Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00385789

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2202

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART20-5p:  MIMAT0003719          SEC22A:  NM_012430     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART20-5p	SEC22A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003719	26984
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	SEC22L2

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SEC22A	chr3:122978803(+) A-I      intronic chr3:122924326(+) A-I      intronic chr3:122978784(+) A-I      intronic chr3:122978814(+) A-I      intronic chr3:122978818(+) A-I      intronic chr3:122930737(+) A-I      intronic chr3:122930762(+) A-I      intronic chr3:122930765(+) A-I      intronic chr3:122978827(+) A-I      intronic chr3:122978823(+) A-I      intronic chr3:122957163(+) A-I      intronic chr3:122941101(+) A-I      intronic chr3:122941089(+) A-I      intronic chr3:122941064(+) A-I      intronic chr3:122992501(+) A-I      3'UTR chr3:122992494(+) A-I      3'UTR chr3:122992493(+) A-I      3'UTR chr3:122992469(+) A-I      3'UTR chr3:122992502(+) A-I      3'UTR chr3:122941175(+) A-I      intronic chr3:122941185(+) A-I      intronic chr3:122941207(+) A-I      intronic chr3:122941211(+) A-I      intronic chr3:122941226(+) A-I      intronic chr3:122941229(+) A-I      intronic chr3:122941246(+) A-I      intronic chr3:122979782(+) A-I      intronic chr3:122946595(+) A-I      intronic chr3:122946619(+) A-I      intronic chr3:122946646(+) A-I      intronic chr3:122946738(+) A-I      intronic chr3:122948602(+) A-I      intronic chr3:122956752(+) A-I      intronic chr3:122956843(+) A-I      intronic chr3:122956903(+) A-I      intronic chr3:122956956(+) A-I      intronic chr3:122957110(+) A-I      intronic chr3:122957144(+) A-I      intronic chr3:122957211(+) A-I      intronic chr3:122957234(+) A-I      intronic chr3:122968446(+) A-I      intronic chr3:122968571(+) A-I      intronic chr3:122968618(+) A-I      intronic chr3:122969048(+) A-I      intronic chr3:122969080(+) A-I      intronic chr3:122969081(+) A-I      intronic chr3:122969098(+) A-I      intronic chr3:122969099(+) A-I      intronic chr3:122969134(+) A-I      intronic chr3:122969136(+) A-I      intronic chr3:122935791(+) A-I      intronic chr3:122975687(+) A-I      intronic chr3:122975693(+) A-I      intronic chr3:122975708(+) A-I      intronic chr3:122975736(+) A-I      intronic chr3:122975746(+) A-I      intronic chr3:122975791(+) A-I      intronic chr3:122979800(+) A-I      intronic chr3:122975867(+) A-I      intronic chr3:122976289(+) A-I      intronic chr3:122976357(+) A-I      intronic chr3:122976358(+) A-I      intronic chr3:122976467(+) A-I      intronic chr3:122976475(+) A-I      intronic chr3:122976480(+) A-I      intronic chr3:122976583(+) A-I      intronic chr3:122976784(+) A-I      intronic chr3:122976809(+) A-I      intronic chr3:122976846(+) A-I      intronic chr3:122978792(+) A-I      intronic chr3:122978904(+) A-I      intronic chr3:122978911(+) A-I      intronic chr3:122978939(+) A-I      intronic chr3:122979747(+) A-I      intronic chr3:122976858(+) A-I      intronic chr3:122969142(+) A-I      intronic chr3:122941255(+) A-I      intronic chr3:122979763(+) A-I      intronic chr3:122979913(+) A-I      intronic chr3:122979889(+) A-I      intronic chr3:122979884(+) A-I      intronic chr3:122979776(+) A-I      intronic chr3:122924349(+) A-I      intronic chr3:122924383(+) A-I      intronic chr3:122925032(+) A-I      intronic chr3:122925814(+) A-I      intronic chr3:122930376(+) A-I      intronic chr3:122930463(+) A-I      intronic chr3:122930467(+) A-I      intronic chr3:122930480(+) A-I      intronic chr3:122975662(+) A-I      intronic chr3:122930638(+) A-I      intronic chr3:122930729(+) A-I      intronic chr3:122930760(+) A-I      intronic chr3:122935813(+) A-I      intronic chr3:122940093(+) A-I      intronic chr3:122940132(+) A-I      intronic chr3:122940140(+) A-I      intronic chr3:122940147(+) A-I      intronic chr3:122940167(+) A-I      intronic chr3:122940171(+) A-I      intronic chr3:122941126(+) A-I      intronic chr3:122941147(+) A-I      intronic chr3:122941150(+) A-I      intronic chr3:122953930(+) A-I      intronic chr3:122930719(+) A-I      intronic chr3:122979822(+) A-I      intronic chr3:122924385(+) A-I      intronic chr3:122925759(+) A-I      intronic chr3:122930323(+) A-I      intronic chr3:122924328(+) A-I      intronic chr3:122953929(+) A-I      intronic chr3:122979849(+) A-I      intronic chr3:122978819(+) A-I      intronic chr3:122973089(+) A-I      intronic chr3:122957245(+) A-I      intronic chr3:122935693(+) A-I      intronic chr3:122930324(+) A-I      intronic chr3:122930756(+) A-I      intronic chr3:122957150(+) A-I      intronic chr3:122956854(+) A-I      intronic chr3:122956757(+) A-I      intronic chr3:122978858(+) A-I      intronic chr3:122969240(+) A-I      intronic chr3:122930763(+) A-I      intronic chr3:122968997(+) A-I      intronic chr3:122976660(+) A-I      intronic chr3:122930838(+) A-I      intronic chr3:122957149(+) A-I      intronic chr3:122946716(+) A-I      intronic chr3:122976478(+) A-I      intronic chr3:122973131(+) A-I      intronic chr3:122924353(+) A-I      intronic chr3:122925815(+) A-I      intronic chr3:122925070(+) A-I      intronic chr3:122957225(+) A-I      intronic chr3:122978793(+) A-I      intronic chr3:122930385(+) A-I      intronic chr3:122925680(+) A-I      intronic chr3:122979864(+) A-I      intronic chr3:122941307(+) A-I      intronic chr3:122930406(+) A-I      intronic chr3:122972332(+) A-I      intronic chr3:122973138(+) A-I      intronic chr3:122924339(+) A-I      intronic chr3:122940139(+) A-I      intronic chr3:122976334(+) A-I      intronic chr3:122969206(+) A-I      intronic chr3:122976315(+) A-I      intronic chr3:122925749(+) A-I      intronic chr3:122930526(+) A-I      intronic chr3:122957304(+) A-I      intronic chr3:122975788(+) A-I      intronic chr3:122925142(+) A-I      intronic chr3:122956743(+) A-I      intronic chr3:122953975(+) A-I      intronic chr3:122930659(+) A-I      intronic chr3:122930653(+) A-I      intronic chr3:122969185(+) A-I      intronic chr3:122957146(+) A-I      intronic chr3:122976700(+) A-I      intronic chr3:122925847(+) A-I      intronic chr3:122976294(+) A-I      intronic chr3:122973137(+) A-I      intronic chr3:122976344(+) A-I      intronic chr3:122978828(+) A-I      intronic chr3:122941322(+) A-I      intronic chr3:122983540(+) A-I      intronic chr3:122930570(+) A-I      intronic chr3:122968472(+) A-I      intronic chr3:122954004(+) A-I      intronic chr3:122973107(+) A-I      intronic chr3:122975813(+) A-I      intronic chr3:122956893(+) A-I      intronic chr3:122953937(+) A-I      intronic chr3:122935729(+) A-I      intronic chr3:122930391(+) A-I      intronic chr3:122969207(+) A-I      intronic chr3:122930768(+) A-I      intronic chr3:122930714(+) A-I      intronic chr3:122953976(+) A-I      intronic chr3:122957126(+) A-I      intronic chr3:122925751(+) A-I      intronic chr3:122932767(+) A-I      intronic chr3:122957172(+) A-I      intronic chr3:122930716(+) A-I      intronic chr3:122924384(+) A-I      intronic chr3:122978817(+) A-I      intronic chr3:122956749(+) A-I      intronic chr3:122956858(+) A-I      intronic chr3:122932922(+) A-I      intronic chr3:122979867(+) A-I      intronic chr3:122973148(+) A-I      intronic chr3:122968489(+) A-I      intronic chr3:122976745(+) A-I      intronic chr3:122947222(+) A-I      intronic chr3:122930750(+) A-I      intronic chr3:122930541(+) A-I      intronic chr3:122956849(+) A-I      intronic chr3:122957115(+) A-I      intronic chr3:122978738(+) A-I      intronic chr3:122947226(+) A-I      intronic chr3:122930752(+) A-I      intronic chr3:122972398(+) A-I      intronic chr3:122976403(+) A-I      intronic chr3:122976659(+) A-I      intronic chr3:122956886(+) A-I      intronic chr3:122978832(+) A-I      intronic chr3:122925679(+) A-I      intronic chr3:122930486(+) A-I      intronic chr3:122975817(+) A-I      intronic chr3:122968428(+) A-I      intronic chr3:122941280(+) A-I      intronic chr3:122956983(+) A-I      intronic chr3:122940168(+) A-I      intronic chr3:122930753(+) A-I      intronic chr3:122940063(+) A-I      intronic chr3:122925074(+) A-I      intronic chr3:122940062(+) A-I      intronic chr3:122957175(+) A-I      intronic chr3:122956842(+) A-I      intronic chr3:122978778(+) A-I      intronic chr3:122924358(+) A-I      intronic chr3:122925082(+) A-I      intronic chr3:122976826(+) A-I      intronic chr3:122930824(+) A-I      intronic chr3:122930755(+) A-I      intronic chr3:122925880(+) A-I      intronic chr3:122956816(+) A-I      intronic chr3:122968471(+) A-I      intronic chr3:122957184(+) A-I      intronic chr3:122925764(+) A-I      intronic chr3:122925784(+) A-I      intronic chr3:122925666(+) A-I      intronic chr3:122973130(+) A-I      intronic chr3:122925080(+) A-I      intronic chr3:122930527(+) A-I      intronic chr3:122976788(+) A-I      intronic chr3:122969012(+) A-I      intronic chr3:122930489(+) A-I      intronic chr3:122925824(+) A-I      intronic chr3:122976696(+) A-I      intronic chr3:122941243(+) A-I      intronic chr3:122947433(+) A-I      intronic chr3:122941267(+) A-I      intronic chr3:122930764(+) A-I      intronic chr3:122979943(+) A-I      intronic chr3:122930567(+) A-I      intronic chr3:122956890(+) A-I      intronic chr3:122956896(+) A-I      intronic chr3:122976735(+) A-I      intronic chr3:122976380(+) A-I      intronic chr3:122953979(+) A-I      intronic chr3:122975670(+) A-I      intronic chr3:122976692(+) A-I      intronic chr3:122925785(+) A-I      intronic chr3:122925820(+) A-I      intronic chr3:122930660(+) A-I      intronic chr3:122925139(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SEC22A	chr3:122927554(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122927673(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122927706(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122927722(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122927808(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122927946(+) A-I intron -    15342557   //15258596 chr3:122944028(+) A-I exon CDS    15342557 chr3:122925666(+) A-I intron -    22327324 chr3:122930719(+) A-I intron -    22327324 chr3:122930768(+) A-I intron -    22327324 chr3:122946348(+) A-I intron -    22327324 chr3:122946377(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr3:122958173(+) A-G intron -    22484847 chr3:122960660(+) A-G intron -    22484847 chr3:122960661(+) A-G intron -    22484847 chr3:122924339(+) A-G intron -    22484847 chr3:122924353(+) A-G intron -    22484847 chr3:122924358(+) A-G intron -    22484847 chr3:122924384(+) A-G intron -    22484847 chr3:122924385(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925666(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925679(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925749(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925759(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925784(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925785(+) A-G intron -    22484847 chr3:122925815(+) A-G intron -    22484847 chr3:122927722(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930323(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930406(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930486(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930489(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930526(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930567(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930579(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930585(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930653(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930659(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930660(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930714(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930719(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930750(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930755(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930756(+) A-G intron -    22484847 chr3:122930768(+) A-G intron -    22484847 chr3:122936245(+) G-A intron -    22484847 chr3:122940139(+) A-G intron -    22484847 chr3:122941110(+) A-G intron -    22484847 chr3:122941243(+) A-G intron -    22484847 chr3:122941267(+) A-G intron -    22484847 chr3:122941280(+) A-G intron -    22484847 chr3:122941307(+) A-G intron -    22484847 chr3:122947423(+) C-A intron -    22484847 chr3:122953929(+) A-G intron -    22484847 chr3:122953930(+) A-G intron -    22484847 chr3:122953976(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956743(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956757(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956816(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956817(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956842(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956854(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956886(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956921(+) A-G intron -    22484847 chr3:122956983(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957115(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957126(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957145(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957146(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957149(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957150(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957172(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957175(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957184(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957210(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957225(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957228(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957242(+) A-G intron -    22484847 chr3:122957245(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968428(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968451(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968471(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968472(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968489(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968554(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968593(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968645(+) A-G intron -    22484847 chr3:122968997(+) A-G intron -    22484847 chr3:122969004(+) A-G intron -    22484847 chr3:122969185(+) A-G intron -    22484847 chr3:122972332(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973058(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973089(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973107(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973131(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973137(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973138(+) A-G intron -    22484847 chr3:122973148(+) A-G intron -    22484847 chr3:122975670(+) A-G intron -    22484847 chr3:122975813(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976315(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976334(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976342(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976403(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976425(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976426(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976478(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976692(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976696(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976700(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976718(+) A-G intron -    22484847 chr3:122976788(+) A-G intron -    22484847 chr3:122978738(+) A-G intron -    22484847 chr3:122978793(+) A-G intron -    22484847 chr3:122978817(+) A-G intron -    22484847 chr3:122978885(+) A-G intron -    22484847 chr3:122979943(+) A-G intron -    22484847 chr3:122982549(+) T-C intron -    22484847 chr3:122982941(+) G-A intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SEC22A	chr3:122928108-122928109(+) m6A CDS//exon       24981863 chr3:122928138-122928139(+) m6A CDS//exon       24981863 chr3:122978415-122978416(+) m6A CDS       24284625//24981863//22608085 chr3:122990460-122990461(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr3:122990617-122990618(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr3:122990763-122990764(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22608085 chr3:122990818-122990819(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr3:122990904-122990905(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr3:122990918-122990919(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr3:122990959-122990960(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr3:122991146-122991147(+) m6A 3'UTR       22608085 chr3:122991169-122991170(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr3:122991284-122991285(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	SEC22A	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART20-5p
Interactor2: SEC22A

Evidence Support:

Prediction-Evidence	miRanda//PITA
Support Database	VmiReg