633809(+) A-I      intronic chr17:61645562(+) A-I      intronic chr17:61645547(+) A-I      intronic chr17:61644439(+) A-I      intronic chr17:61644426(+) A-I      intronic chr17:61645596(+) A-I      intronic chr17:61645507(+) A-I      intronic chr17:61645639(+) A-I      intronic chr17:61647327(+) A-I      intronic chr17:61647600(+) A-I      intronic chr17:61647694(+) A-I      intronic chr17:61647695(+) A-I      intronic chr17:61647704(+) A-I      intronic chr17:61647721(+) A-I      intronic chr17:61648427(+) A-I      intronic chr17:61648440(+) A-I      intronic chr17:61648454(+) A-I      intronic chr17:61648472(+) A-I      intronic chr17:61633702(+) A-I      intronic chr17:61633706(+) A-I      intronic chr17:61645468(+) A-I      intronic chr17:61643339(+) A-I      intronic chr17:61647664(+) A-I      intronic chr17:61635922(+) A-I      intronic chr17:61647551(+) A-I      intronic chr17:61629367(+) A-I      intronic chr17:61636038(+) A-I      intronic chr17:61647775(+) A-I      intronic chr17:61634323(+) A-I      intronic chr17:61650971(+) A-I      intronic chr17:61641194(+) A-I      intronic chr17:61645624(+) A-I      intronic chr17:61647239(+) A-I      intronic chr17:61652549(+) A-I      intronic chr17:61652572(+) A-I      intronic chr17:61644374(+) A-I      intronic chr17:61635331(+) A-I      intronic chr17:61648340(+) A-I      intronic chr17:61641055(+) A-I      intronic chr17:61663993(+) A-I      intronic chr17:61650921(+) A-I      intronic chr17:61645597(+) A-I      intronic chr17:61645556(+) A-I      intronic chr17:61635490(+) A-I      intronic chr17:61647668(+) A-I      intronic chr17:61629292(+) A-I      intronic chr17:61643394(+) A-I      intronic chr17:61652100(+) A-I      intronic chr17:61640421(+) A-I      intronic chr17:61638511(+) A-I      intronic chr17:61645623(+) A-I      intronic chr17:61635350(+) A-I      intronic chr17:61665298(+) A-I      intronic chr17:61665228(+) A-I      intronic chr17:61665205(+) A-I      intronic chr17:61634108(+) A-I      intronic chr17:61638608(+) A-I      intronic chr17:61634063(+) A-I      intronic chr17:61652132(+) A-I      intronic chr17:61634750(+) A-I      intronic chr17:61633983(+) A-I      intronic chr17:61665614(+) A-I      intronic chr17:61645151(+) A-I      intronic chr17:61647636(+) A-I      intronic chr17:61645649(+) A-I      intronic chr17:61634799(+) A-I      intronic chr17:61654194(+) A-I      intronic chr17:61636099(+) A-I      intronic chr17:61638473(+) A-I      intronic chr17:61647240(+) A-I      intronic chr17:61636401(+) A-I      intronic chr17:61640285(+) A-I      intronic chr17:61665649(+) A-I      intronic chr17:61634339(+) A-I      intronic chr17:61633783(+) A-I      intronic chr17:61633810(+) A-I      intronic chr17:61650307(+) A-I      intronic chr17:61650225(+) A-I      intronic chr17:61665611(+) A-I      intronic chr17:61651041(+) A-I      intronic chr17:61650944(+) A-I      intronic chr17:61635973(+) A-I      intronic chr17:61650338(+) A-I      intronic chr17:61633836(+) A-I      intronic chr17:61635430(+) A-I      intronic chr17:61633844(+) A-I      intronic chr17:61650236(+) A-I      intronic chr17:61640325(+) A-I      intronic chr17:61641025(+) A-I      intronic chr17:61648496(+) A-I      intronic chr17:61645162(+) A-I      intronic chr17:61665328(+) A-I      intronic chr17:61650398(+) A-I      intronic chr17:61635947(+) A-I      intronic chr17:61645264(+) A-I      intronic chr17:61636052(+) A-I      intronic chr17:61636078(+) A-I      intronic chr17:61635277(+) A-I      intronic chr17:61644355(+) A-I      intronic chr17:61645451(+) A-I      intronic chr17:61650926(+) A-I      intronic chr17:61644385(+) A-I      intronic chr17:61636622(+) A-I      intronic chr17:61638489(+) A-I      intronic chr17:61647639(+) A-I      intronic chr17:61640449(+) A-I      intronic chr17:61647605(+) A-I      intronic chr17:61636998(+) A-I      intronic chr17:61665268(+) A-I      intronic chr17:61650333(+) A-I      intronic chr17:61643611(+) A-I      intronic chr17:61636461(+) A-I      intronic chr17:61650367(+) A-I      intronic chr17:61635326(+) A-I      intronic chr17:61638470(+) A-I      intronic chr17:61642443(+) A-I      intronic chr17:61635422(+) A-I      intronic chr17:61633766(+) A-I      intronic chr17:61638519(+) A-I      intronic chr17:61650298(+) A-I      intronic chr17:61634314(+) A-I      intronic chr17:61634107(+) A-I      intronic chr17:61633975(+) A-I      intronic chr17:61634749(+) A-I      intronic chr17:61650831(+) A-I      intronic chr17:61648426(+) A-I      intronic chr17:61645539(+) A-I      intronic chr17:61645138(+) A-I      intronic chr17:61665300(+) A-I      intronic chr17:61635386(+) A-I      intronic chr17:61644120(+) A-I      intronic chr17:61634081(+) A-I      intronic chr17:61635968(+) A-I      intronic chr17:61665648(+) A-I      intronic chr17:61640286(+) A-I      intronic chr17:61650386(+) A-I      intronic chr17:61635396(+) A-I      intronic chr17:61631472(+) A-I      intronic chr17:61640451(+) A-I      intronic chr17:61640238(+) A-I      intronic chr17:61634255(+) A-I      intronic chr17:61653539(+) A-I      intronic chr17:61647312(+) A-I      intronic chr17:61645045(+) A-I      intronic chr17:61634338(+) A-I      intronic chr17:61640288(+) A-I      intronic chr17:61647213(+) A-I      intronic chr17:61644157(+) A-I      intronic chr17:61647138(+) A-I      intronic chr17:61629359(+) A-I      intronic chr17:61651010(+) A-I      intronic chr17:61640389(+) A-I      intronic chr17:61636017(+) A-I      intronic chr17:61640221(+) A-I      intronic chr17:61659930(+) A-I      intronic chr17:61633675(+) A-I      intronic chr17:61635369(+) A-I      intronic chr17:61663581(+) A-I      intronic chr17:61654110(+) A-I      intronic chr17:61636417(+) A-I      intronic chr17:61636079(+) A-I      intronic chr17:61635281(+) A-I      intronic chr17:61636107(+) A-I      intronic chr17:61640459(+) A-I      intronic chr17:61663711(+) A-I      intronic chr17:61650909(+) A-I      intronic chr17:61635517(+) A-I      intronic chr17:61647174(+) A-I      intronic chr17:61651040(+) A-I      intronic chr17:61650193(+) A-I      intronic chr17:61647760(+) A-I      intronic chr17:61645798(+) A-I      intronic chr17:61645052(+) A-I      intronic chr17:61650279(+) A-I      intronic chr17:61640279(+) A-I      intronic chr17:61652636(+) A-I      intronic chr17:61650217(+) A-I      intronic chr17:61650363(+) A-I      intronic chr17:61647135(+) A-I      intronic chr17:61647132(+) A-I      intronic chr17:61648476(+) A-I      intronic chr17:61644018(+) A-I      intronic chr17:61650148(+) A-I      intronic chr17:61633659(+) A-I      intronic chr17:61642789(+) A-I      intronic chr17:61647093(+) A-I      intronic chr17:61645133(+) A-I      intronic chr17:61635957(+) A-I      intronic chr17:61650263(+) A-I      intronic chr17:61645098(+) A-I      intronic chr17:61634052(+) A-I      intronic chr17:61647663(+) A-I      intronic chr17:61666012(+) A-I      intronic chr17:61645160(+) A-I      intronic chr17:61644386(+) A-I      intronic chr17:61654114(+) A-I      intronic chr17:61636093(+) A-I      intronic chr17:61650830(+) A-I      intronic chr17:61640985(+) A-I      intronic chr17:61635289(+) A-I      intronic chr17:61650321(+) A-I      intronic chr17:61642374(+) A-I      intronic chr17:61638505(+) A-I      intronic chr17:61650359(+) A-I      intronic chr17:61635318(+) A-I      intronic chr17:61635476(+) A-I      intronic chr17:61645486(+) A-I      intronic chr17:61646078(+) A-I      intronic chr17:61635502(+) A-I      intronic chr17:61644400(+) A-I      intronic chr17:61652545(+) A-I      intronic chr17:61640319(+) A-I      intronic chr17:61644048(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	DCAF7	chr17:61633810(+) A-I intron -    22327324 chr17:61640389(+) A-I intron -    22327324 chr17:61633810(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633836(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633844(+) A-G intron -    22484847 chr17:61634397(+) A-T intron -    22484847 chr17:61634750(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635331(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635350(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635396(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636078(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636099(+) A-G intron -    22484847 chr17:61638519(+) A-G intron -    22484847 chr17:61640319(+) A-G intron -    22484847 chr17:61644157(+) A-G intron -    22484847 chr17:61645045(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647132(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647239(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650338(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650359(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650398(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650830(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650831(+) A-G intron -    22484847 chr17:61665268(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	DCAF7	chr17:61627863-61627864(+) m6A 5'UTR       24284625//24981863 chr17:61627959-61627960(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863//22575960 chr17:61628089-61628090(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61628105-61628106(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61629739-61629740(+) m6A exon//intron       - chr17:61660964-61660965(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61660987-61660988(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661023-61661024(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661032-61661033(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61667186-61667187(+) Y 3'UTR//exon//intron       26075521 chr17:61667665-61667666(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667670-61667671(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667688-61667689(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667696-61667697(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667797-61667798(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61668870-61668871(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61668880-61668881(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669377-61669378(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669448-61669449(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669563-61669564(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669687-61669688(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669756-61669757(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669831-61669832(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669838-61669839(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61669853-61669854(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669999-61670000(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670007-61670008(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670524-61670525(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61670652-61670653(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr17:61670795-61670796(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670825-61670826(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670845-61670846(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670869-61670870(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670935-61670936(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//22608085 chr17:61670953-61670954(+) m6A 3'UTR//intron       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	DCAF7	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART22
Interactor2: DCAF7

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PARalyzer//PITA//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	Downregulation
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.