Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00412952

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART21-5p:  MIMAT0010130          PPP1CB:  NM_002709     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART21-5p	PPP1CB
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0010130	5500
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	HEL-S-80p//MP//NSLH2//PP-1B//PP1B//PP1beta//PP1c//PPP1beta//PPP1CD

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PPP1CB	chr2:29009472(+) A-I      intronic chr2:29008463(+) A-I      intronic chr2:29008093(+) A-I      intronic chr2:28982282(+) A-I      intronic chr2:28985063(+) A-I      intronic chr2:28985079(+) A-I      intronic chr2:29007634(+) A-I      intronic chr2:29007665(+) A-I      intronic chr2:29007624(+) A-I      intronic chr2:28987742(+) A-I      intronic chr2:29007608(+) A-I      intronic chr2:29015363(+) A-I      intronic chr2:29015337(+) A-I      intronic chr2:29013075(+) A-I      intronic chr2:29012359(+) A-I      intronic chr2:29012212(+) A-I      intronic chr2:29007620(+) A-I      intronic chr2:29012594(+) A-I      intronic chr2:28982275(+) A-I      intronic chr2:29007675(+) A-I      intronic chr2:29012202(+) A-I      intronic chr2:28982292(+) A-I      intronic chr2:28982298(+) A-I      intronic chr2:28985004(+) A-I      intronic chr2:29012191(+) A-I      intronic chr2:29012187(+) A-I      intronic chr2:29009530(+) A-I      intronic chr2:29009473(+) A-I      intronic chr2:29008015(+) A-I      intronic chr2:29008058(+) A-I      intronic chr2:29008444(+) A-I      intronic chr2:29008627(+) A-I      intronic chr2:29009036(+) A-I      intronic chr2:29009066(+) A-I      intronic chr2:29009109(+) A-I      intronic chr2:29009161(+) A-I      intronic chr2:29009163(+) A-I      intronic chr2:29009169(+) A-I      intronic chr2:29009227(+) A-I      intronic chr2:29009465(+) A-I      intronic chr2:29009561(+) A-I      intronic chr2:29009586(+) A-I      intronic chr2:29011747(+) A-I      intronic chr2:29011767(+) A-I      intronic chr2:29011865(+) A-I      intronic chr2:29012163(+) A-I      intronic chr2:29012208(+) A-I      intronic chr2:29012558(+) A-I      intronic chr2:29012606(+) A-I      intronic chr2:29012639(+) A-I      intronic chr2:29012645(+) A-I      intronic chr2:29012654(+) A-I      intronic chr2:29012565(+) A-I      intronic chr2:29012715(+) A-I      intronic chr2:29012752(+) A-I      intronic chr2:29012922(+) A-I      intronic chr2:29012938(+) A-I      intronic chr2:29012972(+) A-I      intronic chr2:29012999(+) A-I      intronic chr2:29013031(+) A-I      intronic chr2:29013053(+) A-I      intronic chr2:29013058(+) A-I      intronic chr2:29013136(+) A-I      intronic chr2:29013225(+) A-I      intronic chr2:29013237(+) A-I      intronic chr2:29013305(+) A-I      intronic chr2:29013345(+) A-I      intronic chr2:29013386(+) A-I      intronic chr2:29013389(+) A-I      intronic chr2:29013406(+) A-I      intronic chr2:29013408(+) A-I      intronic chr2:29013458(+) A-I      intronic chr2:29015023(+) A-I      intronic chr2:29015112(+) A-I      intronic chr2:28982149(+) A-I      intronic chr2:28982196(+) A-I      intronic chr2:28982211(+) A-I      intronic chr2:28982223(+) A-I      intronic chr2:28982224(+) A-I      intronic chr2:28982232(+) A-I      intronic chr2:28982266(+) A-I      intronic chr2:28982279(+) A-I      intronic chr2:28982343(+) A-I      intronic chr2:28982583(+) A-I      intronic chr2:29015118(+) A-I      intronic chr2:29015138(+) A-I      intronic chr2:29015202(+) A-I      intronic chr2:29015313(+) A-I      intronic chr2:29015333(+) A-I      intronic chr2:29015345(+) A-I      intronic chr2:29015893(+) A-I      intronic chr2:29015912(+) A-I      intronic chr2:28987637(+) A-I      intronic chr2:28987707(+) A-I      intronic chr2:28988601(+) A-I      intronic chr2:28988625(+) A-I      intronic chr2:28989859(+) A-I      intronic chr2:28989892(+) A-I      intronic chr2:28994151(+) A-I      intronic chr2:28995027(+) A-I      intronic chr2:28995035(+) A-I      intronic chr2:28987632(+) A-I      intronic chr2:28997539(+) A-I      intronic chr2:29007510(+) A-I      intronic chr2:29007565(+) A-I      intronic chr2:29007598(+) A-I      intronic chr2:29007604(+) A-I      intronic chr2:29007609(+) A-I      intronic chr2:29007614(+) A-I      intronic chr2:29007623(+) A-I      intronic chr2:29007647(+) A-I      intronic chr2:29007698(+) A-I      intronic chr2:29007706(+) A-I      intronic chr2:29007707(+) A-I      intronic chr2:28982649(+) A-I      intronic chr2:28982665(+) A-I      intronic chr2:28982719(+) A-I      intronic chr2:28982746(+) A-I      intronic chr2:28984980(+) A-I      intronic chr2:28984989(+) A-I      intronic chr2:28985092(+) A-I      intronic chr2:28986610(+) A-I      intronic chr2:28986670(+) A-I      intronic chr2:28986701(+) A-I      intronic chr2:28986729(+) A-I      intronic chr2:28986746(+) A-I      intronic chr2:28986814(+) A-I      intronic chr2:28987115(+) A-I      intronic chr2:28987192(+) A-I      intronic chr2:28987215(+) A-I      intronic chr2:28987238(+) A-I      intronic chr2:28987301(+) A-I      intronic chr2:28982153(+) A-I      intronic chr2:29012662(+) A-I      intronic chr2:29007718(+) A-I      intronic chr2:29007738(+) A-I      intronic chr2:29007741(+) A-I      intronic chr2:29007802(+) A-I      intronic chr2:28984895(+) A-I      intronic chr2:29012356(+) A-I      intronic chr2:28984949(+) A-I      intronic chr2:29008468(+) A-I      intronic chr2:28994949(+) A-I      intronic chr2:29011804(+) A-I      intronic chr2:29014228(+) A-I      intronic chr2:28982561(+) A-I      intronic chr2:28987640(+) A-I      intronic chr2:28993062(+) A-I      intronic chr2:28985030(+) A-I      intronic chr2:29012157(+) A-I      intronic chr2:28986590(+) A-I      intronic chr2:29013104(+) A-I      intronic chr2:29014258(+) A-I      intronic chr2:29008604(+) A-I      intronic chr2:29013072(+) A-I      intronic chr2:29010275(+) A-I      intronic chr2:29011849(+) A-I      intronic chr2:29010305(+) A-I      intronic chr2:29012223(+) A-I      intronic chr2:29012126(+) A-I      intronic chr2:29012295(+) A-I      intronic chr2:28994993(+) A-I      intronic chr2:29013092(+) A-I      intronic chr2:29009005(+) A-I      intronic chr2:29013371(+) A-I      intronic chr2:29016003(+) A-I      intronic chr2:29012109(+) A-I      intronic chr2:29009002(+) A-I      intronic chr2:28982172(+) A-I      intronic chr2:29012115(+) A-I      intronic chr2:29011827(+) A-I      intronic chr2:28992203(+) A-I      intronic chr2:29007639(+) A-I      intronic chr2:29008005(+) A-I      intronic chr2:28987676(+) A-I      intronic chr2:29012363(+) A-I      intronic chr2:28987206(+) A-I      intronic chr2:28978141(+) A-I      intronic chr2:29012300(+) A-I      intronic chr2:28993074(+) A-I      intronic chr2:28995054(+) A-I      intronic chr2:29012604(+) A-I      intronic chr2:29014915(+) A-I      intronic chr2:29012158(+) A-I      intronic chr2:29008449(+) A-I      intronic chr2:29010270(+) A-I      intronic chr2:29012967(+) A-I      intronic chr2:29012699(+) A-I      intronic chr2:29012210(+) A-I      intronic chr2:29012215(+) A-I      intronic chr2:29015031(+) A-I      intronic chr2:29013428(+) A-I      intronic chr2:29008070(+) A-I      intronic chr2:29013137(+) A-I      intronic chr2:28987708(+) A-I      intronic chr2:29012892(+) A-I      intronic chr2:29009073(+) A-I      intronic chr2:28986841(+) A-I      intronic chr2:29012932(+) A-I      intronic chr2:28987564(+) A-I      intronic chr2:28984881(+) A-I      intronic chr2:29007679(+) A-I      intronic chr2:28986769(+) A-I      intronic chr2:29012277(+) A-I      intronic chr2:29015317(+) A-I      intronic chr2:29007528(+) A-I      intronic chr2:28992159(+) A-I      intronic chr2:29012330(+) A-I      intronic chr2:28987610(+) A-I      intronic chr2:29009113(+) A-I      intronic chr2:29014918(+) A-I      intronic chr2:29007671(+) A-I      intronic chr2:29015817(+) A-I      intronic chr2:28987736(+) A-I      intronic chr2:29009060(+) A-I      intronic chr2:28987680(+) A-I      intronic chr2:28984894(+) A-I      intronic chr2:29015297(+) A-I      intronic chr2:28982301(+) A-I      intronic chr2:28985060(+) A-I      intronic chr2:28985096(+) A-I      intronic chr2:28979489(+) A-I      intronic chr2:29009526(+) A-I      intronic chr2:29015280(+) A-I      intronic chr2:28986602(+) A-I      intronic chr2:28992207(+) A-I      intronic chr2:29013468(+) A-I      intronic chr2:28987648(+) A-I      intronic chr2:29008082(+) A-I      intronic chr2:29015095(+) A-I      intronic chr2:29015332(+) A-I      intronic chr2:28982235(+) A-I      intronic chr2:28983867(+) A-I      intronic chr2:29012118(+) A-I      intronic chr2:29012545(+) A-I      intronic chr2:28987693(+) A-I      intronic chr2:29009507(+) A-I      intronic chr2:29015351(+) A-I      intronic chr2:28994958(+) A-I      intronic chr2:28983933(+) A-I      intronic chr2:29012883(+) A-I      intronic chr2:29007680(+) A-I      intronic chr2:29008004(+) A-I      intronic chr2:29008539(+) A-I      intronic chr2:29015896(+) A-I      intronic chr2:28992964(+) A-I      intronic chr2:29013019(+) A-I      intronic chr2:29013453(+) A-I      intronic chr2:29015816(+) A-I      intronic chr2:29008568(+) A-I      intronic chr2:29013127(+) A-I      intronic chr2:29011850(+) A-I      intronic chr2:29013079(+) A-I      intronic chr2:28982584(+) A-I      intronic chr2:29012134(+) A-I      intronic chr2:29012971(+) A-I      intronic chr2:28982220(+) A-I      intronic chr2:29007666(+) A-I      intronic chr2:28982327(+) A-I      intronic chr2:28983932(+) A-I      intronic chr2:28984944(+) A-I      intronic chr2:29008040(+) A-I      intronic chr2:28982335(+) A-I      intronic chr2:28986755(+) A-I      intronic chr2:29008080(+) A-I      intronic chr2:28993035(+) A-I      intronic chr2:28986711(+) A-I      intronic chr2:28976680(+) A-I      intronic chr2:28992983(+) A-I      intronic chr2:28984003(+) A-I      intronic chr2:29012962(+) A-I      intronic chr2:29008453(+) A-I      intronic chr2:29009080(+) A-I      intronic chr2:29012228(+) A-I      intronic chr2:29009083(+) A-I      intronic chr2:29012983(+) A-I      intronic chr2:29012135(+) A-I      intronic chr2:28987072(+) A-I      intronic chr2:29013003(+) A-I      intronic chr2:28982126(+) A-I      intronic chr2:29013299(+) A-I      intronic chr2:28982307(+) A-I      intronic chr2:29012496(+) A-I      intronic chr2:29009520(+) A-I      intronic chr2:28982668(+) A-I      intronic chr2:28983995(+) A-I      intronic chr2:29008429(+) A-I      intronic chr2:28992276(+) A-I      intronic chr2:29012969(+) A-I      intronic chr2:29013067(+) A-I      intronic chr2:29009010(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PPP1CB	chr2:29012115(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr2:29012157(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr2:29007369(+) A-I intron -    21960545 chr2:29008422(+) A-I intron -    21960545 chr2:29008444(+) A-I intron -    21960545 chr2:29008449(+) A-I intron -    21960545 chr2:29008453(+) A-I intron -    21960545 chr2:29009105(+) A-I intron -    21960545 chr2:29011798(+) A-I intron -    21960545 chr2:29012221(+) A-I intron -    21960545 chr2:29012222(+) A-I intron -    21960545 chr2:29012606(+) A-I intron -    21960545 chr2:28980951(+) A-G intron -    22484847 chr2:28981024(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982148(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982220(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982301(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982307(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982506(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982553(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982561(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982584(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982601(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982613(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982668(+) A-G intron -    22484847 chr2:28982690(+) A-G intron -    22484847 chr2:28983932(+) A-G intron -    22484847 chr2:28984003(+) A-G intron -    22484847 chr2:28984881(+) A-G intron -    22484847 chr2:28984894(+) A-G intron -    22484847 chr2:28984895(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986602(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986675(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986700(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986769(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986819(+) A-G intron -    22484847 chr2:28986841(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987206(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987610(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987640(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987648(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987736(+) A-G intron -    22484847 chr2:28987737(+) A-G intron -    22484847 chr2:28992203(+) A-G intron -    22484847 chr2:28992276(+) A-G intron -    22484847 chr2:28993022(+) A-G intron -    22484847 chr2:28993074(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007639(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007666(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007671(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007679(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007680(+) A-G intron -    22484847 chr2:29007808(+) G-A intron -    22484847 chr2:29008040(+) A-G intron -    22484847 chr2:29008041(+) A-G intron -    22484847 chr2:29008070(+) A-G intron -    22484847 chr2:29008080(+) A-G intron -    22484847 chr2:29008082(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009002(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009005(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009010(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009060(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009073(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009080(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009083(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009105(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009113(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009450(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009507(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009520(+) A-G intron -    22484847 chr2:29009526(+) A-G intron -    22484847 chr2:29011798(+) A-G intron -    22484847 chr2:29011804(+) A-G intron -    22484847 chr2:29011823(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012115(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012118(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012123(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012126(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012157(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012158(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012190(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012277(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012330(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012357(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012648(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012674(+) A-G intron -    22484847 chr2:29012969(+) A-G intron -    22484847 chr2:29013299(+) A-G intron -    22484847 chr2:29013306(+) A-G intron -    22484847 chr2:29013371(+) A-G intron -    22484847 chr2:29013453(+) A-G intron -    22484847 chr2:29014384(+) C-T intron -    22484847 chr2:29015031(+) A-G intron -    22484847 chr2:29015280(+) A-G intron -    22484847 chr2:29015332(+) A-G intron -    22484847 chr2:29015351(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PPP1CB	chr2:28975015-28975016(+) m6A CDS//exon//intron       22575960 chr2:29001770-29001771(+) m6A 3'UTR//CDS       26404942 chr2:29001793-29001794(+) m6A 3'UTR//CDS       26404942 chr2:29001836-29001837(+) m6A CDS       26404942 chr2:29001857-29001858(+) m6A CDS       26404942 chr2:29006784-29006785(+) m6A CDS       - chr2:29022072-29022073(+) m6A CDS       26404942 chr2:29022108-29022109(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr2:29022142-29022143(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:29022190-29022191(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:29022209-29022210(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:29022243-29022244(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:29022717-29022718(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:29022825-29022826(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:29023532-29023533(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:29023541-29023542(+) m6A 3'UTR       26404942 chr2:29023636-29023637(+) m6A 3'UTR       26404942//27773535 chr2:29024420-29024421(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:29024429-29024430(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	PPP1CB	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART21-5p
Interactor2: PPP1CB

Evidence Support:

Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//VmiReg