Basic Information:

  VIRBase ID:  

VHID00375204

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.9101

  Interaction Type:  

Virus-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      ebv-miR-BART18-5p:  MIMAT0003717          ABI2:  NR_164716     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	ebv-miR-BART18-5p	ABI2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003717	10152
Organism	Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ABI-2//ABI2B//AblBP3//AIP-1//AIP1//argBP1//argBPIA//argBPIB//SSH3BP2

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ABI2	chr2:204272758(+) A-I      intronic chr2:204290625(+) A-I      intronic chr2:204289218(+) A-I      intronic chr2:204290633(+) A-I      intronic chr2:204272748(+) A-I      intronic chr2:204272724(+) A-I      intronic chr2:204272745(+) A-I      intronic chr2:204208016(+) A-I      intronic chr2:204283998(+) A-I      intronic chr2:204280229(+) A-I      intronic chr2:204283972(+) A-I      intronic chr2:204290568(+) A-I      intronic chr2:204290569(+) A-I      intronic chr2:204290583(+) A-I      intronic chr2:204290589(+) A-I      intronic chr2:204290592(+) A-I      intronic chr2:204290598(+) A-I      intronic chr2:204290630(+) A-I      intronic chr2:204207402(+) A-I      intronic chr2:204290567(+) A-I      intronic chr2:204290549(+) A-I      intronic chr2:204290544(+) A-I      intronic chr2:204208037(+) A-I      intronic chr2:204290135(+) A-I      intronic chr2:204208329(+) A-I      intronic chr2:204209254(+) A-I      intronic chr2:204283962(+) A-I      intronic chr2:204283950(+) A-I      intronic chr2:204210197(+) A-I      intronic chr2:204207334(+) A-I      intronic chr2:204205217(+) A-I      intronic chr2:204205190(+) A-I      intronic chr2:204283937(+) A-I      intronic chr2:204205129(+) A-I      intronic chr2:204198873(+) A-I      intronic chr2:204210647(+) A-I      intronic chr2:204286860(+) A-I      intronic chr2:204290535(+) A-I      intronic chr2:204290490(+) A-I      intronic chr2:204290489(+) A-I      intronic chr2:204290207(+) A-I      intronic chr2:204290199(+) A-I      intronic chr2:204290147(+) A-I      intronic chr2:204290091(+) A-I      intronic chr2:204290685(+) A-I      intronic chr2:204290065(+) A-I      intronic chr2:204289986(+) A-I      intronic chr2:204197094(+) A-I      intronic chr2:204197179(+) A-I      intronic chr2:204286946(+) A-I      intronic chr2:204286878(+) A-I      intronic chr2:204286874(+) A-I      intronic chr2:204286861(+) A-I      intronic chr2:204286778(+) A-I      intronic chr2:204286777(+) A-I      intronic chr2:204286566(+) A-I      intronic chr2:204286540(+) A-I      intronic chr2:204286528(+) A-I      intronic chr2:204197330(+) A-I      intronic chr2:204197300(+) A-I      intronic chr2:204197183(+) A-I      intronic chr2:204197186(+) A-I      intronic chr2:204197201(+) A-I      intronic chr2:204221340(+) A-I      intronic chr2:204221031(+) A-I      intronic chr2:204220002(+) A-I      intronic chr2:204214880(+) A-I      intronic chr2:204280272(+) A-I      intronic chr2:204214879(+) A-I      intronic chr2:204214864(+) A-I      intronic chr2:204210679(+) A-I      intronic chr2:204281148(+) A-I      intronic chr2:204253191(+) A-I      intronic chr2:204253220(+) A-I      intronic chr2:204253244(+) A-I      intronic chr2:204256360(+) A-I      intronic chr2:204280129(+) A-I      intronic chr2:204280161(+) A-I      intronic chr2:204280162(+) A-I      intronic chr2:204280163(+) A-I      intronic chr2:204290566(+) A-I      intronic chr2:204286522(+) A-I      intronic chr2:204253172(+) A-I      intronic chr2:204232577(+) A-I      intronic chr2:204227654(+) A-I      intronic chr2:204227624(+) A-I      intronic chr2:204227605(+) A-I      intronic chr2:204227600(+) A-I      intronic chr2:204222992(+) A-I      intronic chr2:204286426(+) A-I      intronic chr2:204222978(+) A-I      intronic chr2:204222689(+) A-I      intronic chr2:204222682(+) A-I      intronic chr2:204222631(+) A-I      intronic chr2:204284690(+) A-I      intronic chr2:204284661(+) A-I      intronic chr2:204284632(+) A-I      intronic chr2:204284623(+) A-I      intronic chr2:204284525(+) A-I      intronic chr2:204284083(+) A-I      intronic chr2:204294293(+) A-I      3'UTR chr2:204294294(+) A-I      3'UTR chr2:204294425(+) A-I      3'UTR chr2:204294365(+) A-I      3'UTR chr2:204294309(+) A-I      3'UTR chr2:204294359(+) A-I      3'UTR chr2:204294369(+) A-I      3'UTR chr2:204222859(+) A-I      intronic chr2:204290624(+) A-I      intronic chr2:204204207(+) A-I      intronic chr2:204207966(+) A-I      intronic chr2:204233556(+) A-I      intronic chr2:204232616(+) A-I      intronic chr2:204196602(+) A-I      intronic chr2:204208710(+) A-I      intronic chr2:204229630(+) A-I      intronic chr2:204224858(+) A-I      intronic chr2:204241876(+) A-I      intronic chr2:204202525(+) A-I      intronic chr2:204242557(+) A-I      intronic chr2:204204224(+) A-I      intronic chr2:204198849(+) A-I      intronic chr2:204253256(+) A-I      intronic chr2:204205290(+) A-I      intronic chr2:204220397(+) A-I      intronic chr2:204197172(+) A-I      intronic chr2:204198741(+) A-I      intronic chr2:204223483(+) A-I      intronic chr2:204232544(+) A-I      intronic chr2:204210661(+) A-I      intronic chr2:204256464(+) A-I      intronic chr2:204221355(+) A-I      intronic chr2:204233797(+) A-I      intronic chr2:204205249(+) A-I      intronic chr2:204228846(+) A-I      intronic chr2:204210785(+) A-I      intronic chr2:204230921(+) A-I      intronic chr2:204198767(+) A-I      intronic chr2:204284617(+) A-I      intronic chr2:204210648(+) A-I      intronic chr2:204290517(+) A-I      intronic chr2:204210828(+) A-I      intronic chr2:204202552(+) A-I      intronic chr2:204209255(+) A-I      intronic chr2:204224693(+) A-I      intronic chr2:204220333(+) A-I      intronic chr2:204253150(+) A-I      intronic chr2:204233640(+) A-I      intronic chr2:204232683(+) A-I      intronic chr2:204207940(+) A-I      intronic chr2:204253284(+) A-I      intronic chr2:204233565(+) A-I      intronic chr2:204223517(+) A-I      intronic chr2:204206180(+) A-I      intronic chr2:204208064(+) A-I      intronic chr2:204202698(+) A-I      intronic chr2:204229731(+) A-I      intronic chr2:204220001(+) A-I      intronic chr2:204289989(+) A-I      intronic chr2:204205183(+) A-I      intronic chr2:204251602(+) A-I      intronic chr2:204242975(+) A-I      intronic chr2:204253293(+) A-I      intronic chr2:204290123(+) A-I      intronic chr2:204206182(+) A-I      intronic chr2:204223549(+) A-I      intronic chr2:204209230(+) A-I      intronic chr2:204202553(+) A-I      intronic chr2:204221195(+) A-I      intronic chr2:204214267(+) A-I      intronic chr2:204220192(+) A-I      intronic chr2:204244128(+) A-I      intronic chr2:204194553(+) A-I      intronic chr2:204256433(+) A-I      intronic chr2:204284591(+) A-I      intronic chr2:204251659(+) A-I      intronic chr2:204223614(+) A-I      intronic chr2:204224699(+) A-I      intronic chr2:204224787(+) A-I      intronic chr2:204197209(+) A-I      intronic chr2:204223547(+) A-I      intronic chr2:204229497(+) A-I      intronic chr2:204209228(+) A-I      intronic chr2:204206354(+) A-I      intronic chr2:204222694(+) A-I      intronic chr2:204210233(+) A-I      intronic chr2:204244071(+) A-I      intronic chr2:204270208(+) A-I      intronic chr2:204257907(+) A-I      intronic chr2:204249169(+) A-I      intronic chr2:204210341(+) A-I      intronic chr2:204290016(+) A-I      intronic chr2:204194540(+) A-I      intronic chr2:204202507(+) A-I      intronic chr2:204290051(+) A-I      intronic chr2:204253255(+) A-I      intronic chr2:204198821(+) A-I      intronic chr2:204284547(+) A-I      intronic chr2:204229657(+) A-I      intronic chr2:204222765(+) A-I      intronic chr2:204253354(+) A-I      intronic chr2:204222593(+) A-I      intronic chr2:204220388(+) A-I      intronic chr2:204223477(+) A-I      intronic chr2:204204144(+) A-I      intronic chr2:204208745(+) A-I      intronic chr2:204256423(+) A-I      intronic chr2:204232580(+) A-I      intronic chr2:204249255(+) A-I      intronic chr2:204210707(+) A-I      intronic chr2:204220434(+) A-I      intronic chr2:204220020(+) A-I      intronic chr2:204208314(+) A-I      intronic chr2:204290052(+) A-I      intronic chr2:204198803(+) A-I      intronic chr2:204233819(+) A-I      intronic chr2:204197095(+) A-I      intronic chr2:204253241(+) A-I      intronic chr2:204206353(+) A-I      intronic chr2:204210375(+) A-I      intronic chr2:204256368(+) A-I      intronic chr2:204212810(+) A-I      intronic chr2:204196801(+) A-I      intronic chr2:204210854(+) A-I      intronic chr2:204220509(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ABI2	chr2:204215960(+) A-G intron -    22484847 chr2:204215963(+) A-G intron -    22484847 chr2:204215995(+) A-G intron -    22484847 chr2:204216817(+) A-G intron -    22484847 chr2:204196602(+) A-G intron -    22484847 chr2:204196650(+) A-G intron -    22484847 chr2:204196742(+) A-G intron -    22484847 chr2:204196801(+) A-G intron -    22484847 chr2:204197095(+) A-G intron -    22484847 chr2:204197172(+) A-G intron -    22484847 chr2:204197209(+) A-G intron -    22484847 chr2:204197263(+) A-G intron -    22484847 chr2:204197335(+) A-G intron -    22484847 chr2:204198741(+) A-G intron -    22484847 chr2:204198767(+) A-G intron -    22484847 chr2:204198821(+) A-G intron -    22484847 chr2:204205183(+) A-G intron -    22484847 chr2:204205290(+) A-G intron -    22484847 chr2:204206180(+) A-G intron -    22484847 chr2:204206182(+) A-G intron -    22484847 chr2:204206183(+) A-G intron -    22484847 chr2:204206353(+) A-G intron -    22484847 chr2:204206354(+) A-G intron -    22484847 chr2:204207940(+) A-G intron -    22484847 chr2:204207990(+) A-G intron -    22484847 chr2:204208064(+) A-G intron -    22484847 chr2:204209168(+) A-G intron -    22484847 chr2:204209189(+) A-G intron -    22484847 chr2:204209322(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210233(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210234(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210341(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210375(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210648(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210661(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210707(+) A-G intron -    22484847 chr2:204210725(+) A-G intron -    22484847 chr2:204220333(+) A-G intron -    22484847 chr2:204220373(+) A-T intron -    22484847 chr2:204220434(+) A-G intron -    22484847 chr2:204220935(+) A-G intron -    22484847 chr2:204221195(+) A-G intron -    22484847 chr2:204221275(+) A-G intron -    22484847 chr2:204221327(+) A-G intron -    22484847 chr2:204221355(+) A-G intron -    22484847 chr2:204222592(+) A-G intron -    22484847 chr2:204222593(+) A-G intron -    22484847 chr2:204222672(+) A-G intron -    22484847 chr2:204222694(+) A-G intron -    22484847 chr2:204222956(+) G-A intron -    22484847 chr2:204223139(+) A-G intron -    22484847 chr2:204223477(+) A-G intron -    22484847 chr2:204223517(+) A-G intron -    22484847 chr2:204230921(+) A-G intron -    22484847 chr2:204230922(+) A-G intron -    22484847 chr2:204233564(+) A-G intron -    22484847 chr2:204233565(+) A-G intron -    22484847 chr2:204253284(+) A-G intron -    22484847 chr2:204255104(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ABI2	chr2:204193340-204193341(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24209618//24981863 chr2:204220029-204220030(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204229174-204229175(+) Am intron       - chr2:204231629-204231630(+) m6A 3'UTR//5'UTR//CDS//exon       24981863//26404942 chr2:204231678-204231679(+) m6A 3'UTR//5'UTR//CDS//exon       26404942 chr2:204260434-204260435(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr2:204267405-204267406(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       26404942 chr2:204281768-204281769(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625 chr2:204291926-204291927(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22608085 chr2:204292226-204292227(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr2:204292246-204292247(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr2:204292356-204292357(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:204292372-204292373(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//22608085 chr2:204292795-204292796(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr2:204292879-204292880(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863//22608085 chr2:204292907-204292908(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:204292913-204292914(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:204292944-204292945(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:204292990-204292991(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//25456834//24981863//22608085 chr2:204294468-204294469(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204296737-204296738(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204296785-204296786(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204296808-204296809(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204296861-204296862(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204299883-204299884(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204299905-204299906(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204300054-204300055(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr2:204300842-204300843(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204300859-204300860(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204300866-204300867(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204300940-204300941(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr2:204302426-204302427(+) m6A 3'UTR       24981863 chr2:204302523-204302524(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr2:204304044-204304045(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204304080-204304081(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:204304281-204304282(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22575960//22608085 chr2:204304347-204304348(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22575960//22608085 chr2:204304383-204304384(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22575960//22608085 chr2:204304430-204304431(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828//22575960//22608085 chr2:204304578-204304579(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204304637-204304638(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204304757-204304758(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//27773535//22575960 chr2:204304793-204304794(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960 chr2:204304878-204304879(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:204304902-204304903(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:204304915-204304916(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:204305108-204305109(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828 chr2:204305133-204305134(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//27371828 chr2:204305180-204305181(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535 chr2:204305232-204305233(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204305255-204305256(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204305307-204305308(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204305414-204305415(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204305657-204305658(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535 chr2:204305694-204305695(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//27773535 chr2:204305786-204305787(+) m6A 3'UTR       24209618//27773535 chr2:204305862-204305863(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204305922-204305923(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204305955-204305956(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306123-204306124(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535 chr2:204306173-204306174(+) m6A 3'UTR       24209618//27773535 chr2:204306182-204306183(+) m6A 3'UTR       24209618//27773535 chr2:204306187-204306188(+) m6A 3'UTR       24209618//27773535 chr2:204306219-204306220(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306241-204306242(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306287-204306288(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306332-204306333(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306339-204306340(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306369-204306370(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204306482-204306483(+) m6A 3'UTR       24284625//27773535 chr2:204306511-204306512(+) m6A 3'UTR       24284625//27773535 chr2:204306732-204306733(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863 chr2:204306782-204306783(+) m6A 3'UTR       24284625 chr2:204307058-204307059(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204307073-204307074(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204307102-204307103(+) m6A 3'UTR       27773535 chr2:204307126-204307127(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	ABI2	Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: ebv-miR-BART18-5p
Interactor2: ABI2

Evidence Support:

Strong-Evidence	RT-PCR//Western blot
Prediction-Evidence	cRep//miRanda//PITA//Targetscan
Support Database	RepTar//VIRmiRNA//VmiReg

References:

PMID	25012295	Target region	3'UTR
Source	RepTar//VIRmiRNA//VmiReg	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	BL2 cells//BJAB cells	Interactor2 expression	None
Description	BART 18-5p is one of the miRNAs that are abundantly expressed in latently infected resting memory B cells in vivo, with 300 copies per cell. Because EBV does not express any proteins in latently infected memory B cells, high levels of 18-5p expression may suggest a role for this miRNA in maintenance of viral latency. In this paper, we report on the identification of a target gene for 18-5p that implicates it in maintaining latency by suppressing viral replication.