Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

VHID00385424

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.2455

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART20-5p:           AKAP13:      

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Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol ebv-miR-BART20-5p AKAP13
miRBase
Accession/Entrez ID
MIMAT0003719 11214
Organism Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV) Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - AKAP-13//AKAP-Lbc//ARHGEF13//BRX//c-lbc//HA-3//Ht31//LBC//p47//PRKA13//PROTO-LB//PROTO-LBC

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR AKAP13
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chr15:86122527(+) A-I      NonSyn:Lys->Glu
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chr15:86288493-86288494(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085
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chr15:86290713-86290714(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085
chr15:86290797-86290798(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//22608085
chr15:86290890-86290891(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//26404942
chr15:86290943-86290944(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//26404942
chr15:86290951-86290952(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//26404942
chr15:86292058-86292059(+) m6A 3'UTR//exon       24284625
chr15:86292338-86292339(+) m6A 3'UTR//exon       24981863
chr15:86292382-86292383(+) m6A 3'UTR//exon       24981863

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate AKAP13
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539
Cytosol HCC cell line (HepG2)     -
Exosome Blood     -
Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     -
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     -
Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: ebv-miR-BART20-5p
Interactor2: AKAP13

Evidence Support:


Prediction-Evidence cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database RepTar//VmiReg

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