Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00388519

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART20-3p:  MIMAT0003720          TNPO1:  NM_001364294     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART20-3p	TNPO1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003720	3842
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	IPO2//KPNB2//MIP//MIP1//TRN

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TNPO1	chr5:72147420(+) A-I      intronic chr5:72158262(+) A-I      intronic chr5:72158276(+) A-I      intronic chr5:72158280(+) A-I      intronic chr5:72158290(+) A-I      intronic chr5:72160536(+) A-I      intronic chr5:72164724(+) A-I      intronic chr5:72202244(+) A-I      intronic chr5:72201626(+) A-I      intronic chr5:72201557(+) A-I      intronic chr5:72186720(+) A-I      intronic chr5:72186781(+) A-I      intronic chr5:72164683(+) A-I      intronic chr5:72164678(+) A-I      intronic chr5:72203664(+) A-I      intronic chr5:72176441(+) A-I      intronic chr5:72176481(+) A-I      intronic chr5:72164031(+) A-I      intronic chr5:72186785(+) A-I      intronic chr5:72186798(+) A-I      intronic chr5:72176592(+) A-I      intronic chr5:72158389(+) A-I      intronic chr5:72158179(+) A-I      intronic chr5:72160625(+) A-I      intronic chr5:72160674(+) A-I      intronic chr5:72160710(+) A-I      intronic chr5:72161098(+) A-I      intronic chr5:72161106(+) A-I      intronic chr5:72160619(+) A-I      intronic chr5:72160633(+) A-I      intronic chr5:72186815(+) A-I      intronic chr5:72186847(+) A-I      intronic chr5:72186822(+) A-I      intronic chr5:72177118(+) A-I      intronic chr5:72158406(+) A-I      intronic chr5:72158675(+) A-I      intronic chr5:72160602(+) A-I      intronic chr5:72160577(+) A-I      intronic chr5:72160575(+) A-I      intronic chr5:72159247(+) A-I      intronic chr5:72159325(+) A-I      intronic chr5:72159441(+) A-I      intronic chr5:72160546(+) A-I      intronic chr5:72160535(+) A-I      intronic chr5:72152874(+) A-I      intronic chr5:72159468(+) A-I      intronic chr5:72159513(+) A-I      intronic chr5:72187242(+) A-I      intronic chr5:72164072(+) A-I      intronic chr5:72164098(+) A-I      intronic chr5:72164229(+) A-I      intronic chr5:72164241(+) A-I      intronic chr5:72164647(+) A-I      intronic chr5:72164650(+) A-I      intronic chr5:72164658(+) A-I      intronic chr5:72152964(+) A-I      intronic chr5:72186712(+) A-I      intronic chr5:72152998(+) A-I      intronic chr5:72161107(+) A-I      intronic chr5:72153002(+) A-I      intronic chr5:72154410(+) A-I      intronic chr5:72161108(+) A-I      intronic chr5:72162434(+) A-I      intronic chr5:72154477(+) A-I      intronic chr5:72154498(+) A-I      intronic chr5:72154512(+) A-I      intronic chr5:72154543(+) A-I      intronic chr5:72157370(+) A-I      intronic chr5:72164806(+) A-I      intronic chr5:72164747(+) A-I      intronic chr5:72164694(+) A-I      intronic chr5:72164685(+) A-I      intronic chr5:72164684(+) A-I      intronic chr5:72164674(+) A-I      intronic chr5:72201560(+) A-I      intronic chr5:72201571(+) A-I      intronic chr5:72164179(+) A-I      intronic chr5:72157468(+) A-I      intronic chr5:72157505(+) A-I      intronic chr5:72187247(+) A-I      intronic chr5:72157510(+) A-I      intronic chr5:72201488(+) A-I      intronic chr5:72177067(+) A-I      intronic chr5:72150964(+) A-I      intronic chr5:72150948(+) A-I      intronic chr5:72149037(+) A-I      intronic chr5:72147510(+) A-I      intronic chr5:72147464(+) A-I      intronic chr5:72147399(+) A-I      intronic chr5:72147397(+) A-I      intronic chr5:72177042(+) A-I      intronic chr5:72177038(+) A-I      intronic chr5:72201512(+) A-I      intronic chr5:72201538(+) A-I      intronic chr5:72202271(+) A-I      intronic chr5:72203837(+) A-I      intronic chr5:72177007(+) A-I      intronic chr5:72202285(+) A-I      intronic chr5:72201572(+) A-I      intronic chr5:72212069(+) A-I      3'UTR chr5:72158728(+) A-I      intronic chr5:72158743(+) A-I      intronic chr5:72201564(+) A-I      intronic chr5:72202148(+) A-I      intronic chr5:72159332(+) A-I      intronic chr5:72152891(+) A-I      intronic chr5:72160475(+) A-I      intronic chr5:72203754(+) A-I      intronic chr5:72154584(+) A-I      intronic chr5:72176433(+) A-I      intronic chr5:72159418(+) A-I      intronic chr5:72164138(+) A-I      intronic chr5:72203723(+) A-I      intronic chr5:72152877(+) A-I      intronic chr5:72164750(+) A-I      intronic chr5:72202218(+) A-I      intronic chr5:72153024(+) A-I      intronic chr5:72201617(+) A-I      intronic chr5:72202248(+) A-I      intronic chr5:72176456(+) A-I      intronic chr5:72152198(+) A-I      intronic chr5:72162454(+) A-I      intronic chr5:72164714(+) A-I      intronic chr5:72157466(+) A-I      intronic chr5:72158612(+) A-I      intronic chr5:72183350(+) A-I      intronic chr5:72161109(+) A-I      intronic chr5:72186820(+) A-I      intronic chr5:72165112(+) A-I      intronic chr5:72165227(+) A-I      intronic chr5:72175389(+) A-I      intronic chr5:72186932(+) A-I      intronic chr5:72203774(+) A-I      intronic chr5:72164633(+) A-I      intronic chr5:72157368(+) A-I      intronic chr5:72160636(+) A-I      intronic chr5:72159490(+) A-I      intronic chr5:72159484(+) A-I      intronic chr5:72157346(+) A-I      intronic chr5:72186810(+) A-I      intronic chr5:72158664(+) A-I      intronic chr5:72175814(+) A-I      intronic chr5:72211873(+) A-I      3'UTR chr5:72211987(+) A-I      3'UTR chr5:72212005(+) A-I      3'UTR chr5:72211927(+) A-I      3'UTR chr5:72159331(+) A-I      intronic chr5:72151073(+) A-I      intronic chr5:72164648(+) A-I      intronic chr5:72164620(+) A-I      intronic chr5:72176522(+) A-I      intronic chr5:72159410(+) A-I      intronic chr5:72158254(+) A-I      intronic chr5:72201569(+) A-I      intronic chr5:72187142(+) A-I      intronic chr5:72186944(+) A-I      intronic chr5:72201674(+) A-I      intronic chr5:72202392(+) A-I      intronic chr5:72201575(+) A-I      intronic chr5:72165289(+) A-I      intronic chr5:72152084(+) A-I      intronic chr5:72152158(+) A-I      intronic chr5:72186704(+) A-I      intronic chr5:72160529(+) A-I      intronic chr5:72118523(+) A-I      intronic chr5:72201467(+) A-I      intronic chr5:72187171(+) A-I      intronic chr5:72157465(+) A-I      intronic chr5:72201546(+) A-I      intronic chr5:72160675(+) A-I      intronic chr5:72187044(+) A-I      intronic chr5:72202223(+) A-I      intronic chr5:72157491(+) A-I      intronic chr5:72150923(+) A-I      intronic chr5:72187022(+) A-I      intronic chr5:72160616(+) A-I      intronic chr5:72201699(+) A-I      intronic chr5:72160553(+) A-I      intronic chr5:72201563(+) A-I      intronic chr5:72153089(+) A-I      intronic chr5:72187141(+) A-I      intronic chr5:72158434(+) A-I      intronic chr5:72161087(+) A-I      intronic chr5:72139287(+) A-I      intronic chr5:72201562(+) A-I      intronic chr5:72165102(+) A-I      intronic chr5:72202188(+) A-I      intronic chr5:72161014(+) A-I      intronic chr5:72164096(+) A-I      intronic chr5:72201645(+) A-I      intronic chr5:72202319(+) A-I      intronic chr5:72165215(+) A-I      intronic chr5:72176496(+) A-I      intronic chr5:72176532(+) A-I      intronic chr5:72156918(+) A-I      intronic chr5:72202219(+) A-I      intronic chr5:72201466(+) A-I      intronic chr5:72164112(+) A-I      intronic chr5:72162332(+) A-I      intronic chr5:72149138(+) A-I      intronic chr5:72187198(+) A-I      intronic chr5:72157255(+) A-I      intronic chr5:72149053(+) A-I      intronic chr5:72157251(+) A-I      intronic chr5:72186767(+) A-I      intronic chr5:72152957(+) A-I      intronic chr5:72202266(+) A-I      intronic chr5:72152085(+) A-I      intronic chr5:72152937(+) A-I      intronic chr5:72165263(+) A-I      intronic chr5:72160459(+) A-I      intronic chr5:72139323(+) A-I      intronic chr5:72159358(+) A-I      intronic chr5:72164102(+) A-I      intronic chr5:72203722(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TNPO1	chr5:72166033(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166036(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166052(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166062(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166068(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166081(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166087(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166088(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166119(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166129(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166198(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166845(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166850(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166871(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166876(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166877(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166943(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166978(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166984(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166993(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167001(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72167013(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167023(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72167072(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167078(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167100(+) A-I intron -    15342557 chr5:72202219(+) A-I intron -    22327324 chr5:72118523(+) A-G intron -    22484847 chr5:72149138(+) A-G intron -    22484847 chr5:72149142(+) A-G intron -    22484847 chr5:72150923(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152084(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152085(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152158(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152159(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152184(+) G-A intron -    22484847 chr5:72152198(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152957(+) A-G intron -    22484847 chr5:72153089(+) A-G intron -    22484847 chr5:72153142(+) T-A intron -    22484847 chr5:72153143(+) C-A intron -    22484847 chr5:72157368(+) A-G intron -    22484847 chr5:72157465(+) A-G intron -    22484847 chr5:72157466(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158251(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158658(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158664(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158743(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159358(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159418(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159484(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160459(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160475(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160529(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160553(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160616(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160636(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161013(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161014(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161087(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161109(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164005(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164620(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164688(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164715(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164750(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165215(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165227(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165255(+) T-C intron -    22484847 chr5:72165289(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166036(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166081(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166087(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166088(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166129(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166943(+) A-G intron -    22484847 chr5:72175851(+) C-T intron -    22484847 chr5:72176433(+) A-G intron -    22484847 chr5:72176440(+) A-G intron -    22484847 chr5:72176456(+) A-G intron -    22484847 chr5:72179845(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186704(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186756(+) T-C intron -    22484847 chr5:72186820(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186932(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187022(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187038(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187044(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187141(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187142(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187145(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187171(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187198(+) A-G intron -    22484847 chr5:72192620(+) T-C intron -    22484847 chr5:72201466(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201467(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201562(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201563(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201564(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201617(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201644(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202146(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202218(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202219(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202223(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202266(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202319(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TNPO1	chr5:72112456-72112457(+) m6A 5'UTR//exon       25456834//24981863 chr5:72112512-72112513(+) m6A 5'UTR//exon       25456834//24981863 chr5:72112574-72112575(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863 chr5:72121628-72121629(+) m6A exon//intron       24981863 chr5:72144214-72144215(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863//22575960 chr5:72144237-72144238(+) m6A CDS//exon       24981863//22575960 chr5:72144296-72144297(+) m6A CDS//exon       - chr5:72144313-72144314(+) m6A CDS//exon       - chr5:72173131-72173132(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22575960 chr5:72178331-72178332(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22575960 chr5:72178928-72178929(+) m6A CDS//exon       22575960 chr5:72178984-72178985(+) Am CDS//exon       - chr5:72184005-72184006(+) m6A CDS       24284625//24981863 chr5:72184048-72184049(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr5:72184096-72184097(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr5:72199552-72199553(+) Y CDS//exon       25219674 chr5:72201386-72201387(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:72204552-72204553(+) m6A 3'UTR//exon       - chr5:72204611-72204612(+) m6A 3'UTR//exon       22575960 chr5:72204807-72204808(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204845-72204846(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204851-72204852(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204873-72204874(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204886-72204887(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204913-72204914(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72205027-72205028(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:72205041-72205042(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:72205134-72205135(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205139-72205140(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205149-72205150(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205245-72205246(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	TNPO1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID
RNAactDrug	ebv-miR-BART20-3p	Crizotinib       11626560

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART20-3p
Interactor2: TNPO1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Prediction-Evidence	miRanda//PARalyzer//Rep//Targetscan
Support Database	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	22100165	Target region	3'UTR
Source	RepTar//ViRBase//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BC-1 cells	Interactor2 expression	None
Description	Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites.Clusters with seed matches to expressed miRNAs were considered candidate target sites. Of the clusters mapping to human 3'UTRs, 69% (BC-1) and 70% (BC-3) had seed matches to expressed miRNAs (Tables S6).Table S6A BC-1 derived 3'UTR clusters with seed matches to expressed miRNAs.